49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SNSL254_A3345 on replicon NC_011080
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011080  SNSL254_A3345  regulatory protein IclR  100 
 
 		 228 aa  463  1e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.20582  normal  0.338935 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3441  regulatory protein IclR  98.68 
 
 		 228 aa  459  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0115656 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3261  regulatory protein, IclR  98.25 
 
 		 228 aa  457  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.798479  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3272  regulatory protein IclR  98.68 
 
 		 228 aa  459  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0792755 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3337  regulatory protein IclR  98.25 
 
 		 228 aa  456  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.423625 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3354  regulatory protein, IclR  78.48 
 
 		 253 aa  358  3e-98  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.532058  decreased coverage  0.00226048 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2835  transcriptional regulator, IclR family  30.77 
 
 		 253 aa  60.5  0.00000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  hitchhiker  0.00508423  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2571  IclR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 244 aa  57.8  0.0000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1072  IclR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 256 aa  55.8  0.0000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0478344  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1082  IclR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 268 aa  53.1  0.000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.400531  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2308  transcriptional regulator, IclR family  26.05 
 
 		 255 aa  51.6  0.00001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4638  transcriptional regulator, IclR family  28.17 
 
 		 275 aa  50.8  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.214771  normal  0.0505557 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4506  transcriptional regulator, IclR family  28.17 
 
 		 275 aa  50.8  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0945557  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2380  IclR family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 254 aa  49.7  0.00004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.102909  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3974  transcriptional regulator, IclR family  33.01 
 
 		 266 aa  48.1  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.482822  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7060  IclR family transcriptional regulator  22.83 
 
 		 280 aa  46.2  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.579294  normal  0.280018 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2149  IclR family transcriptional regulator, putative  23.08 
 
 		 248 aa  46.2  0.0004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.999761  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3598  IclR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 274 aa  46.2  0.0005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.213229  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0162  transcriptional regulator, IclR family  26.51 
 
 		 257 aa  45.4  0.0007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3169  transcriptional regulator, IclR family  27.67 
 
 		 278 aa  45.4  0.0007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.669044  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0872  transcriptional regulator, TrmB  29 
 
 		 242 aa  45.4  0.0007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.129277 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3286  IclR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 251 aa  45.1  0.0008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0876  IclR family transcriptional regulator  23.67 
 
 		 295 aa  44.7  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3573  IclR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 285 aa  44.7  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0802291  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1911  transcriptional regulator, IclR family  33.67 
 
 		 256 aa  44.7  0.001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2303  transcriptional regulator, IclR family  32.35 
 
 		 244 aa  44.7  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000584535 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4411  regulatory proteins, IclR  28 
 
 		 267 aa  44.7  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.547579  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0443  transcriptional regulator, TrmB  23.21 
 
 		 254 aa  44.7  0.001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.915404  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2407  IclR family transcriptional regulator  25.23 
 
 		 251 aa  44.3  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2713  IclR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 281 aa  44.7  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0235576  normal  0.170928 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4215  regulatory proteins, IclR  29.95 
 
 		 261 aa  44.3  0.002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5781  transcriptional regulator, IclR family  26.04 
 
 		 271 aa  44.3  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2559  transcriptional regulator KdgR  25 
 
 		 263 aa  42.7  0.005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000361362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2095  transcriptional regulator KdgR  25 
 
 		 263 aa  42.7  0.005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000995956  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01798  predicted DNA-binding transcriptional regulator  25 
 
 		 263 aa  42.7  0.005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.440803  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1360  transcriptional regulator KdgR  25 
 
 		 263 aa  42.7  0.005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000169219  normal  0.0136372 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1805  IclR family transcriptional regulator  25 
 
 		 263 aa  42.7  0.005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.954449  normal  0.233357 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01786  hypothetical protein  25 
 
 		 263 aa  42.7  0.005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.633166  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0667  regulatory protein IclR  34.88 
 
 		 252 aa  42.7  0.005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1918  transcriptional regulator KdgR  25 
 
 		 263 aa  42.7  0.005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000201259  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2294  transcriptional regulator, IclR family  24.17 
 
 		 265 aa  42.4  0.005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0818  IclR family transcriptional regulator  25.67 
 
 		 276 aa  42.4  0.006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0589352  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4604  regulatory proteins, IclR  28.57 
 
 		 251 aa  42.4  0.006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2056  transcriptional regulator KdgR  25 
 
 		 263 aa  42  0.007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000211216  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2397  regulatory protein, IclR  28.67 
 
 		 263 aa  42  0.007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.162621  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2434  transcriptional regulator, IclR family  33.63 
 
 		 255 aa  41.6  0.009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0257982  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1949  transcriptional regulator, IclR family  30.51 
 
 		 263 aa  41.6  0.009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00482853  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2055  transcriptional regulator, IclR family  30.51 
 
 		 263 aa  41.6  0.01  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0903474  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02910  IclR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 259 aa  41.6  0.01  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00186754 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>