103 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1521 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_1521  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  100 
 
 
214 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3128  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  61.72 
 
 
208 aa  278  5e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00111498 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1608  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  54.82 
 
 
232 aa  268  4e-71  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0279147 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2769  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  54.39 
 
 
232 aa  266  1e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0568899  hitchhiker  0.000000360563 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2582  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  55.61 
 
 
240 aa  266  2e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0218506 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1574  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  53.95 
 
 
232 aa  266  2e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.708396  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2514  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  55.16 
 
 
240 aa  264  8e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.992291  hitchhiker  0.00085565 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1775  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  54.26 
 
 
223 aa  263  1e-69  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2680  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  55.3 
 
 
237 aa  260  1e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.131462 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1474  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  54.91 
 
 
228 aa  255  4e-67  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1203  hypothetical protein  55.56 
 
 
197 aa  246  2e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.926409 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2702  hypothetical protein  55.88 
 
 
200 aa  244  6.999999999999999e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1585  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  54.46 
 
 
209 aa  229  3e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1297  hypothetical protein  49.28 
 
 
192 aa  223  2e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.627102  normal  0.632291 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2058  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  50.96 
 
 
194 aa  222  3e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1429  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  50.47 
 
 
208 aa  220  9.999999999999999e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.545725  normal  0.935298 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1828  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  47.09 
 
 
198 aa  219  1.9999999999999999e-56  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.134744  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0471  hypothetical protein  47.78 
 
 
193 aa  219  3e-56  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.100032  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2359  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  48.56 
 
 
196 aa  209  2e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000880507  normal  0.472241 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3131  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  48.77 
 
 
192 aa  209  3e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.368422  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1872  hypothetical protein  45.15 
 
 
199 aa  201  9e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.637506  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5792  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  43.69 
 
 
199 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3856  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  43.69 
 
 
199 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4512  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  43.69 
 
 
199 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0298657  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4405  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  43.2 
 
 
199 aa  196  3e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.212446 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3942  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  43.2 
 
 
199 aa  195  5.000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0738689  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0676  Uracil-DNA glycosylase superfamily  44.02 
 
 
202 aa  194  7e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.719077 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0518  hypothetical protein  44.02 
 
 
197 aa  194  7e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2718  Uracil-DNA glycosylase superfamily  44.76 
 
 
221 aa  194  7e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4142  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  43.2 
 
 
199 aa  194  8.000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0519945 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0908  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  46.26 
 
 
206 aa  192  3e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.22302  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3380  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  43.81 
 
 
221 aa  191  6e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.22739 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2314  uracil-DNA glycosylase protein  43.11 
 
 
210 aa  191  7e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4694  Uracil-DNA glycosylase superfamily  41.23 
 
 
203 aa  190  1e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.294521  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1338  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  42.23 
 
 
199 aa  189  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.382348 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00217  uracil-DNA glycosylase  43.2 
 
 
190 aa  187  1e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002178  uracil-DNA glycosylase  43.2 
 
 
190 aa  186  2e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.846925  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2706  Uracil DNA glycosylase family protein  43.9 
 
 
224 aa  186  3e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1099  uracil-DNA glycosylase  43.9 
 
 
224 aa  185  4e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.537061  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2858  uracil-DNA glycosylase  43.9 
 
 
224 aa  185  4e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0288683  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1081  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  47.09 
 
 
178 aa  185  4e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.506052  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2077  putative uracil-DNA glycosylase protein  42.22 
 
 
210 aa  184  7e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.807763  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0123  Uracil-DNA glycosylase superfamily  42.72 
 
 
192 aa  184  1.0000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.874568  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2770  1-(5-phosphoribosyl)-5-amino-4-imidazole- carboxylate (AIR) carboxylase  43.9 
 
 
194 aa  181  6e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00402973 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0381  uracil DNA glycosylase superfamily protein  42.38 
 
 
224 aa  179  2e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4129  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  40.1 
 
 
201 aa  178  4e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3652  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  44.23 
 
 
194 aa  178  4.999999999999999e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0557217 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4522  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  39.72 
 
 
197 aa  177  1e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0962  uracil-DNA glycosylase  42.72 
 
 
196 aa  176  2e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.632434 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2054  hypothetical protein  43.11 
 
 
211 aa  176  3e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.468263  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0845  hypothetical protein  38.42 
 
 
228 aa  175  5e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.377436  normal  0.873186 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0588  uracil-DNA glycosylase superfamily  42.31 
 
 
202 aa  174  6e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2644  hypothetical protein  42.72 
 
 
190 aa  174  9e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1598  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  42.53 
 
 
217 aa  174  9.999999999999999e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.641371  normal  0.405689 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0656  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  42.03 
 
 
200 aa  172  2.9999999999999996e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1516  Uracil-DNA glycosylase superfamily  40.91 
 
 
220 aa  172  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.827918  normal  0.649951 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3330  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  41.83 
 
 
195 aa  171  5e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.294993  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03250  hypothetical protein  40 
 
 
188 aa  170  1e-41  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.554703  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1797  Uracil-DNA glycosylase superfamily  41.74 
 
 
220 aa  170  1e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.804136  normal  0.0343118 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1518  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  42.86 
 
 
232 aa  169  2e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.584042  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1752  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  41.74 
 
 
205 aa  169  3e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2577  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  41.47 
 
 
204 aa  169  3e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.309548  normal  0.0518194 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3644  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  41.54 
 
 
199 aa  164  5.9999999999999996e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.848547  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1236  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  38.46 
 
 
220 aa  164  8e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0412075  normal  0.70134 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03584  uracil-DNA glycosylase  45.1 
 
 
195 aa  164  8e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3326  hypothetical protein  41.74 
 
 
225 aa  163  2.0000000000000002e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.238699  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0265  hypothetical protein  38.57 
 
 
223 aa  162  5.0000000000000005e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.9997 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4558  uracil-DNA glycosylase superfamily  39.9 
 
 
201 aa  161  7e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.390923  normal  0.0967806 
 
 
-
 
NC_004310  BR0869  hypothetical protein  41.82 
 
 
213 aa  159  2e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2358  hypothetical protein  40 
 
 
210 aa  159  4e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.752899  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4034  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  42.55 
 
 
169 aa  158  7e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0358964  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0861  hypothetical protein  41.36 
 
 
213 aa  157  8e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1928  hypothetical protein  41.82 
 
 
225 aa  157  1e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1333  hypothetical protein  41.15 
 
 
183 aa  157  1e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5163  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  40.2 
 
 
194 aa  153  2e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.231748  normal  0.418426 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1329  hypothetical protein  39.27 
 
 
198 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.503391  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0849  hypothetical protein  34.96 
 
 
211 aa  145  6e-34  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0401189  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1082  hypothetical protein  37.98 
 
 
194 aa  144  1e-33  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1265  Uracil-DNA glycosylase superfamily  38.27 
 
 
205 aa  142  5e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.267096  normal  0.846076 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1204  Uracil-DNA glycosylase superfamily  37.63 
 
 
205 aa  140  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0662658 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00410  uracil-DNA glycosylase  40.98 
 
 
200 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.188097 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0915  Uracil-DNA glycosylase  40.66 
 
 
191 aa  139  3.9999999999999997e-32  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.316176  n/a   
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A21  Uracil-DNA glycosylase  35.29 
 
 
190 aa  137  1e-31  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2008  hypothetical protein  39.34 
 
 
193 aa  137  2e-31  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.000663876  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1181  Uracil-DNA glycosylase superfamily  39.01 
 
 
190 aa  134  7.000000000000001e-31  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1218  hypothetical protein  39.56 
 
 
194 aa  130  1.0000000000000001e-29  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.751449  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1653  putative uracil-DNA glycosylase family protein  39.13 
 
 
154 aa  101  1e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000259009  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0771  hypothetical protein  33.33 
 
 
113 aa  76.6  0.0000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2711  Uracil-DNA glycosylase superfamily  26.98 
 
 
198 aa  58.5  0.00000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.002461  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0812  hypothetical protein  44.23 
 
 
86 aa  57.8  0.0000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0290024  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4414  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.59 
 
 
220 aa  50.8  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0942  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  29.25 
 
 
204 aa  47  0.0002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3008  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  29.05 
 
 
229 aa  44.7  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00780326 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_379  uracil DNA glycosylase superfamily, DNA polymerase bacteriophage-type  24.32 
 
 
206 aa  42.7  0.004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2993  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  29.05 
 
 
230 aa  42  0.006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2189  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  25.68 
 
 
286 aa  42.4  0.006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3037  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  29.05 
 
 
230 aa  42  0.006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.541371  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1244  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  28.19 
 
 
221 aa  42  0.007  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3339  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  27.15 
 
 
249 aa  41.6  0.008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.133247  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1940  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  25 
 
 
205 aa  42  0.008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000409376 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>