43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_0880 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_0880  FmdB family regulatory protein  100 
 
 		 78 aa  160  7e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0842902 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4083  FmdB family regulatory protein  73.58 
 
 		 75 aa  88.6  3e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.382844 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2774  regulatory protein, FmdB family  40.51 
 
 		 78 aa  56.6  0.0000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3290  hypothetical protein  48.94 
 
 		 66 aa  53.5  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0493619  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2441  FmdB transcriptional regulator  47.83 
 
 		 77 aa  51.6  0.000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0773  regulatory protein, FmdB family  35.82 
 
 		 84 aa  48.5  0.00003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0734  hypothetical protein  46.15 
 
 		 128 aa  47.8  0.00005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000000750313  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0665  FmdB family regulatory protein  41.03 
 
 		 128 aa  46.6  0.0001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.000000000563996  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_640  hypothetical protein  43.59 
 
 		 128 aa  46.6  0.0001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000170615  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1599  regulatory protein, FmdB family  33.33 
 
 		 110 aa  46.6  0.0001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.284744  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3203  hypothetical protein  34.78 
 
 		 77 aa  45.8  0.0002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2386  hypothetical protein  26.51 
 
 		 83 aa  44.3  0.0006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.954945  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0301  hypothetical protein  36.73 
 
 		 108 aa  43.9  0.0007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.298186  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2275  regulatory protein, FmdB family  35.53 
 
 		 66 aa  43.9  0.0008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0512  regulatory protein, FmdB family  36.73 
 
 		 94 aa  43.5  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2673  regulatory protein, FmdB family  45.45 
 
 		 66 aa  42.7  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0890211  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2577  regulatory protein, FmdB family  45.45 
 
 		 66 aa  42.7  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.923683  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3407  FmdB family regulatory protein  43.86 
 
 		 142 aa  43.1  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.200356  normal  0.535647 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3061  FmdB family regulatory protein  28.99 
 
 		 76 aa  42  0.002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000726453  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1163  hypothetical protein  35.09 
 
 		 83 aa  42.4  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  3.62411e-16  hitchhiker  0.00947496 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2457  FmdB family regulatory protein  45.65 
 
 		 77 aa  42.7  0.002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.165864 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1521  FmdB family regulatory protein  42.11 
 
 		 141 aa  42  0.003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.10251 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1467  regulatory protein, FmdB family  41.67 
 
 		 138 aa  42  0.003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3010  hypothetical protein  38.78 
 
 		 97 aa  41.6  0.004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.794189  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1212  hypothetical protein  38.78 
 
 		 73 aa  41.6  0.004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36740  regulatory protein, FmdB family  30.95 
 
 		 88 aa  41.2  0.004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0583  regulatory protein, FmdB family  35.85 
 
 		 78 aa  41.6  0.004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.301653 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4206  FmdB family regulatory protein  38.78 
 
 		 73 aa  41.2  0.005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.384212  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2088  regulatory protein, FmdB family  30.14 
 
 		 79 aa  41.2  0.005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2540  FmdB family regulatory protein  42.55 
 
 		 70 aa  40.8  0.006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1142  regulatory protein, FmdB family  36 
 
 		 95 aa  40.8  0.006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1172  FmdB family regulatory protein  36.17 
 
 		 71 aa  40.8  0.006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0363  regulatory protein, FmdB family  28.57 
 
 		 71 aa  40.4  0.007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.232661  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0433  FmdB family regulatory protein  44.68 
 
 		 70 aa  40.8  0.007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.186737  hitchhiker  0.000109724 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1432  hypothetical protein  36.73 
 
 		 104 aa  40.8  0.007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1552  hypothetical protein  36.73 
 
 		 104 aa  40.8  0.007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0599  FmdB family regulatory protein  34.15 
 
 		 106 aa  40.4  0.008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.425603  hitchhiker  0.00815339 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0086  regulatory protein, FmdB family  24.66 
 
 		 81 aa  40.4  0.008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.576483  hitchhiker  0.00282506 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1241  FmdB family regulatory protein  38.78 
 
 		 73 aa  40.4  0.008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.292209  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0229  FmdB family regulatory protein  36.73 
 
 		 99 aa  40.4  0.008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2482  FmdB family regulatory protein  45.45 
 
 		 65 aa  40  0.009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.416517  normal  0.0908176 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1304  FmdB family regulatory protein  41.82 
 
 		 68 aa  40.4  0.009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00793383  normal  0.147825 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1544  regulatory protein, FmdB family  35.42 
 
 		 72 aa  40  0.01  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00857595  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>