285 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2188 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_2188  putative 2-nitropropane dioxygenase  100 
 
 
433 aa  867    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000766761 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0622  hypothetical protein  67.81 
 
 
405 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2751  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  67.81 
 
 
405 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.76383  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1705  2-nitropropane dioxygenase  68.17 
 
 
438 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.137412  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2896  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  67.81 
 
 
414 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.369795  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2391  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  67.81 
 
 
414 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2694  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  67.55 
 
 
414 aa  513  1e-144  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2815  2-nitropropane dioxygenase  68.17 
 
 
392 aa  514  1e-144  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1803  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  68.17 
 
 
392 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1681  2-nitropropane dioxygenase, NPD  66.84 
 
 
396 aa  490  1e-137  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.097418  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1676  2-nitropropane dioxygenase NPD  66.84 
 
 
396 aa  486  1e-136  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0582286  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1757  2-nitropropane dioxygenase, NPD  65.81 
 
 
396 aa  486  1e-136  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5053  2-nitropropane dioxygenase, NPD  64.29 
 
 
396 aa  481  1e-135  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1770  2-nitropropane dioxygenase NPD  66.31 
 
 
396 aa  483  1e-135  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.763797 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6322  2-nitropropane dioxygenase, NPD  65.55 
 
 
396 aa  483  1e-135  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2314  2-nitropropane dioxygenase NPD  63.71 
 
 
396 aa  479  1e-134  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.16521 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3317  2-nitropropane dioxygenase NPD  63.99 
 
 
382 aa  478  1e-134  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0103  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  64 
 
 
396 aa  476  1e-133  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2183  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  64 
 
 
396 aa  476  1e-133  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1283  2-nitropropane dioxygenase NPD  64.12 
 
 
396 aa  476  1e-133  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.756319 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1305  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  64 
 
 
396 aa  476  1e-133  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.302592  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2128  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  63.73 
 
 
396 aa  475  1e-133  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.364934  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1062  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  64 
 
 
396 aa  476  1e-133  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1506  2-nitropropane dioxygenase NPD  64.54 
 
 
396 aa  475  1e-133  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.186362 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3641  2-nitropropane dioxygenase NPD  63.99 
 
 
386 aa  476  1e-133  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0114  hypothetical protein  64.4 
 
 
402 aa  473  1e-132  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.782574 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1792  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  63.73 
 
 
396 aa  473  1e-132  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.34549  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2314  2-nitropropane dioxygenase  63.73 
 
 
396 aa  474  1e-132  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1945  putative 2-nitropropane dioxygenase  62.37 
 
 
396 aa  472  1e-132  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00553543  normal  0.953866 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2272  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  62.27 
 
 
424 aa  464  1e-129  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.189277  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5061  2-nitropropane dioxygenase, NPD  59.81 
 
 
415 aa  459  9.999999999999999e-129  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.877356  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2083  2-nitropropane dioxygenase, NPD  61.38 
 
 
393 aa  449  1e-125  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.683958 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2347  2-nitropropane dioxygenase NPD  58.2 
 
 
393 aa  420  1e-116  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.6039  hitchhiker  0.000000126588 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4589  2-nitropropane dioxygenase, NPD  59.16 
 
 
422 aa  401  9.999999999999999e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5565  2-nitropropane dioxygenase NPD  55.47 
 
 
405 aa  397  1e-109  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.286036  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0721  2-nitropropane dioxygenase, NPD  38.89 
 
 
363 aa  213  7e-54  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.214896  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0756  2-nitropropane dioxygenase NPD  36.83 
 
 
361 aa  211  3e-53  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0649  2-nitropropane dioxygenase NPD  36.1 
 
 
365 aa  209  1e-52  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0006  2-nitropropane dioxygenase NPD  37.71 
 
 
332 aa  208  2e-52  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00157351  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3148  2-nitropropane dioxygenase-like dioxygenase  38.59 
 
 
369 aa  206  7e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0185089  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0091  2-nitropropane dioxygenase NPD  36.31 
 
 
382 aa  198  1.0000000000000001e-49  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0405  2-nitropropane dioxygenase NPD  37.03 
 
 
376 aa  198  2.0000000000000003e-49  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2940  2-nitropropane dioxygenase NPD  38.04 
 
 
363 aa  196  6e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1586  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  34.85 
 
 
373 aa  195  1e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.385159  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1344  2-nitropropane dioxygenase NPD  38.04 
 
 
363 aa  195  1e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.865033  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2248  2-nitropropane dioxygenase NPD  36.04 
 
 
360 aa  194  3e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.69113  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2985  2-nitropropane dioxygenase NPD  38.75 
 
 
364 aa  194  3e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.565895  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1025  2-nitropropane dioxygenase NPD  34.59 
 
 
366 aa  193  4e-48  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1293  2-nitropropane dioxygenase, NPD  35.89 
 
 
361 aa  191  2e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000110305  hitchhiker  0.00000426168 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1210  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  36.39 
 
 
370 aa  190  4e-47  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1164  2-nitropropane dioxygenase, NPD  35.77 
 
 
373 aa  189  9e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.121776  normal  0.303682 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1877  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  37.81 
 
 
360 aa  187  3e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.117521  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3007  2-nitropropane dioxygenase, NPD  36.78 
 
 
379 aa  183  4.0000000000000006e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0358  2-nitropropane dioxygenase NPD  36.12 
 
 
353 aa  183  4.0000000000000006e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.161676  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0619  oxidoreductase (2-nitropropane dioxygenase family)  34.5 
 
 
366 aa  184  4.0000000000000006e-45  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0977  2-nitropropane dioxygenase NPD  34.88 
 
 
380 aa  184  4.0000000000000006e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.652012  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0455  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  34.77 
 
 
363 aa  182  8.000000000000001e-45  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00000000961366  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0038  2-nitropropane dioxygenase, NPD  36.61 
 
 
352 aa  182  9.000000000000001e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1406  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  34.77 
 
 
363 aa  181  2e-44  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  unclonable  0.00324657  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1286  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  34.23 
 
 
363 aa  181  2e-44  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  unclonable  0.00000000000131785  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3113  2-nitropropane dioxygenase NPD  33.06 
 
 
352 aa  180  4.999999999999999e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1584  2-nitropropane dioxygenase, NPD  34.62 
 
 
375 aa  177  2e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000000610651  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0485  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  32.52 
 
 
365 aa  178  2e-43  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0766  2-nitropropane dioxygenase NPD  32.38 
 
 
373 aa  177  3e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0843777 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0498  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  32.74 
 
 
363 aa  177  4e-43  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.142021  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1279  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  33.97 
 
 
363 aa  176  5e-43  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.0434534  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0406  2-nitropropane dioxygenase NPD  31.91 
 
 
357 aa  171  3e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.25833  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1158  2-nitropropane dioxygenase NPD  31.73 
 
 
357 aa  169  6e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0552766 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1061  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  33.07 
 
 
355 aa  169  8e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.992497  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3736  2-nitropropane dioxygenase, NPD  37.13 
 
 
339 aa  168  1e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0040511 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1249  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  32.81 
 
 
355 aa  166  1.0000000000000001e-39  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1055  2-nitropropane dioxygenase, NPD  31.42 
 
 
361 aa  159  1e-37  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.455716  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1851  2-nitropropane dioxygenase NPD  33.05 
 
 
373 aa  143  5e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000000135103  normal  0.816566 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2873  2-nitropropane dioxygenase, NPD  32.48 
 
 
415 aa  116  8.999999999999998e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3815  2-nitropropane dioxygenase NPD  29.6 
 
 
314 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000146369  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0500  hypothetical protein  30.94 
 
 
419 aa  113  7.000000000000001e-24  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.546917 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1939  2-nitropropane dioxygenase NPD  31.25 
 
 
419 aa  105  2e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1184  2-nitropropane dioxygenase NPD  32.05 
 
 
414 aa  105  2e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1538  2-nitropropane dioxygenase, NPD  30.89 
 
 
414 aa  103  5e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4381  2-nitropropane dioxygenase NPD  30.13 
 
 
417 aa  102  1e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0231487 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0188  hypothetical protein  31.33 
 
 
417 aa  100  4e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0706904  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0626  2-nitropropane dioxygenase, NPD  29.6 
 
 
419 aa  100  6e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1854  hypothetical protein  27.25 
 
 
316 aa  99.8  8e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0198092  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0779  2-nitropropane dioxygenase NPD  29.28 
 
 
418 aa  99  2e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0670  2-nitropropane dioxygenase NPD  28.3 
 
 
421 aa  96.3  9e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0610  2-nitropropane dioxygenase NPD  26.6 
 
 
417 aa  95.9  1e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2182  putative dioxygenase related to 2-nitropropane dioxygenase  31.19 
 
 
414 aa  95.9  1e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000148707  unclonable  0.000000279866 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0189  hypothetical protein  27.1 
 
 
465 aa  94.4  4e-18  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0183  hypothetical protein  28.39 
 
 
453 aa  91.7  2e-17  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1334  2-nitropropane dioxygenase, NPD  28.98 
 
 
414 aa  91.7  2e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.413147  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0274  2-nitropropane dioxygenase NPD  32.21 
 
 
391 aa  91.3  3e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0263  2-nitropropane dioxygenase NPD  31.82 
 
 
391 aa  90.9  4e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0253  2-nitropropane dioxygenase, NPD  32.4 
 
 
391 aa  90.1  6e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0774  hypothetical protein  27.76 
 
 
467 aa  87  6e-16  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2913  2-nitropropane dioxygenase, NPD  27.57 
 
 
315 aa  84.7  0.000000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000125004  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0237  hypothetical protein  27.79 
 
 
467 aa  80.9  0.00000000000005  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2312  2-nitropropane dioxygenase, NPD  24.78 
 
 
469 aa  79.3  0.0000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.241055  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0282  2-nitropropane dioxygenase, NPD  26.08 
 
 
315 aa  79  0.0000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0713522  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0959  2-nitropropane dioxygenase NPD  25.54 
 
 
315 aa  78.2  0.0000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00532239  normal  0.214658 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1243  2-nitropropane dioxygenase, NPD  27.92 
 
 
467 aa  77  0.0000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.317364 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>