More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2688 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007802  Jann_0736  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  71.22 
 
 
478 aa  667    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.773822  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2688  cytochrome bd-II oxidase subunit 1  100 
 
 
464 aa  934    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0249782  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5232  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  64.56 
 
 
453 aa  568  1e-161  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.534541 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4271  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  63.18 
 
 
457 aa  566  1e-160  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.181358  normal  0.312295 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4159  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  63.18 
 
 
457 aa  566  1e-160  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.719863  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03186  putative transmembrane cytochrome bd-II oxidase (subunit I) oxidoreductase protein  62.85 
 
 
462 aa  561  1.0000000000000001e-159  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.20139  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1175  quinol oxidase, subunit I  62.7 
 
 
445 aa  560  1e-158  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.868577  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03483  quinol oxidase, subunit I  62.56 
 
 
457 aa  552  1e-156  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1228  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit I  60.44 
 
 
479 aa  546  1e-154  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0494  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  61.87 
 
 
470 aa  543  1e-153  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.896027  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2573  cytochrome D ubiquinol oxidase subunit  61.73 
 
 
460 aa  536  1e-151  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3837  quinol oxidase, subunit I  61.09 
 
 
457 aa  533  1e-150  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4117  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  63.64 
 
 
466 aa  525  1e-148  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3927  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  51.06 
 
 
465 aa  405  1.0000000000000001e-112  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4066  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  48.15 
 
 
478 aa  407  1.0000000000000001e-112  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.487615  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0596  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  49.89 
 
 
463 aa  400  9.999999999999999e-111  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.317837  normal  0.23611 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0560  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  48.68 
 
 
476 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000807  putative Cytochrome bd2 subunit I  45.97 
 
 
462 aa  398  9.999999999999999e-111  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0746  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  49.55 
 
 
479 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.265352  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1177  cyanide insensitive terminal oxidase  46.67 
 
 
482 aa  396  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1268  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  48.18 
 
 
464 aa  397  1e-109  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.948596 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3386  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  46.19 
 
 
471 aa  395  1e-109  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3130  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  45.81 
 
 
467 aa  397  1e-109  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.176017 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13030  CioA, cyanide insensitive terminal oxidase  46.45 
 
 
488 aa  395  1e-109  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0391  cytochrome bd-II oxidase subunit 1  47.74 
 
 
467 aa  394  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  3.45959e-19 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4648  cyanide-insensitive terminal oxidase CioA  50.5 
 
 
479 aa  392  1e-108  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4282  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  51 
 
 
479 aa  394  1e-108  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.586205  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000387  putative Cytochrome bd2 subunit I  48.36 
 
 
457 aa  392  1e-108  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0412  cytochrome bd-II oxidase subunit 1  47.74 
 
 
467 aa  394  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.534696  hitchhiker  0.0000241042 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0943  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  47.48 
 
 
476 aa  393  1e-108  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1087  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  47.48 
 
 
476 aa  393  1e-108  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0400  cytochrome bd-II oxidase subunit 1  47.74 
 
 
467 aa  394  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.603816  hitchhiker  5.12206e-16 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0454  cytochrome bd-II oxidase subunit 1  47.74 
 
 
467 aa  394  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.84306  hitchhiker  0.00000000000000419123 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1463  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  48.88 
 
 
479 aa  395  1e-108  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.409499  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0394  cyanide-insensitive oxidase CioA  47.74 
 
 
467 aa  393  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4157  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  47.07 
 
 
474 aa  394  1e-108  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.129966  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4893  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  45.92 
 
 
478 aa  389  1e-107  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.455192  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2859  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  46.67 
 
 
466 aa  392  1e-107  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.664602 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02214  cytochrome D ubiquinol oxidase subunit I  47.16 
 
 
466 aa  390  1e-107  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.17987  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3288  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  45.51 
 
 
462 aa  391  1e-107  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2529  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  45.74 
 
 
471 aa  389  1e-107  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.895258  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4651  ubiquinol oxidase subunit I, cyanide insensitive  45.08 
 
 
478 aa  385  1e-106  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2131  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  46.59 
 
 
468 aa  386  1e-106  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.566764  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3272  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  50.37 
 
 
473 aa  387  1e-106  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.967783  normal  0.83445 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4513  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  45.08 
 
 
478 aa  385  1e-106  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.307129  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1515  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  44.56 
 
 
507 aa  386  1e-106  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0416  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  45.28 
 
 
468 aa  388  1e-106  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.155315 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4670  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  45.16 
 
 
468 aa  386  1e-106  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.402337  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2001  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  48.73 
 
 
473 aa  386  1e-106  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4955  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  46.65 
 
 
477 aa  388  1e-106  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1472  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  46.34 
 
 
466 aa  385  1e-106  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.412208 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11050  Cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  45.26 
 
 
476 aa  382  1e-105  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1976  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  48.26 
 
 
471 aa  382  1e-105  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  decreased coverage  0.00947535  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0787  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  46.71 
 
 
478 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4284  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  47.54 
 
 
480 aa  383  1e-105  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0696889  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4645  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  44.64 
 
 
478 aa  383  1e-105  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.666381  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3118  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit I  45.53 
 
 
480 aa  383  1e-105  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5279  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  46.24 
 
 
468 aa  384  1e-105  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.332035  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1694  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  44.14 
 
 
497 aa  382  1e-105  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.199449  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3307  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  48 
 
 
535 aa  382  1e-105  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.145074 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2253  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  48.26 
 
 
471 aa  383  1e-105  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0964  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  46.08 
 
 
446 aa  382  1e-105  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.694189  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03019  cytochrome D ubiquinol oxidase subunit I  48.6 
 
 
451 aa  382  1e-105  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2420  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  47.06 
 
 
470 aa  383  1e-105  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0237667  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0740  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  46.43 
 
 
468 aa  379  1e-104  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4853  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  46.26 
 
 
470 aa  380  1e-104  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.887906  normal  0.189641 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4101  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  48.82 
 
 
483 aa  379  1e-104  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.142601  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0092  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  45.16 
 
 
469 aa  379  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2045  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  46.12 
 
 
470 aa  380  1e-104  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1250  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  46.93 
 
 
482 aa  380  1e-104  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0914  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  45.54 
 
 
444 aa  375  1e-103  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5120  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  47.23 
 
 
465 aa  377  1e-103  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.204733 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3153  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  46.27 
 
 
466 aa  378  1e-103  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0930  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  47.29 
 
 
444 aa  377  1e-103  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3573  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  47.29 
 
 
444 aa  377  1e-103  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0993209 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4010  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  44.95 
 
 
467 aa  378  1e-103  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0928  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  46.1 
 
 
446 aa  377  1e-103  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.177592  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5365  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  45.39 
 
 
473 aa  372  1e-102  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0171  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  47.14 
 
 
471 aa  373  1e-102  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.805856 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4791  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  47.38 
 
 
470 aa  372  1e-102  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2644  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  48.1 
 
 
474 aa  372  1e-102  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5724  hypothetical protein  44.79 
 
 
462 aa  372  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.20304  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4323  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  46.36 
 
 
478 aa  374  1e-102  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0175  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  47.38 
 
 
470 aa  372  1e-102  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.770178  normal  0.160076 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6443  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  47.26 
 
 
466 aa  375  1e-102  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.470691 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5383  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  47.38 
 
 
559 aa  372  1e-102  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.330151  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4818  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  45.39 
 
 
473 aa  372  1e-102  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.702735  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5478  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  47.38 
 
 
470 aa  372  1e-102  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0727881  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6968  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  47.73 
 
 
466 aa  369  1e-101  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.798449 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0119  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  47.02 
 
 
462 aa  371  1e-101  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1810  putative cytochrome oxidase subunit I  48.33 
 
 
471 aa  371  1e-101  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0784206 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1931  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  49.28 
 
 
471 aa  370  1e-101  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.696481  normal  0.0492135 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0708  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I (cydA, QxtA)  45.49 
 
 
470 aa  366  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3449  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  47.54 
 
 
444 aa  367  1e-100  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3376  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  47.41 
 
 
444 aa  366  1e-100  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3212  quinol oxidase subunit I QxtA  49.88 
 
 
465 aa  368  1e-100  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.94532  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6552  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  47.49 
 
 
466 aa  368  1e-100  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.5987 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4378  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  44.3 
 
 
468 aa  368  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2425  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  46.37 
 
 
480 aa  365  1e-100  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3952  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  49.88 
 
 
465 aa  368  1e-100  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0206665  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>