More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4670 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010511  M446_4323  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  73.09 
 
 
478 aa  668    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0708  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I (cydA, QxtA)  78.88 
 
 
470 aa  735    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5279  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  89.27 
 
 
468 aa  847    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.332035  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3593  cytochrome ubiquinol oxidase subunit 1 transmembrane protein  70.36 
 
 
472 aa  647    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0416  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  71.95 
 
 
468 aa  669    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.155315 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3333  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  73.52 
 
 
478 aa  681    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0171  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  73.38 
 
 
471 aa  672    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.805856 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1787  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  71.4 
 
 
481 aa  640    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.757925  normal  0.268506 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4670  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  100 
 
 
468 aa  933    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.402337  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0092  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  84.65 
 
 
469 aa  803    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4378  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  93.35 
 
 
468 aa  851    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2425  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  72.16 
 
 
480 aa  671    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4927  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  75.54 
 
 
472 aa  697    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000735116 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4010  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  71.3 
 
 
467 aa  662    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3212  quinol oxidase subunit I QxtA  70.26 
 
 
465 aa  628  1e-179  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.94532  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3952  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  70.26 
 
 
465 aa  628  1e-179  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0206665  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3858  hypothetical protein  70.09 
 
 
465 aa  629  1e-179  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.84507  normal  0.940576 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1025  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  69.53 
 
 
473 aa  617  1e-175  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3834  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  66.59 
 
 
474 aa  608  1e-173  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000807  putative Cytochrome bd2 subunit I  66.59 
 
 
462 aa  606  9.999999999999999e-173  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4143  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  66.37 
 
 
474 aa  606  9.999999999999999e-173  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0560  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  65.25 
 
 
476 aa  592  1e-168  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4072  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  62.42 
 
 
473 aa  589  1e-167  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.508302  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5132  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  65.71 
 
 
474 aa  583  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.616127 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3130  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  60.22 
 
 
467 aa  548  1e-154  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.176017 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1615  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  58.64 
 
 
484 aa  545  1e-154  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0412  cytochrome bd-II oxidase subunit 1  59.07 
 
 
467 aa  534  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.534696  hitchhiker  0.0000241042 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0454  cytochrome bd-II oxidase subunit 1  59.07 
 
 
467 aa  534  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.84306  hitchhiker  0.00000000000000419123 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0400  cytochrome bd-II oxidase subunit 1  59.07 
 
 
467 aa  534  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.603816  hitchhiker  5.12206e-16 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0193  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  65.13 
 
 
480 aa  534  1e-150  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0391  cytochrome bd-II oxidase subunit 1  59.07 
 
 
467 aa  534  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  3.45959e-19 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0943  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  60.86 
 
 
476 aa  529  1e-149  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1087  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  60.86 
 
 
476 aa  529  1e-149  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3307  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  60.18 
 
 
535 aa  529  1e-149  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.145074 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0394  cyanide-insensitive oxidase CioA  58.85 
 
 
467 aa  531  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13030  CioA, cyanide insensitive terminal oxidase  58.3 
 
 
488 aa  528  1e-149  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1177  cyanide insensitive terminal oxidase  58.3 
 
 
482 aa  528  1e-148  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4651  ubiquinol oxidase subunit I, cyanide insensitive  58.55 
 
 
478 aa  523  1e-147  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3118  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit I  58.39 
 
 
480 aa  522  1e-147  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4645  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  58.55 
 
 
478 aa  521  1e-147  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.666381  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4513  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  58.55 
 
 
478 aa  523  1e-147  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.307129  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2529  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  57.58 
 
 
471 aa  521  1e-147  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.895258  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3272  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  57.36 
 
 
473 aa  523  1e-147  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.967783  normal  0.83445 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4853  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  57.3 
 
 
470 aa  521  1e-147  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.887906  normal  0.189641 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3386  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  55.34 
 
 
471 aa  520  1e-146  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11050  Cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  59.78 
 
 
476 aa  521  1e-146  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2859  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  58.54 
 
 
466 aa  515  1.0000000000000001e-145  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.664602 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3153  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  56.92 
 
 
466 aa  515  1.0000000000000001e-145  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5120  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  57.56 
 
 
465 aa  512  1e-144  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.204733 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4955  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  59.13 
 
 
477 aa  512  1e-144  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4284  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  58.85 
 
 
480 aa  509  1e-143  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0696889  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0787  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  58.11 
 
 
478 aa  508  1e-143  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4893  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  58.11 
 
 
478 aa  508  1e-143  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.455192  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5365  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  57.74 
 
 
473 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1515  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  55.48 
 
 
507 aa  505  9.999999999999999e-143  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0175  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  59.36 
 
 
470 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.770178  normal  0.160076 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4791  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  57.77 
 
 
470 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5383  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  59.13 
 
 
559 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.330151  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4818  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  57.74 
 
 
473 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.702735  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5478  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  59.13 
 
 
470 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0727881  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5724  hypothetical protein  56.24 
 
 
462 aa  501  1e-141  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.20304  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2131  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  59 
 
 
468 aa  504  1e-141  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.566764  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0746  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  57.08 
 
 
479 aa  503  1e-141  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.265352  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0596  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  57.52 
 
 
463 aa  502  1e-141  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.317837  normal  0.23611 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1472  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  58.23 
 
 
466 aa  502  1e-141  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.412208 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1694  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  55.48 
 
 
497 aa  502  1e-141  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.199449  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0119  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  56.56 
 
 
462 aa  503  1e-141  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0964  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  57.4 
 
 
446 aa  504  1e-141  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.694189  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1810  putative cytochrome oxidase subunit I  58.28 
 
 
471 aa  499  1e-140  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0784206 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0928  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  56.7 
 
 
446 aa  498  1e-140  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.177592  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000387  putative Cytochrome bd2 subunit I  55.61 
 
 
457 aa  496  1e-139  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0930  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  56.49 
 
 
444 aa  496  1e-139  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0836  ubiquinol oxidase family protein  58.17 
 
 
592 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0222344  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0428  cyanide-insensitive terminal oxidase CioA  58.21 
 
 
470 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4648  cyanide-insensitive terminal oxidase CioA  57.14 
 
 
479 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1835  ubiquinol oxidase family protein  58.21 
 
 
470 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00477233  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4282  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  56.92 
 
 
479 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.586205  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4101  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  57.05 
 
 
483 aa  492  9.999999999999999e-139  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.142601  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0335  cyanide-insensitive terminal oxidase CioA  58.21 
 
 
470 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.148907  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1770  ubiquinol oxidase family protein  58.17 
 
 
617 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.257846  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2100  ubiquinol oxidase family protein  58.21 
 
 
470 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2644  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  58.24 
 
 
474 aa  493  9.999999999999999e-139  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3840  putative cytochrome oxidase subunit I  58.05 
 
 
462 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.354412  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1127  ubiquinol oxidase family protein  58.21 
 
 
470 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.586085  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0914  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  55.81 
 
 
444 aa  492  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3573  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  56.04 
 
 
444 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0993209 
 
 
-
 
NC_002978  WD0740  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  55.63 
 
 
468 aa  490  1e-137  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6552  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  58.72 
 
 
466 aa  489  1e-137  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.5987 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6968  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  58.72 
 
 
466 aa  489  1e-137  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.798449 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6443  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  58.94 
 
 
466 aa  488  1e-137  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.470691 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6192  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  59.13 
 
 
462 aa  486  1e-136  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2148  ubiquinol oxidase family protein  57.3 
 
 
553 aa  484  1e-135  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3376  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  56.26 
 
 
444 aa  480  1e-134  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3449  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  55.81 
 
 
444 aa  476  1e-133  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2040  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  54.37 
 
 
472 aa  473  1e-132  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.760814  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7066  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  58.26 
 
 
466 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.319737  normal  0.558791 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1422  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  58.49 
 
 
491 aa  468  9.999999999999999e-131  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4066  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  54.05 
 
 
478 aa  466  9.999999999999999e-131  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.487615  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6407  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  58.49 
 
 
491 aa  468  9.999999999999999e-131  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1250  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  52.4 
 
 
482 aa  462  1e-129  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>