155 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1761 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1761  hydroxyproline-2-epimerase  100 
 
 		 333 aa  694    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000415144  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2823  hydroxyproline-2-epimerase  89.79 
 
 		 333 aa  636    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.252045  normal  0.582579 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2363  hydroxyproline-2-epimerase  84.98 
 
 		 333 aa  613  1e-175  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00996894  normal  0.484255 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1703  hydroxyproline-2-epimerase  86.19 
 
 		 333 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.129643  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1530  hydroxyproline-2-epimerase  84.38 
 
 		 333 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1450  hydroxyproline-2-epimerase  70.39 
 
 		 305 aa  462  1e-129  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.273254  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1478  4-hydroxyproline epimerase  60.78 
 
 		 334 aa  436  1e-121  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.857006  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5572  hydroxyproline-2-epimerase  60.66 
 
 		 333 aa  425  1e-118  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000335762  normal  0.0993584 
 
 
-
 
NC_004310  BR1792  hydroxyproline-2-epimerase  58.73 
 
 		 333 aa  421  1e-117  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003673  4-hydroxyproline epimerase  65.33 
 
 		 301 aa  421  1e-117  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.778363  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1726  hydroxyproline-2-epimerase  58.73 
 
 		 333 aa  421  1e-117  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.716077  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3863  hydroxyproline-2-epimerase  58.73 
 
 		 333 aa  423  1e-117  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.365358  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4273  hydroxyproline-2-epimerase  58.56 
 
 		 333 aa  419  1e-116  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0498  proline racemase  57.66 
 
 		 333 aa  415  9.999999999999999e-116  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.745438  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1111  hydroxyproline-2-epimerase  58.04 
 
 		 337 aa  414  1e-114  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.920734  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1419  hydroxyproline-2-epimerase  56.23 
 
 		 332 aa  407  1e-113  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0468879  normal  0.0760602 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0298  hydroxyproline-2-epimerase  58.01 
 
 		 332 aa  407  1.0000000000000001e-112  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.123258 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5285  hydroxyproline-2-epimerase  55.29 
 
 		 332 aa  398  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.103378  normal  0.295156 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4859  hydroxyproline-2-epimerase  56.46 
 
 		 334 aa  399  9.999999999999999e-111  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4841  hydroxyproline-2-epimerase  55.59 
 
 		 332 aa  397  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.122801 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2065  hydroxyproline-2-epimerase  55.15 
 
 		 333 aa  392  1e-108  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.012514  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3463  hydroxyproline-2-epimerase  58.12 
 
 		 308 aa  385  1e-106  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0291 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3467  hydroxyproline-2-epimerase  53.01 
 
 		 333 aa  374  1e-102  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7251  hydroxyproline-2-epimerase  54.38 
 
 		 332 aa  368  1e-101  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.367243  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5265  hydroxyproline-2-epimerase  50.91 
 
 		 338 aa  360  2e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994352  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3228  hydroxyproline-2-epimerase  49.85 
 
 		 338 aa  359  5e-98  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.771447 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2259  proline racemase  39.52 
 
 		 337 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0755409  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2885  putative proline racemase  39.82 
 
 		 345 aa  256  5e-67  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2559  proline racemase  39.21 
 
 		 345 aa  255  6e-67  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.659192  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2594  proline racemase  39.16 
 
 		 345 aa  255  7e-67  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2643  proline racemase  39.16 
 
 		 345 aa  255  8e-67  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2834  proline racemase  39.16 
 
 		 345 aa  255  8e-67  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0589292  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2840  putative proline racemase  39.16 
 
 		 345 aa  254  1.0000000000000001e-66  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000647776 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2447  putative proline racemase  38.91 
 
 		 345 aa  253  3e-66  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2846  putative proline racemase  39.21 
 
 		 345 aa  253  3e-66  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0203289  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4722  proline racemase  41.39 
 
 		 333 aa  253  4.0000000000000004e-66  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2637  proline racemase  38.44 
 
 		 345 aa  249  4e-65  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.204601  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31580  proline racemase  39.81 
 
 		 333 aa  248  7e-65  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6004  4-hydroxyproline epimerase  39.82 
 
 		 333 aa  246  4e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.122381  normal  0.0460941 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3503  Proline racemase  39.76 
 
 		 333 aa  245  8e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5915  proline racemase  37.65 
 
 		 333 aa  238  2e-61  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.314959  normal  0.070905 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4111  Proline racemase  37.2 
 
 		 333 aa  233  3e-60  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.650339  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1690  proline racemase  38.84 
 
 		 335 aa  229  6e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.420526  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2863  proline racemase, putative  38.74 
 
 		 312 aa  229  7e-59  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0431348  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4007  proline racemase  38.15 
 
 		 335 aa  226  3e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4360  proline racemase  38.15 
 
 		 335 aa  226  3e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.242399  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5994  proline racemase  37.85 
 
 		 335 aa  225  8e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.745893  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5694  proline racemase  36.78 
 
 		 335 aa  225  1e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.348726 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4243  proline racemase  37.54 
 
 		 335 aa  222  8e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000241278  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1660  proline racemase  37.23 
 
 		 335 aa  221  9e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000137069  normal  0.0715412 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0853  proline racemase  34.47 
 
 		 331 aa  220  3e-56  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0901  proline racemase  34.47 
 
 		 331 aa  220  3e-56  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.699009  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3769  proline racemase  37.23 
 
 		 335 aa  220  3e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00125754  normal  0.197113 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4260  proline racemase  37.23 
 
 		 335 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0460  Proline racemase  34.77 
 
 		 336 aa  219  5e-56  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4388  putative proline racemase  34.37 
 
 		 334 aa  219  7e-56  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.208598  hitchhiker  1.6490700000000002e-24 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0234  proline racemase  36.92 
 
 		 350 aa  214  9.999999999999999e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1024  putative proline racemase  35.87 
 
 		 335 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0744753 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0943  putative proline racemase  34.06 
 
 		 334 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0120446  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0989  putative proline racemase  33.85 
 
 		 331 aa  213  2.9999999999999995e-54  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.0492400000000001e-61 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1082  putative proline racemase  34.37 
 
 		 334 aa  213  3.9999999999999995e-54  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0800  proline racemase  34.37 
 
 		 334 aa  213  3.9999999999999995e-54  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0799  proline racemase  33.75 
 
 		 334 aa  210  3e-53  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0994  proline racemase, putative  34.37 
 
 		 334 aa  209  4e-53  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0802  proline racemase  33.23 
 
 		 331 aa  209  8e-53  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3344  proline racemase  34.77 
 
 		 335 aa  208  1e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0227164 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0642  proline racemase  35.15 
 
 		 351 aa  207  2e-52  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.180837 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3519  putative proline racemase  34.23 
 
 		 337 aa  206  4e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.235332  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3164  proline racemase  33.93 
 
 		 337 aa  204  3e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.371842  normal  0.051576 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1045  proline racemase  35.06 
 
 		 340 aa  200  1.9999999999999998e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1258  proline racemase  35.8 
 
 		 308 aa  196  6e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.687008 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4133  proline racemase  36.11 
 
 		 308 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2308  proline racemase  36.34 
 
 		 308 aa  193  4e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.346868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2705  proline racemase  36.7 
 
 		 311 aa  192  1e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1285  proline racemase  35.49 
 
 		 308 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.753668 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1763  proline racemase  31.31 
 
 		 346 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000615926  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2251  proline racemase  31.44 
 
 		 335 aa  187  2e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1044  proline racemase  34.93 
 
 		 317 aa  186  7e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1840  proline racemase  35.19 
 
 		 315 aa  183  3e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47840  hypothetical protein  35.78 
 
 		 314 aa  181  2e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000281004  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3966  proline racemase  34.76 
 
 		 323 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5220  4-hydroxyproline epimerase  34.57 
 
 		 312 aa  179  5.999999999999999e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0432032  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4226  hydroxyproline-2-epimerase  34.78 
 
 		 359 aa  179  8e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.068092  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4140  hydroxyproline-2-epimerase  34.78 
 
 		 359 aa  179  8e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.465204  normal  0.106863 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4122  hypothetical protein  35.17 
 
 		 314 aa  178  1e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0159506  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3379  hydroxyproline-2-epimerase  34.78 
 
 		 310 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.344387 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4667  proline racemase  33.53 
 
 		 344 aa  176  4e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.115687  normal  0.66467 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4560  proline racemase  34.97 
 
 		 341 aa  176  6e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4447  hydroxyproline-2-epimerase  34.78 
 
 		 310 aa  176  6e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3837  proline racemase  34.15 
 
 		 323 aa  175  9e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1453  putative proline racemase  29.97 
 
 		 355 aa  174  1.9999999999999998e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.67245  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1894  hydroxyproline-2-epimerase  34.47 
 
 		 359 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.321718 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1532  putative proline racemase  29.63 
 
 		 346 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000263181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2361  proline racemase  31.02 
 
 		 346 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000418015  normal  0.500055 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1705  proline racemase  30.33 
 
 		 346 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.360365  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2499  proline racemase  33.75 
 
 		 309 aa  173  2.9999999999999996e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.293711  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0874  putative proline racemase  34.25 
 
 		 318 aa  173  5e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.392483 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3550  hydroxyproline-2-epimerase  33.85 
 
 		 311 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4031  hydroxyproline-2-epimerase  33.84 
 
 		 311 aa  171  2e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.113394 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2317  Proline racemase  32.06 
 
 		 338 aa  170  4e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.465426  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>