More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_02500 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_02500  cold-shock DNA-binding protein family  100 
 
 		 62 aa  130  6e-30  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.169268  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0641  cold-shock DNA-binding domain protein  96.77 
 
 		 67 aa  127  4.0000000000000003e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0472  cold-shock DNA-binding protein family protein  95.16 
 
 		 67 aa  127  6e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.16014  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02480  cold-shock DNA-binding protein family  95.16 
 
 		 67 aa  126  8.000000000000001e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.181166  normal  1 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4023  cold-shock DNA-binding domain protein  93.55 
 
 		 67 aa  125  2.0000000000000002e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00477592 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0668  cold-shock DNA-binding domain protein  87.1 
 
 		 67 aa  119  1.9999999999999998e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.16024  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0301  cold-shock DNA-binding domain protein  85.25 
 
 		 67 aa  114  3.9999999999999997e-25  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  decreased coverage  0.00253542  normal  0.0688177 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0013  cold-shock DNA-binding domain protein  83.87 
 
 		 67 aa  114  6.9999999999999995e-25  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0628  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  82.26 
 
 		 67 aa  114  6.9999999999999995e-25  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4269  cold-shock DNA-binding protein family protein  82.26 
 
 		 67 aa  113  6.9999999999999995e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0948  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  79.03 
 
 		 67 aa  110  7.000000000000001e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.360484  normal  0.128926 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0103  cold-shock DNA-binding domain protein  77.42 
 
 		 67 aa  107  5e-23  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1580  cold-shock DNA-binding domain protein  75.81 
 
 		 67 aa  106  1e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.507056  normal  0.495998 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1131  cold-shock DNA-binding domain protein  77.42 
 
 		 67 aa  105  3e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.294478 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3141  cold-shock DNA-binding domain protein  75.41 
 
 		 67 aa  103  7e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0244532  hitchhiker  0.00153434 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4798  cold-shock DNA-binding protein family protein  72.58 
 
 		 67 aa  102  2e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0560  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.19 
 
 		 67 aa  102  2e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1055  cold-shock DNA-binding protein family protein  74.19 
 
 		 67 aa  102  2e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.481948  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5184  cold-shock DNA-binding protein family protein  72.58 
 
 		 67 aa  102  2e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00427326 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4884  cold-shock DNA-binding protein family protein  72.58 
 
 		 67 aa  102  2e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.71911  normal  0.101787 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1466  cold-shock DNA-binding domain protein  70.97 
 
 		 67 aa  102  3e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00122582  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5398  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.58 
 
 		 67 aa  101  3e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.262283  normal  0.0908383 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1267  cold-shock DNA-binding domain protein  72.58 
 
 		 67 aa  101  4e-21  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.922504  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1392  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.58 
 
 		 67 aa  101  4e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.124556  normal  0.329269 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2415  cold-shock DNA-binding domain protein  72.58 
 
 		 67 aa  99.8  1e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.751848  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2426  cold-shock DNA-binding domain protein  69.35 
 
 		 67 aa  99.4  1e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.386206  normal  0.184038 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07120  cold-shock DNA-binding protein family  72.58 
 
 		 67 aa  99.8  1e-20  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.976007  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5929  putative cold-shock DNA-binding domain protein  69.35 
 
 		 67 aa  99.8  1e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.380899  normal  0.0156128 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13677  cold shock protein A cspA  69.35 
 
 		 67 aa  99.8  1e-20  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0108357  normal  0.108106 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1775  cold-shock protein, DNA-binding  67.74 
 
 		 67 aa  99  2e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2880  cold-shock DNA-binding domain protein  70.97 
 
 		 68 aa  99.4  2e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000807571  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01731  hypothetical protein  72.58 
 
 		 68 aa  99  2e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1762  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.74 
 
 		 67 aa  99  2e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00760021 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2965  cold-shock DNA-binding domain protein  73.77 
 
 		 68 aa  98.2  3e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000138264 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1042  cold-shock DNA-binding domain protein  66.13 
 
 		 68 aa  97.8  4e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3353  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.35 
 
 		 67 aa  97.4  6e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0827794  hitchhiker  0.00618792 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3123  cold-shock protein, DNA-binding  69.35 
 
 		 67 aa  97.4  6e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0870951  normal  0.605091 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0218  putative cold-shock DNA-binding domain protein  69.35 
 
 		 67 aa  97.1  7e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.230692  hitchhiker  0.00399283 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3637  putative cold-shock DNA-binding domain protein  67.74 
 
 		 67 aa  97.1  7e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0220  cold-shock DNA-binding domain protein  70.49 
 
 		 67 aa  97.1  8e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5230  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.35 
 
 		 67 aa  96.7  9e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.244858  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3880  cold-shock DNA-binding domain protein  69.35 
 
 		 67 aa  96.7  1e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.902071  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1900  cold-shock DNA-binding domain protein  69.35 
 
 		 67 aa  96.7  1e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.030523  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26130  cold-shock DNA-binding protein family  68.85 
 
 		 67 aa  96.3  1e-19  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0573  Cold-shock protein DNA-binding protein  67.74 
 
 		 67 aa  96.3  1e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4566  putative cold-shock DNA-binding domain protein  70.97 
 
 		 67 aa  96.7  1e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.55888  normal  0.0641574 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2017  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.35 
 
 		 65 aa  95.5  2e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.679038  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1896  cold-shock DNA-binding domain protein  67.74 
 
 		 67 aa  95.9  2e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.385975  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2129  cold-shock DNA-binding domain protein  67.74 
 
 		 69 aa  95.5  2e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3605  putative cold-shock DNA-binding domain protein  67.74 
 
 		 67 aa  95.1  3e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.439248 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0587  cold-shock DNA-binding domain protein  66.13 
 
 		 67 aa  94.7  4e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1522  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.52 
 
 		 67 aa  93.6  8e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1465  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.52 
 
 		 67 aa  93.6  8e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.359616  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4169  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.74 
 
 		 67 aa  93.6  9e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.206868  normal  0.740799 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5134  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.74 
 
 		 67 aa  93.2  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.984065  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0392  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.13 
 
 		 92 aa  93.2  1e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4077  cold-shock DNA-binding domain protein  62.9 
 
 		 67 aa  92  2e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.742445 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10670  cold-shock DNA-binding protein family  66.13 
 
 		 67 aa  92.4  2e-18  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.00582905  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2053  cold-shock DNA-binding domain protein  66.1 
 
 		 67 aa  92.8  2e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.203977  normal  0.0111256 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1251  cold-shock DNA-binding domain protein  68.33 
 
 		 67 aa  92.4  2e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.791861  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37160  cold-shock DNA-binding protein family  64.52 
 
 		 67 aa  92.4  2e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0943216 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3652  cold-shock DNA-binding domain protein  62.9 
 
 		 67 aa  92  2e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1731  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.35 
 
 		 69 aa  92.4  2e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000000915529  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1189  cold shock protein CspE  62.9 
 
 		 69 aa  91.7  3e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0384  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.52 
 
 		 67 aa  91.7  3e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8123  cold-shock DNA-binding domain protein  66.13 
 
 		 67 aa  92  3e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2869  cold-shock DNA-binding protein family protein  65 
 
 		 67 aa  91.7  3e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0181409  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1388  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.52 
 
 		 67 aa  91.3  4e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000202704  normal  0.239262 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0143  putative cold-shock DNA-binding domain protein  62.9 
 
 		 67 aa  91.3  4e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113975  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4469  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.29 
 
 		 67 aa  91.3  4e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3292  cold-shock DNA-binding domain protein  66.13 
 
 		 67 aa  91.3  5e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.0070619  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6800  cold-shock DNA-binding domain protein  61.29 
 
 		 67 aa  90.9  5e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4276  cold-shock DNA-binding domain protein  67.21 
 
 		 67 aa  91.3  5e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4386  cold-shock DNA-binding domain protein  67.21 
 
 		 67 aa  91.3  5e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.490734 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2246  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 		 67 aa  90.5  6e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.000000157436  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2295  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.9 
 
 		 67 aa  90.9  6e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.904352  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2334  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.9 
 
 		 67 aa  90.9  6e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.213577  normal  0.0207687 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2342  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.9 
 
 		 67 aa  90.9  6e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.432439 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0172  cold-shock DNA-binding domain protein  66.1 
 
 		 67 aa  90.5  7e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000163048  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2498  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.52 
 
 		 70 aa  90.5  7e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000241121  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7468  cold-shock DNA-binding domain protein  68.85 
 
 		 68 aa  90.1  8e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1681  cold-shock DNA-binding domain protein  66.13 
 
 		 69 aa  90.1  8e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.248337  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5227  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.29 
 
 		 67 aa  90.5  8e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.54507  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00992  DNA-binding transcriptional regulator  61.29 
 
 		 70 aa  90.1  9e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2653  cold-shock DNA-binding domain protein  61.29 
 
 		 70 aa  90.1  9e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000496106  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2326  cold shock protein CspG  61.29 
 
 		 70 aa  90.1  9e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000227415  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2607  cold shock protein CspG  61.29 
 
 		 70 aa  90.1  9e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.286712  normal  0.273161 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2135  cold shock protein CspG  61.29 
 
 		 70 aa  90.1  9e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1099  cold shock protein CspG  61.29 
 
 		 70 aa  90.1  9e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00999  hypothetical protein  61.29 
 
 		 70 aa  90.1  9e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1105  cold shock protein CspG  61.29 
 
 		 70 aa  90.1  9e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000233553  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0521  Cold-shock protein DNA-binding protein  64.52 
 
 		 79 aa  90.1  9e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.49245  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1225  cold shock protein CspG  61.29 
 
 		 70 aa  90.1  9e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000203795  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7382  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.9 
 
 		 67 aa  90.1  9e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0708981 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2202  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.52 
 
 		 69 aa  90.1  9e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.532688 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2701  cold-shock DNA-binding domain protein  62.9 
 
 		 67 aa  89.7  1e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6113  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.52 
 
 		 66 aa  89.7  1e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2140  cold-shock DNA-binding protein family protein  65 
 
 		 67 aa  89.7  1e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000000648799  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2951  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.93 
 
 		 77 aa  90.1  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.15288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1858  cold shock protein CspE  61.29 
 
 		 69 aa  89.7  1e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0644498  normal  0.32354 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>