More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_1095 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013510  Tcur_3379  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  71.4 
 
 
500 aa  652    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0520634  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2105  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  71.19 
 
 
513 aa  675    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0254167  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0337  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  74.42 
 
 
497 aa  709    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.916059 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7087  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  72.29 
 
 
504 aa  664    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.836001  normal  0.143304 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4538  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  80.33 
 
 
520 aa  756    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0687  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  70.98 
 
 
500 aa  647    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0357  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  74.58 
 
 
520 aa  700    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.285545 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1367  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  70.35 
 
 
511 aa  682    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3670  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  69.71 
 
 
502 aa  654    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.313455  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1824  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  74.58 
 
 
501 aa  704    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.351219 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3122  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  68.48 
 
 
521 aa  640    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.680526  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3214  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  70.08 
 
 
496 aa  640    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0475805  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0358  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  74.42 
 
 
497 aa  709    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.351825 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0842  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  70.56 
 
 
498 aa  641    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0348  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  74.42 
 
 
497 aa  709    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2749  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  76.26 
 
 
497 aa  717    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0655052  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1948  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase (acylating)  69.94 
 
 
501 aa  655    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.106847  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4626  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  74.63 
 
 
498 aa  672    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.228991  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1095  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  100 
 
 
479 aa  962    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.353013 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3610  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  75.31 
 
 
502 aa  711    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4600  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  69.46 
 
 
497 aa  632  1e-180  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2992  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  69.54 
 
 
496 aa  633  1e-180  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0741  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  62.63 
 
 
506 aa  607  9.999999999999999e-173  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.888468  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1872  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  62.76 
 
 
505 aa  601  1.0000000000000001e-171  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5451  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  62.95 
 
 
500 aa  582  1.0000000000000001e-165  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.831273  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3801  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  60.13 
 
 
511 aa  573  1.0000000000000001e-162  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.228893  normal  0.75946 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0658  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  60.04 
 
 
496 aa  562  1.0000000000000001e-159  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.135252  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1323  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  62.29 
 
 
494 aa  562  1.0000000000000001e-159  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.698438  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2650  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.19 
 
 
496 aa  559  1e-158  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000962307  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0823  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  59.79 
 
 
503 aa  559  1e-158  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0940  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  60.42 
 
 
504 aa  555  1e-157  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3049  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.78 
 
 
508 aa  556  1e-157  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3333  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  60.8 
 
 
508 aa  555  1e-157  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2977  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.57 
 
 
508 aa  555  1e-157  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3694  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  56.34 
 
 
498 aa  551  1e-156  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3271  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  60.17 
 
 
502 aa  552  1e-156  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.190179  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1877  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.36 
 
 
508 aa  553  1e-156  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00719864 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5681  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.37 
 
 
503 aa  548  1e-155  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.320797 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4274  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  59.33 
 
 
507 aa  550  1e-155  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.463031  normal  0.914985 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4384  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  59.33 
 
 
507 aa  550  1e-155  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.640119 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0980  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  59.21 
 
 
512 aa  549  1e-155  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1083  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.9 
 
 
496 aa  545  1e-154  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000148294  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0249  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  60.17 
 
 
505 aa  548  1e-154  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1791  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  59.78 
 
 
508 aa  546  1e-154  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2023  acylating methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.49 
 
 
507 aa  547  1e-154  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.794475  normal  0.0299094 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1702  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  62.72 
 
 
500 aa  546  1e-154  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0228992  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3023  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  57.33 
 
 
499 aa  547  1e-154  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0588426  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1351  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  57.95 
 
 
506 aa  545  1e-154  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.241244  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0729  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  59.27 
 
 
501 aa  544  1e-153  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0269799  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5814  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.07 
 
 
507 aa  543  1e-153  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.404491  normal  0.463976 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1043  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.18 
 
 
496 aa  544  1e-153  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0205992  normal  0.342071 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1410  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  57.74 
 
 
506 aa  543  1e-153  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0679  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  55.32 
 
 
497 aa  543  1e-153  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000513111  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3917  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.91 
 
 
512 aa  544  1e-153  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2245  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  61.85 
 
 
500 aa  543  1e-153  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.230017  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1185  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.77 
 
 
496 aa  541  1e-153  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.773308  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0015  acylating methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.91 
 
 
512 aa  544  1e-153  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1151  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.47 
 
 
496 aa  541  1e-153  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.11811  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2399  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.41 
 
 
502 aa  543  1e-153  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.169024  normal  0.676059 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0206  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  60.59 
 
 
505 aa  544  1e-153  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0950  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  57.74 
 
 
506 aa  544  1e-153  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1091  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.47 
 
 
496 aa  542  1e-153  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00014498  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1113  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  55.97 
 
 
496 aa  541  1e-153  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000656277  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4236  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  62.11 
 
 
502 aa  541  1e-153  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.987331  normal  0.292037 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3204  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.99 
 
 
496 aa  543  1e-153  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.887195  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1312  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  57.53 
 
 
506 aa  543  1e-153  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.648779  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1432  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  57.74 
 
 
506 aa  544  1e-153  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0597  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  55.11 
 
 
497 aa  538  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0807275  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02392  transmembrane aldehyde dehydrogenase oxidoreductase protein  59.96 
 
 
499 aa  539  9.999999999999999e-153  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.697821  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0965  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.25 
 
 
496 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0738299  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0642  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  55.11 
 
 
497 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000457228  decreased coverage  0.0000167809 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1597  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  54.55 
 
 
506 aa  539  9.999999999999999e-153  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4547  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  60.13 
 
 
510 aa  541  9.999999999999999e-153  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1629  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  62.93 
 
 
500 aa  539  9.999999999999999e-153  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.118006  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0637  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  55.11 
 
 
497 aa  538  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000000149078  normal  0.27415 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4566  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  55.11 
 
 
497 aa  538  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000000243063  hitchhiker  0.00796429 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1035  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  54.79 
 
 
506 aa  541  9.999999999999999e-153  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3379  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  60.17 
 
 
540 aa  537  1e-151  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.25753  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2990  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  60.17 
 
 
540 aa  537  1e-151  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0775  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  54.49 
 
 
497 aa  537  1e-151  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00425927  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1611  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  60.17 
 
 
508 aa  537  1e-151  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4070  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  60.17 
 
 
508 aa  537  1e-151  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2931  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  60.17 
 
 
508 aa  537  1e-151  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0202  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  60.17 
 
 
508 aa  537  1e-151  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3996  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  59.96 
 
 
508 aa  535  1e-151  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0206  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  55.11 
 
 
497 aa  537  1e-151  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.515725  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0935  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.25 
 
 
501 aa  536  1e-151  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0357372  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01600  putative aldehyde dehydrogenase  55.11 
 
 
497 aa  537  1e-151  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.510904  normal  0.728588 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0686  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  55.32 
 
 
497 aa  533  1e-150  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000335425  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2368  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  57.76 
 
 
504 aa  532  1e-150  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1334  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.12 
 
 
503 aa  529  1e-149  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3003  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.12 
 
 
503 aa  531  1e-149  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2521  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  59.35 
 
 
499 aa  529  1e-149  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5828  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  56.49 
 
 
535 aa  531  1e-149  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2416  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  55.14 
 
 
497 aa  529  1e-149  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3343  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.41 
 
 
503 aa  530  1e-149  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3332  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.06 
 
 
505 aa  529  1e-149  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2619  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  55.86 
 
 
522 aa  526  1e-148  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.719043  normal  0.528801 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4812  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.07 
 
 
506 aa  525  1e-148  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.358835  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4215  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  57.95 
 
 
499 aa  527  1e-148  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>