70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4872 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_4872  DNA uptake protein and related DNA-binding protein-like protein  100 
 
 		 313 aa  637    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.669623 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1689  DNA uptake protein and related DNA-binding protein-like protein  41.92 
 
 		 329 aa  259  3e-68  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.71012 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0835  hypothetical protein  33.55 
 
 		 299 aa  160  3e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.149373  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1287  DNA uptake protein and related DNA-binding protein  31.91 
 
 		 306 aa  141  9.999999999999999e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0664  hypothetical protein  37.5 
 
 		 237 aa  113  5e-24  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1931  hypothetical protein  28.14 
 
 		 295 aa  85.1  0.000000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1756  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  33.33 
 
 		 181 aa  84.7  0.000000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1699  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  33.1 
 
 		 181 aa  80.5  0.00000000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0729  hypothetical protein  25.33 
 
 		 277 aa  72.8  0.000000000007  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00090  hypothetical protein  21.38 
 
 		 266 aa  66.2  0.0000000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.452034  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1741  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  27.16 
 
 		 184 aa  64.7  0.000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0277947  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1691  hypothetical protein  28.91 
 
 		 234 aa  64.3  0.000000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.631866 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0496  DNA uptake-like protein  28.46 
 
 		 220 aa  54.7  0.000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0194671  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1233  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  30.97 
 
 		 171 aa  54.3  0.000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004039  DNA uptake protein  43.64 
 
 		 97 aa  52.8  0.000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000258752  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1704  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  30.07 
 
 		 227 aa  52  0.00001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2552  helix-hairpin-helix motif protein  36.23 
 
 		 298 aa  51.2  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2273  DNA uptake protein and related DNA-binding protein-like protein  36.07 
 
 		 259 aa  48.5  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.231171 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0643  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  32.35 
 
 		 210 aa  48.9  0.0001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000019703  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1000  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  37.5 
 
 		 207 aa  47.4  0.0003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5823  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  41.27 
 
 		 158 aa  47.4  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3267  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  37.88 
 
 		 271 aa  47.4  0.0003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00676892  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0781  competence protein CelA  33.9 
 
 		 217 aa  47  0.0004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.918663  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0495  competence protein ComEA  35.71 
 
 		 124 aa  47  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0493  competence protein ComEA  35.71 
 
 		 124 aa  47  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0512  competence protein ComEA  35.71 
 
 		 124 aa  47  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0318575  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0502  competence protein ComEA  35.71 
 
 		 124 aa  47  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.160916 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0556  competence protein ComEA  35.71 
 
 		 124 aa  47  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01422  hypothetical protein  40 
 
 		 95 aa  46.6  0.0006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1737  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  37.1 
 
 		 290 aa  46.2  0.0008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13270  DNA uptake protein  35.48 
 
 		 301 aa  46.2  0.0008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.560922 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0646  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  39.66 
 
 		 113 aa  46.2  0.0008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000302899  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2375  putative comE operon protein 1  37.5 
 
 		 254 aa  45.8  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1142  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat-containing protein  33.85 
 
 		 315 aa  45.4  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.702524  normal  0.935531 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1507  hypothetical protein  42.11 
 
 		 103 aa  45.4  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  5.24688e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2087  comE operon protein 1, putative  32.39 
 
 		 254 aa  45.4  0.001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0962  DNA uptake protein or related DNA-binding protein  36.67 
 
 		 109 aa  45.4  0.001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2071  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  37.7 
 
 		 190 aa  45.8  0.001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1531  COME operon protein 1  39.66 
 
 		 123 aa  45.8  0.001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2803  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  36.51 
 
 		 277 aa  45.1  0.002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17420  competence protein ComEA-like protein with helix-hairpin-helix repeat region  36.07 
 
 		 279 aa  44.7  0.002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.711078  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2010  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  39.06 
 
 		 301 aa  45.1  0.002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2698  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  39.66 
 
 		 135 aa  44.7  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.48092  hitchhiker  0.00000193107 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0826  helix-hairpin-helix DNA-binding, class 1  36.51 
 
 		 355 aa  45.1  0.002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0217462  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3100  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  39.66 
 
 		 135 aa  44.7  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17330  DNA uptake protein  33.87 
 
 		 305 aa  44.3  0.003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.353261  normal  0.0144782 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3167  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  32.14 
 
 		 123 aa  44.3  0.003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0593952  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00398  hypothetical protein  32.14 
 
 		 123 aa  43.9  0.003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.829915  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1257  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  33.33 
 
 		 219 aa  43.9  0.003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000791854  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0528  competence protein ComEA  32.14 
 
 		 123 aa  44.3  0.003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.740577 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00394  hypothetical protein  32.14 
 
 		 123 aa  43.9  0.003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.887023  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0365  competence protein ComEA  32.14 
 
 		 123 aa  44.3  0.003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.195685  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0485  competence protein ComEA  32.14 
 
 		 123 aa  43.9  0.003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00167718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3190  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  32.14 
 
 		 123 aa  43.9  0.003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.550856  normal  0.0175566 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0478  competence protein ComEA  32.14 
 
 		 123 aa  44.3  0.003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0555173  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0519  competence protein ComEA  32.14 
 
 		 123 aa  44.3  0.003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000437229  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1257  helix-hairpin-helix DNA-binding, class 1  37.5 
 
 		 422 aa  43.9  0.003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0994426 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1008  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  32.47 
 
 		 114 aa  43.5  0.004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000463906  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2102  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  39.29 
 
 		 319 aa  43.9  0.004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5471  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  35.48 
 
 		 225 aa  43.9  0.004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1944  DNA uptake protein related DNA-binding protein  37.14 
 
 		 200 aa  43.5  0.004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.727384  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3063  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  35.48 
 
 		 130 aa  43.5  0.005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3119  hypothetical protein  35.59 
 
 		 230 aa  43.5  0.005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0838846  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0329  DNA uptake protein  34.43 
 
 		 234 aa  43.1  0.006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1886  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  36.07 
 
 		 300 aa  42.7  0.008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.528332  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1520  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  34.43 
 
 		 107 aa  42.7  0.008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.216127  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0909  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  28.57 
 
 		 129 aa  42.7  0.009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1429  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  27.56 
 
 		 220 aa  42.7  0.009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0894635  hitchhiker  0.000989669 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1521  late competence protein required for DNA binding and uptake  35.09 
 
 		 231 aa  42.4  0.01  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0407  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  36.21 
 
 		 131 aa  42.4  0.01  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000244274  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>