268 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_3007 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009483  Gura_3007  2-nitropropane dioxygenase, NPD  100 
 
 
379 aa  773    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2940  2-nitropropane dioxygenase NPD  81.77 
 
 
363 aa  624  1e-178  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1344  2-nitropropane dioxygenase NPD  81.22 
 
 
363 aa  621  1e-177  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.865033  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1293  2-nitropropane dioxygenase, NPD  77.99 
 
 
361 aa  605  9.999999999999999e-173  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000110305  hitchhiker  0.00000426168 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1877  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  77.35 
 
 
360 aa  587  1e-166  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.117521  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0358  2-nitropropane dioxygenase NPD  78.19 
 
 
353 aa  572  1.0000000000000001e-162  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.161676  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0038  2-nitropropane dioxygenase, NPD  75.57 
 
 
352 aa  534  1e-151  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3148  2-nitropropane dioxygenase-like dioxygenase  68.27 
 
 
369 aa  491  1e-137  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0185089  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2985  2-nitropropane dioxygenase NPD  44.97 
 
 
364 aa  302  5.000000000000001e-81  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.565895  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3736  2-nitropropane dioxygenase, NPD  46.61 
 
 
339 aa  297  2e-79  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0040511 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0006  2-nitropropane dioxygenase NPD  47.87 
 
 
332 aa  296  5e-79  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00157351  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1584  2-nitropropane dioxygenase, NPD  41.81 
 
 
375 aa  289  6e-77  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000000610651  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3113  2-nitropropane dioxygenase NPD  41.81 
 
 
352 aa  275  7e-73  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0406  2-nitropropane dioxygenase NPD  43.33 
 
 
357 aa  273  4.0000000000000004e-72  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.25833  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0485  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  42.27 
 
 
365 aa  270  2.9999999999999997e-71  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2248  2-nitropropane dioxygenase NPD  44.35 
 
 
360 aa  268  2e-70  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.69113  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1158  2-nitropropane dioxygenase NPD  41.81 
 
 
357 aa  263  3e-69  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0552766 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0721  2-nitropropane dioxygenase, NPD  41.32 
 
 
363 aa  263  4.999999999999999e-69  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.214896  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1279  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  42.66 
 
 
363 aa  262  6e-69  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.0434534  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0619  oxidoreductase (2-nitropropane dioxygenase family)  40.88 
 
 
366 aa  262  6.999999999999999e-69  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1061  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  40.96 
 
 
355 aa  262  8e-69  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.992497  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1249  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  40.96 
 
 
355 aa  258  1e-67  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0649  2-nitropropane dioxygenase NPD  38.15 
 
 
365 aa  256  4e-67  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0766  2-nitropropane dioxygenase NPD  41.46 
 
 
373 aa  254  1.0000000000000001e-66  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0843777 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1210  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  41.46 
 
 
370 aa  254  2.0000000000000002e-66  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1055  2-nitropropane dioxygenase, NPD  44.48 
 
 
361 aa  253  4.0000000000000004e-66  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.455716  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1586  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  41.48 
 
 
373 aa  253  5.000000000000001e-66  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.385159  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0498  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  39.5 
 
 
363 aa  252  8.000000000000001e-66  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.142021  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0977  2-nitropropane dioxygenase NPD  40.48 
 
 
380 aa  251  1e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.652012  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0455  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  38.95 
 
 
363 aa  249  6e-65  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00000000961366  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1406  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  38.95 
 
 
363 aa  248  9e-65  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  unclonable  0.00324657  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0405  2-nitropropane dioxygenase NPD  40.81 
 
 
376 aa  247  2e-64  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1286  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  38.95 
 
 
363 aa  248  2e-64  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  unclonable  0.00000000000131785  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1164  2-nitropropane dioxygenase, NPD  41.03 
 
 
373 aa  243  3e-63  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.121776  normal  0.303682 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0756  2-nitropropane dioxygenase NPD  38.15 
 
 
361 aa  241  1e-62  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1025  2-nitropropane dioxygenase NPD  40.23 
 
 
366 aa  240  2.9999999999999997e-62  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1851  2-nitropropane dioxygenase NPD  41.76 
 
 
373 aa  231  2e-59  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000000135103  normal  0.816566 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0091  2-nitropropane dioxygenase NPD  40.11 
 
 
382 aa  216  7e-55  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1854  hypothetical protein  36.44 
 
 
316 aa  202  8e-51  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0198092  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2347  2-nitropropane dioxygenase NPD  37.53 
 
 
393 aa  198  1.0000000000000001e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.6039  hitchhiker  0.000000126588 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2913  2-nitropropane dioxygenase, NPD  37.96 
 
 
315 aa  197  3e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000125004  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2694  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  37.3 
 
 
414 aa  195  1e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5565  2-nitropropane dioxygenase NPD  37.13 
 
 
405 aa  193  3e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.286036  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2751  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  36.94 
 
 
405 aa  193  3e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.76383  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0622  hypothetical protein  36.94 
 
 
405 aa  193  3e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2391  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  36.94 
 
 
414 aa  193  4e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5061  2-nitropropane dioxygenase, NPD  38.33 
 
 
415 aa  193  4e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.877356  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2896  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  36.94 
 
 
414 aa  193  4e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.369795  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1705  2-nitropropane dioxygenase  36.94 
 
 
438 aa  193  4e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.137412  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4589  2-nitropropane dioxygenase, NPD  38.52 
 
 
422 aa  193  5e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2815  2-nitropropane dioxygenase  37.02 
 
 
392 aa  191  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1803  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  37.57 
 
 
392 aa  191  2e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3317  2-nitropropane dioxygenase NPD  38.42 
 
 
382 aa  188  1e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3641  2-nitropropane dioxygenase NPD  38.42 
 
 
386 aa  187  2e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2083  2-nitropropane dioxygenase, NPD  37.94 
 
 
393 aa  187  3e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.683958 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0114  hypothetical protein  37.54 
 
 
402 aa  186  8e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.782574 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5053  2-nitropropane dioxygenase, NPD  37.3 
 
 
396 aa  184  3e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1770  2-nitropropane dioxygenase NPD  37.18 
 
 
396 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.763797 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6322  2-nitropropane dioxygenase, NPD  37.18 
 
 
396 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1681  2-nitropropane dioxygenase, NPD  36.76 
 
 
396 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.097418  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1757  2-nitropropane dioxygenase, NPD  37.18 
 
 
396 aa  182  1e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1676  2-nitropropane dioxygenase NPD  36.76 
 
 
396 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0582286  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1283  2-nitropropane dioxygenase NPD  35.64 
 
 
396 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.756319 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2314  2-nitropropane dioxygenase NPD  35.94 
 
 
396 aa  178  2e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.16521 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1506  2-nitropropane dioxygenase NPD  36.86 
 
 
396 aa  176  5e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.186362 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3815  2-nitropropane dioxygenase NPD  35.43 
 
 
314 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000146369  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2314  2-nitropropane dioxygenase  34.97 
 
 
396 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2272  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  35.14 
 
 
424 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.189277  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1305  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  34.97 
 
 
396 aa  173  5.999999999999999e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.302592  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0103  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  34.97 
 
 
396 aa  173  5.999999999999999e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2183  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  34.97 
 
 
396 aa  173  5.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1062  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  34.97 
 
 
396 aa  173  5.999999999999999e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2188  putative 2-nitropropane dioxygenase  36.24 
 
 
433 aa  172  6.999999999999999e-42  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000766761 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2128  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  34.46 
 
 
396 aa  172  9e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.364934  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1792  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  34.97 
 
 
396 aa  171  1e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.34549  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1945  putative 2-nitropropane dioxygenase  35.92 
 
 
396 aa  171  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00553543  normal  0.953866 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0282  2-nitropropane dioxygenase, NPD  34.93 
 
 
315 aa  164  3e-39  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0713522  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0959  2-nitropropane dioxygenase NPD  36.18 
 
 
315 aa  162  1e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00532239  normal  0.214658 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4381  2-nitropropane dioxygenase NPD  34.87 
 
 
417 aa  130  3e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0231487 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1538  2-nitropropane dioxygenase, NPD  35.86 
 
 
414 aa  128  1.0000000000000001e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2873  2-nitropropane dioxygenase, NPD  35.62 
 
 
415 aa  123  5e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2182  putative dioxygenase related to 2-nitropropane dioxygenase  34.31 
 
 
414 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000148707  unclonable  0.000000279866 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1334  2-nitropropane dioxygenase, NPD  33.88 
 
 
414 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.413147  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1184  2-nitropropane dioxygenase NPD  33.66 
 
 
414 aa  116  5e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0670  2-nitropropane dioxygenase NPD  31.77 
 
 
421 aa  110  3e-23  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0188  hypothetical protein  33.11 
 
 
417 aa  106  9e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0706904  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0263  2-nitropropane dioxygenase NPD  32.95 
 
 
391 aa  105  2e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0274  2-nitropropane dioxygenase NPD  32.65 
 
 
391 aa  104  2e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0500  hypothetical protein  31.95 
 
 
419 aa  104  2e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.546917 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0253  2-nitropropane dioxygenase, NPD  32.66 
 
 
391 aa  104  2e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0779  2-nitropropane dioxygenase NPD  33.66 
 
 
418 aa  104  3e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0610  2-nitropropane dioxygenase NPD  30.67 
 
 
417 aa  103  5e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1358  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  29.28 
 
 
316 aa  102  1e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000252963  normal  0.0405419 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1852  2-nitropropane dioxygenase-like protein  28.81 
 
 
317 aa  100  5e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00272263  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0626  2-nitropropane dioxygenase, NPD  30.94 
 
 
419 aa  94  4e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1939  2-nitropropane dioxygenase NPD  29.77 
 
 
419 aa  93.2  7e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2074  2-nitropropane dioxygenase, NPD  26.74 
 
 
315 aa  91.7  2e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000655776  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0311  dioxygenase  31.36 
 
 
321 aa  91.3  3e-17  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2173  2-nitropropane dioxygenase-like protein  29.93 
 
 
470 aa  90.1  5e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.639614  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1587  2-nitropropane dioxygenase, NPD  26.72 
 
 
309 aa  89.4  1e-16  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000431839  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>