151 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1258 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1258  proline racemase  100 
 
 		 308 aa  642    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.687008 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1285  proline racemase  95.45 
 
 		 308 aa  618  1e-176  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.753668 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4133  proline racemase  95.13 
 
 		 308 aa  615  1e-175  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2308  proline racemase  81.17 
 
 		 308 aa  526  1e-148  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.346868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2705  proline racemase  73.7 
 
 		 311 aa  483  1e-135  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47840  hypothetical protein  68.91 
 
 		 314 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000281004  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4122  hypothetical protein  68.59 
 
 		 314 aa  437  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0159506  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3379  hydroxyproline-2-epimerase  66.56 
 
 		 310 aa  432  1e-120  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.344387 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1894  hydroxyproline-2-epimerase  66.56 
 
 		 359 aa  430  1e-119  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.321718 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4226  hydroxyproline-2-epimerase  66.23 
 
 		 359 aa  429  1e-119  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.068092  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4140  hydroxyproline-2-epimerase  66.23 
 
 		 359 aa  429  1e-119  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.465204  normal  0.106863 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4031  hydroxyproline-2-epimerase  65.58 
 
 		 311 aa  427  1e-118  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.113394 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4447  hydroxyproline-2-epimerase  65.91 
 
 		 310 aa  426  1e-118  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5220  4-hydroxyproline epimerase  66.45 
 
 		 312 aa  424  1e-118  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0432032  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3550  hydroxyproline-2-epimerase  64.94 
 
 		 311 aa  421  1e-117  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1044  proline racemase  65.4 
 
 		 317 aa  421  1e-117  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1840  proline racemase  65.57 
 
 		 315 aa  421  1e-117  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1887  hydroxyproline-2-epimerase  66.56 
 
 		 320 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0570  hydroxyproline-2-epimerase  66.56 
 
 		 320 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.568188  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0473  hydroxyproline-2-epimerase  66.56 
 
 		 310 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1419  hydroxyproline-2-epimerase  66.23 
 
 		 320 aa  414  1e-114  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.174271  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2067  hydroxyproline-2-epimerase  65.58 
 
 		 310 aa  411  1e-114  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2195  hydroxyproline-2-epimerase  66.23 
 
 		 320 aa  414  1e-114  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.186223  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0881  hydroxyproline-2-epimerase  66.23 
 
 		 310 aa  413  1e-114  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.600236  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0874  putative proline racemase  60.9 
 
 		 318 aa  381  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.392483 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2499  proline racemase  60.59 
 
 		 309 aa  379  1e-104  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.293711  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4560  proline racemase  59.94 
 
 		 341 aa  375  1e-103  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4667  proline racemase  60 
 
 		 344 aa  376  1e-103  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.115687  normal  0.66467 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1219  proline racemase  56.7 
 
 		 332 aa  369  1e-101  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2713  4-hydroxyproline epimerase  51.87 
 
 		 359 aa  326  3e-88  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0052  proline racemase  45.78 
 
 		 311 aa  279  4e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01435  proline racemase  57.45 
 
 		 237 aa  278  1e-73  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.312983  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3199  proline racemase  45.63 
 
 		 308 aa  267  2e-70  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.317933  normal  0.850196 
 
 
-
 
NC_004310  BR1792  hydroxyproline-2-epimerase  37.89 
 
 		 333 aa  205  8e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1726  hydroxyproline-2-epimerase  37.89 
 
 		 333 aa  205  8e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.716077  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1111  hydroxyproline-2-epimerase  37.12 
 
 		 337 aa  200  3e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.920734  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1530  hydroxyproline-2-epimerase  36.34 
 
 		 333 aa  199  7e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1761  hydroxyproline-2-epimerase  35.8 
 
 		 333 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000415144  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2259  proline racemase  37.39 
 
 		 337 aa  192  4e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0755409  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2363  hydroxyproline-2-epimerase  35.09 
 
 		 333 aa  193  4e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00996894  normal  0.484255 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2823  hydroxyproline-2-epimerase  35.09 
 
 		 333 aa  192  7e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.252045  normal  0.582579 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0498  proline racemase  37.58 
 
 		 333 aa  190  2e-47  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.745438  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3863  hydroxyproline-2-epimerase  37.58 
 
 		 333 aa  187  2e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.365358  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2594  proline racemase  35.84 
 
 		 345 aa  185  7e-46  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2643  proline racemase  35.84 
 
 		 345 aa  185  8e-46  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2834  proline racemase  35.84 
 
 		 345 aa  185  8e-46  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0589292  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2840  putative proline racemase  35.84 
 
 		 345 aa  185  8e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000647776 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0460  Proline racemase  35.98 
 
 		 336 aa  185  9e-46  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1478  4-hydroxyproline epimerase  36.14 
 
 		 334 aa  184  1.0000000000000001e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.857006  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0642  proline racemase  36.5 
 
 		 351 aa  184  1.0000000000000001e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.180837 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2559  proline racemase  36.22 
 
 		 345 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.659192  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5915  proline racemase  36.09 
 
 		 333 aa  184  2.0000000000000003e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.314959  normal  0.070905 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1703  hydroxyproline-2-epimerase  34.57 
 
 		 333 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.129643  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2065  hydroxyproline-2-epimerase  35.71 
 
 		 333 aa  183  3e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.012514  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2885  putative proline racemase  35.78 
 
 		 345 aa  183  3e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3503  Proline racemase  35.95 
 
 		 333 aa  183  4.0000000000000006e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31580  proline racemase  37.85 
 
 		 333 aa  182  6e-45  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2447  putative proline racemase  35.17 
 
 		 345 aa  182  8.000000000000001e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2637  proline racemase  35.17 
 
 		 345 aa  182  9.000000000000001e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.204601  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2846  putative proline racemase  34.56 
 
 		 345 aa  179  4.999999999999999e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0203289  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1419  hydroxyproline-2-epimerase  35.35 
 
 		 332 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0468879  normal  0.0760602 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6004  4-hydroxyproline epimerase  34.83 
 
 		 333 aa  177  2e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.122381  normal  0.0460941 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4859  hydroxyproline-2-epimerase  37.31 
 
 		 334 aa  177  2e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4273  hydroxyproline-2-epimerase  33.93 
 
 		 333 aa  177  2e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3463  hydroxyproline-2-epimerase  39.04 
 
 		 308 aa  176  5e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0291 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0298  hydroxyproline-2-epimerase  34.44 
 
 		 332 aa  174  9.999999999999999e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.123258 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4722  proline racemase  37.65 
 
 		 333 aa  172  6.999999999999999e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7251  hydroxyproline-2-epimerase  38.08 
 
 		 332 aa  171  1e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.367243  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3769  proline racemase  34.85 
 
 		 335 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00125754  normal  0.197113 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4260  proline racemase  32.73 
 
 		 335 aa  171  1e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4007  proline racemase  34.55 
 
 		 335 aa  169  4e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5285  hydroxyproline-2-epimerase  37.15 
 
 		 332 aa  169  4e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.103378  normal  0.295156 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4360  proline racemase  34.55 
 
 		 335 aa  169  4e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.242399  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5694  proline racemase  33.43 
 
 		 335 aa  169  5e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.348726 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4243  proline racemase  34.55 
 
 		 335 aa  169  5e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000241278  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3344  proline racemase  33.64 
 
 		 335 aa  169  6e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0227164 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3966  proline racemase  35.96 
 
 		 323 aa  167  1e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1660  proline racemase  34.24 
 
 		 335 aa  168  1e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000137069  normal  0.0715412 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1024  putative proline racemase  32.93 
 
 		 335 aa  168  1e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0744753 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5994  proline racemase  33.94 
 
 		 335 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.745893  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5572  hydroxyproline-2-epimerase  33.94 
 
 		 333 aa  165  9e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000335762  normal  0.0993584 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0989  putative proline racemase  30.67 
 
 		 331 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.0492400000000001e-61 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003673  4-hydroxyproline epimerase  35.08 
 
 		 301 aa  165  1.0000000000000001e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.778363  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3837  proline racemase  36.28 
 
 		 323 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3467  hydroxyproline-2-epimerase  35.26 
 
 		 333 aa  164  2.0000000000000002e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1690  proline racemase  33.74 
 
 		 335 aa  162  6e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.420526  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0853  proline racemase  30.63 
 
 		 331 aa  162  9e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0901  proline racemase  30.63 
 
 		 331 aa  162  9e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.699009  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1450  hydroxyproline-2-epimerase  34.77 
 
 		 305 aa  161  1e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.273254  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4841  hydroxyproline-2-epimerase  35.91 
 
 		 332 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.122801 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3228  hydroxyproline-2-epimerase  34.52 
 
 		 338 aa  159  4e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.771447 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0994  proline racemase, putative  30.4 
 
 		 334 aa  157  1e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5265  hydroxyproline-2-epimerase  32.41 
 
 		 338 aa  157  1e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994352  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1082  putative proline racemase  30.7 
 
 		 334 aa  157  2e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4111  Proline racemase  32.11 
 
 		 333 aa  157  3e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.650339  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0799  proline racemase  30.7 
 
 		 334 aa  156  5.0000000000000005e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0802  proline racemase  30.06 
 
 		 331 aa  155  6e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0943  putative proline racemase  30.96 
 
 		 334 aa  155  6e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0120446  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0800  proline racemase  30.67 
 
 		 334 aa  154  2e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4388  putative proline racemase  29.72 
 
 		 334 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.208598  hitchhiker  1.6490700000000002e-24 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>