134 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1236 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1236  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  100 
 
 		 220 aa  442  1e-123  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0412075  normal  0.70134 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3652  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  66.84 
 
 		 194 aa  263  1e-69  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0557217 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0588  uracil-DNA glycosylase superfamily  61.42 
 
 		 202 aa  263  2e-69  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0656  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  64.29 
 
 		 200 aa  260  1e-68  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2077  putative uracil-DNA glycosylase protein  53.17 
 
 		 210 aa  212  2.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.807763  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2314  uracil-DNA glycosylase protein  50.24 
 
 		 210 aa  208  5e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1081  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  60.12 
 
 		 178 aa  202  3e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.506052  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3326  hypothetical protein  52.61 
 
 		 225 aa  201  6e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.238699  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1598  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  53.77 
 
 		 217 aa  198  3.9999999999999996e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.641371  normal  0.405689 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1297  hypothetical protein  54.55 
 
 		 192 aa  197  9e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.627102  normal  0.632291 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2054  hypothetical protein  53.06 
 
 		 211 aa  197  1.0000000000000001e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.468263  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0962  uracil-DNA glycosylase  51.78 
 
 		 196 aa  195  4.0000000000000005e-49  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.632434 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3330  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  52.85 
 
 		 195 aa  194  7e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.294993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2058  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  47.94 
 
 		 194 aa  194  1e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4694  Uracil-DNA glycosylase superfamily  53.37 
 
 		 203 aa  194  1e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.294521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2706  Uracil DNA glycosylase family protein  53.89 
 
 		 224 aa  191  9e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1099  uracil-DNA glycosylase  53.89 
 
 		 224 aa  190  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.537061  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2858  uracil-DNA glycosylase  53.89 
 
 		 224 aa  190  1e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0288683  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2359  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  49 
 
 		 196 aa  189  2e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000880507  normal  0.472241 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1518  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  53.09 
 
 		 232 aa  190  2e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.584042  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1516  Uracil-DNA glycosylase superfamily  53.09 
 
 		 220 aa  188  5e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.827918  normal  0.649951 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1797  Uracil-DNA glycosylase superfamily  53.4 
 
 		 220 aa  187  9e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.804136  normal  0.0343118 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4558  uracil-DNA glycosylase superfamily  50.52 
 
 		 201 aa  187  1e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.390923  normal  0.0967806 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0849  hypothetical protein  45.54 
 
 		 211 aa  187  1e-46  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0401189  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3131  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  45.23 
 
 		 192 aa  187  2e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.368422  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0381  uracil DNA glycosylase superfamily protein  52.6 
 
 		 224 aa  186  2e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3942  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  53.12 
 
 		 199 aa  182  3e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0738689  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5792  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  53.4 
 
 		 199 aa  182  3e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4405  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  51.56 
 
 		 199 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.212446 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3856  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  53.4 
 
 		 199 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4512  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  53.4 
 
 		 199 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0298657  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1828  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  47.67 
 
 		 198 aa  182  5.0000000000000004e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.134744  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1752  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  48.04 
 
 		 205 aa  181  8.000000000000001e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2577  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  52.82 
 
 		 204 aa  181  9.000000000000001e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.309548  normal  0.0518194 
 
 
-
 
NC_004310  BR0869  hypothetical protein  47.6 
 
 		 213 aa  177  8e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4142  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  53.12 
 
 		 199 aa  177  8e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0519945 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0471  hypothetical protein  45.96 
 
 		 193 aa  176  2e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.100032  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2770  1-(5-phosphoribosyl)-5-amino-4-imidazole- carboxylate (AIR) carboxylase  46.7 
 
 		 194 aa  176  2e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00402973 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0845  hypothetical protein  47.76 
 
 		 228 aa  176  3e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.377436  normal  0.873186 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2358  hypothetical protein  46.41 
 
 		 210 aa  176  3e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.752899  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0861  hypothetical protein  47.12 
 
 		 213 aa  175  4e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1338  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  52.08 
 
 		 199 aa  175  5e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.382348 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3128  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  44.78 
 
 		 208 aa  174  6e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111498 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0908  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  45.23 
 
 		 206 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.22302  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4522  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  49.48 
 
 		 197 aa  172  3.9999999999999995e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0123  Uracil-DNA glycosylase superfamily  47.09 
 
 		 192 aa  171  5.999999999999999e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.874568  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1429  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  43.78 
 
 		 208 aa  171  5.999999999999999e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.545725  normal  0.935298 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1872  hypothetical protein  49.5 
 
 		 199 aa  171  1e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.637506  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2702  hypothetical protein  42.23 
 
 		 200 aa  170  1e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4129  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  45.69 
 
 		 201 aa  170  2e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002178  uracil-DNA glycosylase  44.04 
 
 		 190 aa  170  2e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.846925  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5163  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  45.5 
 
 		 194 aa  169  3e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.231748  normal  0.418426 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00217  uracil-DNA glycosylase  43.01 
 
 		 190 aa  166  2e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1928  hypothetical protein  46.19 
 
 		 225 aa  166  2e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3644  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  51.35 
 
 		 199 aa  166  4e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.848547  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0265  hypothetical protein  48.02 
 
 		 223 aa  165  5e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.9997 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1333  hypothetical protein  48.6 
 
 		 183 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0676  Uracil-DNA glycosylase superfamily  48.21 
 
 		 202 aa  162  3e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.719077 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0518  hypothetical protein  48.21 
 
 		 197 aa  162  4.0000000000000004e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1203  hypothetical protein  44.06 
 
 		 197 aa  161  8.000000000000001e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.926409 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1265  Uracil-DNA glycosylase superfamily  47.45 
 
 		 205 aa  159  4e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.267096  normal  0.846076 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2644  hypothetical protein  43.52 
 
 		 190 aa  158  5e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1521  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  38.46 
 
 		 214 aa  156  2e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3380  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  46.39 
 
 		 221 aa  155  3e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.22739 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2718  Uracil-DNA glycosylase superfamily  46.39 
 
 		 221 aa  155  3e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1204  Uracil-DNA glycosylase superfamily  45.77 
 
 		 205 aa  153  2e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0662658 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4034  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  42.01 
 
 		 169 aa  152  2.9999999999999998e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0358964  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2680  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  39.01 
 
 		 237 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.131462 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1329  hypothetical protein  47.09 
 
 		 198 aa  152  4e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.503391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1608  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  38.63 
 
 		 232 aa  149  3e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0279147 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1082  hypothetical protein  42.27 
 
 		 194 aa  149  4e-35  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2769  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  38.2 
 
 		 232 aa  148  7e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0568899  hitchhiker  0.000000360563 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1218  hypothetical protein  38.78 
 
 		 194 aa  147  1.0000000000000001e-34  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.751449  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03584  uracil-DNA glycosylase  38.66 
 
 		 195 aa  147  1.0000000000000001e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03250  hypothetical protein  38.34 
 
 		 188 aa  147  1.0000000000000001e-34  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.554703  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1574  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  37.77 
 
 		 232 aa  146  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.708396  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2582  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  37.56 
 
 		 240 aa  145  5e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0218506 
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A21  Uracil-DNA glycosylase  34.69 
 
 		 190 aa  145  6e-34  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2514  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  37.9 
 
 		 240 aa  144  9e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.992291  hitchhiker  0.00085565 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1474  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  37.61 
 
 		 228 aa  142  3e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0915  Uracil-DNA glycosylase  37.29 
 
 		 191 aa  139  3e-32  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.316176  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1775  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  35.4 
 
 		 223 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2008  hypothetical protein  36.27 
 
 		 193 aa  137  2e-31  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.000663876  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00410  uracil-DNA glycosylase  40.2 
 
 		 200 aa  135  7.000000000000001e-31  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.188097 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1181  Uracil-DNA glycosylase superfamily  35.33 
 
 		 190 aa  125  4.0000000000000003e-28  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1585  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  37.5 
 
 		 209 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0771  hypothetical protein  47.37 
 
 		 113 aa  87.8  1e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1653  putative uracil-DNA glycosylase family protein  35.33 
 
 		 154 aa  87  2e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000259009  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2711  Uracil-DNA glycosylase superfamily  34.83 
 
 		 198 aa  77.8  0.0000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.002461  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0942  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  34.81 
 
 		 204 aa  68.2  0.0000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0444  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  36 
 
 		 220 aa  62.4  0.000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  decreased coverage  0.00359006  normal  0.183299 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3973  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  35.33 
 
 		 211 aa  61.2  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.274451  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4084  Uracil-DNA glycosylase superfamily protein  33.92 
 
 		 211 aa  59.3  0.00000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.275306  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4117  Uracil-DNA glycosylase superfamily  34.67 
 
 		 211 aa  58.5  0.00000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00101771  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3092  uracil-DNA glycosylase  33.79 
 
 		 184 aa  56.6  0.0000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00381992  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1297  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  26.26 
 
 		 187 aa  55.1  0.0000007  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2187  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  25.58 
 
 		 205 aa  54.7  0.000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0438  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  30.35 
 
 		 189 aa  53.9  0.000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1556  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  27.15 
 
 		 230 aa  52.4  0.000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.199846  normal  0.802988 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2491  DNA polymerase domain-containing protein  30 
 
 		 264 aa  52  0.000008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>