119 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0656 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0656  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  100 
 
 		 200 aa  414  9.999999999999999e-116  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3652  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  65.97 
 
 		 194 aa  273  1.0000000000000001e-72  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0557217 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0588  uracil-DNA glycosylase superfamily  62.37 
 
 		 202 aa  264  7e-70  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1236  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  64.29 
 
 		 220 aa  260  1e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0412075  normal  0.70134 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2314  uracil-DNA glycosylase protein  52.71 
 
 		 210 aa  213  9.999999999999999e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3326  hypothetical protein  51.67 
 
 		 225 aa  213  1.9999999999999998e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.238699  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2077  putative uracil-DNA glycosylase protein  53.2 
 
 		 210 aa  211  5.999999999999999e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.807763  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3131  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  48.73 
 
 		 192 aa  202  3e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.368422  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4558  uracil-DNA glycosylase superfamily  51.01 
 
 		 201 aa  202  3e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.390923  normal  0.0967806 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1598  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  51.23 
 
 		 217 aa  201  7e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.641371  normal  0.405689 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2358  hypothetical protein  50.97 
 
 		 210 aa  201  7e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.752899  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0962  uracil-DNA glycosylase  51.53 
 
 		 196 aa  200  9e-51  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.632434 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1797  Uracil-DNA glycosylase superfamily  51.47 
 
 		 220 aa  199  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.804136  normal  0.0343118 
 
 
-
 
NC_004310  BR0869  hypothetical protein  51.22 
 
 		 213 aa  198  5e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1518  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  51.74 
 
 		 232 aa  197  6e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.584042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0861  hypothetical protein  52.26 
 
 		 213 aa  196  2.0000000000000003e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1516  Uracil-DNA glycosylase superfamily  53.06 
 
 		 220 aa  195  3e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.827918  normal  0.649951 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1828  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  48.15 
 
 		 198 aa  194  8.000000000000001e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.134744  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1429  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  48.76 
 
 		 208 aa  192  2e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.545725  normal  0.935298 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2054  hypothetical protein  48 
 
 		 211 aa  191  7e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.468263  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1297  hypothetical protein  51.31 
 
 		 192 aa  190  1e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.627102  normal  0.632291 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2058  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  47 
 
 		 194 aa  190  1e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1081  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  53.57 
 
 		 178 aa  189  2.9999999999999997e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.506052  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1752  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  51.26 
 
 		 205 aa  188  4e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0471  hypothetical protein  51.79 
 
 		 193 aa  187  5.999999999999999e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.100032  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3330  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  49.74 
 
 		 195 aa  187  9e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.294993  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1333  hypothetical protein  52.84 
 
 		 183 aa  187  9e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2577  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  52 
 
 		 204 aa  186  2e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.309548  normal  0.0518194 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0849  hypothetical protein  46 
 
 		 211 aa  185  3e-46  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0401189  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4694  Uracil-DNA glycosylase superfamily  48.22 
 
 		 203 aa  185  3e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.294521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2359  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  47.62 
 
 		 196 aa  184  6e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000880507  normal  0.472241 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0845  hypothetical protein  49.21 
 
 		 228 aa  183  1.0000000000000001e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.377436  normal  0.873186 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0123  Uracil-DNA glycosylase superfamily  45.88 
 
 		 192 aa  180  1e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.874568  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5163  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  47.76 
 
 		 194 aa  179  2e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.231748  normal  0.418426 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4522  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  46.91 
 
 		 197 aa  176  1e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0908  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  45.18 
 
 		 206 aa  176  2e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.22302  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1928  hypothetical protein  47.78 
 
 		 225 aa  175  5e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002178  uracil-DNA glycosylase  41.97 
 
 		 190 aa  174  6e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.846925  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00217  uracil-DNA glycosylase  41.97 
 
 		 190 aa  174  9.999999999999999e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3942  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  48.45 
 
 		 199 aa  172  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0738689  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2706  Uracil DNA glycosylase family protein  46.97 
 
 		 224 aa  172  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4405  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  49.48 
 
 		 199 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.212446 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1099  uracil-DNA glycosylase  46.97 
 
 		 224 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.537061  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2858  uracil-DNA glycosylase  46.97 
 
 		 224 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0288683  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3644  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  47.54 
 
 		 199 aa  171  6.999999999999999e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.848547  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0381  uracil DNA glycosylase superfamily protein  47.72 
 
 		 224 aa  171  6.999999999999999e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3856  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  48.42 
 
 		 199 aa  171  6.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4512  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  48.42 
 
 		 199 aa  171  6.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0298657  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1872  hypothetical protein  46 
 
 		 199 aa  170  1e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.637506  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5792  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  48.42 
 
 		 199 aa  170  1e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0676  Uracil-DNA glycosylase superfamily  46.91 
 
 		 202 aa  169  2e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.719077 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0518  hypothetical protein  46.91 
 
 		 197 aa  169  2e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3380  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  47.69 
 
 		 221 aa  169  3e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.22739 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4142  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  47.94 
 
 		 199 aa  167  7e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0519945 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2718  Uracil-DNA glycosylase superfamily  47.18 
 
 		 221 aa  167  7e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1329  hypothetical protein  50 
 
 		 198 aa  166  1e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.503391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2702  hypothetical protein  40.82 
 
 		 200 aa  167  1e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3128  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  42.79 
 
 		 208 aa  166  2e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111498 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2770  1-(5-phosphoribosyl)-5-amino-4-imidazole- carboxylate (AIR) carboxylase  43.3 
 
 		 194 aa  166  2.9999999999999998e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00402973 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2644  hypothetical protein  42.41 
 
 		 190 aa  165  2.9999999999999998e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1338  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  47.42 
 
 		 199 aa  165  5e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.382348 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4129  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  42.35 
 
 		 201 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1521  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  42.03 
 
 		 214 aa  163  1.0000000000000001e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0265  hypothetical protein  42.79 
 
 		 223 aa  162  4.0000000000000004e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.9997 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03250  hypothetical protein  41.27 
 
 		 188 aa  160  1e-38  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.554703  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1265  Uracil-DNA glycosylase superfamily  46.88 
 
 		 205 aa  160  1e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.267096  normal  0.846076 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03584  uracil-DNA glycosylase  41.75 
 
 		 195 aa  160  1e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1203  hypothetical protein  43.68 
 
 		 197 aa  160  2e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.926409 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1204  Uracil-DNA glycosylase superfamily  46.32 
 
 		 205 aa  157  8e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0662658 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4034  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  41.88 
 
 		 169 aa  157  1e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0358964  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2680  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  37.61 
 
 		 237 aa  152  2.9999999999999998e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.131462 
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A21  Uracil-DNA glycosylase  37.57 
 
 		 190 aa  151  8e-36  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2582  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  37.67 
 
 		 240 aa  150  2e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0218506 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2514  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  37.21 
 
 		 240 aa  148  6e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.992291  hitchhiker  0.00085565 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0915  Uracil-DNA glycosylase  39.55 
 
 		 191 aa  145  3e-34  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.316176  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1775  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  36.92 
 
 		 223 aa  144  9e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1574  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  35.56 
 
 		 232 aa  143  1e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.708396  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1608  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  36 
 
 		 232 aa  144  1e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0279147 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2769  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  35.56 
 
 		 232 aa  144  1e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0568899  hitchhiker  0.000000360563 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2008  hypothetical protein  36.41 
 
 		 193 aa  142  3e-33  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.000663876  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1474  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  35.09 
 
 		 228 aa  141  6e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1082  hypothetical protein  40.33 
 
 		 194 aa  140  9.999999999999999e-33  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00410  uracil-DNA glycosylase  40 
 
 		 200 aa  134  9e-31  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.188097 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1218  hypothetical protein  35.38 
 
 		 194 aa  133  9.999999999999999e-31  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.751449  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1585  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  42.75 
 
 		 209 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1181  Uracil-DNA glycosylase superfamily  36.36 
 
 		 190 aa  119  3e-26  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0771  hypothetical protein  45.36 
 
 		 113 aa  89  4e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1653  putative uracil-DNA glycosylase family protein  34.25 
 
 		 154 aa  84.7  9e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000259009  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2187  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  27.87 
 
 		 205 aa  57.4  0.0000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2711  Uracil-DNA glycosylase superfamily  34.74 
 
 		 198 aa  55.8  0.0000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.002461  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0444  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  30.72 
 
 		 220 aa  54.3  0.000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  decreased coverage  0.00359006  normal  0.183299 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4117  Uracil-DNA glycosylase superfamily  32.03 
 
 		 211 aa  51.2  0.000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00101771  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1244  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  27.07 
 
 		 221 aa  50.4  0.00002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3973  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  30.52 
 
 		 211 aa  50.1  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.274451  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4414  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  27.64 
 
 		 220 aa  50.1  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4084  Uracil-DNA glycosylase superfamily protein  30.32 
 
 		 211 aa  50.4  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.275306  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1556  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  28.29 
 
 		 230 aa  49.3  0.00003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.199846  normal  0.802988 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0365  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  33.33 
 
 		 208 aa  48.5  0.00007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0942  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  34.69 
 
 		 204 aa  47.4  0.0001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1940  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  29.17 
 
 		 205 aa  46.6  0.0002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000409376 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>