150 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_1689 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013730  Slin_1689  DNA uptake protein and related DNA-binding protein-like protein  100 
 
 
329 aa  669    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.71012 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4872  DNA uptake protein and related DNA-binding protein-like protein  41.92 
 
 
313 aa  265  8e-70  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.669623 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0835  hypothetical protein  34.95 
 
 
299 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.149373  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1287  DNA uptake protein and related DNA-binding protein  32.82 
 
 
306 aa  163  3e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0664  hypothetical protein  39.87 
 
 
237 aa  120  3.9999999999999996e-26  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1931  hypothetical protein  27.62 
 
 
295 aa  99.8  6e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1699  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  33.33 
 
 
181 aa  90.9  3e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1756  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  33.33 
 
 
181 aa  87.8  2e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0729  hypothetical protein  24.68 
 
 
277 aa  82.4  0.00000000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00090  hypothetical protein  24.6 
 
 
266 aa  79.7  0.00000000000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.452034  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1741  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  33.33 
 
 
184 aa  77  0.0000000000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0277947  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1691  hypothetical protein  38.64 
 
 
234 aa  66.6  0.0000000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.631866 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0496  DNA uptake-like protein  36.17 
 
 
220 aa  65.9  0.000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0194671  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1704  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  28.93 
 
 
227 aa  58.2  0.0000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2552  helix-hairpin-helix motif protein  47.46 
 
 
298 aa  57  0.0000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2071  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  43.94 
 
 
190 aa  56.6  0.0000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0466  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  43.24 
 
 
265 aa  56.6  0.0000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5471  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  38.2 
 
 
225 aa  56.2  0.0000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0329  DNA uptake protein  42.19 
 
 
234 aa  56.2  0.0000007  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1142  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat-containing protein  48.21 
 
 
315 aa  55.8  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.702524  normal  0.935531 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2273  DNA uptake protein and related DNA-binding protein-like protein  45.16 
 
 
259 aa  54.3  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.231171 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1233  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  29.08 
 
 
171 aa  53.9  0.000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0826  helix-hairpin-helix DNA-binding, class 1  44.83 
 
 
355 aa  53.5  0.000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0217462  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1737  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  42.37 
 
 
290 aa  53.1  0.000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3520  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  43.33 
 
 
267 aa  52.8  0.000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3593  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  43.33 
 
 
267 aa  52.8  0.000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.663406 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3525  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  43.33 
 
 
267 aa  52.8  0.000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.367673  normal  0.972653 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1008  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  38.36 
 
 
114 aa  52.8  0.000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000463906  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2662  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  43.94 
 
 
263 aa  52.4  0.00001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0963672  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2137  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  42.86 
 
 
100 aa  52.4  0.00001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2087  comE operon protein 1, putative  33.33 
 
 
254 aa  51.6  0.00002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12443  hypothetical protein  38.64 
 
 
297 aa  51.2  0.00002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3267  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  39.39 
 
 
271 aa  50.8  0.00003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00676892  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0127  hypothetical protein  40 
 
 
840 aa  50.4  0.00004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.294313  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2375  putative comE operon protein 1  39.29 
 
 
254 aa  50.4  0.00004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1886  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  35.8 
 
 
300 aa  50.4  0.00004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.528332  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1000  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  38.33 
 
 
207 aa  50.1  0.00005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1635  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  38.98 
 
 
228 aa  50.1  0.00005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2082  DNA uptake protein and related DNA-binding protein-like protein  27.13 
 
 
169 aa  49.7  0.00006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.918222  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1521  late competence protein required for DNA binding and uptake  34.29 
 
 
231 aa  49.7  0.00007  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1484  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  40.54 
 
 
194 aa  49.7  0.00007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2039  RNA binding S1 domain protein  32.82 
 
 
795 aa  49.7  0.00007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.883528  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1531  COME operon protein 1  41.67 
 
 
123 aa  49.3  0.00008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0136  RNA binding S1  38.75 
 
 
840 aa  49.3  0.0001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.43679  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0962  DNA uptake protein or related DNA-binding protein  42.11 
 
 
109 aa  48.9  0.0001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0646  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  41.67 
 
 
113 aa  49.3  0.0001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000302899  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12590  DNA uptake protein  38.57 
 
 
352 aa  48.5  0.0002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17420  competence protein ComEA-like protein with helix-hairpin-helix repeat region  36.84 
 
 
279 aa  47.8  0.0002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.711078  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2222  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  44.64 
 
 
100 aa  48.5  0.0002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5823  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  33.87 
 
 
158 aa  48.5  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3915  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  43.1 
 
 
269 aa  48.5  0.0002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.261792  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2489  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  34.18 
 
 
99 aa  48.1  0.0002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.632838  normal  0.0131987 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3219  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  51.02 
 
 
104 aa  48.1  0.0002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2102  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  46.94 
 
 
319 aa  47.8  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0781  competence protein CelA  36.84 
 
 
217 aa  47.8  0.0003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.918663  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12460  competence protein ComEA-like protein with helix-hairpin-helix repeat region  34.15 
 
 
285 aa  47.8  0.0003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.214678  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13270  DNA uptake protein  37.93 
 
 
301 aa  47.8  0.0003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.560922 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1862  RNA-binding S1 domain-containing protein  40.62 
 
 
827 aa  47.8  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2211  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  41.38 
 
 
320 aa  47  0.0004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2122  RNA-binding S1 domain-containing protein  37.5 
 
 
849 aa  47.4  0.0004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00161735  normal  0.0955174 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2117  DNA uptake protein  43.1 
 
 
135 aa  47.4  0.0004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  hitchhiker  0.000185936  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2967  Helix-hairpin-helix DNA-binding class 1  38.46 
 
 
150 aa  47  0.0004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.938885  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1611  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  42.37 
 
 
278 aa  47  0.0005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1766  competence protein ComEA  36.51 
 
 
89 aa  46.6  0.0005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0368807  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0407  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  38.6 
 
 
131 aa  47  0.0005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000244274  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3003  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  43.86 
 
 
91 aa  47  0.0005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.347216  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3304  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  44.68 
 
 
214 aa  47  0.0005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0506678  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0922  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  41.82 
 
 
99 aa  46.6  0.0006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.425592 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1066  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  41.82 
 
 
99 aa  46.6  0.0006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1668  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  27.14 
 
 
206 aa  46.2  0.0007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2830  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  40.98 
 
 
230 aa  46.6  0.0007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.192028  normal  0.919156 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1709  RNA-binding S1 domain-containing protein  30.53 
 
 
813 aa  46.2  0.0007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03051  late competence protein (DNA binding and uptake)  33.33 
 
 
105 aa  46.2  0.0007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.724355  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0790  comE operon protein 1  37.5 
 
 
198 aa  46.2  0.0008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0708257  hitchhiker  0.000000131461 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4447  comE operon protein 1  37.5 
 
 
198 aa  46.2  0.0008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00373204  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0358  RNA-binding S1 domain-containing protein  39.06 
 
 
774 aa  46.2  0.0008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1623  putative transcription accessory protein  40.62 
 
 
779 aa  45.8  0.0009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2803  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  35.59 
 
 
277 aa  46.2  0.0009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1987  hypothetical protein  43.86 
 
 
107 aa  46.2  0.0009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.827734  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4074  comE operon protein 1  27.14 
 
 
199 aa  45.4  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2451  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  35 
 
 
204 aa  45.4  0.001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0119288  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1609  S1 RNA-binding domain-containing protein  31.3 
 
 
781 aa  45.4  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.217486  normal  0.534196 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1520  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  35 
 
 
107 aa  45.4  0.001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.216127  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1736  RNA-binding S1 domain-containing protein  30.53 
 
 
774 aa  45.8  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.605663  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0643  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  33.87 
 
 
210 aa  45.8  0.001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000019703  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7078  putative DNA-binding protein  32.29 
 
 
385 aa  45.8  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.537278 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3100  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  39.68 
 
 
135 aa  45.8  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3093  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  32.91 
 
 
107 aa  45.8  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000182901 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0587  RNA binding S1 domain protein  40.62 
 
 
777 aa  45.4  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.173141  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2698  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  39.68 
 
 
135 aa  45.8  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.48092  hitchhiker  0.00000193107 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4064  comE operon protein 1  27.14 
 
 
199 aa  44.7  0.002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0884227  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0259  RNA binding S1  32.18 
 
 
774 aa  44.7  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.742809  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4553  ComE operon protein 1  27.14 
 
 
198 aa  44.7  0.002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0361747  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2476  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  35.82 
 
 
121 aa  45.1  0.002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00140537 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2544  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  35.82 
 
 
121 aa  45.1  0.002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.644466  normal  0.0231779 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2512  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  27.37 
 
 
213 aa  45.1  0.002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3469  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  37.93 
 
 
280 aa  44.7  0.002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.389617  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1984  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  45.45 
 
 
107 aa  44.7  0.002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0142259  normal  0.337896 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7512  transcriptional accessory protein  39.06 
 
 
771 aa  45.1  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.348288  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1647  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  33.9 
 
 
225 aa  45.1  0.002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>