81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_6108 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_6108  hypothetical protein  100 
 
 		 396 aa  808    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.886348  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3472  hypothetical protein  29.16 
 
 		 389 aa  99.8  7e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2211  hypothetical protein  28.72 
 
 		 404 aa  88.6  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.471647  normal  0.108179 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2957  protein of unknown function DUF181  27.71 
 
 		 410 aa  73.9  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.894577 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6310  protein of unknown function DUF181  27.51 
 
 		 443 aa  73.6  0.000000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3205  protein of unknown function DUF181  27.74 
 
 		 391 aa  70.9  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.687838  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0527  hypothetical protein  24.56 
 
 		 406 aa  67.8  0.0000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.518429 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2069  hypothetical protein  26.89 
 
 		 426 aa  67.4  0.0000000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0821  hypothetical protein  26.25 
 
 		 424 aa  67  0.0000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2237  hypothetical protein  28.32 
 
 		 397 aa  65.5  0.000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6106  hypothetical protein  25.24 
 
 		 405 aa  65.9  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0977639  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0591  NADPH-dependent FMN reductase  23.24 
 
 		 403 aa  64.3  0.000000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.0069008  hitchhiker  0.000778526 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2261  hypothetical protein  27.97 
 
 		 396 aa  63.5  0.000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00608727  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6037  protein of unknown function DUF181  26.95 
 
 		 420 aa  63.2  0.000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.463338  normal  0.501056 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11404  hypothetical protein  24.91 
 
 		 439 aa  61.6  0.00000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0820633  normal  0.430879 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1333  hypothetical protein  27.64 
 
 		 404 aa  60.8  0.00000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.157946  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1211  methanogenesis marker protein 1  28.22 
 
 		 403 aa  60.5  0.00000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.882639 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2767  protein of unknown function DUF181  32.26 
 
 		 757 aa  58.2  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0128011  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1978  hypothetical protein  25.77 
 
 		 403 aa  57  0.0000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.154455  normal  0.549107 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7195  protein of unknown function DUF181  25.38 
 
 		 420 aa  55.8  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.175202  normal  0.168527 
 
 
-
 
NC_006366  plpl0009  hypothetical protein  26.26 
 
 		 353 aa  55.1  0.000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  0.264047  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0013  hypothetical protein  24.2 
 
 		 353 aa  55.1  0.000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.077067  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0537  hypothetical protein  28.57 
 
 		 400 aa  51.6  0.00002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0125337  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0379  hypothetical protein  26.92 
 
 		 403 aa  51.2  0.00003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1602  methanogenesis marker protein 1  28.57 
 
 		 400 aa  50.8  0.00004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.192531  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0034  hypothetical protein  30.08 
 
 		 735 aa  50.1  0.00008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0632  hypothetical protein  29.01 
 
 		 742 aa  49.7  0.00009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3211  hypothetical protein  30.08 
 
 		 728 aa  49.7  0.00009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.357431  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3321  hypothetical protein  29.01 
 
 		 742 aa  49.3  0.0001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3489  hypothetical protein  29.01 
 
 		 742 aa  48.9  0.0001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3253  hypothetical protein  26.55 
 
 		 728 aa  48.5  0.0002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3033  hypothetical protein  29.27 
 
 		 728 aa  48.1  0.0002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.431186  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3787  hypothetical protein  29.01 
 
 		 729 aa  48.1  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.859391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0643  hypothetical protein  29.01 
 
 		 729 aa  48.5  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3214  hypothetical protein  30.25 
 
 		 734 aa  48.5  0.0002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.668386  normal  0.254813 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2174  hypothetical protein  30.08 
 
 		 728 aa  48.5  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0310  hypothetical protein  27.31 
 
 		 400 aa  48.1  0.0002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3599  protein of unknown function DUF181  29.01 
 
 		 729 aa  48.5  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5737  protein of unknown function DUF181  28.08 
 
 		 750 aa  48.1  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0738  hypothetical protein  28.65 
 
 		 728 aa  48.5  0.0002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0795  hypothetical protein  29.01 
 
 		 592 aa  48.1  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3664  hypothetical protein  29.27 
 
 		 729 aa  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3928  hypothetical protein  29.27 
 
 		 728 aa  48.1  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4504  hypothetical protein  31.86 
 
 		 745 aa  47.8  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1703  hypothetical protein  26.86 
 
 		 882 aa  48.1  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3569  hypothetical protein  30.43 
 
 		 727 aa  47.8  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4676  protein of unknown function DUF181  30.43 
 
 		 752 aa  48.1  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1401  hypothetical protein  26.14 
 
 		 403 aa  47.8  0.0003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3119  protein of unknown function DUF181  28.38 
 
 		 590 aa  47.8  0.0003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0048478 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3199  hypothetical protein  29.01 
 
 		 728 aa  47.8  0.0004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0824  hypothetical protein  29.27 
 
 		 728 aa  47.8  0.0004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0307116  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1756  hypothetical protein  28.4 
 
 		 728 aa  47  0.0005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5136  hypothetical protein  31.86 
 
 		 745 aa  47  0.0007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00343987  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5723  hypothetical protein  31.86 
 
 		 745 aa  47  0.0007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.250134  normal  0.533402 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3343  hypothetical protein  28.46 
 
 		 728 aa  46.6  0.0008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.987058 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1146  hypothetical protein  30.89 
 
 		 732 aa  45.8  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.202327  normal  0.214349 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3135  hypothetical protein  31.15 
 
 		 745 aa  45.1  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.535305  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3620  hypothetical protein  30.89 
 
 		 728 aa  45.1  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2710  hypothetical protein  29.38 
 
 		 731 aa  45.1  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.579153 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4822  hypothetical protein  26.23 
 
 		 734 aa  45.4  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000227003  normal  0.373155 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1788  hypothetical protein  29.23 
 
 		 746 aa  45.4  0.002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2832  hypothetical protein  30.89 
 
 		 728 aa  45.1  0.002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.134905  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2297  hypothetical protein  30.89 
 
 		 728 aa  45.1  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.806493 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2587  hypothetical protein  29.75 
 
 		 588 aa  45.1  0.002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1990  hypothetical protein  26.05 
 
 		 409 aa  45.4  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.128668  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2113  hypothetical protein  30.89 
 
 		 728 aa  45.4  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.20686  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1948  hypothetical protein  29.75 
 
 		 588 aa  45.1  0.002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00321676  normal  0.0629552 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2675  hypothetical protein  29.75 
 
 		 588 aa  45.1  0.002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2073  hypothetical protein  26.23 
 
 		 734 aa  44.7  0.003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2214  hypothetical protein  30.2 
 
 		 763 aa  44.3  0.004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39610  hypothetical protein  31.71 
 
 		 616 aa  44.3  0.004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.812583 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2493  hypothetical protein  30.2 
 
 		 763 aa  44.3  0.004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0519  protein of unknown function DUF181  31.45 
 
 		 762 aa  44.3  0.004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0802  AknN  29.55 
 
 		 844 aa  43.9  0.005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.919252  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2869  hypothetical protein  29.55 
 
 		 763 aa  43.5  0.006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4368  hypothetical protein  28.94 
 
 		 727 aa  43.5  0.006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150776 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0637  YcaO-like fatty acid binding domain-containing protein  29.55 
 
 		 766 aa  43.5  0.006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0023  hypothetical protein  29.55 
 
 		 716 aa  43.5  0.006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0622  hypothetical protein  29.55 
 
 		 769 aa  43.5  0.007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.940579  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3592  protein of unknown function DUF181  29.51 
 
 		 734 aa  43.1  0.009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0680194  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1999  protein of unknown function DUF181  27.05 
 
 		 587 aa  43.1  0.009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.86626  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>