More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_1377 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_1008  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  79.63 
 
 		 450 aa  754    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.570237  normal  0.309423 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1377  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  100 
 
 		 438 aa  917    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.488669 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3948  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  82.42 
 
 		 451 aa  769    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1541  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C- domain protein  52.01 
 
 		 417 aa  443  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.315954  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2267  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  53.53 
 
 		 412 aa  443  1e-123  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.213701  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0947  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  51.54 
 
 		 417 aa  441  9.999999999999999e-123  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0680792  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5328  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  47.58 
 
 		 415 aa  396  1e-109  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2214  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  47.83 
 
 		 415 aa  377  1e-103  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0932  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  44.33 
 
 		 399 aa  377  1e-103  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0977  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  43.1 
 
 		 399 aa  361  1e-98  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000000913378  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0192  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  43.6 
 
 		 399 aa  355  1e-96  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4410  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  43.27 
 
 		 429 aa  348  1e-94  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.164749  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4254  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  41.63 
 
 		 399 aa  343  2e-93  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.851358  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0909  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  44.61 
 
 		 433 aa  343  4e-93  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.598164  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4063  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  41.63 
 
 		 399 aa  342  5e-93  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.546488  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0790  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  40.29 
 
 		 409 aa  308  1.0000000000000001e-82  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1162  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  40.64 
 
 		 404 aa  307  2.0000000000000002e-82  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.233578  normal  0.767056 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1835  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  40.35 
 
 		 403 aa  306  4.0000000000000004e-82  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0553665 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2974  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  39.95 
 
 		 403 aa  304  2.0000000000000002e-81  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0179307  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07140  D-mannonate dehydratase  39.85 
 
 		 402 aa  304  2.0000000000000002e-81  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.537507  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1427  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  41.5 
 
 		 403 aa  304  3.0000000000000004e-81  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.993388  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02420  D-mannonate dehydratase  40.26 
 
 		 402 aa  303  5.000000000000001e-81  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.296933  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3278  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  39.45 
 
 		 403 aa  301  1e-80  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0802  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  40.94 
 
 		 404 aa  300  2e-80  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1064  galactokinase  40.25 
 
 		 402 aa  300  4e-80  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.32364  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1004  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  38.81 
 
 		 403 aa  300  4e-80  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.123594 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2883  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  41.3 
 
 		 403 aa  299  6e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0617503  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0037  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  40.31 
 
 		 403 aa  299  7e-80  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1932  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  40.45 
 
 		 404 aa  299  8e-80  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0487555  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1036  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  40.69 
 
 		 404 aa  298  1e-79  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1424  mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme  40.75 
 
 		 402 aa  298  1e-79  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1364  starvation sensing protein  40.75 
 
 		 402 aa  298  1e-79  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.185612  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4500  starvation sensing protein  40.69 
 
 		 404 aa  298  1e-79  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.244455  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03730  D-mannonate dehydratase  39.85 
 
 		 411 aa  298  2e-79  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.723045 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1270  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  40.2 
 
 		 404 aa  298  2e-79  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.525682  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2277  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  40.25 
 
 		 402 aa  295  8e-79  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.612864  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0504  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  40.36 
 
 		 409 aa  295  1e-78  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1889  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  41 
 
 		 402 aa  294  2e-78  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0204033  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2635  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  40.2 
 
 		 404 aa  293  3e-78  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0759429  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5132  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  40.25 
 
 		 402 aa  294  3e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01550  predicted dehydratase  40.2 
 
 		 404 aa  293  4e-78  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.292633  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2062  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  40.2 
 
 		 404 aa  293  4e-78  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0579559  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01540  hypothetical protein  40.2 
 
 		 404 aa  293  4e-78  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.531925  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1654  starvation-sensing protein RspA  40.2 
 
 		 404 aa  293  4e-78  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0315691  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1788  starvation-sensing protein RspA  40.2 
 
 		 404 aa  293  4e-78  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.533189  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2049  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  40.2 
 
 		 404 aa  293  4e-78  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.362051  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1619  starvation-sensing protein RspA  40.2 
 
 		 404 aa  293  5e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000210785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1675  starvation sensing protein RspA  40.45 
 
 		 404 aa  292  8e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1834  starvation sensing protein RspA  40.45 
 
 		 404 aa  291  1e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.768737  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1667  starvation sensing protein RspA  40.45 
 
 		 404 aa  291  1e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.546434  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2407  mandelate racemase/muconate-lactonizing protein  37.84 
 
 		 409 aa  291  1e-77  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.360808  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4132  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  38.02 
 
 		 407 aa  291  2e-77  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0168136  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1616  starvation sensing protein RspA  40.45 
 
 		 404 aa  291  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1607  starvation sensing protein RspA  40.45 
 
 		 404 aa  291  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1693  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  41.25 
 
 		 402 aa  290  3e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.721451  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3563  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  39.45 
 
 		 404 aa  290  4e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.851149  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4599  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  40 
 
 		 402 aa  289  6e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.316488  normal  0.738385 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3978  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  39.74 
 
 		 403 aa  287  2e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.610383  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2983  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.9 
 
 		 411 aa  288  2e-76  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0331585  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0510  starvation sensing protein RspA  39.75 
 
 		 402 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.631035  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2096  starvation sensing protein RspA  39.75 
 
 		 402 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2001  starvation sensing protein RspA  39.75 
 
 		 402 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0048  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  38.5 
 
 		 405 aa  285  9e-76  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.396103  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3561  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  38.96 
 
 		 431 aa  285  1.0000000000000001e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0766  starvation sensing protein RspA  39.25 
 
 		 402 aa  281  1e-74  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4287  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  38.5 
 
 		 405 aa  282  1e-74  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.723676 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0291  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  39.6 
 
 		 423 aa  282  1e-74  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0398096  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0583  starvation sensing protein RspA  39.25 
 
 		 402 aa  281  1e-74  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0980874  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0694  starvation sensing protein RspA  39.25 
 
 		 402 aa  281  1e-74  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.58786  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1648  starvation sensing protein RspA  39.25 
 
 		 402 aa  281  1e-74  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4722  Galactonate dehydratase  38.9 
 
 		 402 aa  281  2e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.44454  normal  0.932737 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3318  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.44 
 
 		 411 aa  281  2e-74  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0708913 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01410  D-mannonate dehydratase  37.56 
 
 		 412 aa  279  6e-74  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03854  starvation sensing protein  39.85 
 
 		 419 aa  278  1e-73  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4403  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  38.24 
 
 		 406 aa  273  6e-72  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.73485  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5060  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.71 
 
 		 402 aa  271  1e-71  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000000550231  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3675  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  41 
 
 		 402 aa  271  2e-71  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.468042  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2128  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.77 
 
 		 402 aa  270  2.9999999999999997e-71  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2597  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.98 
 
 		 388 aa  216  7e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.598556  normal  0.375027 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2866  galactonate dehydratase  33.7 
 
 		 382 aa  192  1e-47  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2615  galactonate dehydratase  32.2 
 
 		 382 aa  191  2.9999999999999997e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3894  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.87 
 
 		 384 aa  187  3e-46  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.519515  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0586  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.27 
 
 		 382 aa  186  8e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00367627 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4441  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.92 
 
 		 391 aa  185  1.0000000000000001e-45  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0607658  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0122  galactonate dehydratase  31.78 
 
 		 384 aa  185  2.0000000000000003e-45  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.041758  normal  0.798356 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0433  galactonate dehydratase  31.44 
 
 		 382 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.34187  normal  0.994334 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0127  galactonate dehydratase  32.2 
 
 		 381 aa  182  8.000000000000001e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.425277  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3303  galactonate dehydratase  31.19 
 
 		 382 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.703331 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1664  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.47 
 
 		 382 aa  180  4.999999999999999e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0656  galactonate dehydratase  30.99 
 
 		 382 aa  178  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.789075 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51320  galactonate dehydratase  32.69 
 
 		 382 aa  178  2e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0631  galactonate dehydratase  30.21 
 
 		 382 aa  176  8e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2751  galactonate dehydratase  31.87 
 
 		 382 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2591  galactonate dehydratase  30.73 
 
 		 382 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2695  galactonate dehydratase  29.95 
 
 		 382 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2055  galactonate dehydratase  29.95 
 
 		 382 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2719  galactonate dehydratase  30.73 
 
 		 382 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2666  galactonate dehydratase  29.95 
 
 		 382 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4653  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.22 
 
 		 400 aa  174  1.9999999999999998e-42  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0414891  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5994  galactonate dehydratase  30.47 
 
 		 382 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.126789 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>