More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_2992 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_2105  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  72.27 
 
 
513 aa  691    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0254167  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0358  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  67.89 
 
 
497 aa  664    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.351825 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1824  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  68.02 
 
 
501 aa  660    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.351219 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2749  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  69.59 
 
 
497 aa  665    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0655052  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0687  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  68.83 
 
 
500 aa  635    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3214  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  93.95 
 
 
496 aa  878    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0475805  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0337  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  67.89 
 
 
497 aa  664    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.916059 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1367  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  63.82 
 
 
511 aa  642    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2992  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  100 
 
 
496 aa  988    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0348  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  67.89 
 
 
497 aa  664    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3379  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  69.86 
 
 
500 aa  652    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0520634  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4538  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  66.26 
 
 
520 aa  644    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3610  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  66.12 
 
 
502 aa  653    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0357  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  67.55 
 
 
520 aa  648    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.285545 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3670  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  68.21 
 
 
502 aa  631  1e-180  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.313455  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1948  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase (acylating)  64.8 
 
 
501 aa  632  1e-180  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.106847  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4626  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  67.62 
 
 
498 aa  629  1e-179  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.228991  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0842  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  66.13 
 
 
498 aa  623  1e-177  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4600  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  65.25 
 
 
497 aa  619  1e-176  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7087  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  65.06 
 
 
504 aa  615  1e-175  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.836001  normal  0.143304 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3122  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  62.88 
 
 
521 aa  612  9.999999999999999e-175  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.680526  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5451  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  65.76 
 
 
500 aa  602  1.0000000000000001e-171  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.831273  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1095  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  69.33 
 
 
479 aa  592  1e-168  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.353013 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1872  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  61.1 
 
 
505 aa  585  1e-166  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0741  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  59.39 
 
 
506 aa  584  1.0000000000000001e-165  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.888468  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1043  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  57.37 
 
 
496 aa  582  1.0000000000000001e-165  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0205992  normal  0.342071 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1791  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.62 
 
 
508 aa  568  1e-161  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0965  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  55.94 
 
 
496 aa  570  1e-161  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0738299  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1113  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.14 
 
 
496 aa  569  1e-161  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000656277  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2650  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.14 
 
 
496 aa  567  1e-160  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000962307  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0658  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  59.07 
 
 
496 aa  565  1e-160  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.135252  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2368  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  57.41 
 
 
504 aa  567  1e-160  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0823  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  59.23 
 
 
503 aa  567  1e-160  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2521  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.42 
 
 
499 aa  561  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0935  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  55.6 
 
 
501 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0357372  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3023  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.69 
 
 
499 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0588426  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4236  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  62.32 
 
 
502 aa  562  1.0000000000000001e-159  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.987331  normal  0.292037 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4215  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.42 
 
 
499 aa  561  1e-158  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2931  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.86 
 
 
508 aa  558  1e-158  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0202  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.86 
 
 
508 aa  558  1e-158  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1611  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.86 
 
 
508 aa  558  1e-158  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3333  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  59.27 
 
 
508 aa  561  1e-158  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4070  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.86 
 
 
508 aa  558  1e-158  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1035  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  53.86 
 
 
506 aa  556  1e-157  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3996  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.86 
 
 
508 aa  557  1e-157  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3379  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.86 
 
 
540 aa  558  1e-157  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.25753  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1151  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  55.72 
 
 
496 aa  555  1e-157  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.11811  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2990  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.86 
 
 
540 aa  558  1e-157  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1799  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase (acylating)  60 
 
 
496 aa  553  1e-156  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.688459 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1091  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  55.51 
 
 
496 aa  553  1e-156  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00014498  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3694  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  55.6 
 
 
498 aa  553  1e-156  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0642  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  55.39 
 
 
497 aa  551  1e-156  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000457228  decreased coverage  0.0000167809 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4566  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  55.81 
 
 
497 aa  552  1e-156  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000000243063  hitchhiker  0.00796429 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3248  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.62 
 
 
509 aa  553  1e-156  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1083  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  55.72 
 
 
496 aa  554  1e-156  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000148294  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1323  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  60.53 
 
 
494 aa  551  1e-156  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.698438  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1138  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.82 
 
 
499 aa  555  1e-156  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0940  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.5 
 
 
504 aa  554  1e-156  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1444  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.22 
 
 
499 aa  553  1e-156  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0424754  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0597  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  55.39 
 
 
497 aa  551  1e-155  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0807275  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3204  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  55.3 
 
 
496 aa  550  1e-155  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.887195  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1351  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  55.69 
 
 
506 aa  550  1e-155  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.241244  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1185  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  55.3 
 
 
496 aa  550  1e-155  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.773308  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3914  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.7 
 
 
493 aa  549  1e-155  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.860306  normal  0.105772 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0637  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  55.39 
 
 
497 aa  551  1e-155  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000000149078  normal  0.27415 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1282  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.01 
 
 
499 aa  550  1e-155  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.24316  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2245  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  61.21 
 
 
500 aa  550  1e-155  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.230017  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1312  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  55.28 
 
 
506 aa  548  1e-155  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.648779  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0775  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  54.77 
 
 
497 aa  545  1e-154  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00425927  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0249  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  56.42 
 
 
505 aa  546  1e-154  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0206  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  55.19 
 
 
497 aa  548  1e-154  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.515725  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1410  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  55.69 
 
 
506 aa  547  1e-154  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1629  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  62.63 
 
 
500 aa  545  1e-154  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.118006  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0950  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  55.69 
 
 
506 aa  547  1e-154  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2399  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  55.46 
 
 
502 aa  547  1e-154  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.169024  normal  0.676059 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01600  putative aldehyde dehydrogenase  55.39 
 
 
497 aa  546  1e-154  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.510904  normal  0.728588 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1432  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  55.69 
 
 
506 aa  547  1e-154  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3917  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  55.8 
 
 
512 aa  544  1e-153  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5681  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  55.49 
 
 
503 aa  541  1e-153  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.320797 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0679  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  54.56 
 
 
497 aa  542  1e-153  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000513111  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1597  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  53.29 
 
 
506 aa  545  1e-153  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3095  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  54.03 
 
 
498 aa  543  1e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.769898  normal  0.126836 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0015  acylating methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.01 
 
 
512 aa  544  1e-153  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1883  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.1 
 
 
506 aa  542  1e-153  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0709118 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4274  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  55.47 
 
 
507 aa  544  1e-153  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.463031  normal  0.914985 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4384  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  55.47 
 
 
507 aa  544  1e-153  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.640119 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3801  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  53.63 
 
 
511 aa  541  1e-153  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.228893  normal  0.75946 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3319  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  54.84 
 
 
498 aa  542  1e-153  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2536  putative transmembrane aldehyde dehydrogenase oxidoreductase protein  56.5 
 
 
504 aa  538  9.999999999999999e-153  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.277946 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5814  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.21 
 
 
507 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.404491  normal  0.463976 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2416  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  53.74 
 
 
497 aa  539  9.999999999999999e-153  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4576  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  55.28 
 
 
506 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1702  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  61.29 
 
 
500 aa  541  9.999999999999999e-153  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0228992  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0420  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  55.11 
 
 
499 aa  541  9.999999999999999e-153  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02392  transmembrane aldehyde dehydrogenase oxidoreductase protein  56.39 
 
 
499 aa  538  1e-151  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.697821  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3003  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  55.88 
 
 
503 aa  536  1e-151  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3049  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  51.58 
 
 
508 aa  536  1e-151  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2117  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  54.14 
 
 
498 aa  535  1e-151  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.591091 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4547  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  54.53 
 
 
510 aa  536  1e-151  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2023  acylating methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  55.8 
 
 
507 aa  537  1e-151  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.794475  normal  0.0299094 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>