More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1228 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_1228  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit I  100 
 
 
479 aa  971    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3837  quinol oxidase, subunit I  69.52 
 
 
457 aa  626  1e-178  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03483  quinol oxidase, subunit I  68.53 
 
 
457 aa  619  1e-176  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1175  quinol oxidase, subunit I  65.57 
 
 
445 aa  589  1e-167  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.868577  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5232  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  62.44 
 
 
453 aa  566  1e-160  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.534541 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2688  cytochrome bd-II oxidase subunit 1  60.44 
 
 
464 aa  546  1e-154  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0249782  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0736  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  58.62 
 
 
478 aa  542  1e-153  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.773822  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4159  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  61.21 
 
 
457 aa  536  1e-151  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.719863  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4271  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  61.21 
 
 
457 aa  536  1e-151  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.181358  normal  0.312295 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4117  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  63.64 
 
 
466 aa  533  1e-150  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0494  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  58.22 
 
 
470 aa  530  1e-149  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.896027  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03186  putative transmembrane cytochrome bd-II oxidase (subunit I) oxidoreductase protein  60.05 
 
 
462 aa  526  1e-148  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.20139  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2573  cytochrome D ubiquinol oxidase subunit  58.31 
 
 
460 aa  526  1e-148  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3927  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  50.72 
 
 
465 aa  416  9.999999999999999e-116  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000807  putative Cytochrome bd2 subunit I  46.59 
 
 
462 aa  412  1e-114  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1463  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  46.85 
 
 
479 aa  400  9.999999999999999e-111  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.409499  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2420  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  49.44 
 
 
470 aa  395  1e-109  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0237667  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02214  cytochrome D ubiquinol oxidase subunit I  46.44 
 
 
466 aa  397  1e-109  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.17987  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2001  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  46.22 
 
 
473 aa  397  1e-109  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0964  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  46.31 
 
 
446 aa  397  1e-109  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.694189  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4157  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  46.9 
 
 
474 aa  392  1e-108  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.129966  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1976  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  46.61 
 
 
471 aa  389  1e-107  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  decreased coverage  0.00947535  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1515  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  43.8 
 
 
507 aa  389  1e-107  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2045  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  45.92 
 
 
470 aa  389  1e-107  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2253  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  46.61 
 
 
471 aa  390  1e-107  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0928  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  45.98 
 
 
446 aa  389  1e-107  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.177592  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0740  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  44.67 
 
 
468 aa  387  1e-106  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1931  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  49.28 
 
 
471 aa  386  1e-106  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.696481  normal  0.0492135 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0416  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  45.57 
 
 
468 aa  387  1e-106  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.155315 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1694  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  43.38 
 
 
497 aa  385  1e-106  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.199449  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1250  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  48.42 
 
 
482 aa  385  1e-106  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1268  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  44.62 
 
 
464 aa  382  1e-105  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.948596 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0943  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  48.18 
 
 
476 aa  382  1e-105  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1087  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  48.18 
 
 
476 aa  382  1e-105  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0596  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  46.53 
 
 
463 aa  381  1e-104  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.317837  normal  0.23611 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03019  cytochrome D ubiquinol oxidase subunit I  49.25 
 
 
451 aa  379  1e-104  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000387  putative Cytochrome bd2 subunit I  45.21 
 
 
457 aa  377  1e-103  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0119  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  44.81 
 
 
462 aa  375  1e-103  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3573  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  45.91 
 
 
444 aa  373  1e-102  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0993209 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0560  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  45.98 
 
 
476 aa  374  1e-102  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0930  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  44.65 
 
 
444 aa  373  1e-102  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4066  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  42.89 
 
 
478 aa  374  1e-102  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.487615  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0914  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  45.91 
 
 
444 aa  375  1e-102  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0412  cytochrome bd-II oxidase subunit 1  43.58 
 
 
467 aa  370  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.534696  hitchhiker  0.0000241042 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3288  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  44.57 
 
 
462 aa  372  1e-101  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0454  cytochrome bd-II oxidase subunit 1  43.58 
 
 
467 aa  370  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.84306  hitchhiker  0.00000000000000419123 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0391  cytochrome bd-II oxidase subunit 1  43.58 
 
 
467 aa  370  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  3.45959e-19 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0400  cytochrome bd-II oxidase subunit 1  43.58 
 
 
467 aa  370  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.603816  hitchhiker  5.12206e-16 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4670  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  43.63 
 
 
468 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.402337  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3130  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  44.97 
 
 
467 aa  372  1e-101  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.176017 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0171  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  45.85 
 
 
471 aa  370  1e-101  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.805856 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0394  cyanide-insensitive oxidase CioA  43.58 
 
 
467 aa  370  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0259  hypothetical protein  42.13 
 
 
456 aa  368  1e-100  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0254  hypothetical protein  41.91 
 
 
456 aa  366  1e-100  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4101  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  44.44 
 
 
483 aa  367  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.142601  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4284  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  44.52 
 
 
480 aa  367  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0696889  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3449  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  45.91 
 
 
444 aa  365  1e-100  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5724  hypothetical protein  45.05 
 
 
462 aa  367  1e-100  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.20304  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6443  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  48.18 
 
 
466 aa  366  1e-100  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.470691 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6552  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  48.43 
 
 
466 aa  368  1e-100  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.5987 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6968  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  48.43 
 
 
466 aa  366  1e-100  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.798449 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3376  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  45.06 
 
 
444 aa  365  1e-100  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3307  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  46.4 
 
 
535 aa  367  1e-100  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.145074 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1533  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  45.26 
 
 
465 aa  365  1e-100  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0786665  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3153  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  47.33 
 
 
466 aa  363  3e-99  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2644  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  45.7 
 
 
474 aa  363  3e-99  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3386  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  44.5 
 
 
471 aa  362  8e-99  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4955  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  45.18 
 
 
477 aa  362  1e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3118  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit I  44.4 
 
 
480 aa  360  2e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3952  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  47.32 
 
 
465 aa  361  2e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0206665  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3212  quinol oxidase subunit I QxtA  47.32 
 
 
465 aa  361  2e-98  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.94532  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1025  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  43.94 
 
 
473 aa  360  2e-98  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1787  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  43.38 
 
 
481 aa  360  2e-98  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.757925  normal  0.268506 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4282  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  48.64 
 
 
479 aa  360  3e-98  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.586205  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0746  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  44.47 
 
 
479 aa  360  3e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.265352  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5120  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  47.32 
 
 
465 aa  360  4e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.204733 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4648  cyanide-insensitive terminal oxidase CioA  48.64 
 
 
479 aa  359  7e-98  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0092  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  43.96 
 
 
469 aa  358  9e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4645  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  43.61 
 
 
478 aa  358  9.999999999999999e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.666381  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7066  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  48.15 
 
 
466 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.319737  normal  0.558791 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2425  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  45.77 
 
 
480 aa  358  9.999999999999999e-98  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11050  Cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  43.8 
 
 
476 aa  358  9.999999999999999e-98  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2859  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  44.4 
 
 
466 aa  358  1.9999999999999998e-97  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.664602 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4651  ubiquinol oxidase subunit I, cyanide insensitive  43.39 
 
 
478 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0205  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  45.61 
 
 
465 aa  358  1.9999999999999998e-97  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0884124 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4853  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  46.94 
 
 
470 aa  358  1.9999999999999998e-97  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.887906  normal  0.189641 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1422  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  48.15 
 
 
491 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6407  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  48.15 
 
 
491 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4513  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  43.39 
 
 
478 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.307129  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03151  putative transmembrane cytochrome bd-II oxidase (subunit I) oxidoreductase protein  45.08 
 
 
482 aa  356  5e-97  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.014009 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5279  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  42.31 
 
 
468 aa  356  5.999999999999999e-97  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.332035  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6192  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  44.23 
 
 
462 aa  355  7.999999999999999e-97  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1177  cyanide insensitive terminal oxidase  44.27 
 
 
482 aa  355  1e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4893  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  44.93 
 
 
478 aa  355  1e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.455192  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13030  CioA, cyanide insensitive terminal oxidase  44.27 
 
 
488 aa  355  1e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1472  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  47.47 
 
 
466 aa  355  1e-96  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.412208 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0175  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  46.96 
 
 
470 aa  354  2e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.770178  normal  0.160076 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3840  putative cytochrome oxidase subunit I  43.91 
 
 
462 aa  354  2e-96  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.354412  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2131  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  44.49 
 
 
468 aa  354  2e-96  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.566764  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3593  cytochrome ubiquinol oxidase subunit 1 transmembrane protein  43.85 
 
 
472 aa  354  2e-96  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>