148 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2359 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2359  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  100 
 
 		 196 aa  404  1.0000000000000001e-112  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000880507  normal  0.472241 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3131  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  58.64 
 
 		 192 aa  254  7e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.368422  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1297  hypothetical protein  62.3 
 
 		 192 aa  253  1.0000000000000001e-66  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.627102  normal  0.632291 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1828  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  58.2 
 
 		 198 aa  247  6e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.134744  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0471  hypothetical protein  58.85 
 
 		 193 aa  239  1e-62  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.100032  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2058  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  53.93 
 
 		 194 aa  233  1.0000000000000001e-60  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3380  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  60.31 
 
 		 221 aa  233  2.0000000000000002e-60  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.22739 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002178  uracil-DNA glycosylase  53.97 
 
 		 190 aa  230  1e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.846925  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00217  uracil-DNA glycosylase  53.97 
 
 		 190 aa  229  1e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0518  hypothetical protein  59.28 
 
 		 197 aa  229  2e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2718  Uracil-DNA glycosylase superfamily  59.79 
 
 		 221 aa  229  2e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0676  Uracil-DNA glycosylase superfamily  59.28 
 
 		 202 aa  229  2e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.719077 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4694  Uracil-DNA glycosylase superfamily  54.97 
 
 		 203 aa  229  2e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.294521  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0908  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  56.77 
 
 		 206 aa  227  7e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.22302  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2770  1-(5-phosphoribosyl)-5-amino-4-imidazole- carboxylate (AIR) carboxylase  54.5 
 
 		 194 aa  224  9e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00402973 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2644  hypothetical protein  53.44 
 
 		 190 aa  221  7e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1099  uracil-DNA glycosylase  55.56 
 
 		 224 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.537061  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2858  uracil-DNA glycosylase  55.56 
 
 		 224 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0288683  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2706  Uracil DNA glycosylase family protein  55.56 
 
 		 224 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4405  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  54.74 
 
 		 199 aa  218  6e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.212446 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0845  hypothetical protein  54.59 
 
 		 228 aa  216  1e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.377436  normal  0.873186 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0381  uracil DNA glycosylase superfamily protein  55.03 
 
 		 224 aa  216  1e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3942  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  54.97 
 
 		 199 aa  217  1e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0738689  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3856  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  54.21 
 
 		 199 aa  215  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4512  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  54.21 
 
 		 199 aa  215  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0298657  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5792  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  54.21 
 
 		 199 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4142  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  54.45 
 
 		 199 aa  213  9.999999999999999e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0519945 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4522  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  53.68 
 
 		 197 aa  213  1.9999999999999998e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3128  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  51.23 
 
 		 208 aa  212  2.9999999999999995e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111498 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0123  Uracil-DNA glycosylase superfamily  53.4 
 
 		 192 aa  211  3.9999999999999995e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.874568  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4129  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  48.44 
 
 		 201 aa  208  4e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1872  hypothetical protein  53.37 
 
 		 199 aa  207  6e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.637506  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1338  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  52.88 
 
 		 199 aa  207  9e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.382348 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2077  putative uracil-DNA glycosylase protein  54.27 
 
 		 210 aa  206  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.807763  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4558  uracil-DNA glycosylase superfamily  52.97 
 
 		 201 aa  206  2e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.390923  normal  0.0967806 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2680  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  49.53 
 
 		 237 aa  205  3e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.131462 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1518  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  51.49 
 
 		 232 aa  205  3e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.584042  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1516  Uracil-DNA glycosylase superfamily  51.72 
 
 		 220 aa  205  4e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.827918  normal  0.649951 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2702  hypothetical protein  52.88 
 
 		 200 aa  204  7e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2314  uracil-DNA glycosylase protein  52.26 
 
 		 210 aa  204  8e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1521  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  48.08 
 
 		 214 aa  203  1e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1081  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  54.86 
 
 		 178 aa  202  2e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.506052  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1797  Uracil-DNA glycosylase superfamily  50.99 
 
 		 220 aa  202  3e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.804136  normal  0.0343118 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2582  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  46.61 
 
 		 240 aa  202  3e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0218506 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2514  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  46.61 
 
 		 240 aa  200  9e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.992291  hitchhiker  0.00085565 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0962  uracil-DNA glycosylase  49.21 
 
 		 196 aa  198  3.9999999999999996e-50  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.632434 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1775  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  45.74 
 
 		 223 aa  197  7e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1429  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  52.06 
 
 		 208 aa  196  1.0000000000000001e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.545725  normal  0.935298 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3652  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  50.52 
 
 		 194 aa  196  2.0000000000000003e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0557217 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1203  hypothetical protein  50.76 
 
 		 197 aa  195  4.0000000000000005e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.926409 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0588  uracil-DNA glycosylase superfamily  50.52 
 
 		 202 aa  194  6e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1752  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  47.55 
 
 		 205 aa  193  1e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2054  hypothetical protein  52.02 
 
 		 211 aa  192  3e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.468263  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1082  hypothetical protein  46.91 
 
 		 194 aa  191  4e-48  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1608  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  43.17 
 
 		 232 aa  192  4e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0279147 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1598  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  49.26 
 
 		 217 aa  191  5e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.641371  normal  0.405689 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2769  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  43.3 
 
 		 232 aa  191  6e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0568899  hitchhiker  0.000000360563 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1574  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  43.3 
 
 		 232 aa  191  7e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.708396  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1474  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  43.69 
 
 		 228 aa  190  1e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1236  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  49 
 
 		 220 aa  189  2e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0412075  normal  0.70134 
 
 
-
 
NC_004310  BR0869  hypothetical protein  46.67 
 
 		 213 aa  189  2.9999999999999997e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3330  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  46.39 
 
 		 195 aa  187  7e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.294993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0861  hypothetical protein  46.19 
 
 		 213 aa  186  2e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2358  hypothetical protein  47.14 
 
 		 210 aa  186  2e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.752899  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5163  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  47.92 
 
 		 194 aa  184  5e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.231748  normal  0.418426 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0656  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  47.62 
 
 		 200 aa  184  6e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3644  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  49.16 
 
 		 199 aa  184  7e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.848547  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0915  Uracil-DNA glycosylase  43.92 
 
 		 191 aa  184  7e-46  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.316176  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2577  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  47.5 
 
 		 204 aa  183  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.309548  normal  0.0518194 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3326  hypothetical protein  45.93 
 
 		 225 aa  181  8.000000000000001e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.238699  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1265  Uracil-DNA glycosylase superfamily  46.56 
 
 		 205 aa  179  2e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.267096  normal  0.846076 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1204  Uracil-DNA glycosylase superfamily  45.5 
 
 		 205 aa  178  5.999999999999999e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0662658 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03250  hypothetical protein  42.02 
 
 		 188 aa  176  2e-43  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.554703  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1218  hypothetical protein  42.71 
 
 		 194 aa  176  3e-43  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.751449  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2008  hypothetical protein  42.33 
 
 		 193 aa  175  5e-43  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.000663876  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03584  uracil-DNA glycosylase  44.92 
 
 		 195 aa  174  6e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0265  hypothetical protein  48.13 
 
 		 223 aa  174  7e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.9997 
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A21  Uracil-DNA glycosylase  39.68 
 
 		 190 aa  174  9e-43  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1333  hypothetical protein  48.9 
 
 		 183 aa  174  9e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4034  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  48.19 
 
 		 169 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0358964  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0849  hypothetical protein  44.28 
 
 		 211 aa  173  1.9999999999999998e-42  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0401189  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00410  uracil-DNA glycosylase  42.41 
 
 		 200 aa  172  3.9999999999999995e-42  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.188097 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1329  hypothetical protein  46.63 
 
 		 198 aa  169  2e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.503391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1585  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  41.58 
 
 		 209 aa  160  8.000000000000001e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1181  Uracil-DNA glycosylase superfamily  37.89 
 
 		 190 aa  157  1e-37  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1928  hypothetical protein  46.82 
 
 		 225 aa  157  1e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1653  putative uracil-DNA glycosylase family protein  46.62 
 
 		 154 aa  121  8e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000259009  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0771  hypothetical protein  46.94 
 
 		 113 aa  87.4  1e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2711  Uracil-DNA glycosylase superfamily  32.39 
 
 		 198 aa  66.2  0.0000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.002461  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1244  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  29.17 
 
 		 221 aa  58.5  0.00000006  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0091  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  25.29 
 
 		 216 aa  51.6  0.000008  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4414  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  26.29 
 
 		 220 aa  51.6  0.000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2187  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  25.14 
 
 		 205 aa  50.8  0.00001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0812  hypothetical protein  47.27 
 
 		 86 aa  50.4  0.00001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0290024  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1085  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  25 
 
 		 217 aa  50.1  0.00002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.863324  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0270  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  26.06 
 
 		 249 aa  49.3  0.00003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.472831  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0413  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  27.17 
 
 		 242 aa  49.7  0.00003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.13684  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0444  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  30.67 
 
 		 220 aa  49.7  0.00003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  decreased coverage  0.00359006  normal  0.183299 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0483  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  24.02 
 
 		 195 aa  48.5  0.00006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000659964  normal  0.795166 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0426  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  25.12 
 
 		 193 aa  46.2  0.0003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000629945  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>