More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5232 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003296  RS03186  putative transmembrane cytochrome bd-II oxidase (subunit I) oxidoreductase protein  76.03 
 
 
462 aa  683    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.20139  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4271  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  76.12 
 
 
457 aa  696    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.181358  normal  0.312295 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4159  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  76.12 
 
 
457 aa  696    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.719863  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0494  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  72.13 
 
 
470 aa  644    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.896027  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4117  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  76.19 
 
 
466 aa  652    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5232  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  100 
 
 
453 aa  915    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.534541 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1175  quinol oxidase, subunit I  64.32 
 
 
445 aa  584  1e-166  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.868577  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2573  cytochrome D ubiquinol oxidase subunit  65.36 
 
 
460 aa  576  1.0000000000000001e-163  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2688  cytochrome bd-II oxidase subunit 1  64.56 
 
 
464 aa  568  1e-161  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0249782  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1228  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit I  62.44 
 
 
479 aa  566  1e-160  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03483  quinol oxidase, subunit I  60.61 
 
 
457 aa  558  1e-158  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3837  quinol oxidase, subunit I  61.57 
 
 
457 aa  552  1e-156  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0736  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  59.83 
 
 
478 aa  553  1e-156  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.773822  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000807  putative Cytochrome bd2 subunit I  47.99 
 
 
462 aa  421  1e-116  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1515  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  47.22 
 
 
507 aa  417  9.999999999999999e-116  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1694  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  47.01 
 
 
497 aa  417  9.999999999999999e-116  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.199449  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3927  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  48.78 
 
 
465 aa  413  1e-114  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0416  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  46.84 
 
 
468 aa  402  1e-111  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.155315 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0596  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  47.35 
 
 
463 aa  402  1e-111  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.317837  normal  0.23611 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02214  cytochrome D ubiquinol oxidase subunit I  50.12 
 
 
466 aa  404  1e-111  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.17987  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0740  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  46.92 
 
 
468 aa  400  9.999999999999999e-111  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4157  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  45.62 
 
 
474 aa  393  1e-108  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.129966  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3307  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  45.81 
 
 
535 aa  389  1e-107  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.145074 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4853  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  47.89 
 
 
470 aa  389  1e-107  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.887906  normal  0.189641 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1025  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  48.35 
 
 
473 aa  390  1e-107  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2001  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  47.86 
 
 
473 aa  390  1e-107  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03019  cytochrome D ubiquinol oxidase subunit I  47.17 
 
 
451 aa  385  1e-106  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0092  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  45.35 
 
 
469 aa  388  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1810  putative cytochrome oxidase subunit I  46.49 
 
 
471 aa  386  1e-106  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0784206 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4066  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  47.01 
 
 
478 aa  388  1e-106  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.487615  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0171  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  45.18 
 
 
471 aa  383  1e-105  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.805856 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3593  cytochrome ubiquinol oxidase subunit 1 transmembrane protein  45.3 
 
 
472 aa  383  1e-105  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0560  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  45.96 
 
 
476 aa  384  1e-105  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4670  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  44.91 
 
 
468 aa  384  1e-105  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.402337  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3153  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  46.85 
 
 
466 aa  381  1e-104  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000387  putative Cytochrome bd2 subunit I  43.98 
 
 
457 aa  380  1e-104  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0175  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  46.49 
 
 
470 aa  380  1e-104  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.770178  normal  0.160076 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5120  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  44.62 
 
 
465 aa  379  1e-104  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.204733 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6443  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  47.22 
 
 
466 aa  380  1e-104  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.470691 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4072  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  46.09 
 
 
473 aa  380  1e-104  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.508302  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5383  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  45.78 
 
 
559 aa  378  1e-104  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.330151  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5724  hypothetical protein  45.93 
 
 
462 aa  380  1e-104  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.20304  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1463  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  45.27 
 
 
479 aa  381  1e-104  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.409499  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5478  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  46.49 
 
 
470 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0727881  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4791  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  46.49 
 
 
470 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1268  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  47.71 
 
 
464 aa  377  1e-103  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.948596 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3386  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  43.64 
 
 
471 aa  375  1e-103  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3212  quinol oxidase subunit I QxtA  46.44 
 
 
465 aa  375  1e-103  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.94532  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1250  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  45.2 
 
 
482 aa  376  1e-103  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0943  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  44.49 
 
 
476 aa  377  1e-103  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1087  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  44.49 
 
 
476 aa  377  1e-103  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5365  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  45.41 
 
 
473 aa  376  1e-103  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4818  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  45.41 
 
 
473 aa  376  1e-103  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.702735  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3834  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  47.36 
 
 
474 aa  377  1e-103  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3272  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  45.43 
 
 
473 aa  377  1e-103  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.967783  normal  0.83445 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0428  cyanide-insensitive terminal oxidase CioA  46 
 
 
470 aa  372  1e-102  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3952  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  46.44 
 
 
465 aa  375  1e-102  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0206665  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0119  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  45.37 
 
 
462 aa  374  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03151  putative transmembrane cytochrome bd-II oxidase (subunit I) oxidoreductase protein  46.5 
 
 
482 aa  372  1e-102  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.014009 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1127  ubiquinol oxidase family protein  46 
 
 
470 aa  372  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.586085  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0836  ubiquinol oxidase family protein  46 
 
 
592 aa  372  1e-102  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0222344  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0708  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I (cydA, QxtA)  47.03 
 
 
470 aa  372  1e-102  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2100  ubiquinol oxidase family protein  46 
 
 
470 aa  372  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1835  ubiquinol oxidase family protein  46 
 
 
470 aa  372  1e-102  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00477233  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4143  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  47.13 
 
 
474 aa  375  1e-102  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0335  cyanide-insensitive terminal oxidase CioA  46 
 
 
470 aa  372  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.148907  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1770  ubiquinol oxidase family protein  46 
 
 
617 aa  372  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.257846  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6552  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  46.64 
 
 
466 aa  372  1e-102  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.5987 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6968  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  46.64 
 
 
466 aa  372  1e-102  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.798449 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5279  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  43.78 
 
 
468 aa  375  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.332035  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4955  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  46.19 
 
 
477 aa  373  1e-102  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3858  hypothetical protein  45.78 
 
 
465 aa  370  1e-101  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.84507  normal  0.940576 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4651  ubiquinol oxidase subunit I, cyanide insensitive  44.49 
 
 
478 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3118  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit I  45.37 
 
 
480 aa  369  1e-101  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0259  hypothetical protein  43.61 
 
 
456 aa  370  1e-101  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0254  hypothetical protein  43.58 
 
 
456 aa  370  1e-101  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2253  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  45.21 
 
 
471 aa  370  1e-101  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4513  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  44.49 
 
 
478 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.307129  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6192  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  45.88 
 
 
462 aa  371  1e-101  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2148  ubiquinol oxidase family protein  45.11 
 
 
553 aa  370  1e-101  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3840  putative cytochrome oxidase subunit I  47.46 
 
 
462 aa  369  1e-101  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.354412  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1976  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  45.21 
 
 
471 aa  369  1e-101  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  decreased coverage  0.00947535  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2045  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  44.47 
 
 
470 aa  369  1e-101  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7066  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  48.88 
 
 
466 aa  367  1e-100  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.319737  normal  0.558791 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1177  cyanide insensitive terminal oxidase  45.75 
 
 
482 aa  368  1e-100  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4284  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  45.41 
 
 
480 aa  368  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0696889  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4927  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  46.36 
 
 
472 aa  367  1e-100  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000735116 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4893  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  43.52 
 
 
478 aa  367  1e-100  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.455192  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2420  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  45.41 
 
 
470 aa  366  1e-100  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0237667  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0746  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  46.44 
 
 
479 aa  367  1e-100  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.265352  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1422  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  48.88 
 
 
491 aa  366  1e-100  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4645  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  44.27 
 
 
478 aa  368  1e-100  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.666381  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1787  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  42.67 
 
 
481 aa  365  1e-100  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.757925  normal  0.268506 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13030  CioA, cyanide insensitive terminal oxidase  45.29 
 
 
488 aa  366  1e-100  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1615  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  42.95 
 
 
484 aa  365  1e-100  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6407  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  48.88 
 
 
491 aa  366  1e-100  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5132  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  46.67 
 
 
474 aa  364  2e-99  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.616127 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5685  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  48.88 
 
 
466 aa  364  2e-99  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.962592  normal  0.220109 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4378  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  44.47 
 
 
468 aa  363  3e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0964  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  44.93 
 
 
446 aa  363  3e-99  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.694189  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>