98 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0588 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0588  uracil-DNA glycosylase superfamily  100 
 
 		 202 aa  412  1e-114  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3652  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  67.01 
 
 		 194 aa  277  7e-74  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0557217 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0656  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  62.37 
 
 		 200 aa  264  7e-70  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1236  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  61.42 
 
 		 220 aa  263  2e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0412075  normal  0.70134 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2314  uracil-DNA glycosylase protein  53.11 
 
 		 210 aa  224  6e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2077  putative uracil-DNA glycosylase protein  54.07 
 
 		 210 aa  224  7e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.807763  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1797  Uracil-DNA glycosylase superfamily  59.61 
 
 		 220 aa  220  9.999999999999999e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.804136  normal  0.0343118 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1516  Uracil-DNA glycosylase superfamily  59.41 
 
 		 220 aa  218  6e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.827918  normal  0.649951 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1752  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  57.87 
 
 		 205 aa  217  1e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1518  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  59.8 
 
 		 232 aa  216  1e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.584042  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0962  uracil-DNA glycosylase  53.65 
 
 		 196 aa  210  1e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.632434 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2577  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  59.38 
 
 		 204 aa  209  3e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.309548  normal  0.0518194 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1828  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  50.76 
 
 		 198 aa  206  2e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.134744  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2054  hypothetical protein  50.75 
 
 		 211 aa  205  4e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.468263  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1598  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  52.53 
 
 		 217 aa  204  7e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.641371  normal  0.405689 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1081  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  56.29 
 
 		 178 aa  204  8e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.506052  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2058  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  49.22 
 
 		 194 aa  202  2e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3131  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  50.25 
 
 		 192 aa  200  9.999999999999999e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.368422  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2706  Uracil DNA glycosylase family protein  53.89 
 
 		 224 aa  199  3e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0845  hypothetical protein  53.12 
 
 		 228 aa  198  3.9999999999999996e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.377436  normal  0.873186 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2858  uracil-DNA glycosylase  53.37 
 
 		 224 aa  197  7.999999999999999e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0288683  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1099  uracil-DNA glycosylase  53.37 
 
 		 224 aa  197  7.999999999999999e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.537061  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3330  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  49.49 
 
 		 195 aa  197  1.0000000000000001e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.294993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4558  uracil-DNA glycosylase superfamily  52.94 
 
 		 201 aa  196  2.0000000000000003e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.390923  normal  0.0967806 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1297  hypothetical protein  53.57 
 
 		 192 aa  194  5.000000000000001e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.627102  normal  0.632291 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2359  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  50.52 
 
 		 196 aa  194  7e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000880507  normal  0.472241 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00217  uracil-DNA glycosylase  49.75 
 
 		 190 aa  194  7e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0849  hypothetical protein  46.77 
 
 		 211 aa  194  8.000000000000001e-49  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0401189  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002178  uracil-DNA glycosylase  49.24 
 
 		 190 aa  194  8.000000000000001e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.846925  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0381  uracil DNA glycosylase superfamily protein  52.08 
 
 		 224 aa  192  4e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3326  hypothetical protein  47.83 
 
 		 225 aa  191  5e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.238699  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4694  Uracil-DNA glycosylase superfamily  51.56 
 
 		 203 aa  191  7e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.294521  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3644  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  54.59 
 
 		 199 aa  187  5.999999999999999e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.848547  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2358  hypothetical protein  52.07 
 
 		 210 aa  187  1e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.752899  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0869  hypothetical protein  46.53 
 
 		 213 aa  187  1e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0861  hypothetical protein  46.04 
 
 		 213 aa  185  4e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3128  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  44.72 
 
 		 208 aa  184  5e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111498 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3942  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  50.78 
 
 		 199 aa  183  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0738689  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4405  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  51.3 
 
 		 199 aa  183  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.212446 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0123  Uracil-DNA glycosylase superfamily  47.69 
 
 		 192 aa  182  3e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.874568  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4142  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  51.04 
 
 		 199 aa  181  8.000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0519945 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4522  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  50.26 
 
 		 197 aa  181  8.000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5792  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  49.74 
 
 		 199 aa  181  8.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4512  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  49.74 
 
 		 199 aa  180  1e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0298657  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3856  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  49.74 
 
 		 199 aa  180  1e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1333  hypothetical protein  49.72 
 
 		 183 aa  179  2.9999999999999997e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1338  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  50 
 
 		 199 aa  178  4e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.382348 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0471  hypothetical protein  46.35 
 
 		 193 aa  177  9e-44  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.100032  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4129  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  46.63 
 
 		 201 aa  177  1e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1928  hypothetical protein  48.53 
 
 		 225 aa  177  1e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1872  hypothetical protein  50 
 
 		 199 aa  177  1e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.637506  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2702  hypothetical protein  43.65 
 
 		 200 aa  176  3e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2770  1-(5-phosphoribosyl)-5-amino-4-imidazole- carboxylate (AIR) carboxylase  46.81 
 
 		 194 aa  174  9.999999999999999e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00402973 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2644  hypothetical protein  44.56 
 
 		 190 aa  172  1.9999999999999998e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0908  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  45.96 
 
 		 206 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.22302  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0265  hypothetical protein  47.47 
 
 		 223 aa  169  2e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.9997 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0518  hypothetical protein  49.73 
 
 		 197 aa  169  2e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0676  Uracil-DNA glycosylase superfamily  49.73 
 
 		 202 aa  169  2e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.719077 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1429  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  43.63 
 
 		 208 aa  169  3e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.545725  normal  0.935298 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5163  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  45.69 
 
 		 194 aa  168  5e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.231748  normal  0.418426 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2718  Uracil-DNA glycosylase superfamily  50.26 
 
 		 221 aa  167  7e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1521  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  42.31 
 
 		 214 aa  167  1e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3380  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  49.22 
 
 		 221 aa  165  4e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.22739 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03250  hypothetical protein  41.15 
 
 		 188 aa  164  5.9999999999999996e-40  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.554703  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2680  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  42.33 
 
 		 237 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.131462 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1082  hypothetical protein  42.7 
 
 		 194 aa  162  4.0000000000000004e-39  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1203  hypothetical protein  45.18 
 
 		 197 aa  161  5.0000000000000005e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.926409 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2514  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  42.27 
 
 		 240 aa  161  7e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.992291  hitchhiker  0.00085565 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1218  hypothetical protein  45.96 
 
 		 194 aa  160  1e-38  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.751449  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2582  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  41.63 
 
 		 240 aa  160  1e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0218506 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1265  Uracil-DNA glycosylase superfamily  47.15 
 
 		 205 aa  159  3e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.267096  normal  0.846076 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1608  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  38.96 
 
 		 232 aa  156  2e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0279147 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1329  hypothetical protein  47.67 
 
 		 198 aa  155  3e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.503391  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2769  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  38.1 
 
 		 232 aa  155  5.0000000000000005e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0568899  hitchhiker  0.000000360563 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1574  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  38.1 
 
 		 232 aa  154  6e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.708396  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2008  hypothetical protein  41.42 
 
 		 193 aa  153  2e-36  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.000663876  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1775  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  38.22 
 
 		 223 aa  152  2e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1204  Uracil-DNA glycosylase superfamily  45.83 
 
 		 205 aa  152  2.9999999999999998e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0662658 
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A21  Uracil-DNA glycosylase  36.07 
 
 		 190 aa  151  5.9999999999999996e-36  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0915  Uracil-DNA glycosylase  38.38 
 
 		 191 aa  150  1e-35  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.316176  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1474  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  37.78 
 
 		 228 aa  147  9e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4034  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  40.83 
 
 		 169 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0358964  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03584  uracil-DNA glycosylase  42.27 
 
 		 195 aa  145  3e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1181  Uracil-DNA glycosylase superfamily  41.32 
 
 		 190 aa  145  4.0000000000000006e-34  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00410  uracil-DNA glycosylase  42.24 
 
 		 200 aa  142  5e-33  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.188097 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1585  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  38.24 
 
 		 209 aa  131  6.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1653  putative uracil-DNA glycosylase family protein  42.96 
 
 		 154 aa  103  2e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000259009  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0771  hypothetical protein  46.46 
 
 		 113 aa  95.9  3e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2711  Uracil-DNA glycosylase superfamily  30.56 
 
 		 198 aa  58.2  0.00000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.002461  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0444  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  34.87 
 
 		 220 aa  52  0.000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  decreased coverage  0.00359006  normal  0.183299 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0942  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  32.56 
 
 		 204 aa  48.9  0.00005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2187  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  28.88 
 
 		 205 aa  46.2  0.0003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4117  Uracil-DNA glycosylase superfamily  32.89 
 
 		 211 aa  45.8  0.0004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00101771  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4084  Uracil-DNA glycosylase superfamily protein  32.24 
 
 		 211 aa  44.7  0.0009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.275306  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3092  uracil-DNA glycosylase  30.82 
 
 		 184 aa  44.7  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00381992  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3973  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  32.24 
 
 		 211 aa  44.7  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.274451  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1204  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  23.53 
 
 		 210 aa  43.1  0.003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0469279  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4414  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  25.25 
 
 		 220 aa  42  0.006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>