33 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3308 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_3308  putative signal peptide protein  100 
 
 		 267 aa  548  1e-155  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.027267 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2961  putative signal peptide protein  98.88 
 
 		 267 aa  538  9.999999999999999e-153  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0147846 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3028  putative signal peptide protein  89.14 
 
 		 267 aa  478  1e-134  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0370173  normal  0.0165619 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6589  putative signal peptide protein  65.9 
 
 		 296 aa  355  2.9999999999999997e-97  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000228235  normal  0.0148765 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5003  hypothetical protein  54.12 
 
 		 263 aa  300  1e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.734058 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5106  hypothetical protein  51.18 
 
 		 269 aa  278  5e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58290  hypothetical protein  51.18 
 
 		 269 aa  278  6e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2571  hypothetical protein  42.91 
 
 		 270 aa  198  6e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  3.51589e-17  normal  0.0950053 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6588  hypothetical protein  43.15 
 
 		 271 aa  191  1e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000000683037  normal  0.0152413 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4998  hypothetical protein  40.98 
 
 		 270 aa  187  2e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5101  hypothetical protein  40.74 
 
 		 263 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58230  hypothetical protein  40.67 
 
 		 263 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3027  signal peptide protein  39.44 
 
 		 282 aa  183  2.0000000000000003e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0193368  normal  0.0163712 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2960  signal peptide protein  39.84 
 
 		 280 aa  179  5.999999999999999e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0142734 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3307  putative signal peptide protein  40.23 
 
 		 280 aa  178  8e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0281892 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2521  hypothetical protein  38.78 
 
 		 258 aa  174  9e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000025623  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1433  conserved hypothetical protein  38.78 
 
 		 258 aa  174  9.999999999999999e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02111  hypothetical protein  38.78 
 
 		 258 aa  174  9.999999999999999e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.529062  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1425  hypothetical protein  38.78 
 
 		 258 aa  174  9.999999999999999e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000367127 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2366  hypothetical protein  38.78 
 
 		 258 aa  174  9.999999999999999e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02152  hypothetical protein  38.78 
 
 		 258 aa  174  9.999999999999999e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.5101  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3359  hypothetical protein  38.4 
 
 		 258 aa  172  5e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.783819  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2374  hypothetical protein  38.02 
 
 		 258 aa  162  7e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1093  hypothetical protein  29.89 
 
 		 583 aa  62  0.000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16980  uncharacterized conserved protein (DUF2135)  24.62 
 
 		 1115 aa  61.6  0.00000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1819  Vault protein inter-alpha-trypsin domain protein  28.57 
 
 		 963 aa  57.4  0.0000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.541917  normal  0.345133 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2477  hypothetical protein  30.99 
 
 		 992 aa  48.9  0.00009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.184778  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3164  hypothetical protein  33.78 
 
 		 1120 aa  48.9  0.00009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.875829  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2860  hypothetical protein  30.67 
 
 		 1066 aa  48.5  0.0001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.27882  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0295  vault protein inter-alpha-trypsin  22.56 
 
 		 995 aa  47  0.0003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.00370516  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0719  hypothetical protein  40.98 
 
 		 56 aa  46.2  0.0005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.233252  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3096  TPR repeat-containing protein  25.95 
 
 		 389 aa  45.4  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3152  hypothetical protein  33.78 
 
 		 446 aa  42.4  0.007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>