21 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_A0112 on replicon NC_010660
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010660  SbBS512_A0112  RNA-directed DNA polymerase  100 
 
 		 94 aa  193  6e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.690611  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13490  RNA-directed DNA polymerase  68.85 
 
 		 515 aa  97.4  6e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0556  RNA-directed DNA polymerase  70 
 
 		 549 aa  90.9  6e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.282498 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0382  RNA-directed DNA polymerase  55.36 
 
 		 568 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07480  putative reverse transcriptase  56.86 
 
 		 561 aa  71.2  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000108992  normal  0.278112 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0253  RNA-directed DNA polymerase  52.83 
 
 		 571 aa  68.2  0.00000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2883  RNA-directed DNA polymerase  50 
 
 		 566 aa  65.5  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.127165 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3149  RNA-directed DNA polymerase  48.15 
 
 		 565 aa  62.8  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0475182  normal  0.0238901 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0135  RNA-directed DNA polymerase  42.59 
 
 		 560 aa  61.6  0.000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.994203  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4791  RNA-directed DNA polymerase  42.59 
 
 		 560 aa  61.6  0.000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0447  RNA-directed DNA polymerase  53.06 
 
 		 568 aa  62  0.000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.499499  normal  0.735233 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31890  Retron-type reverse transcriptase protein  52 
 
 		 65 aa  52.4  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4617  RNA-directed DNA polymerase  45.1 
 
 		 585 aa  51.2  0.000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4899  RNA-directed DNA polymerase  43.14 
 
 		 585 aa  50.1  0.00001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.539476  normal  1 
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0102  hypothetical protein  95.65 
 
 		 131 aa  50.1  0.00001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0949  RNA-directed DNA polymerase  43.14 
 
 		 569 aa  49.3  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.22082  normal  0.366472 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4601  RNA-directed DNA polymerase  43.14 
 
 		 585 aa  49.3  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1825  RNA-directed DNA polymerase  33.96 
 
 		 556 aa  45.4  0.0002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007322  GBAA_pXO1_0011  reverse transcriptase/endonuclease protein  41.3 
 
 		 602 aa  44.3  0.0005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0086  IS2, transposase orfB, truncation  63.33 
 
 		 223 aa  43.5  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0106176  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3155  HNH endonuclease  34.38 
 
 		 330 aa  40.8  0.006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000147515  unclonable  2.36676e-16 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>