138 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0908 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_0908  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  100 
 
 		 206 aa  423  1e-117  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.22302  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1297  hypothetical protein  58.55 
 
 		 192 aa  247  1e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.627102  normal  0.632291 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002178  uracil-DNA glycosylase  58.67 
 
 		 190 aa  246  2e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.846925  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00217  uracil-DNA glycosylase  57.65 
 
 		 190 aa  241  5e-63  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2644  hypothetical protein  56.92 
 
 		 190 aa  239  2e-62  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0518  hypothetical protein  58.46 
 
 		 197 aa  238  4e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0676  Uracil-DNA glycosylase superfamily  58.46 
 
 		 202 aa  238  5e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.719077 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2770  1-(5-phosphoribosyl)-5-amino-4-imidazole- carboxylate (AIR) carboxylase  56.84 
 
 		 194 aa  235  3e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00402973 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1828  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  52.55 
 
 		 198 aa  234  8e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.134744  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2058  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  55.38 
 
 		 194 aa  234  9e-61  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3131  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  53.33 
 
 		 192 aa  234  1.0000000000000001e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.368422  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2359  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  56.77 
 
 		 196 aa  227  8e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000880507  normal  0.472241 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4694  Uracil-DNA glycosylase superfamily  52.17 
 
 		 203 aa  226  3e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.294521  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3942  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  55.44 
 
 		 199 aa  223  2e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0738689  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1872  hypothetical protein  55.05 
 
 		 199 aa  222  3e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.637506  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5792  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  54.92 
 
 		 199 aa  222  3e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3856  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  54.92 
 
 		 199 aa  221  4e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4512  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  54.92 
 
 		 199 aa  221  4e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0298657  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0123  Uracil-DNA glycosylase superfamily  53.57 
 
 		 192 aa  220  9.999999999999999e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.874568  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4405  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  54.4 
 
 		 199 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.212446 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2706  Uracil DNA glycosylase family protein  53.47 
 
 		 224 aa  217  8.999999999999998e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1099  uracil-DNA glycosylase  53.47 
 
 		 224 aa  216  1e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.537061  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0381  uracil DNA glycosylase superfamily protein  55.21 
 
 		 224 aa  217  1e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4558  uracil-DNA glycosylase superfamily  58.15 
 
 		 201 aa  216  1e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.390923  normal  0.0967806 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0471  hypothetical protein  50 
 
 		 193 aa  216  1e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.100032  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2858  uracil-DNA glycosylase  53.47 
 
 		 224 aa  216  1e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0288683  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1338  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  53.89 
 
 		 199 aa  216  2e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.382348 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2702  hypothetical protein  51.55 
 
 		 200 aa  216  2e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4142  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  53.89 
 
 		 199 aa  215  2.9999999999999998e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0519945 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4129  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  49.75 
 
 		 201 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2718  Uracil-DNA glycosylase superfamily  55.38 
 
 		 221 aa  211  7e-54  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3380  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  55.38 
 
 		 221 aa  210  1e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.22739 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4522  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  53.89 
 
 		 197 aa  207  6e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1429  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  52.85 
 
 		 208 aa  203  1e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.545725  normal  0.935298 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2680  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  45.83 
 
 		 237 aa  203  2e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.131462 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03250  hypothetical protein  47.42 
 
 		 188 aa  201  4e-51  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.554703  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0845  hypothetical protein  49.49 
 
 		 228 aa  201  5e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.377436  normal  0.873186 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1608  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  43.86 
 
 		 232 aa  201  5e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0279147 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2582  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  44.55 
 
 		 240 aa  201  8e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0218506 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2769  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  43.86 
 
 		 232 aa  200  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0568899  hitchhiker  0.000000360563 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2514  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  44.55 
 
 		 240 aa  199  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.992291  hitchhiker  0.00085565 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2054  hypothetical protein  47.66 
 
 		 211 aa  198  5e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.468263  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1574  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  43.86 
 
 		 232 aa  197  7e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.708396  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0962  uracil-DNA glycosylase  48.74 
 
 		 196 aa  197  9e-50  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.632434 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5163  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  53.12 
 
 		 194 aa  197  1.0000000000000001e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.231748  normal  0.418426 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1775  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  43.3 
 
 		 223 aa  195  4.0000000000000005e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1203  hypothetical protein  49.23 
 
 		 197 aa  192  2e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.926409 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3644  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  50 
 
 		 199 aa  191  8e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.848547  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1474  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  44.55 
 
 		 228 aa  190  1e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4034  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  51.16 
 
 		 169 aa  189  2e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0358964  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1516  Uracil-DNA glycosylase superfamily  49.25 
 
 		 220 aa  188  5e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.827918  normal  0.649951 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1521  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  46.26 
 
 		 214 aa  188  5.999999999999999e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1265  Uracil-DNA glycosylase superfamily  49.5 
 
 		 205 aa  187  1e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.267096  normal  0.846076 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3128  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  44.33 
 
 		 208 aa  186  2e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111498 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1204  Uracil-DNA glycosylase superfamily  49.5 
 
 		 205 aa  185  3e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0662658 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1797  Uracil-DNA glycosylase superfamily  47.57 
 
 		 220 aa  186  3e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.804136  normal  0.0343118 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2314  uracil-DNA glycosylase protein  46.19 
 
 		 210 aa  186  3e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A21  Uracil-DNA glycosylase  45.13 
 
 		 190 aa  185  5e-46  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1081  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  54.32 
 
 		 178 aa  184  1.0000000000000001e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.506052  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1518  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  48.5 
 
 		 232 aa  183  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.584042  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03584  uracil-DNA glycosylase  48.96 
 
 		 195 aa  182  2.0000000000000003e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1329  hypothetical protein  50.53 
 
 		 198 aa  182  4.0000000000000006e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.503391  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2077  putative uracil-DNA glycosylase protein  46.91 
 
 		 210 aa  182  4.0000000000000006e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.807763  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3652  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  48.74 
 
 		 194 aa  181  6e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0557217 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1218  hypothetical protein  44.9 
 
 		 194 aa  179  2.9999999999999997e-44  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.751449  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1333  hypothetical protein  50 
 
 		 183 aa  179  4e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3326  hypothetical protein  45.7 
 
 		 225 aa  177  1e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.238699  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0265  hypothetical protein  46.88 
 
 		 223 aa  176  2e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.9997 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0656  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  45.18 
 
 		 200 aa  176  2e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2008  hypothetical protein  45.45 
 
 		 193 aa  174  9e-43  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.000663876  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0915  Uracil-DNA glycosylase  42.78 
 
 		 191 aa  173  1.9999999999999998e-42  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.316176  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1236  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  45.23 
 
 		 220 aa  173  1.9999999999999998e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0412075  normal  0.70134 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1598  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  51.5 
 
 		 217 aa  173  1.9999999999999998e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.641371  normal  0.405689 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0588  uracil-DNA glycosylase superfamily  45.96 
 
 		 202 aa  172  1.9999999999999998e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1585  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  43.35 
 
 		 209 aa  171  5e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0869  hypothetical protein  45.15 
 
 		 213 aa  170  1e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1082  hypothetical protein  43.22 
 
 		 194 aa  169  4e-41  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3330  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  45.88 
 
 		 195 aa  168  4e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.294993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2577  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  44.61 
 
 		 204 aa  169  4e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.309548  normal  0.0518194 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0861  hypothetical protein  44.66 
 
 		 213 aa  168  5e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1752  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  44.78 
 
 		 205 aa  167  7e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00410  uracil-DNA glycosylase  41.97 
 
 		 200 aa  167  1e-40  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.188097 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0849  hypothetical protein  42.36 
 
 		 211 aa  166  2.9999999999999998e-40  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0401189  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1928  hypothetical protein  41.9 
 
 		 225 aa  165  4e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2358  hypothetical protein  47.19 
 
 		 210 aa  164  6.9999999999999995e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.752899  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1181  Uracil-DNA glycosylase superfamily  40.61 
 
 		 190 aa  162  5.0000000000000005e-39  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1653  putative uracil-DNA glycosylase family protein  42.86 
 
 		 154 aa  105  5e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000259009  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0771  hypothetical protein  42.16 
 
 		 113 aa  84.3  0.000000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2711  Uracil-DNA glycosylase superfamily  32.92 
 
 		 198 aa  68.6  0.00000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.002461  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2543  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  30.9 
 
 		 235 aa  55.8  0.0000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0670794  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0812  hypothetical protein  57.78 
 
 		 86 aa  52.8  0.000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0290024  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0259  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  30.27 
 
 		 238 aa  53.1  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.382173  normal  0.0633983 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1244  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  24.06 
 
 		 221 aa  51.2  0.00001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2784  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  28.07 
 
 		 211 aa  50.1  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0335572 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0413  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  28.98 
 
 		 242 aa  50.4  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.13684  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1297  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  29.05 
 
 		 187 aa  50.1  0.00003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1204  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  27.47 
 
 		 210 aa  49.3  0.00004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0469279  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01520  uracil-DNA glycosylase, family 4  29.48 
 
 		 195 aa  48.9  0.00005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0226409 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0372  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  27.04 
 
 		 294 aa  48.9  0.00005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000046016 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0942  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  30.51 
 
 		 204 aa  48.9  0.00005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>