More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1889 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_1889  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  100 
 
 		 402 aa  829    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0204033  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2883  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  75.68 
 
 		 403 aa  645    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0617503  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1693  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  78.86 
 
 		 402 aa  646    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.721451  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3561  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  75.19 
 
 		 431 aa  644    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3675  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  78.36 
 
 		 402 aa  645    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.468042  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3978  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  74.44 
 
 		 403 aa  632  1e-180  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.610383  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2277  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  71.89 
 
 		 402 aa  619  1e-176  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.612864  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1835  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  71.32 
 
 		 403 aa  608  1e-173  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0553665 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1427  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  71.89 
 
 		 403 aa  605  9.999999999999999e-173  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.993388  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03854  starvation sensing protein  71.75 
 
 		 419 aa  603  1.0000000000000001e-171  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0037  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  69.31 
 
 		 403 aa  601  1.0000000000000001e-171  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0766  starvation sensing protein RspA  71.64 
 
 		 402 aa  597  1e-170  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0510  starvation sensing protein RspA  71.89 
 
 		 402 aa  600  1e-170  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.631035  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0583  starvation sensing protein RspA  71.64 
 
 		 402 aa  597  1e-170  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0980874  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0694  starvation sensing protein RspA  71.64 
 
 		 402 aa  597  1e-170  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.58786  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2096  starvation sensing protein RspA  71.89 
 
 		 402 aa  600  1e-170  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2001  starvation sensing protein RspA  71.89 
 
 		 402 aa  600  1e-170  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1648  starvation sensing protein RspA  71.64 
 
 		 402 aa  597  1e-170  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1064  galactokinase  69.65 
 
 		 402 aa  596  1e-169  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.32364  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5132  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  70.65 
 
 		 402 aa  593  1e-168  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4599  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  70.9 
 
 		 402 aa  591  1e-168  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.316488  normal  0.738385 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07140  D-mannonate dehydratase  69.15 
 
 		 402 aa  590  1e-167  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.537507  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4722  Galactonate dehydratase  68.41 
 
 		 402 aa  589  1e-167  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.44454  normal  0.932737 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1364  starvation sensing protein  68.91 
 
 		 402 aa  587  1e-166  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.185612  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1424  mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme  68.91 
 
 		 402 aa  587  1e-166  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01550  predicted dehydratase  67.08 
 
 		 404 aa  582  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.292633  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2062  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  67.08 
 
 		 404 aa  582  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0579559  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2974  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  67.49 
 
 		 403 aa  581  1.0000000000000001e-165  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0179307  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1788  starvation-sensing protein RspA  67.08 
 
 		 404 aa  582  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.533189  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01540  hypothetical protein  67.08 
 
 		 404 aa  582  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.531925  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2049  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  67.08 
 
 		 404 aa  582  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.362051  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1654  starvation-sensing protein RspA  67.08 
 
 		 404 aa  582  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0315691  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1619  starvation-sensing protein RspA  66.83 
 
 		 404 aa  580  1e-164  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000210785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4500  starvation sensing protein  66.09 
 
 		 404 aa  577  1.0000000000000001e-163  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.244455  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3563  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  65.35 
 
 		 404 aa  575  1.0000000000000001e-163  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.851149  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1270  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  65.59 
 
 		 404 aa  577  1.0000000000000001e-163  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.525682  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2635  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  65.59 
 
 		 404 aa  576  1.0000000000000001e-163  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0759429  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0802  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  65.35 
 
 		 404 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1667  starvation sensing protein RspA  66.09 
 
 		 404 aa  569  1e-161  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.546434  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1675  starvation sensing protein RspA  65.84 
 
 		 404 aa  568  1e-161  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1616  starvation sensing protein RspA  65.84 
 
 		 404 aa  567  1e-161  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1036  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  65.59 
 
 		 404 aa  570  1e-161  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1834  starvation sensing protein RspA  65.84 
 
 		 404 aa  568  1e-161  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.768737  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1607  starvation sensing protein RspA  65.59 
 
 		 404 aa  567  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1932  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  65.1 
 
 		 404 aa  566  1e-160  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0487555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0048  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  64.43 
 
 		 405 aa  554  1e-156  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.396103  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02420  D-mannonate dehydratase  64.75 
 
 		 402 aa  542  1e-153  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.296933  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5060  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  63.75 
 
 		 402 aa  536  1e-151  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000000550231  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1162  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  63.46 
 
 		 404 aa  535  1e-151  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.233578  normal  0.767056 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1004  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  61.14 
 
 		 403 aa  521  1e-147  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.123594 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3278  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  60.79 
 
 		 403 aa  521  1e-146  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2128  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  61.75 
 
 		 402 aa  518  1e-146  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2983  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  59.11 
 
 		 411 aa  505  9.999999999999999e-143  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0331585  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3318  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  58.58 
 
 		 411 aa  492  9.999999999999999e-139  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0708913 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0790  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  56.97 
 
 		 409 aa  489  1e-137  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4403  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  59.36 
 
 		 406 aa  488  1e-137  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.73485  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4132  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  58.48 
 
 		 407 aa  487  1e-136  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0168136  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03730  D-mannonate dehydratase  58.15 
 
 		 411 aa  486  1e-136  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.723045 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2407  mandelate racemase/muconate-lactonizing protein  56.72 
 
 		 409 aa  479  1e-134  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.360808  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0291  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  57.04 
 
 		 423 aa  474  1e-133  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0398096  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4287  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  55.97 
 
 		 405 aa  471  1.0000000000000001e-131  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.723676 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0504  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  56.48 
 
 		 409 aa  466  9.999999999999999e-131  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01410  D-mannonate dehydratase  55.1 
 
 		 412 aa  454  1.0000000000000001e-126  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2267  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  46.04 
 
 		 412 aa  335  1e-90  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.213701  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5328  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  43.3 
 
 		 415 aa  311  1e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1541  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C- domain protein  41.79 
 
 		 417 aa  306  5.0000000000000004e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.315954  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0947  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  40.82 
 
 		 417 aa  303  4.0000000000000003e-81  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0680792  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2214  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  41.59 
 
 		 415 aa  298  1e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1377  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  41 
 
 		 438 aa  294  2e-78  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.488669 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0932  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  38.9 
 
 		 399 aa  289  6e-77  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3948  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  39.85 
 
 		 451 aa  286  4e-76  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0977  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  38.86 
 
 		 399 aa  285  8e-76  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000000913378  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1008  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  40.25 
 
 		 450 aa  281  2e-74  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.570237  normal  0.309423 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4063  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.91 
 
 		 399 aa  268  1e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.546488  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0192  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.25 
 
 		 399 aa  265  8.999999999999999e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4254  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.66 
 
 		 399 aa  265  8.999999999999999e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.851358  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4410  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  39.22 
 
 		 429 aa  265  8.999999999999999e-70  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.164749  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0909  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  39.22 
 
 		 433 aa  264  2e-69  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.598164  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2597  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.74 
 
 		 388 aa  206  5e-52  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.598556  normal  0.375027 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6937  galactonate dehydratase  34.06 
 
 		 381 aa  189  5e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00161206  normal  0.967512 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0122  galactonate dehydratase  33.08 
 
 		 384 aa  187  3e-46  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.041758  normal  0.798356 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2866  galactonate dehydratase  32.23 
 
 		 382 aa  187  4e-46  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0586  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.44 
 
 		 382 aa  184  3e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00367627 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0433  galactonate dehydratase  31.07 
 
 		 382 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.34187  normal  0.994334 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3894  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.15 
 
 		 384 aa  181  1e-44  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.519515  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0100  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.96 
 
 		 382 aa  181  2e-44  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.85667  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3303  galactonate dehydratase  31.07 
 
 		 382 aa  181  2e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.703331 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0656  galactonate dehydratase  31.07 
 
 		 382 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.789075 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0918  galactonate dehydratase  31.31 
 
 		 382 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.462959  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0740  galactonate dehydratase  31.31 
 
 		 382 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0752  galactonate dehydratase  31.31 
 
 		 382 aa  179  1e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5994  galactonate dehydratase  31.07 
 
 		 382 aa  178  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.126789 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1664  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.02 
 
 		 382 aa  178  2e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3598  galactonate dehydratase  30.1 
 
 		 382 aa  177  3e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.729698  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3479  galactonate dehydratase  32.05 
 
 		 382 aa  177  4e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.412363  normal  0.814852 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0254  galactonate dehydratase  31.07 
 
 		 382 aa  176  5e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.114802  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4653  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.61 
 
 		 400 aa  176  5e-43  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0414891  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2694  galactonate dehydratase  31.07 
 
 		 382 aa  176  5e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2383  galactonate dehydratase  31.07 
 
 		 382 aa  176  5e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.330745  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2464  galactonate dehydratase  31.07 
 
 		 382 aa  176  5e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>