More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_4117 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010678  Rpic_4159  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  73.03 
 
 
457 aa  647    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.719863  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0494  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  83.62 
 
 
470 aa  795    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.896027  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4117  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  100 
 
 
466 aa  941    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5232  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  76.19 
 
 
453 aa  678    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.534541 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4271  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  73.03 
 
 
457 aa  647    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.181358  normal  0.312295 
 
 
-
 
NC_003296  RS03186  putative transmembrane cytochrome bd-II oxidase (subunit I) oxidoreductase protein  72.23 
 
 
462 aa  633  1e-180  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.20139  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1175  quinol oxidase, subunit I  61.47 
 
 
445 aa  569  1e-161  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.868577  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03483  quinol oxidase, subunit I  61.2 
 
 
457 aa  552  1e-156  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0736  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  59.83 
 
 
478 aa  554  1e-156  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.773822  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2688  cytochrome bd-II oxidase subunit 1  63.64 
 
 
464 aa  549  1e-155  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0249782  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3837  quinol oxidase, subunit I  61.06 
 
 
457 aa  550  1e-155  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1228  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit I  60.49 
 
 
479 aa  550  1e-155  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2573  cytochrome D ubiquinol oxidase subunit  61.31 
 
 
460 aa  545  1e-154  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1515  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  46.7 
 
 
507 aa  410  1e-113  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1694  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  46.7 
 
 
497 aa  409  1e-113  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.199449  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3927  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  48.67 
 
 
465 aa  399  9.999999999999999e-111  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0596  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  48.78 
 
 
463 aa  399  9.999999999999999e-111  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.317837  normal  0.23611 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000807  putative Cytochrome bd2 subunit I  46.41 
 
 
462 aa  399  9.999999999999999e-111  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1463  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  47.89 
 
 
479 aa  396  1e-109  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.409499  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0740  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  47.2 
 
 
468 aa  394  1e-108  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4853  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  44.85 
 
 
470 aa  393  1e-108  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.887906  normal  0.189641 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02214  cytochrome D ubiquinol oxidase subunit I  50.12 
 
 
466 aa  393  1e-108  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.17987  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4157  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  45.2 
 
 
474 aa  390  1e-107  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.129966  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5724  hypothetical protein  46.57 
 
 
462 aa  391  1e-107  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.20304  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6443  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  49.17 
 
 
466 aa  391  1e-107  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.470691 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6552  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  48.69 
 
 
466 aa  385  1e-106  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.5987 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6968  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  48.93 
 
 
466 aa  386  1e-106  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.798449 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2001  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  49.77 
 
 
473 aa  388  1e-106  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4101  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  46.67 
 
 
483 aa  382  1e-105  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.142601  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03019  cytochrome D ubiquinol oxidase subunit I  48.88 
 
 
451 aa  383  1e-105  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0914  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  44.06 
 
 
444 aa  380  1e-104  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5120  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  44.27 
 
 
465 aa  378  1e-104  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.204733 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7066  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  49.15 
 
 
466 aa  380  1e-104  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.319737  normal  0.558791 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4284  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  44.64 
 
 
480 aa  379  1e-104  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0696889  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0119  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  47.51 
 
 
462 aa  379  1e-104  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1422  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  49.15 
 
 
491 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6192  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  48.69 
 
 
462 aa  380  1e-104  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6407  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  49.15 
 
 
491 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4651  ubiquinol oxidase subunit I, cyanide insensitive  44.88 
 
 
478 aa  375  1e-103  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3573  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  44.71 
 
 
444 aa  376  1e-103  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0993209 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1177  cyanide insensitive terminal oxidase  44.57 
 
 
482 aa  378  1e-103  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4513  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  44.88 
 
 
478 aa  375  1e-103  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.307129  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0092  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  46.74 
 
 
469 aa  377  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3840  putative cytochrome oxidase subunit I  48.69 
 
 
462 aa  375  1e-103  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.354412  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1810  putative cytochrome oxidase subunit I  46.79 
 
 
471 aa  377  1e-103  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0784206 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0964  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  43.27 
 
 
446 aa  376  1e-103  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.694189  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13030  CioA, cyanide insensitive terminal oxidase  44.13 
 
 
488 aa  376  1e-103  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03151  putative transmembrane cytochrome bd-II oxidase (subunit I) oxidoreductase protein  48.22 
 
 
482 aa  374  1e-102  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.014009 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4645  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  44.44 
 
 
478 aa  374  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.666381  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5279  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  46.8 
 
 
468 aa  375  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.332035  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3386  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  43.07 
 
 
471 aa  374  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4893  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  44.09 
 
 
478 aa  375  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.455192  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5400  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  49.15 
 
 
466 aa  373  1e-102  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.165282  normal  0.0810428 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4670  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  47.42 
 
 
468 aa  375  1e-102  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.402337  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0943  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  43.59 
 
 
476 aa  374  1e-102  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1087  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  43.59 
 
 
476 aa  374  1e-102  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4066  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  47.34 
 
 
478 aa  372  1e-102  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.487615  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5685  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  48.91 
 
 
466 aa  374  1e-102  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.962592  normal  0.220109 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0930  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  44 
 
 
444 aa  375  1e-102  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3272  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  46.76 
 
 
473 aa  375  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.967783  normal  0.83445 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3952  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  46.59 
 
 
465 aa  371  1e-101  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0206665  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3307  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  42.73 
 
 
535 aa  371  1e-101  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.145074 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2859  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  45.39 
 
 
466 aa  369  1e-101  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.664602 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3212  quinol oxidase subunit I QxtA  46.59 
 
 
465 aa  372  1e-101  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.94532  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3118  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit I  43.16 
 
 
480 aa  369  1e-101  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3376  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  43.74 
 
 
444 aa  370  1e-101  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3130  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  44.54 
 
 
467 aa  369  1e-101  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.176017 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11050  Cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  43.63 
 
 
476 aa  369  1e-101  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3449  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  44.06 
 
 
444 aa  369  1e-101  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0416  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  45.73 
 
 
468 aa  366  1e-100  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.155315 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0171  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  46.22 
 
 
471 aa  365  1e-100  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.805856 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0560  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  47.25 
 
 
476 aa  366  1e-100  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4791  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  43.38 
 
 
470 aa  366  1e-100  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5365  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  43.91 
 
 
473 aa  367  1e-100  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4072  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  45.29 
 
 
473 aa  365  1e-100  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.508302  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5383  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  43.38 
 
 
559 aa  365  1e-100  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.330151  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000387  putative Cytochrome bd2 subunit I  45.39 
 
 
457 aa  367  1e-100  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4818  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  43.91 
 
 
473 aa  367  1e-100  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.702735  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5478  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  43.38 
 
 
470 aa  366  1e-100  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0727881  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0928  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  45.26 
 
 
446 aa  368  1e-100  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.177592  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4648  cyanide-insensitive terminal oxidase CioA  43.18 
 
 
479 aa  365  1e-99  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4282  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  46.04 
 
 
479 aa  365  1e-99  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.586205  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0746  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  44.49 
 
 
479 aa  365  1e-99  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.265352  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2529  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  44.4 
 
 
471 aa  365  1e-99  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.895258  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0787  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  43.94 
 
 
478 aa  364  2e-99  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0254  hypothetical protein  43.81 
 
 
456 aa  364  2e-99  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4143  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  45.93 
 
 
474 aa  364  2e-99  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0175  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  46.17 
 
 
470 aa  363  3e-99  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.770178  normal  0.160076 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1787  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  42.15 
 
 
481 aa  363  3e-99  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.757925  normal  0.268506 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1250  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  45.19 
 
 
482 aa  363  4e-99  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0259  hypothetical protein  44.04 
 
 
456 aa  362  6e-99  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4955  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  45.1 
 
 
477 aa  362  7.0000000000000005e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1268  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  45.97 
 
 
464 aa  362  8e-99  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.948596 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0708  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I (cydA, QxtA)  47.38 
 
 
470 aa  362  9e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3858  hypothetical protein  45.71 
 
 
465 aa  361  1e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.84507  normal  0.940576 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0454  cytochrome bd-II oxidase subunit 1  42.33 
 
 
467 aa  360  2e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.84306  hitchhiker  0.00000000000000419123 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0412  cytochrome bd-II oxidase subunit 1  42.33 
 
 
467 aa  360  2e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.534696  hitchhiker  0.0000241042 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3834  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  45.49 
 
 
474 aa  361  2e-98  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0391  cytochrome bd-II oxidase subunit 1  42.33 
 
 
467 aa  360  2e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  3.45959e-19 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0400  cytochrome bd-II oxidase subunit 1  42.33 
 
 
467 aa  360  2e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.603816  hitchhiker  5.12206e-16 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>