More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_4159 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003296  RS03186  putative transmembrane cytochrome bd-II oxidase (subunit I) oxidoreductase protein  91.39 
 
 
462 aa  823    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.20139  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4271  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  100 
 
 
457 aa  915    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.181358  normal  0.312295 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5232  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  76.12 
 
 
453 aa  696    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.534541 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4159  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  100 
 
 
457 aa  915    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.719863  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0494  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  68.31 
 
 
470 aa  622  1e-177  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.896027  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4117  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  73.03 
 
 
466 aa  619  1e-176  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2688  cytochrome bd-II oxidase subunit 1  63.18 
 
 
464 aa  566  1e-160  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0249782  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2573  cytochrome D ubiquinol oxidase subunit  63.18 
 
 
460 aa  567  1e-160  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3837  quinol oxidase, subunit I  60.59 
 
 
457 aa  551  1e-156  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1175  quinol oxidase, subunit I  61.57 
 
 
445 aa  550  1e-155  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.868577  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0736  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  59.15 
 
 
478 aa  544  1e-153  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.773822  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03483  quinol oxidase, subunit I  60.61 
 
 
457 aa  541  9.999999999999999e-153  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1228  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit I  61.21 
 
 
479 aa  536  1e-151  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1694  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  47.6 
 
 
497 aa  415  9.999999999999999e-116  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.199449  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1515  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  49.65 
 
 
507 aa  415  1e-114  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0596  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  48.77 
 
 
463 aa  408  1.0000000000000001e-112  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.317837  normal  0.23611 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3927  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  50.24 
 
 
465 aa  407  1.0000000000000001e-112  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02214  cytochrome D ubiquinol oxidase subunit I  48.79 
 
 
466 aa  404  1e-111  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.17987  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000807  putative Cytochrome bd2 subunit I  47.31 
 
 
462 aa  405  1e-111  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3307  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  47.96 
 
 
535 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.145074 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2001  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  48.91 
 
 
473 aa  399  9.999999999999999e-111  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0175  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  47.54 
 
 
470 aa  398  1e-109  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.770178  normal  0.160076 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4853  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  46.19 
 
 
470 aa  398  1e-109  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.887906  normal  0.189641 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5478  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  47.42 
 
 
470 aa  395  1e-109  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0727881  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4791  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  47.42 
 
 
470 aa  394  1e-108  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6443  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  47.06 
 
 
466 aa  394  1e-108  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.470691 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1810  putative cytochrome oxidase subunit I  46.37 
 
 
471 aa  394  1e-108  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0784206 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5383  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  47.42 
 
 
559 aa  393  1e-108  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.330151  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5365  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  47.43 
 
 
473 aa  394  1e-108  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4818  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  47.43 
 
 
473 aa  394  1e-108  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.702735  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5724  hypothetical protein  48.05 
 
 
462 aa  391  1e-107  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.20304  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0119  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  46.09 
 
 
462 aa  391  1e-107  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0740  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  46.81 
 
 
468 aa  385  1e-106  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3386  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  45.52 
 
 
471 aa  387  1e-106  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6968  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  46.74 
 
 
466 aa  385  1e-106  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.798449 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1463  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  46.27 
 
 
479 aa  385  1e-106  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.409499  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4157  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  44.87 
 
 
474 aa  387  1e-106  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.129966  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1250  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  46.59 
 
 
482 aa  386  1e-106  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5120  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  46.14 
 
 
465 aa  387  1e-106  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.204733 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0836  ubiquinol oxidase family protein  47.03 
 
 
592 aa  382  1e-105  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0222344  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3130  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  45.34 
 
 
467 aa  383  1e-105  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.176017 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0428  cyanide-insensitive terminal oxidase CioA  47.03 
 
 
470 aa  383  1e-105  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1835  ubiquinol oxidase family protein  47.03 
 
 
470 aa  383  1e-105  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00477233  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4101  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  47.75 
 
 
483 aa  384  1e-105  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.142601  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6552  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  46.3 
 
 
466 aa  384  1e-105  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.5987 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1127  ubiquinol oxidase family protein  47.03 
 
 
470 aa  383  1e-105  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.586085  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03019  cytochrome D ubiquinol oxidase subunit I  47.95 
 
 
451 aa  383  1e-105  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2100  ubiquinol oxidase family protein  47.03 
 
 
470 aa  383  1e-105  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0335  cyanide-insensitive terminal oxidase CioA  47.03 
 
 
470 aa  383  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.148907  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1268  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  44.76 
 
 
464 aa  379  1e-104  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.948596 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1770  ubiquinol oxidase family protein  47.78 
 
 
617 aa  382  1e-104  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.257846  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2148  ubiquinol oxidase family protein  46.12 
 
 
553 aa  379  1e-104  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4072  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  47.86 
 
 
473 aa  380  1e-104  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.508302  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4066  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  47.1 
 
 
478 aa  380  1e-104  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.487615  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3834  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  47.05 
 
 
474 aa  376  1e-103  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0171  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  46.76 
 
 
471 aa  376  1e-103  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.805856 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3272  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  45.61 
 
 
473 aa  377  1e-103  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.967783  normal  0.83445 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3118  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit I  45.71 
 
 
480 aa  376  1e-103  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0416  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  47.85 
 
 
468 aa  375  1e-103  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.155315 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3153  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  46.52 
 
 
466 aa  377  1e-103  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000387  putative Cytochrome bd2 subunit I  44.37 
 
 
457 aa  376  1e-103  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1422  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  46.52 
 
 
491 aa  375  1e-103  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6407  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  46.52 
 
 
491 aa  375  1e-103  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4651  ubiquinol oxidase subunit I, cyanide insensitive  44.97 
 
 
478 aa  373  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4645  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  44.74 
 
 
478 aa  372  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.666381  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5132  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  50.63 
 
 
474 aa  374  1e-102  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.616127 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7066  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  46.3 
 
 
466 aa  372  1e-102  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.319737  normal  0.558791 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4513  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  44.97 
 
 
478 aa  373  1e-102  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.307129  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5279  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  45.2 
 
 
468 aa  373  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.332035  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4670  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  44.98 
 
 
468 aa  373  1e-102  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.402337  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0943  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  44.18 
 
 
476 aa  375  1e-102  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1087  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  44.18 
 
 
476 aa  375  1e-102  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3840  putative cytochrome oxidase subunit I  48.61 
 
 
462 aa  374  1e-102  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.354412  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1177  cyanide insensitive terminal oxidase  45.41 
 
 
482 aa  375  1e-102  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5685  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  49.5 
 
 
466 aa  372  1e-102  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.962592  normal  0.220109 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13030  CioA, cyanide insensitive terminal oxidase  45.18 
 
 
488 aa  374  1e-102  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4648  cyanide-insensitive terminal oxidase CioA  44.61 
 
 
479 aa  370  1e-101  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5400  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  49.26 
 
 
466 aa  371  1e-101  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.165282  normal  0.0810428 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11050  Cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  45.92 
 
 
476 aa  370  1e-101  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2644  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  45.51 
 
 
474 aa  369  1e-101  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6192  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  45.49 
 
 
462 aa  371  1e-101  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0787  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  44.99 
 
 
478 aa  371  1e-101  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3593  cytochrome ubiquinol oxidase subunit 1 transmembrane protein  44.1 
 
 
472 aa  369  1e-101  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4143  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  46.59 
 
 
474 aa  372  1e-101  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4955  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  44.49 
 
 
477 aa  369  1e-101  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1976  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  44.74 
 
 
471 aa  365  1e-100  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  decreased coverage  0.00947535  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2253  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  44.74 
 
 
471 aa  366  1e-100  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03151  putative transmembrane cytochrome bd-II oxidase (subunit I) oxidoreductase protein  46.3 
 
 
482 aa  366  1e-100  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.014009 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4282  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  45.62 
 
 
479 aa  367  1e-100  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.586205  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4284  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  44.87 
 
 
480 aa  366  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0696889  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3952  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  47.43 
 
 
465 aa  367  1e-100  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0206665  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4893  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  44.35 
 
 
478 aa  367  1e-100  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.455192  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3212  quinol oxidase subunit I QxtA  47.43 
 
 
465 aa  368  1e-100  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.94532  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4927  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  47.56 
 
 
472 aa  367  1e-100  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000735116 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0560  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  44.23 
 
 
476 aa  368  1e-100  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3288  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  44.75 
 
 
462 aa  365  1e-100  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0092  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  43.36 
 
 
469 aa  367  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2045  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  45.27 
 
 
470 aa  365  1e-100  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0746  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  46.31 
 
 
479 aa  365  1e-100  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.265352  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0708  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I (cydA, QxtA)  48.48 
 
 
470 aa  364  1e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>