More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_1619 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01550  predicted dehydratase  99.75 
 
 		 404 aa  848    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.292633  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2062  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  99.75 
 
 		 404 aa  848    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0579559  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1616  starvation sensing protein RspA  94.55 
 
 		 404 aa  810    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1654  starvation-sensing protein RspA  99.75 
 
 		 404 aa  848    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0315691  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2635  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  91.09 
 
 		 404 aa  795    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0759429  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1675  starvation sensing protein RspA  94.55 
 
 		 404 aa  811    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1834  starvation sensing protein RspA  94.8 
 
 		 404 aa  811    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.768737  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1036  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  92.57 
 
 		 404 aa  803    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2049  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  99.75 
 
 		 404 aa  848    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.362051  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0802  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  92.08 
 
 		 404 aa  798    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1932  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  93.32 
 
 		 404 aa  806    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0487555  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1667  starvation sensing protein RspA  95.05 
 
 		 404 aa  813    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.546434  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1788  starvation-sensing protein RspA  99.75 
 
 		 404 aa  848    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.533189  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1619  starvation-sensing protein RspA  100 
 
 		 404 aa  849    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000210785  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01540  hypothetical protein  99.75 
 
 		 404 aa  848    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.531925  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4722  Galactonate dehydratase  77.23 
 
 		 402 aa  664    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.44454  normal  0.932737 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1270  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  90.1 
 
 		 404 aa  789    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.525682  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1607  starvation sensing protein RspA  94.55 
 
 		 404 aa  811    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4500  starvation sensing protein  91.34 
 
 		 404 aa  794    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.244455  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3563  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  92.08 
 
 		 404 aa  802    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.851149  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2883  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  69.14 
 
 		 403 aa  595  1e-169  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0617503  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1693  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  71.04 
 
 		 402 aa  593  1e-168  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.721451  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3978  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  68.64 
 
 		 403 aa  588  1e-167  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.610383  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3561  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  67.41 
 
 		 431 aa  584  1.0000000000000001e-165  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03854  starvation sensing protein  67.74 
 
 		 419 aa  580  1e-164  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2974  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  66.34 
 
 		 403 aa  578  1e-164  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0179307  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1835  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  68.24 
 
 		 403 aa  579  1e-164  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0553665 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1889  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  66.83 
 
 		 402 aa  580  1e-164  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0204033  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3278  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  64.6 
 
 		 403 aa  578  1e-164  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0037  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  65.35 
 
 		 403 aa  578  1e-164  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07140  D-mannonate dehydratase  65.84 
 
 		 402 aa  574  1.0000000000000001e-163  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.537507  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1427  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  65.59 
 
 		 403 aa  577  1.0000000000000001e-163  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.993388  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1004  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  65.35 
 
 		 403 aa  573  1.0000000000000001e-162  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.123594 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5060  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  65.92 
 
 		 402 aa  574  1.0000000000000001e-162  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000000550231  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2277  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  66.09 
 
 		 402 aa  570  1e-161  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.612864  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02420  D-mannonate dehydratase  66.17 
 
 		 402 aa  567  1e-160  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.296933  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0766  starvation sensing protein RspA  65.59 
 
 		 402 aa  561  1.0000000000000001e-159  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0510  starvation sensing protein RspA  65.84 
 
 		 402 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.631035  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0048  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  64.27 
 
 		 405 aa  562  1.0000000000000001e-159  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.396103  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0583  starvation sensing protein RspA  65.59 
 
 		 402 aa  561  1.0000000000000001e-159  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0980874  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0694  starvation sensing protein RspA  65.59 
 
 		 402 aa  561  1.0000000000000001e-159  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.58786  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2096  starvation sensing protein RspA  65.84 
 
 		 402 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2001  starvation sensing protein RspA  65.84 
 
 		 402 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1648  starvation sensing protein RspA  65.59 
 
 		 402 aa  561  1.0000000000000001e-159  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1162  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  63.95 
 
 		 404 aa  560  1e-158  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.233578  normal  0.767056 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1064  galactokinase  63.86 
 
 		 402 aa  558  1e-158  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.32364  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4599  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  64.85 
 
 		 402 aa  555  1e-157  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.316488  normal  0.738385 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5132  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  64.36 
 
 		 402 aa  552  1e-156  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1364  starvation sensing protein  63.37 
 
 		 402 aa  544  1e-154  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.185612  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1424  mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme  63.37 
 
 		 402 aa  544  1e-154  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3675  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  64.36 
 
 		 402 aa  536  1e-151  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.468042  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2983  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  59.61 
 
 		 411 aa  532  1e-150  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0331585  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3318  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  58.33 
 
 		 411 aa  528  1e-149  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0708913 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2128  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  61.19 
 
 		 402 aa  529  1e-149  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0790  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  57.21 
 
 		 409 aa  523  1e-147  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4403  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  58.62 
 
 		 406 aa  522  1e-147  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.73485  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4132  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  59.21 
 
 		 407 aa  523  1e-147  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0168136  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2407  mandelate racemase/muconate-lactonizing protein  56.97 
 
 		 409 aa  514  1.0000000000000001e-145  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.360808  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03730  D-mannonate dehydratase  56.93 
 
 		 411 aa  512  1e-144  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.723045 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4287  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  54.84 
 
 		 405 aa  503  1e-141  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.723676 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0504  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  57.95 
 
 		 409 aa  504  1e-141  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0291  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  56.05 
 
 		 423 aa  491  9.999999999999999e-139  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0398096  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01410  D-mannonate dehydratase  55.83 
 
 		 412 aa  488  1e-137  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2267  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  45.94 
 
 		 412 aa  339  5e-92  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.213701  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0947  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  41.02 
 
 		 417 aa  325  1e-87  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0680792  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1541  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C- domain protein  41.02 
 
 		 417 aa  324  2e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.315954  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2214  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  42.07 
 
 		 415 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5328  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  42.93 
 
 		 415 aa  311  1e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1377  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  40.2 
 
 		 438 aa  293  4e-78  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.488669 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3948  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  40.39 
 
 		 451 aa  291  1e-77  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0192  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.31 
 
 		 399 aa  291  1e-77  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1008  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  40.45 
 
 		 450 aa  290  2e-77  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.570237  normal  0.309423 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0932  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.31 
 
 		 399 aa  285  8e-76  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4410  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  38.46 
 
 		 429 aa  283  3.0000000000000004e-75  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.164749  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0977  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  38.06 
 
 		 399 aa  281  1e-74  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000000913378  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4254  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.32 
 
 		 399 aa  281  1e-74  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.851358  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4063  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.82 
 
 		 399 aa  281  1e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.546488  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0909  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.47 
 
 		 433 aa  263  4.999999999999999e-69  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.598164  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2597  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.84 
 
 		 388 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.598556  normal  0.375027 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0122  galactonate dehydratase  32.69 
 
 		 384 aa  203  5e-51  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.041758  normal  0.798356 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3598  galactonate dehydratase  31.4 
 
 		 382 aa  202  9.999999999999999e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.729698  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0586  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.59 
 
 		 382 aa  199  9e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00367627 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3303  galactonate dehydratase  33.33 
 
 		 382 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.703331 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3767  galactonate dehydratase  32.37 
 
 		 382 aa  199  1.0000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.854343  normal  0.799766 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3894  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.2 
 
 		 384 aa  198  2.0000000000000003e-49  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.519515  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3479  galactonate dehydratase  32.61 
 
 		 382 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.412363  normal  0.814852 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0656  galactonate dehydratase  33.09 
 
 		 382 aa  197  3e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.789075 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3624  galactonate dehydratase  31.96 
 
 		 382 aa  197  3e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.694628  normal  0.369645 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0433  galactonate dehydratase  32.61 
 
 		 382 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.34187  normal  0.994334 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2811  galactonate dehydratase  32.46 
 
 		 382 aa  195  1e-48  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.275596  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0100  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.58 
 
 		 382 aa  195  1e-48  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.85667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5994  galactonate dehydratase  31.96 
 
 		 382 aa  194  2e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.126789 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2866  galactonate dehydratase  31.31 
 
 		 382 aa  195  2e-48  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4123  galactonate dehydratase  32.13 
 
 		 382 aa  193  5e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0234002  normal  0.927238 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0740  galactonate dehydratase  32.13 
 
 		 382 aa  192  6e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0918  galactonate dehydratase  31.72 
 
 		 382 aa  192  7e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.462959  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0631  galactonate dehydratase  31.48 
 
 		 382 aa  192  7e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0752  galactonate dehydratase  32.13 
 
 		 382 aa  192  8e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2179  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  32.37 
 
 		 382 aa  192  9e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0507727  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2591  galactonate dehydratase  31.48 
 
 		 382 aa  192  1e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>