More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_5060 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009664  Krad_2128  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  78.61 
 
 		 402 aa  649    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5060  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  100 
 
 		 402 aa  813    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000000550231  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02420  D-mannonate dehydratase  82.84 
 
 		 402 aa  686    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.296933  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1162  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  69.9 
 
 		 404 aa  588  1e-167  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.233578  normal  0.767056 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3278  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  69.83 
 
 		 403 aa  587  1e-166  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01550  predicted dehydratase  65.67 
 
 		 404 aa  572  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.292633  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2062  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  65.67 
 
 		 404 aa  572  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0579559  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2049  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  65.67 
 
 		 404 aa  572  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.362051  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1036  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  66.67 
 
 		 404 aa  571  1.0000000000000001e-162  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1654  starvation-sensing protein RspA  65.67 
 
 		 404 aa  572  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0315691  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1788  starvation-sensing protein RspA  65.67 
 
 		 404 aa  572  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.533189  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1004  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  67.58 
 
 		 403 aa  573  1.0000000000000001e-162  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.123594 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1619  starvation-sensing protein RspA  65.92 
 
 		 404 aa  574  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000210785  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01540  hypothetical protein  65.67 
 
 		 404 aa  572  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.531925  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3563  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  65.42 
 
 		 404 aa  565  1e-160  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.851149  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0802  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  65.67 
 
 		 404 aa  565  1e-160  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4500  starvation sensing protein  64.41 
 
 		 404 aa  561  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.244455  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2635  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  64.43 
 
 		 404 aa  561  1.0000000000000001e-159  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0759429  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1607  starvation sensing protein RspA  65.41 
 
 		 404 aa  558  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1667  starvation sensing protein RspA  65.66 
 
 		 404 aa  560  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.546434  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4722  Galactonate dehydratase  66.75 
 
 		 402 aa  560  1e-158  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.44454  normal  0.932737 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1270  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  64.68 
 
 		 404 aa  558  1e-158  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.525682  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1675  starvation sensing protein RspA  65.66 
 
 		 404 aa  560  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1834  starvation sensing protein RspA  65.66 
 
 		 404 aa  559  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.768737  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1616  starvation sensing protein RspA  65.41 
 
 		 404 aa  557  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1932  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  64.41 
 
 		 404 aa  557  1e-157  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0487555  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07140  D-mannonate dehydratase  67 
 
 		 402 aa  547  1e-154  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.537507  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2883  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  65.34 
 
 		 403 aa  540  9.999999999999999e-153  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0617503  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0048  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  64.09 
 
 		 405 aa  538  9.999999999999999e-153  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.396103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1889  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  63.75 
 
 		 402 aa  536  1e-151  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0204033  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3561  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  64.34 
 
 		 431 aa  536  1e-151  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2277  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  62.75 
 
 		 402 aa  529  1e-149  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.612864  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1835  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  63.52 
 
 		 403 aa  528  1e-149  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0553665 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3978  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  63.84 
 
 		 403 aa  526  1e-148  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.610383  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03854  starvation sensing protein  62.25 
 
 		 419 aa  525  1e-148  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1693  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  66.25 
 
 		 402 aa  521  1e-147  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.721451  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3318  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  63.33 
 
 		 411 aa  519  1e-146  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0708913 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0510  starvation sensing protein RspA  64 
 
 		 402 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.631035  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4599  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  63.75 
 
 		 402 aa  514  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.316488  normal  0.738385 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2096  starvation sensing protein RspA  64 
 
 		 402 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2001  starvation sensing protein RspA  64 
 
 		 402 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2983  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  62.01 
 
 		 411 aa  516  1.0000000000000001e-145  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0331585  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0766  starvation sensing protein RspA  63.5 
 
 		 402 aa  511  1e-144  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5132  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  63.25 
 
 		 402 aa  513  1e-144  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0037  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  59.85 
 
 		 403 aa  512  1e-144  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0583  starvation sensing protein RspA  63.5 
 
 		 402 aa  511  1e-144  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0980874  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1427  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  61.04 
 
 		 403 aa  513  1e-144  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.993388  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0694  starvation sensing protein RspA  63.5 
 
 		 402 aa  511  1e-144  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.58786  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1648  starvation sensing protein RspA  63.5 
 
 		 402 aa  511  1e-144  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1064  galactokinase  60.45 
 
 		 402 aa  508  1e-143  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.32364  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4132  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  61.73 
 
 		 407 aa  504  1e-141  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0168136  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4403  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  61.88 
 
 		 406 aa  501  1e-141  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.73485  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2974  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  61.35 
 
 		 403 aa  504  1e-141  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0179307  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2407  mandelate racemase/muconate-lactonizing protein  59.71 
 
 		 409 aa  501  1e-140  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.360808  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1424  mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme  58.25 
 
 		 402 aa  500  1e-140  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0790  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  59.16 
 
 		 409 aa  500  1e-140  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1364  starvation sensing protein  58.25 
 
 		 402 aa  500  1e-140  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.185612  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3675  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  62 
 
 		 402 aa  500  1e-140  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.468042  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4287  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  60.05 
 
 		 405 aa  483  1e-135  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.723676 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03730  D-mannonate dehydratase  58.92 
 
 		 411 aa  483  1e-135  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.723045 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0504  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  59.16 
 
 		 409 aa  480  1e-134  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01410  D-mannonate dehydratase  56.59 
 
 		 412 aa  466  9.999999999999999e-131  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0291  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  52.61 
 
 		 423 aa  429  1e-119  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0398096  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2267  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  43.97 
 
 		 412 aa  318  1e-85  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.213701  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0947  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.72 
 
 		 417 aa  288  1e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0680792  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1541  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C- domain protein  37.19 
 
 		 417 aa  284  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.315954  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5328  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.62 
 
 		 415 aa  278  1e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2214  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.76 
 
 		 415 aa  275  8e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4254  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  38.21 
 
 		 399 aa  273  4.0000000000000004e-72  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.851358  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4063  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  38.21 
 
 		 399 aa  272  1e-71  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.546488  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1377  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.71 
 
 		 438 aa  271  1e-71  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.488669 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0977  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.4 
 
 		 399 aa  271  2e-71  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000000913378  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4410  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  41.62 
 
 		 429 aa  267  2e-70  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.164749  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0192  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.54 
 
 		 399 aa  268  2e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1008  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.23 
 
 		 450 aa  267  2e-70  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.570237  normal  0.309423 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3948  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.62 
 
 		 451 aa  265  1e-69  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0932  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.98 
 
 		 399 aa  265  1e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0909  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  41.38 
 
 		 433 aa  257  3e-67  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.598164  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2597  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.08 
 
 		 388 aa  219  7.999999999999999e-56  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.598556  normal  0.375027 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2866  galactonate dehydratase  35.07 
 
 		 382 aa  218  2e-55  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0586  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.29 
 
 		 382 aa  211  2e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00367627 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0122  galactonate dehydratase  33.5 
 
 		 384 aa  207  3e-52  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.041758  normal  0.798356 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0656  galactonate dehydratase  32.85 
 
 		 382 aa  206  4e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.789075 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0433  galactonate dehydratase  31.87 
 
 		 382 aa  203  4e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.34187  normal  0.994334 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3303  galactonate dehydratase  31.87 
 
 		 382 aa  202  6e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.703331 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3894  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.01 
 
 		 384 aa  202  8e-51  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.519515  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3598  galactonate dehydratase  32.74 
 
 		 382 aa  202  9.999999999999999e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.729698  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2055  galactonate dehydratase  31.78 
 
 		 382 aa  199  5e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2695  galactonate dehydratase  32.2 
 
 		 382 aa  199  7e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2666  galactonate dehydratase  32.2 
 
 		 382 aa  199  7e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4653  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.25 
 
 		 400 aa  198  1.0000000000000001e-49  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0414891  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2591  galactonate dehydratase  31.95 
 
 		 382 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5994  galactonate dehydratase  31.95 
 
 		 382 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.126789 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0100  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.09 
 
 		 382 aa  197  2.0000000000000003e-49  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.85667  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2719  galactonate dehydratase  31.95 
 
 		 382 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3479  galactonate dehydratase  32.15 
 
 		 382 aa  197  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.412363  normal  0.814852 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3767  galactonate dehydratase  31.47 
 
 		 382 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.854343  normal  0.799766 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3624  galactonate dehydratase  32.99 
 
 		 382 aa  196  6e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.694628  normal  0.369645 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5256  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.82 
 
 		 392 aa  196  7e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0631  galactonate dehydratase  31.3 
 
 		 382 aa  195  1e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>