More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5328 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012792  Vapar_5328  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  100 
 
 
415 aa  859    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2214  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  86.75 
 
 
415 aa  756    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0947  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  52 
 
 
417 aa  459  9.999999999999999e-129  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0680792  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1541  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C- domain protein  52.47 
 
 
417 aa  459  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.315954  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2267  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  52.49 
 
 
412 aa  430  1e-119  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.213701  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0932  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  50 
 
 
399 aa  424  1e-117  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0977  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  47.22 
 
 
399 aa  402  1e-111  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000000913378  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1377  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  47.58 
 
 
438 aa  396  1e-109  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.488669 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4254  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  46.75 
 
 
399 aa  395  1e-108  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.851358  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4063  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  46.75 
 
 
399 aa  390  1e-107  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.546488  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3948  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  47.58 
 
 
451 aa  390  1e-107  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0192  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  46 
 
 
399 aa  385  1e-106  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1008  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  46.86 
 
 
450 aa  382  1e-105  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.570237  normal  0.309423 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03730  D-mannonate dehydratase  42.69 
 
 
411 aa  324  2e-87  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.723045 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1835  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  45.25 
 
 
403 aa  321  9.999999999999999e-87  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0553665 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0909  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  43.33 
 
 
433 aa  321  1.9999999999999998e-86  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.598164  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1427  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  43.75 
 
 
403 aa  321  1.9999999999999998e-86  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.993388  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1270  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  43.68 
 
 
404 aa  320  3e-86  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.525682  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4132  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  42.79 
 
 
407 aa  319  5e-86  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0168136  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1932  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  43.17 
 
 
404 aa  318  2e-85  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0487555  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2635  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  42.93 
 
 
404 aa  314  1.9999999999999998e-84  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0759429  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3563  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  42.69 
 
 
404 aa  314  1.9999999999999998e-84  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.851149  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3278  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  42.38 
 
 
403 aa  314  1.9999999999999998e-84  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4500  starvation sensing protein  42.45 
 
 
404 aa  312  4.999999999999999e-84  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.244455  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4722  Galactonate dehydratase  43.54 
 
 
402 aa  312  4.999999999999999e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.44454  normal  0.932737 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1424  mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme  43.06 
 
 
402 aa  312  5.999999999999999e-84  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1364  starvation sensing protein  43.06 
 
 
402 aa  312  5.999999999999999e-84  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.185612  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01550  predicted dehydratase  42.93 
 
 
404 aa  312  7.999999999999999e-84  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.292633  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2062  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  42.93 
 
 
404 aa  312  7.999999999999999e-84  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0579559  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2049  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  42.93 
 
 
404 aa  312  7.999999999999999e-84  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.362051  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01540  hypothetical protein  42.93 
 
 
404 aa  312  7.999999999999999e-84  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.531925  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1788  starvation-sensing protein RspA  42.93 
 
 
404 aa  312  7.999999999999999e-84  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.533189  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1654  starvation-sensing protein RspA  42.93 
 
 
404 aa  312  7.999999999999999e-84  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0315691  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1619  starvation-sensing protein RspA  42.93 
 
 
404 aa  311  1e-83  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000210785  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2883  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  43.97 
 
 
403 aa  311  1e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0617503  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1889  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  43.3 
 
 
402 aa  311  1e-83  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0204033  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0802  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  43.54 
 
 
404 aa  311  1e-83  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0510  starvation sensing protein RspA  43.68 
 
 
402 aa  311  2e-83  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.631035  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2096  starvation sensing protein RspA  43.68 
 
 
402 aa  311  2e-83  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2001  starvation sensing protein RspA  43.68 
 
 
402 aa  311  2e-83  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4410  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  41.25 
 
 
429 aa  310  2.9999999999999997e-83  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.164749  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1667  starvation sensing protein RspA  42.69 
 
 
404 aa  310  2.9999999999999997e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.546434  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1616  starvation sensing protein RspA  42.69 
 
 
404 aa  309  5e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1834  starvation sensing protein RspA  42.69 
 
 
404 aa  309  5e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.768737  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2277  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  43.06 
 
 
402 aa  309  5e-83  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.612864  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1607  starvation sensing protein RspA  42.69 
 
 
404 aa  309  5.9999999999999995e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3561  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  43.2 
 
 
431 aa  309  5.9999999999999995e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1675  starvation sensing protein RspA  42.45 
 
 
404 aa  308  8e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5132  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  42.72 
 
 
402 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1036  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  42.45 
 
 
404 aa  307  3e-82  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4599  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  42.72 
 
 
402 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.316488  normal  0.738385 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0766  starvation sensing protein RspA  43.2 
 
 
402 aa  306  6e-82  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0583  starvation sensing protein RspA  43.2 
 
 
402 aa  306  6e-82  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0980874  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0694  starvation sensing protein RspA  43.2 
 
 
402 aa  306  6e-82  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.58786  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1648  starvation sensing protein RspA  43.2 
 
 
402 aa  306  6e-82  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2983  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  39.76 
 
 
411 aa  304  2.0000000000000002e-81  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0331585  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03854  starvation sensing protein  42.75 
 
 
419 aa  303  4.0000000000000003e-81  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3978  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  42.25 
 
 
403 aa  302  6.000000000000001e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.610383  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0790  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  38.15 
 
 
409 aa  302  9e-81  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1004  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  40.2 
 
 
403 aa  299  5e-80  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.123594 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2407  mandelate racemase/muconate-lactonizing protein  38.59 
 
 
409 aa  299  6e-80  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.360808  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07140  D-mannonate dehydratase  41.53 
 
 
402 aa  299  6e-80  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.537507  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0037  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  42.48 
 
 
403 aa  299  6e-80  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1162  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  40.57 
 
 
404 aa  299  7e-80  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.233578  normal  0.767056 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2974  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  42.24 
 
 
403 aa  298  1e-79  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0179307  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01410  D-mannonate dehydratase  40.89 
 
 
412 aa  297  2e-79  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1064  galactokinase  40.43 
 
 
402 aa  291  1e-77  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.32364  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4403  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  39.62 
 
 
406 aa  291  1e-77  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.73485  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0504  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  38.63 
 
 
409 aa  291  1e-77  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0048  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  39.81 
 
 
405 aa  291  1e-77  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.396103  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3318  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  39.34 
 
 
411 aa  291  2e-77  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0708913 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1693  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  42.99 
 
 
402 aa  286  5.999999999999999e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.721451  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2128  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  38.96 
 
 
402 aa  283  3.0000000000000004e-75  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0291  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  40.71 
 
 
423 aa  280  5e-74  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0398096  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4287  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  38.67 
 
 
405 aa  278  9e-74  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.723676 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5060  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.62 
 
 
402 aa  278  1e-73  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000000550231  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3675  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  40.87 
 
 
402 aa  276  6e-73  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.468042  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02420  D-mannonate dehydratase  37.47 
 
 
402 aa  275  1.0000000000000001e-72  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.296933  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2597  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.99 
 
 
388 aa  180  4.999999999999999e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.598556  normal  0.375027 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1554  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.92 
 
 
393 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.124139  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2688  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.68 
 
 
393 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3848  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.06 
 
 
388 aa  172  7.999999999999999e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.161688 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4441  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.94 
 
 
391 aa  170  4e-41  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0607658  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2055  galactonate dehydratase  31.09 
 
 
382 aa  169  9e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2695  galactonate dehydratase  31.09 
 
 
382 aa  169  9e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2666  galactonate dehydratase  31.09 
 
 
382 aa  169  9e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5256  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.5 
 
 
392 aa  169  1e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5994  galactonate dehydratase  31.09 
 
 
382 aa  168  1e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.126789 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0631  galactonate dehydratase  31.09 
 
 
382 aa  169  1e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0122  galactonate dehydratase  30.13 
 
 
384 aa  167  2.9999999999999998e-40  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.041758  normal  0.798356 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2591  galactonate dehydratase  31.25 
 
 
382 aa  167  4e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2719  galactonate dehydratase  31.25 
 
 
382 aa  167  4e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0611  galactonate dehydratase  30.41 
 
 
502 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3303  galactonate dehydratase  30.57 
 
 
382 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.703331 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2866  galactonate dehydratase  29.61 
 
 
382 aa  164  2.0000000000000002e-39  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0433  galactonate dehydratase  30.05 
 
 
382 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.34187  normal  0.994334 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3767  galactonate dehydratase  29.95 
 
 
382 aa  165  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.854343  normal  0.799766 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6937  galactonate dehydratase  32.55 
 
 
381 aa  164  3e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00161206  normal  0.967512 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3598  galactonate dehydratase  28.86 
 
 
382 aa  164  3e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.729698  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4537  galactonate dehydratase  28.72 
 
 
385 aa  164  4.0000000000000004e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>