150 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3199 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3199  proline racemase  100 
 
 		 308 aa  624  1e-178  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.317933  normal  0.850196 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0052  proline racemase  57.47 
 
 		 311 aa  363  2e-99  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0874  putative proline racemase  50.16 
 
 		 318 aa  296  2e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.392483 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4560  proline racemase  50.16 
 
 		 341 aa  296  3e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4667  proline racemase  50 
 
 		 344 aa  293  2e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.115687  normal  0.66467 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4031  hydroxyproline-2-epimerase  49.68 
 
 		 311 aa  290  2e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.113394 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3550  hydroxyproline-2-epimerase  49.35 
 
 		 311 aa  288  7e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47840  hypothetical protein  48.87 
 
 		 314 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000281004  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4122  hypothetical protein  48.23 
 
 		 314 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0159506  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5220  4-hydroxyproline epimerase  48.7 
 
 		 312 aa  281  1e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0432032  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1894  hydroxyproline-2-epimerase  48.05 
 
 		 359 aa  280  2e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.321718 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1840  proline racemase  47.57 
 
 		 315 aa  280  2e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3379  hydroxyproline-2-epimerase  48.38 
 
 		 310 aa  280  3e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.344387 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2067  hydroxyproline-2-epimerase  50 
 
 		 310 aa  279  4e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4226  hydroxyproline-2-epimerase  48.05 
 
 		 359 aa  279  4e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.068092  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4140  hydroxyproline-2-epimerase  48.05 
 
 		 359 aa  279  4e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.465204  normal  0.106863 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4447  hydroxyproline-2-epimerase  48.05 
 
 		 310 aa  279  4e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2499  proline racemase  46.41 
 
 		 309 aa  275  6e-73  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.293711  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1044  proline racemase  46.67 
 
 		 317 aa  273  3e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1887  hydroxyproline-2-epimerase  49.68 
 
 		 320 aa  269  5e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0570  hydroxyproline-2-epimerase  49.68 
 
 		 320 aa  269  5e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.568188  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0473  hydroxyproline-2-epimerase  49.68 
 
 		 310 aa  268  5.9999999999999995e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1258  proline racemase  45.63 
 
 		 308 aa  267  2e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.687008 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0881  hydroxyproline-2-epimerase  49.35 
 
 		 310 aa  266  4e-70  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.600236  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1419  hydroxyproline-2-epimerase  49.35 
 
 		 320 aa  266  5e-70  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.174271  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2308  proline racemase  45.13 
 
 		 308 aa  265  5e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.346868  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2195  hydroxyproline-2-epimerase  49.35 
 
 		 320 aa  266  5e-70  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.186223  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1285  proline racemase  45.63 
 
 		 308 aa  262  6e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.753668 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4133  proline racemase  45.13 
 
 		 308 aa  261  1e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2705  proline racemase  44.66 
 
 		 311 aa  256  3e-67  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1219  proline racemase  40.87 
 
 		 332 aa  252  6e-66  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01435  proline racemase  50.42 
 
 		 237 aa  224  1e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.312983  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2713  4-hydroxyproline epimerase  37.75 
 
 		 359 aa  214  9.999999999999999e-55  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5915  proline racemase  34.74 
 
 		 333 aa  159  4e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.314959  normal  0.070905 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2885  putative proline racemase  32.82 
 
 		 345 aa  158  1e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2559  proline racemase  32.51 
 
 		 345 aa  157  2e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.659192  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2846  putative proline racemase  32.82 
 
 		 345 aa  156  3e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0203289  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2594  proline racemase  32.51 
 
 		 345 aa  156  4e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31580  proline racemase  33.13 
 
 		 333 aa  155  6e-37  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2447  putative proline racemase  32.82 
 
 		 345 aa  154  1e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2840  putative proline racemase  32.2 
 
 		 345 aa  154  2e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000647776 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2643  proline racemase  32.2 
 
 		 345 aa  154  2e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2834  proline racemase  32.2 
 
 		 345 aa  154  2e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0589292  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2637  proline racemase  32.82 
 
 		 345 aa  154  2e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.204601  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2259  proline racemase  33.44 
 
 		 337 aa  151  2e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0755409  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1419  hydroxyproline-2-epimerase  31.8 
 
 		 332 aa  149  4e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0468879  normal  0.0760602 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1690  proline racemase  32.42 
 
 		 335 aa  149  8e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.420526  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0460  Proline racemase  33.63 
 
 		 336 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3503  Proline racemase  33.33 
 
 		 333 aa  148  1.0000000000000001e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4273  hydroxyproline-2-epimerase  32.72 
 
 		 333 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6004  4-hydroxyproline epimerase  33.94 
 
 		 333 aa  146  5e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.122381  normal  0.0460941 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1111  hydroxyproline-2-epimerase  30.18 
 
 		 337 aa  145  1e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.920734  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1792  hydroxyproline-2-epimerase  31.08 
 
 		 333 aa  140  3e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2065  hydroxyproline-2-epimerase  30.75 
 
 		 333 aa  140  3e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.012514  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4111  Proline racemase  31.6 
 
 		 333 aa  140  3e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.650339  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1726  hydroxyproline-2-epimerase  31.08 
 
 		 333 aa  140  3e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.716077  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4859  hydroxyproline-2-epimerase  32.51 
 
 		 334 aa  136  4e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1478  4-hydroxyproline epimerase  31.6 
 
 		 334 aa  134  1.9999999999999998e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.857006  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4722  proline racemase  32.61 
 
 		 333 aa  134  1.9999999999999998e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1705  proline racemase  29.23 
 
 		 346 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.360365  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5572  hydroxyproline-2-epimerase  30.65 
 
 		 333 aa  133  3e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000335762  normal  0.0993584 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3863  hydroxyproline-2-epimerase  29.81 
 
 		 333 aa  133  5e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.365358  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2863  proline racemase, putative  31.97 
 
 		 312 aa  132  6.999999999999999e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0431348  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5285  hydroxyproline-2-epimerase  31.4 
 
 		 332 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.103378  normal  0.295156 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3463  hydroxyproline-2-epimerase  33.57 
 
 		 308 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0291 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1761  hydroxyproline-2-epimerase  27.02 
 
 		 333 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000415144  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1660  proline racemase  29.75 
 
 		 335 aa  130  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000137069  normal  0.0715412 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2363  hydroxyproline-2-epimerase  27.69 
 
 		 333 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00996894  normal  0.484255 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5694  proline racemase  29.14 
 
 		 335 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.348726 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1024  putative proline racemase  30.06 
 
 		 335 aa  129  6e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0744753 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1703  hydroxyproline-2-epimerase  27.69 
 
 		 333 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.129643  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0498  proline racemase  29.63 
 
 		 333 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.745438  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5994  proline racemase  29.45 
 
 		 335 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.745893  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4007  proline racemase  29.45 
 
 		 335 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3769  proline racemase  28.83 
 
 		 335 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00125754  normal  0.197113 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4360  proline racemase  29.45 
 
 		 335 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.242399  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1532  putative proline racemase  29.27 
 
 		 346 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000263181  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4260  proline racemase  29.14 
 
 		 335 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2823  hydroxyproline-2-epimerase  27.02 
 
 		 333 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.252045  normal  0.582579 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4243  proline racemase  28.83 
 
 		 335 aa  127  3e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000241278  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1530  hydroxyproline-2-epimerase  27.24 
 
 		 333 aa  126  5e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1450  hydroxyproline-2-epimerase  30.77 
 
 		 305 aa  124  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.273254  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5265  hydroxyproline-2-epimerase  30.06 
 
 		 338 aa  124  1e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994352  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3228  hydroxyproline-2-epimerase  29.97 
 
 		 338 aa  125  1e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.771447 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3467  hydroxyproline-2-epimerase  31.79 
 
 		 333 aa  124  2e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0642  proline racemase  28.75 
 
 		 351 aa  124  2e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.180837 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003673  4-hydroxyproline epimerase  31.34 
 
 		 301 aa  124  2e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.778363  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4841  hydroxyproline-2-epimerase  30.15 
 
 		 332 aa  123  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.122801 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3344  proline racemase  29.72 
 
 		 335 aa  122  6e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0227164 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3966  proline racemase  30.46 
 
 		 323 aa  122  7e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7251  hydroxyproline-2-epimerase  29.23 
 
 		 332 aa  120  1.9999999999999998e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.367243  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3837  proline racemase  30.03 
 
 		 323 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0298  hydroxyproline-2-epimerase  28.53 
 
 		 332 aa  120  3.9999999999999996e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.123258 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2361  proline racemase  25.62 
 
 		 346 aa  119  7e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000418015  normal  0.500055 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2821  proline racemase  27.47 
 
 		 346 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.606385 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1763  proline racemase  26.46 
 
 		 346 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000615926  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1453  putative proline racemase  27.69 
 
 		 355 aa  115  1.0000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.67245  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3975  proline racemase  31.27 
 
 		 322 aa  114  3e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.834957  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0234  proline racemase  27.98 
 
 		 350 aa  108  8.000000000000001e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3225  proline racemase  28.13 
 
 		 348 aa  106  5e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.821364 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>