176 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3641 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc0114  hypothetical protein  94.44 
 
 
402 aa  722    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.782574 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3317  2-nitropropane dioxygenase NPD  98.43 
 
 
382 aa  755    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3641  2-nitropropane dioxygenase NPD  100 
 
 
386 aa  773    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2083  2-nitropropane dioxygenase, NPD  76.05 
 
 
393 aa  593  1e-168  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.683958 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5061  2-nitropropane dioxygenase, NPD  75.59 
 
 
415 aa  583  1.0000000000000001e-165  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.877356  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2272  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  64.38 
 
 
424 aa  482  1e-135  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.189277  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0622  hypothetical protein  63.73 
 
 
405 aa  480  1e-134  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2815  2-nitropropane dioxygenase  64.42 
 
 
392 aa  478  1e-134  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1283  2-nitropropane dioxygenase NPD  64.74 
 
 
396 aa  478  1e-134  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.756319 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2391  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  63.73 
 
 
414 aa  479  1e-134  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2896  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  63.73 
 
 
414 aa  479  1e-134  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.369795  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2694  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  63.47 
 
 
414 aa  478  1e-134  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2751  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  63.73 
 
 
405 aa  480  1e-134  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.76383  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1705  2-nitropropane dioxygenase  63.73 
 
 
438 aa  480  1e-134  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.137412  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5053  2-nitropropane dioxygenase, NPD  63.71 
 
 
396 aa  475  1e-133  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1305  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  62.92 
 
 
396 aa  474  1e-132  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.302592  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2314  2-nitropropane dioxygenase  63.59 
 
 
396 aa  473  1e-132  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1681  2-nitropropane dioxygenase, NPD  63.59 
 
 
396 aa  472  1e-132  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.097418  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1792  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  63.32 
 
 
396 aa  471  1e-132  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.34549  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0103  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  62.92 
 
 
396 aa  474  1e-132  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2128  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  62.66 
 
 
396 aa  473  1e-132  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.364934  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2183  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  62.92 
 
 
396 aa  474  1e-132  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1062  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  62.92 
 
 
396 aa  474  1e-132  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1676  2-nitropropane dioxygenase NPD  64.38 
 
 
396 aa  473  1e-132  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0582286  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2188  putative 2-nitropropane dioxygenase  63.99 
 
 
433 aa  469  1.0000000000000001e-131  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000766761 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1803  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  63.88 
 
 
392 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6322  2-nitropropane dioxygenase, NPD  62.92 
 
 
396 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1770  2-nitropropane dioxygenase NPD  63.32 
 
 
396 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.763797 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1757  2-nitropropane dioxygenase, NPD  63.19 
 
 
396 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1945  putative 2-nitropropane dioxygenase  64.36 
 
 
396 aa  458  9.999999999999999e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00553543  normal  0.953866 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2314  2-nitropropane dioxygenase NPD  63.16 
 
 
396 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.16521 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1506  2-nitropropane dioxygenase NPD  61.36 
 
 
396 aa  457  1e-127  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.186362 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5565  2-nitropropane dioxygenase NPD  58.12 
 
 
405 aa  405  1.0000000000000001e-112  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.286036  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4589  2-nitropropane dioxygenase, NPD  58.55 
 
 
422 aa  401  9.999999999999999e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2347  2-nitropropane dioxygenase NPD  56.99 
 
 
393 aa  395  1e-109  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.6039  hitchhiker  0.000000126588 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0091  2-nitropropane dioxygenase NPD  38.86 
 
 
382 aa  219  7.999999999999999e-56  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0006  2-nitropropane dioxygenase NPD  40.4 
 
 
332 aa  215  9.999999999999999e-55  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00157351  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2248  2-nitropropane dioxygenase NPD  38.13 
 
 
360 aa  209  7e-53  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.69113  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0649  2-nitropropane dioxygenase NPD  36.16 
 
 
365 aa  207  2e-52  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2985  2-nitropropane dioxygenase NPD  40 
 
 
364 aa  206  4e-52  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.565895  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0721  2-nitropropane dioxygenase, NPD  36.12 
 
 
363 aa  202  9e-51  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.214896  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1584  2-nitropropane dioxygenase, NPD  37.74 
 
 
375 aa  200  3.9999999999999996e-50  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000000610651  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1164  2-nitropropane dioxygenase, NPD  37.13 
 
 
373 aa  196  7e-49  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.121776  normal  0.303682 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0455  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  36.66 
 
 
363 aa  195  1e-48  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00000000961366  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0756  2-nitropropane dioxygenase NPD  35.58 
 
 
361 aa  194  2e-48  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1061  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  35.23 
 
 
355 aa  194  2e-48  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.992497  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0498  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  35.97 
 
 
363 aa  194  2e-48  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.142021  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0485  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  35.34 
 
 
365 aa  194  2e-48  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0358  2-nitropropane dioxygenase NPD  39.12 
 
 
353 aa  194  3e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.161676  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1025  2-nitropropane dioxygenase NPD  33.33 
 
 
366 aa  193  3e-48  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0766  2-nitropropane dioxygenase NPD  35.98 
 
 
373 aa  193  5e-48  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0843777 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1406  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  36.39 
 
 
363 aa  192  8e-48  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  unclonable  0.00324657  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2940  2-nitropropane dioxygenase NPD  38.81 
 
 
363 aa  192  8e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1286  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  36.39 
 
 
363 aa  192  1e-47  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  unclonable  0.00000000000131785  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0977  2-nitropropane dioxygenase NPD  37.5 
 
 
380 aa  191  2e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.652012  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1344  2-nitropropane dioxygenase NPD  38.81 
 
 
363 aa  191  2e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.865033  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1293  2-nitropropane dioxygenase, NPD  36.54 
 
 
361 aa  189  5e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000110305  hitchhiker  0.00000426168 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1249  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  35.36 
 
 
355 aa  189  7e-47  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0406  2-nitropropane dioxygenase NPD  35.52 
 
 
357 aa  188  1e-46  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.25833  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0619  oxidoreductase (2-nitropropane dioxygenase family)  36.14 
 
 
366 aa  187  2e-46  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3007  2-nitropropane dioxygenase, NPD  38.42 
 
 
379 aa  187  2e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0405  2-nitropropane dioxygenase NPD  37.33 
 
 
376 aa  187  3e-46  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3148  2-nitropropane dioxygenase-like dioxygenase  37.77 
 
 
369 aa  187  4e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0185089  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1586  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  34.42 
 
 
373 aa  186  8e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.385159  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1158  2-nitropropane dioxygenase NPD  32.51 
 
 
357 aa  185  1.0000000000000001e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0552766 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3113  2-nitropropane dioxygenase NPD  33.96 
 
 
352 aa  184  2.0000000000000003e-45  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1210  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  34.88 
 
 
370 aa  184  2.0000000000000003e-45  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1877  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  37.72 
 
 
360 aa  183  6e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.117521  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1279  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  35.25 
 
 
363 aa  182  7e-45  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.0434534  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0038  2-nitropropane dioxygenase, NPD  36.36 
 
 
352 aa  181  1e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3736  2-nitropropane dioxygenase, NPD  38.58 
 
 
339 aa  170  3e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0040511 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1851  2-nitropropane dioxygenase NPD  37.11 
 
 
373 aa  167  4e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000000135103  normal  0.816566 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1055  2-nitropropane dioxygenase, NPD  34.7 
 
 
361 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.455716  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0500  hypothetical protein  31.53 
 
 
419 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.546917 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3815  2-nitropropane dioxygenase NPD  33.24 
 
 
314 aa  117  3.9999999999999997e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000146369  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1939  2-nitropropane dioxygenase NPD  30.67 
 
 
419 aa  116  7.999999999999999e-25  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0610  2-nitropropane dioxygenase NPD  29.28 
 
 
417 aa  113  5e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1538  2-nitropropane dioxygenase, NPD  32.25 
 
 
414 aa  112  8.000000000000001e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1184  2-nitropropane dioxygenase NPD  32.57 
 
 
414 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2873  2-nitropropane dioxygenase, NPD  31.6 
 
 
415 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0188  hypothetical protein  30.65 
 
 
417 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0706904  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0189  hypothetical protein  30.96 
 
 
465 aa  110  4.0000000000000004e-23  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2182  putative dioxygenase related to 2-nitropropane dioxygenase  32.13 
 
 
414 aa  109  7.000000000000001e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000148707  unclonable  0.000000279866 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0626  2-nitropropane dioxygenase, NPD  29.34 
 
 
419 aa  109  9.000000000000001e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0779  2-nitropropane dioxygenase NPD  29.06 
 
 
418 aa  108  1e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0670  2-nitropropane dioxygenase NPD  29.62 
 
 
421 aa  107  3e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1854  hypothetical protein  27.78 
 
 
316 aa  106  5e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0198092  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4381  2-nitropropane dioxygenase NPD  31.49 
 
 
417 aa  103  4e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0231487 
 
 
-
 
NC_002978  WD0183  hypothetical protein  31.14 
 
 
453 aa  102  1e-20  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1334  2-nitropropane dioxygenase, NPD  29.84 
 
 
414 aa  99  1e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.413147  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0776  2-nitropropane dioxygenase, NPD  31.08 
 
 
467 aa  94.7  3e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2913  2-nitropropane dioxygenase, NPD  29 
 
 
315 aa  93.6  6e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000125004  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2312  2-nitropropane dioxygenase, NPD  30.74 
 
 
469 aa  92.8  9e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.241055  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0774  hypothetical protein  30.82 
 
 
467 aa  91.7  2e-17  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1243  2-nitropropane dioxygenase, NPD  30.14 
 
 
467 aa  91.3  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.317364 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0274  2-nitropropane dioxygenase NPD  31.48 
 
 
391 aa  90.5  4e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2173  2-nitropropane dioxygenase-like protein  28.52 
 
 
470 aa  90.9  4e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.639614  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0253  2-nitropropane dioxygenase, NPD  30.45 
 
 
391 aa  90.1  5e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0263  2-nitropropane dioxygenase NPD  31.69 
 
 
391 aa  89.7  8e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0959  2-nitropropane dioxygenase NPD  26.3 
 
 
315 aa  87.8  3e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00532239  normal  0.214658 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>