290 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2749 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2749  ribosome-binding factor A  100 
 
 		 123 aa  252  2.0000000000000002e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2991  ribosome-binding factor A  81.3 
 
 		 123 aa  216  7e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0708502  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2135  ribosome-binding factor A  85.12 
 
 		 122 aa  216  7.999999999999999e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0168697  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3382  ribosome-binding factor A  82.11 
 
 		 125 aa  213  9e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0271741  normal  0.693723 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2427  ribosome-binding factor A  81.82 
 
 		 122 aa  209  1e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.224227  normal  0.907682 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2560  ribosome-binding factor A  79.67 
 
 		 125 aa  208  2e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00880777 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1248  ribosome-binding factor A  78.86 
 
 		 125 aa  207  3e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0261774  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2010  ribosome-binding factor A  79.34 
 
 		 122 aa  204  3e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.142179  normal  0.57147 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1920  ribosome-binding factor A  75 
 
 		 130 aa  184  5e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0348034  normal  0.0643403 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2748  ribosome-binding factor A  74.56 
 
 		 120 aa  183  7e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.131099  normal  0.170197 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1702  ribosome-binding factor A  69.17 
 
 		 123 aa  176  1e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000429225 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1423  ribosome-binding factor A  66.67 
 
 		 132 aa  174  3e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.02264 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1477  ribosome-binding factor A  65.83 
 
 		 132 aa  174  3e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1021  ribosome-binding factor A  65.83 
 
 		 132 aa  174  3e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1383  ribosome-binding factor A  66.67 
 
 		 132 aa  174  3e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1501  ribosome-binding factor A  65.83 
 
 		 132 aa  174  3e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.236636  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1728  ribosome-binding factor A  66.67 
 
 		 143 aa  171  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.403197  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2563  ribosome-binding factor A  65.83 
 
 		 122 aa  172  1.9999999999999998e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.240841  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1060  ribosome-binding factor A  65.83 
 
 		 122 aa  171  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00435559  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1916  ribosome-binding factor A  65.83 
 
 		 122 aa  171  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.24329  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1754  ribosome-binding factor A  65.83 
 
 		 132 aa  170  5e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0297721 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2819  ribosome-binding factor A  65.04 
 
 		 121 aa  170  5e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00171915  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0174  ribosome-binding factor A  65.83 
 
 		 138 aa  169  1e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0246509  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1763  ribosome-binding factor A  65.83 
 
 		 138 aa  169  1e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.492617  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1506  ribosome-binding factor A  65.83 
 
 		 138 aa  169  1e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1741  ribosome-binding factor A  65.83 
 
 		 138 aa  169  1e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0087071  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0992  ribosome-binding factor A  65.83 
 
 		 138 aa  169  1e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.197459  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1633  ribosome-binding factor A  64.23 
 
 		 121 aa  168  2e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.100642  hitchhiker  0.000771704 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4642  ribosome-binding factor A  65.52 
 
 		 132 aa  168  3e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0378959  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1290  ribosome-binding factor A  57.72 
 
 		 123 aa  154  4e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0532539  normal  0.658202 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1211  ribosome-binding factor A  56.91 
 
 		 123 aa  150  5e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0722597  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1118  ribosome-binding factor A  56.91 
 
 		 123 aa  150  5e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.614248  normal  0.630529 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2027  ribosome-binding factor A  51.67 
 
 		 122 aa  138  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.373244  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2030  ribosome-binding factor A  50.83 
 
 		 123 aa  136  7.999999999999999e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0111953  normal  0.0437908 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1092  ribosome-binding factor A  51.72 
 
 		 122 aa  133  8e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.378347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1226  ribosome-binding factor A  50 
 
 		 122 aa  130  5e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.333897  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2451  ribosome-binding factor A  53.51 
 
 		 123 aa  126  9.000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0315755  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1004  ribosome-binding factor A  54.05 
 
 		 129 aa  121  3e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.439697  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1693  ribosome-binding factor A  48.31 
 
 		 141 aa  119  1.9999999999999998e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0101873  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0726  ribosome-binding factor A  51.82 
 
 		 147 aa  117  7e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.237747  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1863  ribosome-binding factor A  46.67 
 
 		 126 aa  114  6e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4489  ribosome-binding factor A  45.69 
 
 		 138 aa  108  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0856583  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4179  ribosome-binding factor A  46.43 
 
 		 138 aa  108  3e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.308306  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0780  ribosome-binding factor A  46.43 
 
 		 133 aa  107  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000489115  normal  0.0558247 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5461  ribosome-binding factor A  46.43 
 
 		 128 aa  107  5e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.74875  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62740  ribosome-binding factor A  45.54 
 
 		 129 aa  107  5e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.232446  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4711  ribosome-binding factor A  45.54 
 
 		 132 aa  104  3e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.165962  hitchhiker  0.00698134 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4576  ribosome-binding factor A  45.54 
 
 		 132 aa  104  3e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.63413  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4711  ribosome-binding factor A  45.54 
 
 		 132 aa  105  3e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.31631 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0722  ribosome-binding factor A  45.54 
 
 		 132 aa  104  4e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.041956 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0696  ribosome-binding factor A  46.9 
 
 		 124 aa  103  1e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.146266  normal  0.222032 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42810  ribosome-binding factor A  42.48 
 
 		 129 aa  102  1e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3607  ribosome-binding factor A  42.74 
 
 		 129 aa  102  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.858095  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1947  ribosome-binding factor A  47.71 
 
 		 130 aa  97.1  7e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0382472 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2119  ribosome-binding factor A  43.12 
 
 		 127 aa  93.6  8e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.328304  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0068  ribosome-binding factor A  44.44 
 
 		 125 aa  93.6  8e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00108757  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2819  ribosome-binding factor A  42.11 
 
 		 123 aa  92.8  1e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2688  ribosome-binding factor A  42.11 
 
 		 123 aa  92.8  1e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0818  ribosome-binding factor A  41.82 
 
 		 133 aa  92.8  1e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0100863 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3347  ribosome-binding factor A  38.98 
 
 		 143 aa  93.2  1e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.319643  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2707  ribosome-binding factor A  40 
 
 		 128 aa  90.5  7e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.150572 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3073  ribosome-binding factor A  40.54 
 
 		 131 aa  89.7  1e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.729556  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2204  ribosome-binding factor A  39.66 
 
 		 142 aa  89  2e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0909  ribosome-binding factor A  40.74 
 
 		 121 aa  87  7e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2049  ribosome-binding factor A  38.68 
 
 		 127 aa  84.3  5e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1028  ribosome-binding factor A  36.21 
 
 		 129 aa  83.6  7e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0189385  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1436  ribosome-binding factor A  44.21 
 
 		 118 aa  82.8  0.000000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.349731  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1466  ribosome-binding factor A  39.13 
 
 		 139 aa  83.2  0.000000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3675  ribosome-binding factor A  35.29 
 
 		 125 aa  81.6  0.000000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0564  ribosome-binding factor A  36.52 
 
 		 119 aa  81.6  0.000000000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1599  ribosome-binding factor A  36.52 
 
 		 119 aa  81.6  0.000000000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00660683  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1557  ribosome-binding factor A  37.39 
 
 		 119 aa  81.3  0.000000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000452845  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1230  ribosome-binding factor A  39.09 
 
 		 117 aa  81.3  0.000000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.644207  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1157  ribosome-binding factor A  37.38 
 
 		 126 aa  80.9  0.000000000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000826248  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1589  ribosome-binding factor A  35.34 
 
 		 118 aa  79.7  0.00000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00426148  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1748  ribosome-binding factor A  39.66 
 
 		 126 aa  79.7  0.00000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0187668  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2773  ribosome-binding factor A  37.84 
 
 		 136 aa  79.7  0.00000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0070  ribosome-binding factor A  39.66 
 
 		 134 aa  79.3  0.00000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.196892  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0075  ribosome-binding factor A  38.79 
 
 		 134 aa  79  0.00000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.122288  normal  0.845154 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0990  ribosome-binding factor A  34.19 
 
 		 123 aa  78.6  0.00000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.645083  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0873  ribosome-binding factor A  35.9 
 
 		 118 aa  78.2  0.00000000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000231797  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0837  ribosome-binding factor A  33.96 
 
 		 116 aa  77.8  0.00000000000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3464  ribosome-binding factor A  36.04 
 
 		 133 aa  78.2  0.00000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1902  ribosome-binding factor A  33.62 
 
 		 122 aa  77.8  0.00000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0066847  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07850  ribosome-binding factor A  32.11 
 
 		 122 aa  77  0.00000000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3345  ribosome-binding factor A  35.14 
 
 		 132 aa  77  0.00000000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.970615  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3329  ribosome-binding factor A  37.61 
 
 		 156 aa  77  0.00000000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.414674  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0809  ribosome-binding factor A  34.23 
 
 		 132 aa  76.6  0.0000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0586  ribosome-binding factor A  34.23 
 
 		 132 aa  76.6  0.0000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.309895  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1445  ribosome-binding factor A  31.3 
 
 		 131 aa  76.3  0.0000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000145103  normal  0.2265 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1354  ribosome-binding factor A  35.78 
 
 		 117 aa  76.6  0.0000000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3680  ribosome-binding factor A  40.54 
 
 		 127 aa  75.9  0.0000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00259102  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26151  ribosome-binding factor A  37.61 
 
 		 142 aa  75.5  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.549053 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0822  ribosome-binding factor A  31.9 
 
 		 126 aa  75.9  0.0000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.329178  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0490  ribosome-binding factor A  33.91 
 
 		 136 aa  75.9  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.509602  normal  0.0536804 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1356  ribosome-binding factor A  33.65 
 
 		 116 aa  75.1  0.0000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.348543  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0610  ribosome-binding factor A  34.19 
 
 		 128 aa  74.7  0.0000000000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0012936  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1644  ribosome-binding factor A  32.71 
 
 		 119 aa  74.7  0.0000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0158  ribosome-binding factor A  37.93 
 
 		 140 aa  74.7  0.0000000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1330  ribosome-binding factor A  33.65 
 
 		 130 aa  74.7  0.0000000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.285304  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>