283 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ajs_2560 on replicon NC_008782
Organism: Acidovorax sp. JS42



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008782  Ajs_2560  ribosome-binding factor A  100 
 
 
125 aa  256  8e-68  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00880777 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1248  ribosome-binding factor A  99.2 
 
 
125 aa  254  3e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0261774  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3382  ribosome-binding factor A  88.8 
 
 
125 aa  236  1e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0271741  normal  0.693723 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2991  ribosome-binding factor A  78.86 
 
 
123 aa  212  9.999999999999999e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0708502  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2427  ribosome-binding factor A  84.17 
 
 
122 aa  212  1.9999999999999998e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.224227  normal  0.907682 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2749  ribosome-binding factor A  79.67 
 
 
123 aa  208  2e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2135  ribosome-binding factor A  80.83 
 
 
122 aa  204  3e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0168697  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2010  ribosome-binding factor A  78.33 
 
 
122 aa  200  6e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.142179  normal  0.57147 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2748  ribosome-binding factor A  72.95 
 
 
120 aa  188  2e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.131099  normal  0.170197 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1920  ribosome-binding factor A  73.95 
 
 
130 aa  184  2e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0348034  normal  0.0643403 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1702  ribosome-binding factor A  71.67 
 
 
123 aa  181  2.0000000000000003e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000429225 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1477  ribosome-binding factor A  65.32 
 
 
132 aa  174  3e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1021  ribosome-binding factor A  65.32 
 
 
132 aa  174  3e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1501  ribosome-binding factor A  65.32 
 
 
132 aa  174  3e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.236636  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1728  ribosome-binding factor A  67.23 
 
 
143 aa  174  5e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.403197  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1423  ribosome-binding factor A  63.71 
 
 
132 aa  172  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.02264 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1383  ribosome-binding factor A  63.71 
 
 
132 aa  172  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2819  ribosome-binding factor A  65.55 
 
 
121 aa  171  2.9999999999999996e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00171915  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1754  ribosome-binding factor A  65.32 
 
 
132 aa  171  2.9999999999999996e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0297721 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1633  ribosome-binding factor A  64.71 
 
 
121 aa  169  2e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.100642  hitchhiker  0.000771704 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2563  ribosome-binding factor A  66.94 
 
 
122 aa  168  2e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.240841  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1060  ribosome-binding factor A  66.94 
 
 
122 aa  167  4e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00435559  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1916  ribosome-binding factor A  66.94 
 
 
122 aa  167  4e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.24329  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0992  ribosome-binding factor A  65.85 
 
 
138 aa  166  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.197459  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1763  ribosome-binding factor A  65.85 
 
 
138 aa  166  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.492617  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0174  ribosome-binding factor A  65.85 
 
 
138 aa  166  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0246509  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1741  ribosome-binding factor A  65.85 
 
 
138 aa  166  1e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0087071  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1506  ribosome-binding factor A  65.85 
 
 
138 aa  166  1e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4642  ribosome-binding factor A  64.1 
 
 
132 aa  162  1.0000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0378959  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1290  ribosome-binding factor A  56.1 
 
 
123 aa  144  4.0000000000000006e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0532539  normal  0.658202 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2027  ribosome-binding factor A  54.55 
 
 
122 aa  140  4e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.373244  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2030  ribosome-binding factor A  53.28 
 
 
123 aa  140  8e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0111953  normal  0.0437908 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1211  ribosome-binding factor A  54.47 
 
 
123 aa  139  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0722597  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1118  ribosome-binding factor A  54.47 
 
 
123 aa  139  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.614248  normal  0.630529 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1092  ribosome-binding factor A  55.08 
 
 
122 aa  135  2e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.378347  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1226  ribosome-binding factor A  53.85 
 
 
122 aa  132  1.9999999999999998e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.333897  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2451  ribosome-binding factor A  54.39 
 
 
123 aa  122  1e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0315755  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1004  ribosome-binding factor A  55 
 
 
129 aa  119  9.999999999999999e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.439697  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1863  ribosome-binding factor A  51.35 
 
 
126 aa  117  7e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0726  ribosome-binding factor A  53.15 
 
 
147 aa  115  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.237747  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1693  ribosome-binding factor A  48.31 
 
 
141 aa  114  3e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0101873  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5461  ribosome-binding factor A  45.9 
 
 
128 aa  104  4e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.74875  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62740  ribosome-binding factor A  48.25 
 
 
129 aa  104  4e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.232446  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3607  ribosome-binding factor A  43.44 
 
 
129 aa  102  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.858095  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42810  ribosome-binding factor A  46.02 
 
 
129 aa  101  4e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0696  ribosome-binding factor A  47.79 
 
 
124 aa  100  5e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.146266  normal  0.222032 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4179  ribosome-binding factor A  45.13 
 
 
138 aa  99.4  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.308306  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0780  ribosome-binding factor A  45.54 
 
 
133 aa  99.4  2e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000489115  normal  0.0558247 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4489  ribosome-binding factor A  43.59 
 
 
138 aa  97.8  4e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0856583  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4711  ribosome-binding factor A  43.75 
 
 
132 aa  94.7  3e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.165962  hitchhiker  0.00698134 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4576  ribosome-binding factor A  43.75 
 
 
132 aa  94.7  3e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.63413  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4711  ribosome-binding factor A  42.5 
 
 
132 aa  94.7  3e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.31631 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0722  ribosome-binding factor A  43.75 
 
 
132 aa  94.7  3e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.041956 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1947  ribosome-binding factor A  47.46 
 
 
130 aa  93.2  1e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0382472 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2707  ribosome-binding factor A  42.98 
 
 
128 aa  89.7  1e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.150572 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0068  ribosome-binding factor A  43.52 
 
 
125 aa  86.7  1e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00108757  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2119  ribosome-binding factor A  38.94 
 
 
127 aa  85.5  2e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.328304  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0818  ribosome-binding factor A  40.91 
 
 
133 aa  85.1  3e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0100863 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2204  ribosome-binding factor A  42.34 
 
 
142 aa  84.7  4e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2819  ribosome-binding factor A  38.33 
 
 
123 aa  83.6  8e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2688  ribosome-binding factor A  39.17 
 
 
123 aa  83.6  8e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0564  ribosome-binding factor A  39.13 
 
 
119 aa  81.6  0.000000000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1599  ribosome-binding factor A  39.13 
 
 
119 aa  81.6  0.000000000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00660683  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0070  ribosome-binding factor A  39.17 
 
 
134 aa  80.9  0.000000000000006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.196892  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0075  ribosome-binding factor A  38.33 
 
 
134 aa  80.1  0.000000000000009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.122288  normal  0.845154 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1902  ribosome-binding factor A  37.93 
 
 
122 aa  79.3  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0066847  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1466  ribosome-binding factor A  37.93 
 
 
139 aa  79  0.00000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3675  ribosome-binding factor A  37.19 
 
 
125 aa  77.8  0.00000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3073  ribosome-binding factor A  38.53 
 
 
131 aa  77.4  0.00000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.729556  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0909  ribosome-binding factor A  39.05 
 
 
121 aa  77  0.00000000000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1589  ribosome-binding factor A  37.61 
 
 
118 aa  76.6  0.0000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00426148  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0927  ribosome-binding factor A  39 
 
 
119 aa  76.3  0.0000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.100451  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1748  ribosome-binding factor A  38.1 
 
 
126 aa  76.6  0.0000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0187668  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0586  ribosome-binding factor A  38.39 
 
 
132 aa  76.3  0.0000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.309895  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0809  ribosome-binding factor A  38.39 
 
 
132 aa  76.3  0.0000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3464  ribosome-binding factor A  38.39 
 
 
133 aa  75.9  0.0000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1028  ribosome-binding factor A  36.61 
 
 
129 aa  75.5  0.0000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0189385  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0158  ribosome-binding factor A  40.8 
 
 
140 aa  75.9  0.0000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3347  ribosome-binding factor A  35.65 
 
 
143 aa  75.9  0.0000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.319643  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2049  ribosome-binding factor A  39.64 
 
 
127 aa  75.1  0.0000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1230  ribosome-binding factor A  39.09 
 
 
117 aa  75.5  0.0000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.644207  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1031  ribosome-binding factor A  34.82 
 
 
146 aa  74.7  0.0000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.571877  hitchhiker  0.000026303 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3189  ribosome-binding factor A  41.67 
 
 
162 aa  75.1  0.0000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0454193  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0490  ribosome-binding factor A  35.11 
 
 
136 aa  74.3  0.0000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.509602  normal  0.0536804 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1436  ribosome-binding factor A  42.11 
 
 
118 aa  74.3  0.0000000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.349731  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0962  ribosome-binding factor A  35.29 
 
 
137 aa  74.3  0.0000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.394859  normal  0.0786715 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3345  ribosome-binding factor A  36.29 
 
 
132 aa  73.9  0.0000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.970615  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3560  ribosome-binding factor A  40.66 
 
 
140 aa  73.9  0.0000000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000743312 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1027  ribosome-binding factor A  33.93 
 
 
146 aa  73.6  0.0000000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000106496 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1092  ribosome-binding factor A  33.93 
 
 
146 aa  73.6  0.0000000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0591977 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3474  ribosome-binding factor A  36.97 
 
 
133 aa  73.2  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3543  ribosome-binding factor A  36.97 
 
 
133 aa  72.8  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0822  ribosome-binding factor A  34.48 
 
 
126 aa  72.8  0.000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.329178  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07850  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 
122 aa  72.4  0.000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3580  ribosome-binding factor A  36.97 
 
 
133 aa  72.8  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0610  ribosome-binding factor A  35.04 
 
 
128 aa  72  0.000000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0012936  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0964  ribosome-binding factor A  38.14 
 
 
122 aa  72.4  0.000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.404033  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3604  ribosome-binding factor A  36.97 
 
 
133 aa  72.8  0.000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0265365 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1205  ribosome-binding factor A  33.04 
 
 
147 aa  71.6  0.000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3642  ribosome-binding factor A  36.97 
 
 
133 aa  71.6  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>