151 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_4031 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_4031  hydroxyproline-2-epimerase  100 
 
 		 311 aa  632  1e-180  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.113394 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3550  hydroxyproline-2-epimerase  99.04 
 
 		 311 aa  626  1e-178  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1894  hydroxyproline-2-epimerase  94.17 
 
 		 359 aa  594  1e-169  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.321718 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4226  hydroxyproline-2-epimerase  94.21 
 
 		 359 aa  595  1e-169  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.068092  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4140  hydroxyproline-2-epimerase  94.21 
 
 		 359 aa  595  1e-169  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.465204  normal  0.106863 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4447  hydroxyproline-2-epimerase  94.19 
 
 		 310 aa  594  1e-169  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3379  hydroxyproline-2-epimerase  93.87 
 
 		 310 aa  591  1e-168  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.344387 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2067  hydroxyproline-2-epimerase  85.48 
 
 		 310 aa  532  1e-150  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1887  hydroxyproline-2-epimerase  86.13 
 
 		 320 aa  528  1e-149  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0570  hydroxyproline-2-epimerase  86.13 
 
 		 320 aa  528  1e-149  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.568188  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0473  hydroxyproline-2-epimerase  86.13 
 
 		 310 aa  528  1e-149  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1419  hydroxyproline-2-epimerase  85.81 
 
 		 320 aa  525  1e-148  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.174271  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2195  hydroxyproline-2-epimerase  85.81 
 
 		 320 aa  525  1e-148  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.186223  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0881  hydroxyproline-2-epimerase  85.81 
 
 		 310 aa  525  1e-148  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.600236  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4122  hypothetical protein  75 
 
 		 314 aa  473  1e-132  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0159506  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47840  hypothetical protein  73.72 
 
 		 314 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000281004  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5220  4-hydroxyproline epimerase  74.52 
 
 		 312 aa  464  1e-129  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0432032  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1044  proline racemase  69.84 
 
 		 317 aa  455  1e-127  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2705  proline racemase  66.45 
 
 		 311 aa  429  1e-119  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1258  proline racemase  65.58 
 
 		 308 aa  427  1e-118  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.687008 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4667  proline racemase  67.94 
 
 		 344 aa  424  1e-117  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.115687  normal  0.66467 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2308  proline racemase  64.29 
 
 		 308 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.346868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1285  proline racemase  63.96 
 
 		 308 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.753668 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1840  proline racemase  65.9 
 
 		 315 aa  416  9.999999999999999e-116  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4133  proline racemase  63.64 
 
 		 308 aa  412  1e-114  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0874  putative proline racemase  66.03 
 
 		 318 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.392483 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4560  proline racemase  64.54 
 
 		 341 aa  403  1e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2499  proline racemase  61.56 
 
 		 309 aa  384  1e-105  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.293711  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1219  proline racemase  56.1 
 
 		 332 aa  374  1e-102  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2713  4-hydroxyproline epimerase  50 
 
 		 359 aa  323  3e-87  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0052  proline racemase  51.3 
 
 		 311 aa  317  1e-85  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3199  proline racemase  49.68 
 
 		 308 aa  290  2e-77  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.317933  normal  0.850196 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01435  proline racemase  60.34 
 
 		 237 aa  278  7e-74  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.312983  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1792  hydroxyproline-2-epimerase  36.65 
 
 		 333 aa  188  8e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1726  hydroxyproline-2-epimerase  36.65 
 
 		 333 aa  188  8e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.716077  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1111  hydroxyproline-2-epimerase  35.78 
 
 		 337 aa  185  7e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.920734  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2065  hydroxyproline-2-epimerase  36.84 
 
 		 333 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.012514  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2885  putative proline racemase  37.85 
 
 		 345 aa  182  7e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0498  proline racemase  38.72 
 
 		 333 aa  181  1e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.745438  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2594  proline racemase  37.58 
 
 		 345 aa  181  1e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2559  proline racemase  37.54 
 
 		 345 aa  180  2e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.659192  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2637  proline racemase  36.45 
 
 		 345 aa  179  5.999999999999999e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.204601  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2643  proline racemase  37.27 
 
 		 345 aa  179  7e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2834  proline racemase  37.27 
 
 		 345 aa  179  7e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0589292  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2840  putative proline racemase  37.27 
 
 		 345 aa  179  7e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000647776 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3503  Proline racemase  38.07 
 
 		 333 aa  177  2e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3467  hydroxyproline-2-epimerase  37.76 
 
 		 333 aa  176  3e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2846  putative proline racemase  36.62 
 
 		 345 aa  176  4e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0203289  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2447  putative proline racemase  35.8 
 
 		 345 aa  173  3.9999999999999995e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1478  4-hydroxyproline epimerase  35.49 
 
 		 334 aa  172  5e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.857006  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3863  hydroxyproline-2-epimerase  35.8 
 
 		 333 aa  172  5e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.365358  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0298  hydroxyproline-2-epimerase  33.94 
 
 		 332 aa  171  1e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.123258 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0642  proline racemase  33.93 
 
 		 351 aa  170  2e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.180837 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1761  hydroxyproline-2-epimerase  33.84 
 
 		 333 aa  171  2e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000415144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2363  hydroxyproline-2-epimerase  33.93 
 
 		 333 aa  170  3e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00996894  normal  0.484255 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1419  hydroxyproline-2-epimerase  34.34 
 
 		 332 aa  169  4e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0468879  normal  0.0760602 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5285  hydroxyproline-2-epimerase  35.12 
 
 		 332 aa  169  5e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.103378  normal  0.295156 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0460  Proline racemase  33.33 
 
 		 336 aa  166  4e-40  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1530  hydroxyproline-2-epimerase  33.84 
 
 		 333 aa  165  9e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3966  proline racemase  35.38 
 
 		 323 aa  165  9e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4273  hydroxyproline-2-epimerase  34.44 
 
 		 333 aa  165  1.0000000000000001e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7251  hydroxyproline-2-epimerase  35.56 
 
 		 332 aa  164  2.0000000000000002e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.367243  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2823  hydroxyproline-2-epimerase  34.13 
 
 		 333 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.252045  normal  0.582579 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4841  hydroxyproline-2-epimerase  35.65 
 
 		 332 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.122801 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3463  hydroxyproline-2-epimerase  37.54 
 
 		 308 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0291 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5572  hydroxyproline-2-epimerase  34.24 
 
 		 333 aa  162  5.0000000000000005e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000335762  normal  0.0993584 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4859  hydroxyproline-2-epimerase  34.88 
 
 		 334 aa  162  6e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5694  proline racemase  33.53 
 
 		 335 aa  162  1e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.348726 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1024  putative proline racemase  33.53 
 
 		 335 aa  160  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0744753 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2259  proline racemase  35.15 
 
 		 337 aa  160  2e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0755409  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1703  hydroxyproline-2-epimerase  33.03 
 
 		 333 aa  160  2e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.129643  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3837  proline racemase  34.77 
 
 		 323 aa  160  2e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1690  proline racemase  34.63 
 
 		 335 aa  159  4e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.420526  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1705  proline racemase  31.02 
 
 		 346 aa  159  7e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.360365  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3344  proline racemase  34.74 
 
 		 335 aa  158  1e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0227164 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5915  proline racemase  33.02 
 
 		 333 aa  157  2e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.314959  normal  0.070905 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6004  4-hydroxyproline epimerase  34.22 
 
 		 333 aa  157  3e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.122381  normal  0.0460941 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3769  proline racemase  32.43 
 
 		 335 aa  155  1e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00125754  normal  0.197113 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1660  proline racemase  32.13 
 
 		 335 aa  154  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000137069  normal  0.0715412 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31580  proline racemase  35.26 
 
 		 333 aa  154  2e-36  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4243  proline racemase  32.43 
 
 		 335 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000241278  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4007  proline racemase  32.02 
 
 		 335 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4360  proline racemase  32.02 
 
 		 335 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.242399  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4260  proline racemase  32.33 
 
 		 335 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5994  proline racemase  31.72 
 
 		 335 aa  152  8e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.745893  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2863  proline racemase, putative  35.88 
 
 		 312 aa  151  1e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0431348  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1763  proline racemase  30.82 
 
 		 346 aa  151  1e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000615926  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4111  Proline racemase  32.73 
 
 		 333 aa  147  2.0000000000000003e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.650339  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4722  proline racemase  35.06 
 
 		 333 aa  147  3e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003673  4-hydroxyproline epimerase  32.58 
 
 		 301 aa  146  4.0000000000000006e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.778363  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1532  putative proline racemase  29.91 
 
 		 346 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000263181  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3975  proline racemase  35.69 
 
 		 322 aa  144  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.834957  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2821  proline racemase  30.4 
 
 		 346 aa  144  2e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.606385 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1450  hydroxyproline-2-epimerase  31.68 
 
 		 305 aa  137  3.0000000000000003e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.273254  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3164  proline racemase  32.52 
 
 		 337 aa  132  6e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.371842  normal  0.051576 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0989  putative proline racemase  27.71 
 
 		 331 aa  132  6.999999999999999e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.0492400000000001e-61 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2361  proline racemase  29.31 
 
 		 346 aa  132  9e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000418015  normal  0.500055 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0853  proline racemase  28.01 
 
 		 331 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0901  proline racemase  28.01 
 
 		 331 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.699009  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3519  putative proline racemase  31.91 
 
 		 337 aa  130  3e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.235332  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>