More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1290 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc1290  ribosome-binding factor A  100 
 
 
123 aa  253  8e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0532539  normal  0.658202 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1118  ribosome-binding factor A  92.68 
 
 
123 aa  241  1.9999999999999999e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.614248  normal  0.630529 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1211  ribosome-binding factor A  92.68 
 
 
123 aa  241  1.9999999999999999e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0722597  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2027  ribosome-binding factor A  78.33 
 
 
122 aa  204  2e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.373244  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2030  ribosome-binding factor A  78.33 
 
 
123 aa  205  2e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0111953  normal  0.0437908 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1728  ribosome-binding factor A  69.92 
 
 
143 aa  180  7e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.403197  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1423  ribosome-binding factor A  65 
 
 
132 aa  177  4e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.02264 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1383  ribosome-binding factor A  65 
 
 
132 aa  177  4e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1226  ribosome-binding factor A  73.45 
 
 
122 aa  177  4.999999999999999e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.333897  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2563  ribosome-binding factor A  66.67 
 
 
122 aa  176  7e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.240841  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1754  ribosome-binding factor A  65 
 
 
132 aa  176  7e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0297721 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1060  ribosome-binding factor A  66.67 
 
 
122 aa  176  8e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00435559  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1916  ribosome-binding factor A  66.67 
 
 
122 aa  176  8e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.24329  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1092  ribosome-binding factor A  73.45 
 
 
122 aa  176  1e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.378347  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1477  ribosome-binding factor A  63.33 
 
 
132 aa  175  2e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0992  ribosome-binding factor A  66.67 
 
 
138 aa  175  2e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.197459  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0174  ribosome-binding factor A  66.67 
 
 
138 aa  175  2e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0246509  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1741  ribosome-binding factor A  66.67 
 
 
138 aa  175  2e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0087071  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1021  ribosome-binding factor A  63.33 
 
 
132 aa  175  2e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1506  ribosome-binding factor A  66.67 
 
 
138 aa  175  2e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1763  ribosome-binding factor A  66.67 
 
 
138 aa  175  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.492617  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1501  ribosome-binding factor A  63.33 
 
 
132 aa  175  2e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.236636  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2819  ribosome-binding factor A  66.67 
 
 
121 aa  174  4e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00171915  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1633  ribosome-binding factor A  65.04 
 
 
121 aa  171  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.100642  hitchhiker  0.000771704 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4642  ribosome-binding factor A  62.07 
 
 
132 aa  166  1e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0378959  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2749  ribosome-binding factor A  57.72 
 
 
123 aa  154  4e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2427  ribosome-binding factor A  57.02 
 
 
122 aa  152  1e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.224227  normal  0.907682 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2991  ribosome-binding factor A  56.1 
 
 
123 aa  150  7e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0708502  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2010  ribosome-binding factor A  57.02 
 
 
122 aa  150  7e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.142179  normal  0.57147 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2135  ribosome-binding factor A  56.2 
 
 
122 aa  150  8e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0168697  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1920  ribosome-binding factor A  61.95 
 
 
130 aa  148  3e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0348034  normal  0.0643403 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3382  ribosome-binding factor A  57.72 
 
 
125 aa  148  3e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0271741  normal  0.693723 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2560  ribosome-binding factor A  56.1 
 
 
125 aa  144  4.0000000000000006e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00880777 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1248  ribosome-binding factor A  55.28 
 
 
125 aa  142  1e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0261774  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1702  ribosome-binding factor A  59.29 
 
 
123 aa  140  5e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000429225 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2748  ribosome-binding factor A  53.91 
 
 
120 aa  132  9.999999999999999e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.131099  normal  0.170197 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2451  ribosome-binding factor A  52.78 
 
 
123 aa  120  9e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0315755  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3607  ribosome-binding factor A  50.86 
 
 
129 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.858095  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62740  ribosome-binding factor A  50.43 
 
 
129 aa  117  6e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.232446  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5461  ribosome-binding factor A  51.79 
 
 
128 aa  117  7e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.74875  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1693  ribosome-binding factor A  47.01 
 
 
141 aa  114  3e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0101873  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1863  ribosome-binding factor A  48.33 
 
 
126 aa  114  6e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1004  ribosome-binding factor A  49.09 
 
 
129 aa  108  3e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.439697  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42810  ribosome-binding factor A  47.32 
 
 
129 aa  107  4.0000000000000004e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4711  ribosome-binding factor A  47.32 
 
 
132 aa  106  1e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.165962  hitchhiker  0.00698134 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4576  ribosome-binding factor A  47.32 
 
 
132 aa  106  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.63413  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4711  ribosome-binding factor A  47.75 
 
 
132 aa  106  1e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.31631 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0722  ribosome-binding factor A  47.32 
 
 
132 aa  106  1e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.041956 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4179  ribosome-binding factor A  47.75 
 
 
138 aa  105  2e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.308306  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0726  ribosome-binding factor A  49.53 
 
 
147 aa  105  2e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.237747  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4489  ribosome-binding factor A  49.55 
 
 
138 aa  105  3e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0856583  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0780  ribosome-binding factor A  48.21 
 
 
133 aa  105  3e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000489115  normal  0.0558247 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1947  ribosome-binding factor A  46.3 
 
 
130 aa  104  5e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0382472 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0696  ribosome-binding factor A  46.02 
 
 
124 aa  102  2e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.146266  normal  0.222032 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2819  ribosome-binding factor A  47.37 
 
 
123 aa  101  3e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2688  ribosome-binding factor A  47.37 
 
 
123 aa  101  3e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3073  ribosome-binding factor A  46.85 
 
 
131 aa  98.2  3e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.729556  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2707  ribosome-binding factor A  42.5 
 
 
128 aa  97.4  6e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.150572 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0068  ribosome-binding factor A  43.93 
 
 
125 aa  96.7  1e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00108757  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2119  ribosome-binding factor A  43.93 
 
 
127 aa  94  7e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.328304  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2204  ribosome-binding factor A  41.96 
 
 
142 aa  93.2  1e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1028  ribosome-binding factor A  44.55 
 
 
129 aa  91.7  3e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0189385  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1466  ribosome-binding factor A  38.26 
 
 
139 aa  89.4  1e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1230  ribosome-binding factor A  39.05 
 
 
117 aa  84.7  4e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.644207  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002610  ribosome-binding factor A  33.04 
 
 
131 aa  83.6  8e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3580  ribosome-binding factor A  38.89 
 
 
133 aa  82.8  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0990  ribosome-binding factor A  32.71 
 
 
123 aa  83.2  0.000000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.645083  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3543  ribosome-binding factor A  38.89 
 
 
133 aa  82.8  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3347  ribosome-binding factor A  37.27 
 
 
143 aa  83.2  0.000000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.319643  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03034  ribosome-binding factor A  40.74 
 
 
133 aa  82.4  0.000000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.710808  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0538  ribosome-binding factor A  40.74 
 
 
133 aa  82.4  0.000000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4488  ribosome-binding factor A  40.74 
 
 
133 aa  82.4  0.000000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3651  ribosome-binding factor A  40.74 
 
 
133 aa  82.4  0.000000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3604  ribosome-binding factor A  38.89 
 
 
133 aa  82.4  0.000000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0265365 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02985  hypothetical protein  40.74 
 
 
133 aa  82.4  0.000000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.757266  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3604  ribosome-binding factor A  40.74 
 
 
133 aa  82.4  0.000000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3474  ribosome-binding factor A  38.89 
 
 
133 aa  82.4  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3359  ribosome-binding factor A  40.74 
 
 
133 aa  82.4  0.000000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0531  ribosome-binding factor A  40.74 
 
 
133 aa  82.4  0.000000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000335299 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3463  ribosome-binding factor A  40.74 
 
 
133 aa  82.4  0.000000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.287723 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0962  ribosome-binding factor A  38.1 
 
 
137 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.394859  normal  0.0786715 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0818  ribosome-binding factor A  35.19 
 
 
133 aa  82.8  0.000000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0100863 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3464  ribosome-binding factor A  36.79 
 
 
133 aa  82  0.000000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0586  ribosome-binding factor A  35.85 
 
 
132 aa  81.3  0.000000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.309895  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3642  ribosome-binding factor A  39.81 
 
 
133 aa  80.9  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3729  ribosome-binding factor A  35.45 
 
 
136 aa  80.9  0.000000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0092978  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3994  ribosome-binding factor A  35.45 
 
 
136 aa  80.9  0.000000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.405974  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3595  ribosome-binding factor A  35.45 
 
 
136 aa  80.9  0.000000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000837981  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1696  ribosome-binding factor A  36.36 
 
 
138 aa  80.9  0.000000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3474  ribosome-binding factor A  39.81 
 
 
133 aa  80.9  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1445  ribosome-binding factor A  30.43 
 
 
131 aa  80.9  0.000000000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000145103  normal  0.2265 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3345  ribosome-binding factor A  37.38 
 
 
132 aa  80.1  0.000000000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.970615  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0490  ribosome-binding factor A  35.45 
 
 
136 aa  80.1  0.00000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.509602  normal  0.0536804 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0809  ribosome-binding factor A  34.91 
 
 
132 aa  79.7  0.00000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1205  ribosome-binding factor A  33.62 
 
 
147 aa  79.3  0.00000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1748  ribosome-binding factor A  40.52 
 
 
126 aa  79.3  0.00000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0187668  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0837  ribosome-binding factor A  33.01 
 
 
116 aa  78.2  0.00000000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1314  ribosome-binding factor A  36.11 
 
 
119 aa  78.6  0.00000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03395  ribosome-binding factor A  31.19 
 
 
137 aa  78.6  0.00000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1031  ribosome-binding factor A  33.62 
 
 
146 aa  78.6  0.00000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.571877  hitchhiker  0.000026303 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>