117 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_4129 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_4129  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  100 
 
 		 201 aa  410  1e-114  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1099  uracil-DNA glycosylase  67.72 
 
 		 224 aa  271  3e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.537061  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2858  uracil-DNA glycosylase  67.72 
 
 		 224 aa  271  3e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0288683  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4142  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  63.45 
 
 		 199 aa  271  6e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0519945 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2706  Uracil DNA glycosylase family protein  67.2 
 
 		 224 aa  270  9e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3856  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  65.26 
 
 		 199 aa  269  2e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3942  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  63.45 
 
 		 199 aa  269  2e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0738689  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4512  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  65.26 
 
 		 199 aa  269  2e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0298657  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5792  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  64.74 
 
 		 199 aa  268  4e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4405  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  64.74 
 
 		 199 aa  268  4e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.212446 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0123  Uracil-DNA glycosylase superfamily  62.83 
 
 		 192 aa  268  5e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.874568  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1338  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  64.74 
 
 		 199 aa  265  2.9999999999999995e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.382348 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0381  uracil DNA glycosylase superfamily protein  65.08 
 
 		 224 aa  260  1e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2058  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  56.84 
 
 		 194 aa  249  3e-65  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002178  uracil-DNA glycosylase  55.79 
 
 		 190 aa  246  1e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.846925  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2644  hypothetical protein  57.37 
 
 		 190 aa  243  9.999999999999999e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00217  uracil-DNA glycosylase  55.26 
 
 		 190 aa  242  1.9999999999999999e-63  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0845  hypothetical protein  60.96 
 
 		 228 aa  241  7.999999999999999e-63  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.377436  normal  0.873186 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4522  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  60.54 
 
 		 197 aa  238  5.999999999999999e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2770  1-(5-phosphoribosyl)-5-amino-4-imidazole- carboxylate (AIR) carboxylase  58.29 
 
 		 194 aa  236  2e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00402973 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4694  Uracil-DNA glycosylase superfamily  55.5 
 
 		 203 aa  233  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.294521  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1828  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  53.4 
 
 		 198 aa  221  4.9999999999999996e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.134744  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0962  uracil-DNA glycosylase  52.82 
 
 		 196 aa  219  1.9999999999999999e-56  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.632434 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1297  hypothetical protein  51.56 
 
 		 192 aa  219  3e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.627102  normal  0.632291 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0471  hypothetical protein  51.87 
 
 		 193 aa  215  4e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.100032  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1081  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  60.92 
 
 		 178 aa  214  5e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.506052  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1872  hypothetical protein  54.87 
 
 		 199 aa  213  9.999999999999999e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.637506  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0908  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  49.75 
 
 		 206 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.22302  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3644  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  57.78 
 
 		 199 aa  211  5.999999999999999e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.848547  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2359  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  48.44 
 
 		 196 aa  208  4e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000880507  normal  0.472241 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0676  Uracil-DNA glycosylase superfamily  52.24 
 
 		 202 aa  207  1e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.719077 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0518  hypothetical protein  53.93 
 
 		 197 aa  206  2e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4558  uracil-DNA glycosylase superfamily  48.73 
 
 		 201 aa  206  3e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.390923  normal  0.0967806 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3131  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  47.85 
 
 		 192 aa  204  5e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.368422  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2314  uracil-DNA glycosylase protein  49.02 
 
 		 210 aa  204  5e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3330  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  52.08 
 
 		 195 aa  204  1e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.294993  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2718  Uracil-DNA glycosylase superfamily  54.17 
 
 		 221 aa  203  1e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3380  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  52.88 
 
 		 221 aa  201  7e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.22739 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2077  putative uracil-DNA glycosylase protein  47.55 
 
 		 210 aa  199  3e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.807763  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0265  hypothetical protein  53.4 
 
 		 223 aa  198  5e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.9997 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4034  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  51.74 
 
 		 169 aa  198  6e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0358964  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2582  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  44.75 
 
 		 240 aa  195  4.0000000000000005e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0218506 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03250  hypothetical protein  42.33 
 
 		 188 aa  195  4.0000000000000005e-49  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.554703  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5163  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  47.85 
 
 		 194 aa  193  1e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.231748  normal  0.418426 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2514  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  44.75 
 
 		 240 aa  193  1e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.992291  hitchhiker  0.00085565 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1203  hypothetical protein  51.02 
 
 		 197 aa  193  1e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.926409 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2680  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  44.84 
 
 		 237 aa  192  2e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.131462 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1775  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  43.05 
 
 		 223 aa  191  8e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1474  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  42.53 
 
 		 228 aa  190  1e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3128  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  43.72 
 
 		 208 aa  190  1e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111498 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2054  hypothetical protein  48.22 
 
 		 211 aa  189  4e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.468263  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1608  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  42.29 
 
 		 232 aa  188  4e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0279147 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2769  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  42.29 
 
 		 232 aa  187  8e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0568899  hitchhiker  0.000000360563 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1574  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  42.29 
 
 		 232 aa  187  1e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.708396  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1516  Uracil-DNA glycosylase superfamily  49.01 
 
 		 220 aa  187  1e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.827918  normal  0.649951 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2702  hypothetical protein  45.88 
 
 		 200 aa  186  2e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1797  Uracil-DNA glycosylase superfamily  48.28 
 
 		 220 aa  185  4e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.804136  normal  0.0343118 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1752  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  48.04 
 
 		 205 aa  184  5e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1218  hypothetical protein  41.58 
 
 		 194 aa  183  1.0000000000000001e-45  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.751449  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1598  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  46.34 
 
 		 217 aa  184  1.0000000000000001e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.641371  normal  0.405689 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3652  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  49.23 
 
 		 194 aa  182  2.0000000000000003e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0557217 
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A21  Uracil-DNA glycosylase  45.29 
 
 		 190 aa  182  4.0000000000000006e-45  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2358  hypothetical protein  48.53 
 
 		 210 aa  182  4.0000000000000006e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.752899  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1518  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  47.78 
 
 		 232 aa  182  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.584042  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0869  hypothetical protein  46.83 
 
 		 213 aa  181  5.0000000000000004e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1265  Uracil-DNA glycosylase superfamily  49.21 
 
 		 205 aa  181  8.000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.267096  normal  0.846076 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2577  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  47.29 
 
 		 204 aa  180  1e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.309548  normal  0.0518194 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0861  hypothetical protein  46.34 
 
 		 213 aa  179  2e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3326  hypothetical protein  46.98 
 
 		 225 aa  178  4e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.238699  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1204  Uracil-DNA glycosylase superfamily  48.15 
 
 		 205 aa  178  4e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0662658 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0588  uracil-DNA glycosylase superfamily  46.63 
 
 		 202 aa  177  1e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1429  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  43.43 
 
 		 208 aa  176  2e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.545725  normal  0.935298 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1329  hypothetical protein  50.53 
 
 		 198 aa  175  3e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.503391  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1333  hypothetical protein  48.9 
 
 		 183 aa  174  6e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1082  hypothetical protein  39.79 
 
 		 194 aa  173  9.999999999999999e-43  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0915  Uracil-DNA glycosylase  40.43 
 
 		 191 aa  173  1.9999999999999998e-42  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.316176  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2008  hypothetical protein  39.47 
 
 		 193 aa  172  2.9999999999999996e-42  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.000663876  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1521  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  40.1 
 
 		 214 aa  171  9e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00410  uracil-DNA glycosylase  43.01 
 
 		 200 aa  170  1e-41  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.188097 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1236  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  45.69 
 
 		 220 aa  170  1e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0412075  normal  0.70134 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03584  uracil-DNA glycosylase  41.62 
 
 		 195 aa  170  2e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1585  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  41.58 
 
 		 209 aa  164  9e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0656  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  42.35 
 
 		 200 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1928  hypothetical protein  43.9 
 
 		 225 aa  163  2.0000000000000002e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0849  hypothetical protein  40 
 
 		 211 aa  161  6e-39  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0401189  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1181  Uracil-DNA glycosylase superfamily  36.84 
 
 		 190 aa  153  2e-36  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1653  putative uracil-DNA glycosylase family protein  36.73 
 
 		 154 aa  99.4  4e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000259009  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0771  hypothetical protein  48.48 
 
 		 113 aa  88.2  8e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2711  Uracil-DNA glycosylase superfamily  34.94 
 
 		 198 aa  70.9  0.00000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.002461  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0812  hypothetical protein  54.9 
 
 		 86 aa  64.7  0.0000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0290024  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4431  phage SPO1 DNA polymerase-like protein  27.75 
 
 		 226 aa  55.1  0.0000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.696718  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0942  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  32.98 
 
 		 204 aa  54.7  0.0000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0444  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  33.75 
 
 		 220 aa  50.4  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  decreased coverage  0.00359006  normal  0.183299 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0893  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  27.81 
 
 		 227 aa  48.9  0.00005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000148707 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0413  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  24.4 
 
 		 242 aa  48.9  0.00005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.13684  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4117  Uracil-DNA glycosylase superfamily  30.16 
 
 		 211 aa  48.1  0.00008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00101771  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1244  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  23.96 
 
 		 221 aa  48.1  0.00009  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4084  Uracil-DNA glycosylase superfamily protein  30.37 
 
 		 211 aa  48.1  0.00009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.275306  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3973  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  31.33 
 
 		 211 aa  46.2  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.274451  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1180  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  28.05 
 
 		 187 aa  45.4  0.0006  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>