More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5704 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5704  GntR domain protein  100 
 
 		 254 aa  508  1e-143  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3530  GntR family transcriptional regulator  42.4 
 
 		 247 aa  160  1e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0642963  normal  0.159703 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3688  GntR domain protein  42.33 
 
 		 248 aa  155  7e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1092  GntR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 238 aa  150  2e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.191594 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2064  GntR domain-containing protein  36.04 
 
 		 238 aa  144  2e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000113894  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2217  GntR domain protein  38.07 
 
 		 239 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6253  GntR domain protein  40.79 
 
 		 256 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.783578 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4894  GntR domain-containing protein  37.79 
 
 		 229 aa  139  3.9999999999999997e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000861781  hitchhiker  0.000000633527 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5012  GntR domain protein  43.92 
 
 		 239 aa  135  5e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.474023  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2718  GntR domain-containing protein  40.85 
 
 		 252 aa  135  8e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0804  GntR family transcriptional regulator  35 
 
 		 240 aa  134  9.999999999999999e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3422  GntR domain protein  34.31 
 
 		 244 aa  133  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.156381  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4206  GntR domain-containing protein  34.84 
 
 		 229 aa  132  3.9999999999999996e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000000481189  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0011  GntR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 229 aa  132  3.9999999999999996e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000398907  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0011  GntR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 229 aa  132  3.9999999999999996e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000019573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3616  GntR domain-containing protein  38.46 
 
 		 252 aa  132  6e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.760095 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1981  GntR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 238 aa  132  6e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000358345  normal  0.05165 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1993  GntR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 238 aa  132  6e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000185576  unclonable  0.0000207183 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2068  GntR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 238 aa  132  6e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000911573  hitchhiker  0.00000303995 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1414  GntR domain-containing protein  35.59 
 
 		 250 aa  131  9e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.455285  normal  0.0932364 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3599  GntR domain-containing protein  33.75 
 
 		 251 aa  131  1.0000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.83049  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2142  GntR domain protein  36.49 
 
 		 238 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.530271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4912  GntR domain-containing protein  38.03 
 
 		 244 aa  130  2.0000000000000002e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.47011 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0746  GntR-like protein  39.09 
 
 		 241 aa  129  6e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2590  GntR domain-containing protein  41.31 
 
 		 234 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1284  GntR domain-containing protein  38.97 
 
 		 274 aa  127  2.0000000000000002e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0100582 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1327  GntR domain-containing protein  38.64 
 
 		 246 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0190888  normal  0.291118 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3667  GntR domain-containing protein  35.55 
 
 		 245 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0203377  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0434  GntR domain-containing protein  39.23 
 
 		 287 aa  126  3e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0144479  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3460  GntR domain-containing protein  36.24 
 
 		 248 aa  125  7e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.612558  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0901  GntR-like  35.02 
 
 		 246 aa  124  1e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4164  transcriptional regulator, GntR family  32.27 
 
 		 230 aa  124  1e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000255806  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1785  GntR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 244 aa  123  3e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.751701  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4214  GntR domain-containing protein  40.78 
 
 		 266 aa  122  4e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.827392 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03586  hypothetical protein  32.27 
 
 		 230 aa  122  6e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0000443765  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03641  predicted transcriptional regulator  32.27 
 
 		 230 aa  122  6e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000792391  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4212  GntR domain protein  32.27 
 
 		 230 aa  122  6e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000974871  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4239  GntR domain-containing protein  32.27 
 
 		 230 aa  122  6e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000023918  decreased coverage  0.00261992 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5191  transcriptional regulator, GntR family  32.27 
 
 		 230 aa  122  6e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000012685  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4271  GntR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 230 aa  122  6e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000161964  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3974  GntR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 230 aa  122  6e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000445513  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4123  GntR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 230 aa  121  9e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000860554  normal  0.0423809 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2414  GntR domain-containing protein  38.03 
 
 		 253 aa  120  1.9999999999999998e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.493248  normal  0.355489 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3614  GntR domain-containing protein  36.28 
 
 		 250 aa  120  1.9999999999999998e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.661468  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2694  GntR domain-containing protein  40.53 
 
 		 192 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2054  GntR-like  40.53 
 
 		 192 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2665  GntR domain-containing protein  40.53 
 
 		 192 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49240  GntR family regulatory protein  37.25 
 
 		 240 aa  119  3.9999999999999996e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0711  GntR domain-containing protein  36.62 
 
 		 243 aa  119  6e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.121808 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3532  GntR-like  33.49 
 
 		 244 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3228  GntR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 239 aa  116  3e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.542599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4109  GntR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 230 aa  117  3e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000434106  decreased coverage  0.00494792 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3773  transcriptional regulator, GntR family  35.29 
 
 		 237 aa  115  6e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.38941  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0046  GntR domain-containing protein  37.33 
 
 		 235 aa  115  6.9999999999999995e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1707  transcriptional regulator GntR  35.29 
 
 		 237 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0401914  normal  0.758482 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4280  GntR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 234 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.003808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2131  GntR family transcriptional regulator  38.39 
 
 		 247 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4221  GntR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 234 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.000881899  normal  0.895287 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4115  transcriptional regulator, GntR family  32.14 
 
 		 234 aa  113  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000000173473  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4171  GntR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 234 aa  113  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000336109  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2982  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 228 aa  114  2.0000000000000002e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4100  transcriptional regulator, GntR family  32.14 
 
 		 234 aa  113  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000122034  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3302  GntR domain protein  38.99 
 
 		 268 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.826091 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1908  GntR domain protein  33.18 
 
 		 261 aa  113  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.287646  normal  0.900413 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0123  regulatory protein GntR HTH  35.98 
 
 		 261 aa  113  3e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0885  GntR family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 239 aa  113  3e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1414  GntR domain-containing protein  35.75 
 
 		 241 aa  112  5e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0894  GntR-like  32.77 
 
 		 253 aa  112  6e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4144  GntR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 238 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.278058  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3082  GntR domain-containing protein  36.36 
 
 		 241 aa  109  3e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0951451 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0657  GntR family transcriptional regulator  38.07 
 
 		 261 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.483285 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1867  GntR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 245 aa  109  4.0000000000000004e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1724  GntR domain protein  31.73 
 
 		 261 aa  108  9.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.308508  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4164  galactonate operon transcriptional repressor  31.84 
 
 		 229 aa  106  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.935326  normal  0.912647 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4115  galactonate operon transcriptional repressor  31.84 
 
 		 229 aa  106  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4222  galactonate operon transcriptional repressor  31.84 
 
 		 229 aa  106  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03578  predicted DNA-binding transcriptional regulator  32.18 
 
 		 229 aa  104  1e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.753742  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0008  GntR domain protein  32.18 
 
 		 229 aa  104  1e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4204  galactonate operon transcriptional repressor  32.18 
 
 		 229 aa  104  1e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.763278  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4060  galactonate operon transcriptional repressor  32.18 
 
 		 229 aa  104  1e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0006  GntR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 229 aa  104  1e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03522  hypothetical protein  32.18 
 
 		 229 aa  104  1e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.700459  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0008  GntR domain-containing protein  32.18 
 
 		 229 aa  104  1e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1098  galactonate operon transcriptional repressor  32.18 
 
 		 229 aa  104  1e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3907  galactonate operon transcriptional repressor  32.18 
 
 		 229 aa  104  1e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1994  GntR domain-containing protein  34.31 
 
 		 240 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.122046  normal  0.944631 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0041  GntR domain-containing protein  30.69 
 
 		 252 aa  99.8  4e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.340559 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0632  GntR domain-containing protein  40.31 
 
 		 222 aa  99.8  4e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1016  GntR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 237 aa  99.4  5e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.181354  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1259  GntR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 237 aa  99.4  5e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.268862  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1742  GntR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 237 aa  99.4  5e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0150  GntR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 237 aa  99.4  5e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0405244  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1821  GntR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 237 aa  99.4  5e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.746086  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1974  GntR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 237 aa  99.4  5e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1472  GntR domain-containing protein  31.03 
 
 		 238 aa  99  7e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1451  GntR domain-containing protein  31.03 
 
 		 238 aa  99  7e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1146  GntR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 271 aa  97.4  2e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0022  GntR domain protein  30.69 
 
 		 232 aa  97.4  2e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4786  GntR domain protein  35.53 
 
 		 268 aa  97.4  2e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1899  GntR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 241 aa  96.7  3e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.671252  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>