136 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_0020 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_0020  outer membrane efflux protein  100 
 
 
417 aa  829    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0171536 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0022  outer membrane efflux protein  100 
 
 
417 aa  829    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0020  outer membrane efflux protein  100 
 
 
417 aa  829    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257437  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3041  outer membrane efflux protein  79.86 
 
 
417 aa  619  1e-176  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764893  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5385  CzcC family heavy metal RND efflux outer membrane protein  85.71 
 
 
417 aa  613  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.899362 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4013  CzcC family heavy metal RND efflux outer membrane protein  64.72 
 
 
414 aa  470  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.498662  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2394  CzcC family heavy metal RND efflux outer membrane protein  56.13 
 
 
418 aa  432  1e-120  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.794005  hitchhiker  0.00223071 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1335  CzcC family heavy metal RND efflux outer membrane protein  49.01 
 
 
429 aa  341  1e-92  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2210  outer membrane efflux protein  43.13 
 
 
420 aa  296  5e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.119249  normal  0.0896895 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2050  CzcC family heavy metal RND efflux outer membrane protein  41 
 
 
411 aa  250  4e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00202753 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2548  outer membrane efflux protein  41.28 
 
 
408 aa  243  3.9999999999999997e-63  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2326  outer membrane efflux protein  37.53 
 
 
407 aa  191  2e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.347361  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0475  putative outer membrane cation efflux protein  36.46 
 
 
437 aa  189  1e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.668446  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3493  outer membrane efflux protein  33.5 
 
 
428 aa  182  1e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.497066 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2395  CzcC family heavy metal RND efflux outer membrane protein  35.78 
 
 
409 aa  179  8e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.502937  normal  0.0320057 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2439  CzcC family heavy metal RND efflux outer membrane protein  36.01 
 
 
408 aa  179  1e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4511  outer membrane efflux protein  32.07 
 
 
428 aa  177  2e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.336672  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1625  putative outer membrane cation efflux protein  35.89 
 
 
438 aa  176  7e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.164606 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3343  outer membrane efflux protein  34.34 
 
 
412 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5180  outer membrane efflux protein  34.67 
 
 
430 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3073  outer membrane efflux protein  32.83 
 
 
419 aa  171  2e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1261  outer membrane efflux protein  33.94 
 
 
419 aa  169  1e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6284  outer membrane efflux protein  32.47 
 
 
430 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.524439  normal  0.254062 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2892  outer membrane efflux protein  33.83 
 
 
419 aa  160  4e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5688  outer membrane efflux protein  32.49 
 
 
430 aa  157  5.0000000000000005e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0325821  normal 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5289  outer membrane efflux protein  32.56 
 
 
434 aa  156  7e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1648  outer membrane efflux protein  32.56 
 
 
434 aa  156  7e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6134  proton antiporter metal efflux protein SilC  31.62 
 
 
435 aa  153  7e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.144513  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4767  outer membrane efflux protein  32.83 
 
 
430 aa  152  1e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3400  outer membrane efflux protein  32.83 
 
 
430 aa  152  1e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4116  outer membrane efflux protein  32.83 
 
 
430 aa  151  3e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5357  outer membrane efflux protein  32.05 
 
 
433 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1807  cobalt-zinc-cadmium resistance outer membrane porin  31.81 
 
 
433 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.804371 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1167  outer membrane efflux protein  33.25 
 
 
419 aa  142  9.999999999999999e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3364  outer membrane efflux protein  32.61 
 
 
419 aa  139  8.999999999999999e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0128671  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1155  hypothetical protein  30.79 
 
 
418 aa  131  2.0000000000000002e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6301  outer membrane efflux protein  33.83 
 
 
410 aa  130  4.0000000000000003e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05407  putative outer membrane cation efflux protein  30.99 
 
 
434 aa  127  3e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3374  outer membrane efflux protein  35.66 
 
 
433 aa  125  2e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3044  outer membrane efflux protein  35.66 
 
 
433 aa  125  2e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2048  outer membrane efflux protein  35.66 
 
 
433 aa  125  2e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2236  outer membrane efflux protein  35.66 
 
 
433 aa  125  2e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0317  outer membrane efflux protein  35.66 
 
 
433 aa  124  5e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0512  outer membrane efflux protein  34.9 
 
 
433 aa  123  7e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0330  outer membrane efflux protein  34.9 
 
 
433 aa  123  7e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0276  outer membrane efflux protein  31.22 
 
 
449 aa  122  9.999999999999999e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0967709  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5031  heavy metal cation tricomponent efflux outer membrane porin CusC  30.28 
 
 
433 aa  117  3e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.11545 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1929  outer membrane efflux protein  26.34 
 
 
447 aa  111  3e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.845235  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0134  outer membrane efflux protein  27.48 
 
 
439 aa  107  5e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.410876  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1619  outer membrane efflux protein  28.74 
 
 
427 aa  106  7e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.891221  hitchhiker  0.0000204841 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1949  outer membrane heavy metal efflux protein, putative  28.74 
 
 
427 aa  106  7e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0176  outer membrane protein  26.81 
 
 
414 aa  98.2  2e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1368  copper/silver resistance outer membrane protein  26.15 
 
 
437 aa  97.8  3e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0170  outer membrane efflux protein  30.37 
 
 
436 aa  95.1  2e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2434  outer membrane efflux protein  30.21 
 
 
433 aa  95.1  2e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.990538  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2062  outer membrane efflux protein  30.21 
 
 
436 aa  95.1  2e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00318  putative cation efflux protein  23.49 
 
 
454 aa  87.4  4e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2262  outer membrane heavy metal efflux protein  26.52 
 
 
426 aa  85.9  0.000000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06364  hypothetical protein  23.71 
 
 
463 aa  82.8  0.00000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0716  hypothetical protein  25.06 
 
 
444 aa  79.3  0.0000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1481  outer membrane efflux protein  27.17 
 
 
424 aa  79  0.0000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.103233  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4856  putative cation efflux protein  22.42 
 
 
496 aa  75.1  0.000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3648  outer membrane efflux protein  24.44 
 
 
446 aa  74.7  0.000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2185  outer membrane efflux protein  26.53 
 
 
424 aa  74.3  0.000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.685797  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001397  heavy metal RND efflux CzcC family  23.45 
 
 
473 aa  73.9  0.000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2705  outer membrane efflux protein  26.52 
 
 
424 aa  73.6  0.000000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0425807  normal  0.885603 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2263  Outer membrane efflux protein  24.19 
 
 
424 aa  72  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1537  Outer membrane efflux protein  29.08 
 
 
445 aa  70.1  0.00000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0087  outer membrane efflux protein  23.35 
 
 
424 aa  69.7  0.00000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1549  Outer membrane efflux protein  23.68 
 
 
426 aa  68.6  0.0000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.069846  normal  0.874867 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3077  outer membrane efflux protein  24.7 
 
 
426 aa  67.8  0.0000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.767775  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3343  outer membrane efflux protein  24.59 
 
 
423 aa  67  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.141208 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7266  putative outer membrane cobalt-zinc-cadmium resistance protein czcC precursor  28.38 
 
 
424 aa  67  0.0000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.217099  normal  0.831215 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2166  outer membrane efflux protein  24.25 
 
 
423 aa  64.3  0.000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2929  outer membrane efflux protein  24.7 
 
 
443 aa  64.3  0.000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1388  outer membrane efflux protein  27.99 
 
 
417 aa  63.5  0.000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.615787 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2056  outer membrane efflux protein  24.85 
 
 
423 aa  62.8  0.00000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000544389 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1330  metal ion efflux outer membrane protein family protein, putative  24.09 
 
 
493 aa  62  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0045  CzcC family cobalt/zinc/cadmium efflux transporter outer membrane protein  27 
 
 
423 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000529043 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2628  Outer membrane efflux protein  28 
 
 
432 aa  61.6  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.753633 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0059  outer membrane efflux protein  27 
 
 
423 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.56854 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0062  outer membrane efflux protein  27 
 
 
423 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000405972 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2394  outer membrane efflux protein  23.6 
 
 
487 aa  61.6  0.00000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2478  Outer membrane efflux protein  27.11 
 
 
416 aa  61.2  0.00000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2065  chemiosmotic efflux system protein C-like protein  23.62 
 
 
441 aa  60.1  0.00000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2344  outer membrane efflux protein  23.68 
 
 
423 aa  59.7  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1716  outer membrane protein  24.94 
 
 
440 aa  59.7  0.0000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000584875  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2097  Outer membrane efflux protein  25.3 
 
 
435 aa  59.7  0.0000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.771655  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11693  cation efflux system protein, AcrB/AcrD/AcrF family protein  20.64 
 
 
1481 aa  58.9  0.0000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4765  outer membrane efflux protein  29.6 
 
 
485 aa  58.5  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.55701 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2363  chemiosmotic efflux system B protein C  29.25 
 
 
419 aa  57.8  0.0000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1939  outer membrane efflux protein  24.22 
 
 
432 aa  57.8  0.0000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4262  outer membrane efflux protein  26.47 
 
 
477 aa  57.4  0.0000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.495542 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7183  putative outer membrane protein precursor CzcC  26.01 
 
 
422 aa  57  0.0000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2075  chemiosmotic efflux system protein C-like protein  23.04 
 
 
437 aa  56.6  0.0000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1848  outer membrane efflux protein  23 
 
 
423 aa  56.2  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2353  chemiosmotic efflux system C protein C  23.63 
 
 
437 aa  55.1  0.000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1044  HelC protein  22.93 
 
 
416 aa  54.7  0.000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3383  hypothetical protein  24.78 
 
 
405 aa  54.7  0.000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1528  Outer membrane efflux protein  24.35 
 
 
501 aa  53.5  0.000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>