More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0554 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_0554  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  100 
 
 
235 aa  480  1e-135  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.200527 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0785  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  60.43 
 
 
231 aa  302  3.0000000000000004e-81  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000197487 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4183  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  59.46 
 
 
235 aa  297  1e-79  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3292  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  57.83 
 
 
240 aa  285  2.9999999999999996e-76  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3722  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  57.14 
 
 
240 aa  282  4.0000000000000003e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3552  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  58.56 
 
 
233 aa  281  5.000000000000001e-75  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3444  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  58.26 
 
 
240 aa  281  5.000000000000001e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0586  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  57.83 
 
 
240 aa  280  9e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0869814 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0587  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase, putative  57.83 
 
 
240 aa  280  2e-74  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3905  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  57.14 
 
 
240 aa  280  2e-74  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0585  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  58.26 
 
 
240 aa  279  3e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3779  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  56.71 
 
 
240 aa  278  4e-74  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0546  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  56.28 
 
 
240 aa  278  8e-74  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3322  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  58.67 
 
 
244 aa  275  4e-73  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.344899  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3215  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  52.7 
 
 
240 aa  250  1e-65  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000443759  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3037  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  52.23 
 
 
240 aa  223  2e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.307286  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0915  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  40.09 
 
 
236 aa  167  1e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.119218  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1781  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  39.91 
 
 
228 aa  157  2e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3485  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  37.84 
 
 
241 aa  145  5e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.957647  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00547  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  31.56 
 
 
229 aa  117  9.999999999999999e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.606311  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1405  glycerophosphodiester phosphodiesterase  33.76 
 
 
243 aa  117  9.999999999999999e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000995679  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0424  putative glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  33.47 
 
 
245 aa  113  2.0000000000000002e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2131  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  33.04 
 
 
238 aa  113  3e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2200  hypothetical protein  30.47 
 
 
239 aa  112  6e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0420  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  32.64 
 
 
247 aa  112  6e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2228  hypothetical protein  30.04 
 
 
239 aa  111  1.0000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06395  lycerophosphoryl diester phosphodiesterase  29.74 
 
 
250 aa  110  3e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1397  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  31.82 
 
 
227 aa  108  9.000000000000001e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0069  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  32.63 
 
 
235 aa  107  2e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.571737  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04965  Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  34.7 
 
 
225 aa  105  4e-22  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1189  cytoplasmic glycerophosphodiester phosphodiesterase  32.48 
 
 
250 aa  105  5e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.249302  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0258  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  31.74 
 
 
242 aa  103  3e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3305  cytoplasmic glycerophosphodiester phosphodiesterase  30.97 
 
 
247 aa  102  5e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.233023  normal  0.109896 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5167  glycerophosphodiester phosphodiesterase  32.48 
 
 
241 aa  102  5e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1393  Glycerophosphodiester phosphodiesterase  30.54 
 
 
242 aa  102  6e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3887  glycerophosphodiester phosphodiesterase  30.77 
 
 
241 aa  102  6e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.477333  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2655  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  29.86 
 
 
237 aa  102  7e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000224371  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5054  glycerophosphodiester phosphodiesterase (glycerophosphoryl diester phosphodiesterase)  32.48 
 
 
241 aa  101  1e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5454  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  31.2 
 
 
241 aa  101  1e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5466  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  32.48 
 
 
241 aa  100  1e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5222  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  32.48 
 
 
241 aa  100  2e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5070  glycerophosphodiester phosphodiesterase (glycerophosphoryl diester phosphodiesterase)  32.48 
 
 
241 aa  100  2e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.422276  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5622  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  32.48 
 
 
241 aa  100  2e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1096  cytoplasmic glycerophosphodiester phosphodiesterase  31.62 
 
 
250 aa  100  2e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.223987  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0608  glycerophosphodiester phosphodiesterase  31.2 
 
 
257 aa  99  5e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000146198 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5552  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  32.05 
 
 
241 aa  99  6e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5496  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  31.62 
 
 
241 aa  97.8  1e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.779081  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1160  putative glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  30.6 
 
 
237 aa  97.8  1e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5503  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  31.62 
 
 
241 aa  97.4  2e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1652  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  33.9 
 
 
247 aa  96.3  4e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0300286  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0121  cytoplasmic glycerophosphodiester phosphodiesterase  31.62 
 
 
249 aa  95.9  5e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0868  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  29.37 
 
 
297 aa  95.5  6e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.672761  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2092  glycerophosphodiester phosphodiesterase  28.02 
 
 
250 aa  95.5  6e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.275875  normal  0.276307 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13160  Glycerophosphodiester phosphodiesterase  29.55 
 
 
249 aa  95.1  8e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0262  glycerophosphodiester phosphodiesterase  31.17 
 
 
224 aa  94.4  1e-18  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.479263  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000853  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  30.57 
 
 
239 aa  94.7  1e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0129  cytoplasmic glycerophosphodiester phosphodiesterase  31.2 
 
 
249 aa  93.2  3e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3412  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  32.08 
 
 
258 aa  93.2  3e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2051  cytoplasmic glycerophosphodiester phosphodiesterase  30.77 
 
 
245 aa  92.8  4e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0606758  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2312  Glycerophosphodiester phosphodiesterase  29 
 
 
244 aa  92.4  6e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2904  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  30.13 
 
 
258 aa  92  7e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000060141 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2333  glycerophosphodiester phosphodiesterase, cytosolic  33.19 
 
 
241 aa  91.3  1e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000111179  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4762  cytoplasmic glycerophosphodiester phosphodiesterase  30.21 
 
 
247 aa  91.3  1e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.240118 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1581  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  34.23 
 
 
236 aa  90.9  1e-17  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.565806  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3727  cytoplasmic glycerophosphodiester phosphodiesterase  30.21 
 
 
247 aa  90.1  2e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01040  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  34.4 
 
 
279 aa  90.1  2e-17  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1359  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  30.94 
 
 
234 aa  90.9  2e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03298  cytoplasmic glycerophosphodiester phosphodiesterase  30.21 
 
 
247 aa  90.1  3e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.96147  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0267  cytoplasmic glycerophosphodiester phosphodiesterase  30.21 
 
 
247 aa  90.1  3e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0866161  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03251  hypothetical protein  30.21 
 
 
247 aa  90.1  3e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.957517  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0328  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  31.22 
 
 
296 aa  89.7  4e-17  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.710358 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3080  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  31.33 
 
 
250 aa  89.7  4e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.943179  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2622  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  29.1 
 
 
291 aa  89.4  5e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000747655 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0266  Glycerophosphodiester phosphodiesterase  29.79 
 
 
247 aa  88.6  7e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3646  cytoplasmic glycerophosphodiester phosphodiesterase  30.21 
 
 
247 aa  88.6  8e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1033  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  31.87 
 
 
279 aa  87.8  1e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3926  cytoplasmic glycerophosphodiester phosphodiesterase  30.21 
 
 
247 aa  87.4  2e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3875  cytoplasmic glycerophosphodiester phosphodiesterase  29.79 
 
 
247 aa  87  2e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0978  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  31.47 
 
 
259 aa  86.3  4e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.337552  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2048  cytoplasmic glycerophosphodiester phosphodiesterase  31.06 
 
 
255 aa  86.3  4e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0957  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  28.1 
 
 
247 aa  85.9  5e-16  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1117  Glycerophosphodiester phosphodiesterase  25.53 
 
 
231 aa  85.9  6e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.14837  normal  0.407637 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4010  glycerophosphodiester phosphodiesterase  26.92 
 
 
242 aa  85.1  8e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0749  glycerophosphodiester phosphodiesterase  31.67 
 
 
257 aa  84  0.000000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.620418 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0112  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  30.65 
 
 
260 aa  84  0.000000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5208  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  28.02 
 
 
249 aa  83.2  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.588797 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2863  glycerophosphodiester phosphodiesterase  25.32 
 
 
242 aa  82.8  0.000000000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1604  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  29.06 
 
 
239 aa  82.8  0.000000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.547241  normal  0.098151 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0662  glycerophosphodiester phosphodiesterase  29.03 
 
 
304 aa  82.8  0.000000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0956645  normal  0.017312 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2484  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  29.88 
 
 
287 aa  82.8  0.000000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0579361  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2668  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  29.88 
 
 
287 aa  82.8  0.000000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.476095  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0337  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  29.31 
 
 
245 aa  82.4  0.000000000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0220885  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2689  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  27.45 
 
 
292 aa  82  0.000000000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.693483  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2709  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  29.05 
 
 
258 aa  82  0.000000000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0834008  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2703  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase, putative  30.24 
 
 
287 aa  81.3  0.00000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.0000518352  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0576  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  27.48 
 
 
300 aa  81.3  0.00000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2446  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  29.46 
 
 
287 aa  81.3  0.00000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000022465  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5315  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  32.77 
 
 
264 aa  81.6  0.00000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.565842  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0238  cytoplasmic glycerophosphodiester phosphodiesterase  28.63 
 
 
249 aa  81.3  0.00000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.204262 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19720  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  29.63 
 
 
260 aa  80.5  0.00000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.893566  normal  0.0200163 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>