154 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3863 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_3863  hydroxyproline-2-epimerase  100 
 
 		 333 aa  687    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.365358  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4859  hydroxyproline-2-epimerase  87.43 
 
 		 334 aa  605  9.999999999999999e-173  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1792  hydroxyproline-2-epimerase  78.01 
 
 		 333 aa  552  1e-156  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1726  hydroxyproline-2-epimerase  78.01 
 
 		 333 aa  552  1e-156  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.716077  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1111  hydroxyproline-2-epimerase  77.08 
 
 		 337 aa  546  1e-154  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.920734  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1419  hydroxyproline-2-epimerase  69.6 
 
 		 332 aa  482  1e-135  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0468879  normal  0.0760602 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0498  proline racemase  67.17 
 
 		 333 aa  481  1e-135  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.745438  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2065  hydroxyproline-2-epimerase  64.46 
 
 		 333 aa  467  9.999999999999999e-131  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.012514  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4273  hydroxyproline-2-epimerase  65.65 
 
 		 333 aa  454  1e-127  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1478  4-hydroxyproline epimerase  62.76 
 
 		 334 aa  443  1e-123  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.857006  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5572  hydroxyproline-2-epimerase  64.13 
 
 		 333 aa  432  1e-120  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000335762  normal  0.0993584 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1761  hydroxyproline-2-epimerase  58.73 
 
 		 333 aa  423  1e-117  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000415144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2363  hydroxyproline-2-epimerase  57.83 
 
 		 333 aa  419  1e-116  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00996894  normal  0.484255 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0298  hydroxyproline-2-epimerase  58.66 
 
 		 332 aa  417  9.999999999999999e-116  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.123258 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1530  hydroxyproline-2-epimerase  58.43 
 
 		 333 aa  414  9.999999999999999e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1703  hydroxyproline-2-epimerase  56.93 
 
 		 333 aa  411  1e-114  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.129643  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2823  hydroxyproline-2-epimerase  56.02 
 
 		 333 aa  409  1e-113  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.252045  normal  0.582579 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5285  hydroxyproline-2-epimerase  57.27 
 
 		 332 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.103378  normal  0.295156 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3463  hydroxyproline-2-epimerase  63.96 
 
 		 308 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0291 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4841  hydroxyproline-2-epimerase  57.27 
 
 		 332 aa  404  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.122801 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7251  hydroxyproline-2-epimerase  57.58 
 
 		 332 aa  388  1e-107  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.367243  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003673  4-hydroxyproline epimerase  58.47 
 
 		 301 aa  389  1e-107  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.778363  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3467  hydroxyproline-2-epimerase  56.67 
 
 		 333 aa  384  1e-105  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1450  hydroxyproline-2-epimerase  54.75 
 
 		 305 aa  357  9.999999999999999e-98  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.273254  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3228  hydroxyproline-2-epimerase  49.7 
 
 		 338 aa  346  3e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.771447 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5265  hydroxyproline-2-epimerase  48.2 
 
 		 338 aa  333  3e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994352  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2559  proline racemase  45.9 
 
 		 345 aa  306  3e-82  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.659192  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2885  putative proline racemase  45.59 
 
 		 345 aa  302  5.000000000000001e-81  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2594  proline racemase  44.98 
 
 		 345 aa  300  2e-80  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2643  proline racemase  44.98 
 
 		 345 aa  300  3e-80  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2834  proline racemase  44.98 
 
 		 345 aa  300  3e-80  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0589292  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2840  putative proline racemase  44.98 
 
 		 345 aa  299  4e-80  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000647776 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2637  proline racemase  44.51 
 
 		 345 aa  298  7e-80  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.204601  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2846  putative proline racemase  44.51 
 
 		 345 aa  298  1e-79  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0203289  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2447  putative proline racemase  43.9 
 
 		 345 aa  293  3e-78  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6004  4-hydroxyproline epimerase  46.04 
 
 		 333 aa  283  3.0000000000000004e-75  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.122381  normal  0.0460941 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2863  proline racemase, putative  45.03 
 
 		 312 aa  276  4e-73  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0431348  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3503  Proline racemase  46.04 
 
 		 333 aa  274  1.0000000000000001e-72  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2259  proline racemase  42.25 
 
 		 337 aa  272  5.000000000000001e-72  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0755409  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31580  proline racemase  45.05 
 
 		 333 aa  267  2e-70  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5915  proline racemase  42.42 
 
 		 333 aa  262  6e-69  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.314959  normal  0.070905 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4722  proline racemase  42.47 
 
 		 333 aa  254  1.0000000000000001e-66  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4111  Proline racemase  40.06 
 
 		 333 aa  248  1e-64  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.650339  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0460  Proline racemase  40.73 
 
 		 336 aa  244  1.9999999999999999e-63  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1690  proline racemase  41.57 
 
 		 335 aa  243  5e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.420526  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0989  putative proline racemase  35.71 
 
 		 331 aa  241  2e-62  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.0492400000000001e-61 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0802  proline racemase  35.42 
 
 		 331 aa  238  1e-61  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4388  putative proline racemase  36.2 
 
 		 334 aa  238  1e-61  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.208598  hitchhiker  1.6490700000000002e-24 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1082  putative proline racemase  36.8 
 
 		 334 aa  236  3e-61  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0800  proline racemase  35.5 
 
 		 334 aa  236  3e-61  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0853  proline racemase  35.42 
 
 		 331 aa  234  1.0000000000000001e-60  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0901  proline racemase  35.42 
 
 		 331 aa  234  1.0000000000000001e-60  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.699009  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0943  putative proline racemase  35.91 
 
 		 334 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0120446  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0994  proline racemase, putative  36.2 
 
 		 334 aa  233  4.0000000000000004e-60  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0799  proline racemase  35.91 
 
 		 334 aa  233  4.0000000000000004e-60  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0642  proline racemase  39.88 
 
 		 351 aa  229  7e-59  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.180837 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1660  proline racemase  36.45 
 
 		 335 aa  228  1e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000137069  normal  0.0715412 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5994  proline racemase  35.84 
 
 		 335 aa  225  8e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.745893  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4007  proline racemase  35.54 
 
 		 335 aa  224  2e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4360  proline racemase  35.54 
 
 		 335 aa  224  2e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.242399  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4243  proline racemase  35.84 
 
 		 335 aa  223  3e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000241278  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3769  proline racemase  35.84 
 
 		 335 aa  223  3e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00125754  normal  0.197113 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5694  proline racemase  35.24 
 
 		 335 aa  222  6e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.348726 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4260  proline racemase  35.24 
 
 		 335 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1024  putative proline racemase  34.34 
 
 		 335 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0744753 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3344  proline racemase  34.15 
 
 		 335 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0227164 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2251  proline racemase  33.93 
 
 		 335 aa  211  2e-53  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0234  proline racemase  34.41 
 
 		 350 aa  205  8e-52  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1045  proline racemase  34.56 
 
 		 340 aa  198  1.0000000000000001e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1453  putative proline racemase  31.21 
 
 		 355 aa  196  6e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.67245  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2308  proline racemase  39.75 
 
 		 308 aa  194  1e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.346868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2361  proline racemase  32.93 
 
 		 346 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000418015  normal  0.500055 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1763  proline racemase  32.42 
 
 		 346 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000615926  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1258  proline racemase  37.58 
 
 		 308 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.687008 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4133  proline racemase  36.97 
 
 		 308 aa  186  3e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0874  putative proline racemase  37.42 
 
 		 318 aa  186  5e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.392483 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1532  putative proline racemase  33.23 
 
 		 346 aa  185  9e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000263181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1705  proline racemase  31.44 
 
 		 346 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.360365  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4560  proline racemase  37.12 
 
 		 341 aa  183  3e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4667  proline racemase  35.89 
 
 		 344 aa  183  3e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.115687  normal  0.66467 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2317  Proline racemase  34.22 
 
 		 338 aa  183  4.0000000000000006e-45  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.465426  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1285  proline racemase  36.36 
 
 		 308 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.753668 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2821  proline racemase  31.14 
 
 		 346 aa  180  4e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.606385 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4122  hypothetical protein  36.28 
 
 		 314 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0159506  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47970  hypothetical protein  34.74 
 
 		 344 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.301488  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4137  hypothetical protein  34.74 
 
 		 344 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.583896  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47840  hypothetical protein  36.59 
 
 		 314 aa  179  8e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000281004  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1840  proline racemase  35.4 
 
 		 315 aa  179  9e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2705  proline racemase  37.89 
 
 		 311 aa  178  1e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4226  hydroxyproline-2-epimerase  36.96 
 
 		 359 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.068092  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4140  hydroxyproline-2-epimerase  36.96 
 
 		 359 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.465204  normal  0.106863 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1044  proline racemase  37.24 
 
 		 317 aa  177  2e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3379  hydroxyproline-2-epimerase  36.65 
 
 		 310 aa  177  3e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.344387 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3519  putative proline racemase  32.02 
 
 		 337 aa  176  5e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.235332  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1894  hydroxyproline-2-epimerase  35.71 
 
 		 359 aa  176  7e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.321718 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2499  proline racemase  34.85 
 
 		 309 aa  174  1.9999999999999998e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.293711  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3164  proline racemase  31.72 
 
 		 337 aa  173  5e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.371842  normal  0.051576 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4031  hydroxyproline-2-epimerase  35.8 
 
 		 311 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.113394 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2713  4-hydroxyproline epimerase  31.65 
 
 		 359 aa  171  1e-41  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4447  hydroxyproline-2-epimerase  35.6 
 
 		 310 aa  171  1e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>