More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1064 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1064  galactokinase  100 
 
 		 402 aa  836    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.32364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0037  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  71.71 
 
 		 403 aa  612  9.999999999999999e-175  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2974  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  70.22 
 
 		 403 aa  604  9.999999999999999e-173  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0179307  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3561  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  70.97 
 
 		 431 aa  605  9.999999999999999e-173  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3978  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  70.22 
 
 		 403 aa  601  1.0000000000000001e-171  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.610383  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2883  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  70.47 
 
 		 403 aa  601  1.0000000000000001e-171  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0617503  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1889  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  69.65 
 
 		 402 aa  596  1e-169  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0204033  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1693  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  70.15 
 
 		 402 aa  573  1.0000000000000001e-162  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.721451  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1270  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  65.59 
 
 		 404 aa  569  1e-161  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.525682  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2635  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  64.6 
 
 		 404 aa  565  1e-160  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0759429  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1036  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  65.1 
 
 		 404 aa  561  1.0000000000000001e-159  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4500  starvation sensing protein  65.1 
 
 		 404 aa  562  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.244455  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1835  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  66.58 
 
 		 403 aa  562  1.0000000000000001e-159  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0553665 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01550  predicted dehydratase  64.11 
 
 		 404 aa  560  1e-158  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.292633  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2062  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  64.11 
 
 		 404 aa  560  1e-158  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0579559  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0802  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  64.85 
 
 		 404 aa  560  1e-158  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01540  hypothetical protein  64.11 
 
 		 404 aa  560  1e-158  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.531925  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0510  starvation sensing protein RspA  65.67 
 
 		 402 aa  560  1e-158  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.631035  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2277  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  64.43 
 
 		 402 aa  558  1e-158  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.612864  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1788  starvation-sensing protein RspA  64.11 
 
 		 404 aa  560  1e-158  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.533189  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5132  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  65.42 
 
 		 402 aa  558  1e-158  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1427  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  64.43 
 
 		 403 aa  559  1e-158  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.993388  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1654  starvation-sensing protein RspA  64.11 
 
 		 404 aa  560  1e-158  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0315691  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4599  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  65.92 
 
 		 402 aa  558  1e-158  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.316488  normal  0.738385 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2049  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  64.11 
 
 		 404 aa  560  1e-158  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.362051  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3563  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  64.36 
 
 		 404 aa  559  1e-158  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.851149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1619  starvation-sensing protein RspA  63.86 
 
 		 404 aa  558  1e-158  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000210785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2096  starvation sensing protein RspA  65.67 
 
 		 402 aa  560  1e-158  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2001  starvation sensing protein RspA  65.67 
 
 		 402 aa  560  1e-158  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1675  starvation sensing protein RspA  64.6 
 
 		 404 aa  557  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0766  starvation sensing protein RspA  65.42 
 
 		 402 aa  557  1e-157  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1616  starvation sensing protein RspA  64.6 
 
 		 404 aa  555  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1667  starvation sensing protein RspA  64.6 
 
 		 404 aa  556  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.546434  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1607  starvation sensing protein RspA  64.36 
 
 		 404 aa  555  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03854  starvation sensing protein  65.09 
 
 		 419 aa  556  1e-157  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1834  starvation sensing protein RspA  64.6 
 
 		 404 aa  556  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.768737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0583  starvation sensing protein RspA  65.42 
 
 		 402 aa  557  1e-157  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0980874  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0694  starvation sensing protein RspA  65.42 
 
 		 402 aa  557  1e-157  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.58786  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1648  starvation sensing protein RspA  65.42 
 
 		 402 aa  557  1e-157  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1932  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  64.11 
 
 		 404 aa  556  1e-157  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0487555  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4722  Galactonate dehydratase  65.17 
 
 		 402 aa  553  1e-156  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.44454  normal  0.932737 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07140  D-mannonate dehydratase  64.18 
 
 		 402 aa  549  1e-155  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.537507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3675  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  67.16 
 
 		 402 aa  543  1e-153  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.468042  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1364  starvation sensing protein  60.95 
 
 		 402 aa  536  1e-151  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.185612  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1424  mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme  60.95 
 
 		 402 aa  536  1e-151  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0048  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  60.7 
 
 		 405 aa  525  1e-148  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.396103  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02420  D-mannonate dehydratase  60.71 
 
 		 402 aa  515  1.0000000000000001e-145  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.296933  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3278  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  60.55 
 
 		 403 aa  515  1.0000000000000001e-145  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5060  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  60.45 
 
 		 402 aa  508  1e-143  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000000550231  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1162  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  59.9 
 
 		 404 aa  509  1e-143  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.233578  normal  0.767056 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2128  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  60 
 
 		 402 aa  502  1e-141  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2983  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  58.62 
 
 		 411 aa  495  1e-139  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0331585  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1004  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  57.57 
 
 		 403 aa  496  1e-139  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.123594 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0291  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  58.09 
 
 		 423 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0398096  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4132  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  57.25 
 
 		 407 aa  489  1e-137  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0168136  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3318  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  57.35 
 
 		 411 aa  485  1e-136  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0708913 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03730  D-mannonate dehydratase  56.8 
 
 		 411 aa  484  1e-136  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.723045 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4403  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  58.13 
 
 		 406 aa  483  1e-135  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.73485  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0790  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  54.52 
 
 		 409 aa  470  1.0000000000000001e-131  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4287  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  53.98 
 
 		 405 aa  467  9.999999999999999e-131  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.723676 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2407  mandelate racemase/muconate-lactonizing protein  53.79 
 
 		 409 aa  460  9.999999999999999e-129  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.360808  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0504  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  54.77 
 
 		 409 aa  453  1.0000000000000001e-126  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01410  D-mannonate dehydratase  51.94 
 
 		 412 aa  442  1e-123  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2267  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  44.06 
 
 		 412 aa  323  3e-87  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.213701  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1008  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  41.4 
 
 		 450 aa  300  3e-80  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.570237  normal  0.309423 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1377  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  40.25 
 
 		 438 aa  300  4e-80  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.488669 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3948  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  41.19 
 
 		 451 aa  297  2e-79  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5328  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  40.43 
 
 		 415 aa  291  1e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0947  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  39.02 
 
 		 417 aa  290  2e-77  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0680792  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2214  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  40.38 
 
 		 415 aa  288  9e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1541  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C- domain protein  38.78 
 
 		 417 aa  286  5e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.315954  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0977  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.41 
 
 		 399 aa  280  2e-74  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000000913378  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0932  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  38.15 
 
 		 399 aa  281  2e-74  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4410  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.4 
 
 		 429 aa  266  5e-70  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.164749  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0192  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.41 
 
 		 399 aa  262  8.999999999999999e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4254  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.91 
 
 		 399 aa  261  2e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.851358  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4063  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.66 
 
 		 399 aa  260  3e-68  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.546488  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0909  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.62 
 
 		 433 aa  256  4e-67  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.598164  normal  1 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2866  galactonate dehydratase  31.72 
 
 		 382 aa  199  7.999999999999999e-50  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2597  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.31 
 
 		 388 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.598556  normal  0.375027 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5256  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.51 
 
 		 392 aa  191  2e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0122  galactonate dehydratase  30.43 
 
 		 384 aa  187  2e-46  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.041758  normal  0.798356 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3848  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.84 
 
 		 388 aa  188  2e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.161688 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4653  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.12 
 
 		 400 aa  183  4.0000000000000006e-45  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0414891  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1664  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.61 
 
 		 382 aa  181  1e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3894  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.76 
 
 		 384 aa  181  2e-44  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.519515  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0586  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.19 
 
 		 382 aa  181  2e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00367627 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5994  galactonate dehydratase  31.81 
 
 		 382 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.126789 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3767  galactonate dehydratase  29.88 
 
 		 382 aa  180  4e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.854343  normal  0.799766 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3479  galactonate dehydratase  30.12 
 
 		 382 aa  179  5.999999999999999e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.412363  normal  0.814852 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3624  galactonate dehydratase  30.92 
 
 		 382 aa  179  8e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.694628  normal  0.369645 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2719  galactonate dehydratase  31.57 
 
 		 382 aa  179  9e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2591  galactonate dehydratase  31.57 
 
 		 382 aa  179  9e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0656  galactonate dehydratase  31.19 
 
 		 382 aa  178  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.789075 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2811  galactonate dehydratase  31.57 
 
 		 382 aa  178  1e-43  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.275596  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2055  galactonate dehydratase  31.57 
 
 		 382 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0100  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.49 
 
 		 382 aa  179  1e-43  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.85667  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2666  galactonate dehydratase  31.57 
 
 		 382 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2695  galactonate dehydratase  31.57 
 
 		 382 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3598  galactonate dehydratase  30.6 
 
 		 382 aa  178  2e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.729698  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>