More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1525 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007298  Daro_2459  tryptophanyl-tRNA synthetase  74.69 
 
 
400 aa  651    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.915849  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1525  tryptophanyl-tRNA synthetase  100 
 
 
400 aa  836    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0769059 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2317  tryptophanyl-tRNA synthetase  72.93 
 
 
400 aa  645    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0845  tryptophanyl-tRNA synthetase  72.43 
 
 
400 aa  630  1e-179  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1686  tryptophanyl-tRNA synthetase  71.75 
 
 
400 aa  627  1e-178  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.252544  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0985  tryptophanyl-tRNA synthetase  72.18 
 
 
400 aa  625  1e-178  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.103287 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0993  tryptophanyl-tRNA synthetase  71.93 
 
 
400 aa  625  1e-178  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000498703  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1143  tryptophanyl-tRNA synthetase  72.43 
 
 
400 aa  622  1e-177  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.422783  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1081  tryptophanyl-tRNA synthetase  71.93 
 
 
400 aa  624  1e-177  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.785266  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2550  tryptophanyl-tRNA synthetase  70.68 
 
 
400 aa  622  1e-177  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00499882  normal  0.111326 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1038  tryptophanyl-tRNA synthetase  70.18 
 
 
405 aa  620  1e-176  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.548207  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1583  tryptophanyl-tRNA synthetase  70.43 
 
 
400 aa  620  1e-176  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.527529  normal  0.529268 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1904  tryptophanyl-tRNA synthetase  69.67 
 
 
400 aa  614  1e-175  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1680  tryptophanyl-tRNA synthetase  69.42 
 
 
400 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.544279  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2014  tryptophanyl-tRNA synthetase  71.79 
 
 
405 aa  613  9.999999999999999e-175  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00685202  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2701  tryptophanyl-tRNA synthetase  69.42 
 
 
400 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2567  tryptophanyl-tRNA synthetase  69.42 
 
 
400 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.83961  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1455  tryptophanyl-tRNA synthetase  69.42 
 
 
400 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3135  tryptophanyl-tRNA synthetase  69.42 
 
 
400 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.539368  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1177  tryptophanyl-tRNA synthetase  69.67 
 
 
400 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000348346 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1429  tryptophanyl-tRNA synthetase  69.42 
 
 
400 aa  611  9.999999999999999e-175  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5980  tryptophanyl-tRNA synthetase  69.17 
 
 
400 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.107124  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2134  tryptophanyl-tRNA synthetase  69.67 
 
 
400 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2115  tryptophanyl-tRNA synthetase  69.42 
 
 
400 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00181226 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2097  tryptophanyl-tRNA synthetase  69.17 
 
 
400 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2621  tryptophanyl-tRNA synthetase  69.42 
 
 
400 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2182  tryptophanyl-tRNA synthetase  69.42 
 
 
400 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5403  tryptophanyl-tRNA synthetase  69.17 
 
 
400 aa  610  1e-173  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.289912  normal  0.763943 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2007  tryptophanyl-tRNA synthetase  70 
 
 
391 aa  600  1e-170  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.700621  hitchhiker  0.00000750166 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1159  tryptophanyl-tRNA synthetase  68.1 
 
 
404 aa  592  1e-168  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0584  tryptophanyl-tRNA synthetase  68.35 
 
 
405 aa  587  1e-166  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.118419  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1726  tryptophanyl-tRNA synthetase  67.51 
 
 
406 aa  580  1e-164  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0720  tryptophanyl-tRNA synthetase  65.57 
 
 
404 aa  559  1e-158  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1399  tryptophanyl-tRNA synthetase  63.98 
 
 
404 aa  551  1e-155  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1597  tryptophanyl-tRNA synthetase  63.22 
 
 
404 aa  549  1e-155  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1837  tryptophanyl-tRNA synthetase  63.29 
 
 
404 aa  535  1e-151  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.394357  normal  0.603848 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0739  tryptophanyl-tRNA synthetase  62.91 
 
 
402 aa  537  1e-151  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1466  tryptophanyl-tRNA synthetase  59.03 
 
 
403 aa  491  1e-137  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1789  tryptophanyl-tRNA synthetase  59.03 
 
 
403 aa  491  1e-137  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3860  tryptophanyl-tRNA synthetase  44.97 
 
 
359 aa  342  8e-93  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.968888  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0686  tryptophanyl-tRNA synthetase  40.85 
 
 
329 aa  308  1.0000000000000001e-82  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2757  tryptophanyl-tRNA synthetase  42.39 
 
 
329 aa  302  6.000000000000001e-81  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000506928  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0343  tryptophanyl-tRNA synthetase  35.59 
 
 
392 aa  287  2e-76  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000289554  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0320  tryptophanyl-tRNA synthetase  40.81 
 
 
331 aa  286  5.999999999999999e-76  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0887  tryptophanyl-tRNA synthetase  39.85 
 
 
327 aa  283  4.0000000000000003e-75  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.512903  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2485  tryptophanyl-tRNA synthetase  38.52 
 
 
340 aa  276  5e-73  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0895292  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0682  tryptophanyl-tRNA synthetase  56.96 
 
 
330 aa  275  1.0000000000000001e-72  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.415308  normal  0.0278863 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08970  Tryptophanyl-tRNA synthetase  38.48 
 
 
333 aa  265  1e-69  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2250  tryptophanyl-tRNA synthetase  63.95 
 
 
327 aa  264  3e-69  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000268792  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1960  tryptophanyl-tRNA synthetase  64.37 
 
 
328 aa  261  1e-68  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000535382  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2298  tryptophanyl-tRNA synthetase  63.37 
 
 
327 aa  261  1e-68  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1925  tryptophanyl-tRNA synthetase  63.37 
 
 
327 aa  258  1e-67  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0672  tryptophan--tRNA ligase  37.97 
 
 
331 aa  256  5e-67  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0240521  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1833  tryptophanyl-tRNA synthetase  52.36 
 
 
327 aa  256  7e-67  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.985699  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0765  tryptophanyl-tRNA synthetase  51.18 
 
 
330 aa  255  1.0000000000000001e-66  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.664559  normal  0.580666 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3607  tryptophanyl-tRNA synthetase  63.95 
 
 
329 aa  253  4.0000000000000004e-66  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0385  tryptophanyl-tRNA synthetase  36.25 
 
 
391 aa  251  1e-65  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.431815  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1687  tryptophanyl-tRNA synthetase  61.18 
 
 
326 aa  250  3e-65  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0957395  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1602  tryptophanyl-tRNA synthetase  37.03 
 
 
333 aa  249  6e-65  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.598858  normal  0.880818 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1133  tryptophanyl-tRNA synthetase  67.26 
 
 
330 aa  248  1e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.698787  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2236  tryptophanyl-tRNA synthetase  37.04 
 
 
340 aa  248  2e-64  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.139935  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2119  tryptophanyl-tRNA synthetase  65.27 
 
 
332 aa  247  2e-64  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.926064  normal  0.0320454 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1882  tryptophanyl-tRNA synthetase  48.29 
 
 
328 aa  247  3e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0014344  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2171  tryptophanyl-tRNA synthetase  63.47 
 
 
331 aa  246  6e-64  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.44803  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2260  tryptophanyl-tRNA synthetase  62.87 
 
 
330 aa  245  9.999999999999999e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1300  tryptophanyl-tRNA synthetase  67.65 
 
 
324 aa  245  9.999999999999999e-64  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1685  tryptophanyl-tRNA synthetase  63.47 
 
 
331 aa  245  9.999999999999999e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.26874  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0792  tryptophanyl-tRNA synthetase  63.31 
 
 
325 aa  244  1.9999999999999999e-63  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00324527  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2825  tryptophanyl-tRNA synthetase  44.88 
 
 
329 aa  244  1.9999999999999999e-63  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2090  tryptophanyl-tRNA synthetase  36.3 
 
 
342 aa  243  3e-63  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.679306  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2482  tryptophanyl-tRNA synthetase  36.54 
 
 
340 aa  243  3.9999999999999997e-63  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1201  tryptophanyl-tRNA synthetase  70 
 
 
327 aa  242  7.999999999999999e-63  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3480  tryptophanyl-tRNA synthetase  35.7 
 
 
331 aa  239  5.999999999999999e-62  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000674679  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2336  tryptophanyl-tRNA synthetase  48.81 
 
 
329 aa  238  1e-61  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0032  tryptophanyl-tRNA synthetase  62.15 
 
 
329 aa  238  2e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1469  tryptophanyl-tRNA synthetase  53.19 
 
 
329 aa  232  1e-59  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3426  tryptophanyl-tRNA synthetase  61.99 
 
 
326 aa  231  2e-59  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1125  tryptophanyl-tRNA synthetase  35.28 
 
 
323 aa  231  2e-59  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0775  tryptophanyl-tRNA synthetase  60.95 
 
 
329 aa  229  6e-59  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.203902  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0034  tryptophanyl-tRNA synthetase  35.71 
 
 
356 aa  226  8e-58  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2145  tryptophanyl-tRNA synthetase  35.71 
 
 
356 aa  226  8e-58  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.106152  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0443  tryptophanyl-tRNA synthetase  63.1 
 
 
328 aa  223  7e-57  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0428  tryptophanyl-tRNA synthetase  63.1 
 
 
328 aa  223  7e-57  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2168  tryptophanyl-tRNA synthetase II  36.09 
 
 
341 aa  215  9.999999999999999e-55  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00044454  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0352  tryptophanyl-tRNA synthetase  55.09 
 
 
325 aa  204  2e-51  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1224  tryptophanyl-tRNA synthetase  47.85 
 
 
373 aa  204  3e-51  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.142423  normal  0.402373 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1856  tryptophanyl-tRNA synthetase II  33.58 
 
 
339 aa  204  3e-51  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0072  tryptophanyl-tRNA synthetase  46 
 
 
354 aa  202  9.999999999999999e-51  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2877  tryptophanyl-tRNA synthetase  43.67 
 
 
348 aa  200  5e-50  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2700  tryptophanyl-tRNA synthetase  42.74 
 
 
340 aa  196  6e-49  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0005  tryptophanyl-tRNA synthetase  33 
 
 
351 aa  193  4e-48  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1343  tryptophanyl-tRNA synthetase  53.57 
 
 
323 aa  192  8e-48  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.163691  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1919  tryptophanyl-tRNA synthetase  53.57 
 
 
337 aa  192  8e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00690514  normal 
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_19560  predicted protein  32.25 
 
 
342 aa  191  1e-47  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.387855  normal  0.373209 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1154  tryptophanyl-tRNA synthetase  52.38 
 
 
323 aa  190  2.9999999999999997e-47  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0501  tryptophanyl-tRNA synthetase II  33.92 
 
 
366 aa  186  6e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.163921  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4238  tryptophanyl-tRNA synthetase  31.75 
 
 
337 aa  185  1.0000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.121944  hitchhiker  0.0000708237 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2580  tryptophanyl-tRNA synthetase  32.23 
 
 
332 aa  184  3e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.804405 
 
 
-
 
NC_002950  PG2085  tryptophanyl-tRNA synthetase  32.49 
 
 
327 aa  183  4.0000000000000006e-45  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2075  tryptophanyl-tRNA synthetase  32.07 
 
 
336 aa  183  4.0000000000000006e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00113563  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>