More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4645 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013457  VEA_000387  putative Cytochrome bd2 subunit I  72.36 
 
 
457 aa  674    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4513  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  99.37 
 
 
478 aa  962    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.307129  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4651  ubiquinol oxidase subunit I, cyanide insensitive  99.37 
 
 
478 aa  962    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0914  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  72.83 
 
 
444 aa  676    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11050  Cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  76.96 
 
 
476 aa  746    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1472  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  71.18 
 
 
466 aa  658    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.412208 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0412  cytochrome bd-II oxidase subunit 1  74.41 
 
 
467 aa  716    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.534696  hitchhiker  0.0000241042 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0746  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  81.21 
 
 
479 aa  782    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.265352  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4648  cyanide-insensitive terminal oxidase CioA  84.68 
 
 
479 aa  802    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2859  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  78.13 
 
 
466 aa  756    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.664602 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0454  cytochrome bd-II oxidase subunit 1  75.22 
 
 
467 aa  716    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.84306  hitchhiker  0.00000000000000419123 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0400  cytochrome bd-II oxidase subunit 1  75.22 
 
 
467 aa  716    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.603816  hitchhiker  5.12206e-16 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4282  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  86.14 
 
 
479 aa  805    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.586205  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3376  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  73.06 
 
 
444 aa  662    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4284  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  76.61 
 
 
480 aa  719    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0696889  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1177  cyanide insensitive terminal oxidase  80.77 
 
 
482 aa  784    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4645  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  100 
 
 
478 aa  966    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.666381  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3386  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  75.58 
 
 
471 aa  734    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4893  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  85.5 
 
 
478 aa  820    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.455192  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3118  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit I  77.57 
 
 
480 aa  751    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0930  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  72.6 
 
 
444 aa  673    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3449  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  72.37 
 
 
444 aa  657    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3272  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  72.26 
 
 
473 aa  683    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.967783  normal  0.83445 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0787  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  94.98 
 
 
478 aa  907    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0391  cytochrome bd-II oxidase subunit 1  75.22 
 
 
467 aa  716    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  3.45959e-19 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0943  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  71.34 
 
 
476 aa  678    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1087  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  71.34 
 
 
476 aa  678    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0394  cyanide-insensitive oxidase CioA  75 
 
 
467 aa  712    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4955  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  73.63 
 
 
477 aa  693    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3130  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  73.72 
 
 
467 aa  705    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.176017 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0964  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  71.24 
 
 
446 aa  657    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.694189  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2644  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  70.28 
 
 
474 aa  644    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13030  CioA, cyanide insensitive terminal oxidase  80.77 
 
 
488 aa  784    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2131  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  74.68 
 
 
468 aa  693    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.566764  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3573  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  72.83 
 
 
444 aa  675    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0993209 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2529  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  76.28 
 
 
471 aa  736    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.895258  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0928  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  72.36 
 
 
446 aa  664    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.177592  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3307  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  64.66 
 
 
535 aa  615  1e-175  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.145074 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3153  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  63.68 
 
 
466 aa  615  1e-175  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4101  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  65.8 
 
 
483 aa  609  1e-173  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.142601  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4853  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  64.67 
 
 
470 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.887906  normal  0.189641 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0175  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  65.88 
 
 
470 aa  607  9.999999999999999e-173  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.770178  normal  0.160076 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5365  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  65.88 
 
 
473 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4818  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  65.88 
 
 
473 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.702735  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4791  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  65.23 
 
 
470 aa  599  1e-170  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5383  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  65.23 
 
 
559 aa  600  1e-170  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.330151  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5478  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  65.23 
 
 
470 aa  600  1e-170  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0727881  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1810  putative cytochrome oxidase subunit I  64.96 
 
 
471 aa  595  1e-169  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0784206 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5120  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  62.58 
 
 
465 aa  587  1e-166  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.204733 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1770  ubiquinol oxidase family protein  66.16 
 
 
617 aa  579  1e-164  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.257846  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2148  ubiquinol oxidase family protein  66.67 
 
 
553 aa  580  1e-164  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0836  ubiquinol oxidase family protein  66.16 
 
 
592 aa  579  1e-164  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0222344  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2100  ubiquinol oxidase family protein  66.16 
 
 
470 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1835  ubiquinol oxidase family protein  66.16 
 
 
470 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00477233  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0335  cyanide-insensitive terminal oxidase CioA  66.16 
 
 
470 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.148907  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0428  cyanide-insensitive terminal oxidase CioA  66.16 
 
 
470 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1127  ubiquinol oxidase family protein  66.16 
 
 
470 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.586085  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0119  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  62.59 
 
 
462 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5724  hypothetical protein  63.53 
 
 
462 aa  560  1e-158  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.20304  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6552  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  62.26 
 
 
466 aa  552  1e-156  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.5987 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6968  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  61.61 
 
 
466 aa  550  1e-155  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.798449 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6443  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  61.39 
 
 
466 aa  547  1e-154  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.470691 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3840  putative cytochrome oxidase subunit I  61.77 
 
 
462 aa  543  1e-153  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.354412  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4010  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  60.51 
 
 
467 aa  544  1e-153  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000807  putative Cytochrome bd2 subunit I  59.06 
 
 
462 aa  541  9.999999999999999e-153  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7066  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  61.61 
 
 
466 aa  531  1e-149  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.319737  normal  0.558791 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1422  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  61.61 
 
 
491 aa  530  1e-149  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6192  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  60.43 
 
 
462 aa  530  1e-149  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6407  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  61.61 
 
 
491 aa  530  1e-149  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0171  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  58.79 
 
 
471 aa  526  1e-148  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.805856 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4670  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  58.55 
 
 
468 aa  521  1e-147  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.402337  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0092  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  59.45 
 
 
469 aa  522  1e-147  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0560  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  59.82 
 
 
476 aa  519  1e-146  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1787  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  54.55 
 
 
481 aa  519  1e-146  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.757925  normal  0.268506 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3858  hypothetical protein  59.27 
 
 
465 aa  520  1e-146  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.84507  normal  0.940576 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0416  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  58.61 
 
 
468 aa  520  1e-146  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.155315 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5279  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  58.31 
 
 
468 aa  517  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.332035  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5400  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  62.37 
 
 
466 aa  514  1e-144  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.165282  normal  0.0810428 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3212  quinol oxidase subunit I QxtA  57.97 
 
 
465 aa  511  1e-143  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.94532  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1250  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  53.93 
 
 
482 aa  511  1e-143  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3952  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  57.97 
 
 
465 aa  511  1e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0206665  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4927  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  57.96 
 
 
472 aa  506  9.999999999999999e-143  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000735116 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3927  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  56.75 
 
 
465 aa  504  9.999999999999999e-143  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5685  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  60.74 
 
 
466 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.962592  normal  0.220109 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3834  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  57.14 
 
 
474 aa  502  1e-141  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0708  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I (cydA, QxtA)  57.95 
 
 
470 aa  503  1e-141  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1515  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  54.73 
 
 
507 aa  502  1e-141  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4157  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  51.7 
 
 
474 aa  504  1e-141  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.129966  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1025  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  59.65 
 
 
473 aa  502  1e-141  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3593  cytochrome ubiquinol oxidase subunit 1 transmembrane protein  58.85 
 
 
472 aa  502  1e-141  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2425  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  57.65 
 
 
480 aa  501  1e-141  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4143  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  56.93 
 
 
474 aa  500  1e-140  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02214  cytochrome D ubiquinol oxidase subunit I  56.28 
 
 
466 aa  500  1e-140  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.17987  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4378  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  58.33 
 
 
468 aa  501  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2253  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  54.97 
 
 
471 aa  499  1e-140  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1976  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  54.76 
 
 
471 aa  496  1e-139  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  decreased coverage  0.00947535  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5132  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  57.78 
 
 
474 aa  495  1e-139  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.616127 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1694  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  54.6 
 
 
497 aa  497  1e-139  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.199449  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3333  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  59.34 
 
 
478 aa  493  9.999999999999999e-139  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4072  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  56.72 
 
 
473 aa  490  1e-137  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.508302  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>