226 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3032 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3032  aspartate alpha-decarboxylase  100 
 
 		 135 aa  279  1e-74  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2075  aspartate alpha-decarboxylase  82.81 
 
 		 133 aa  227  5e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.19467  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6002  aspartate alpha-decarboxylase  82.68 
 
 		 133 aa  224  4e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0936  aspartate alpha-decarboxylase  79.37 
 
 		 127 aa  209  9e-54  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0901  aspartate alpha-decarboxylase  79.84 
 
 		 126 aa  208  2e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.574462 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1835  aspartate alpha-decarboxylase  74.19 
 
 		 126 aa  196  6e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2817  aspartate alpha-decarboxylase  72.8 
 
 		 126 aa  195  2.0000000000000003e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.186464  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3494  aspartate alpha-decarboxylase  72.8 
 
 		 126 aa  195  2.0000000000000003e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.243185  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2358  aspartate alpha-decarboxylase  72 
 
 		 128 aa  193  8.000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.480424  normal  0.4255 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3489  aspartate alpha-decarboxylase  72.8 
 
 		 128 aa  193  8.000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.510644 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1009  aspartate alpha-decarboxylase  72 
 
 		 128 aa  192  1e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2490  aspartate alpha-decarboxylase  72 
 
 		 128 aa  192  1e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0851  aspartate alpha-decarboxylase  71.2 
 
 		 128 aa  192  2e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.649274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1832  aspartate alpha-decarboxylase  71.2 
 
 		 128 aa  190  6e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.474375  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2443  aspartate alpha-decarboxylase  71.2 
 
 		 128 aa  190  6e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.106554  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2448  aspartate alpha-decarboxylase  71.2 
 
 		 128 aa  190  6e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.123887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1042  aspartate alpha-decarboxylase  70.4 
 
 		 128 aa  189  8e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0700  aspartate alpha-decarboxylase  69.6 
 
 		 128 aa  189  1e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.396068  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1203  aspartate alpha-decarboxylase  69.6 
 
 		 128 aa  189  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.85801  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0847  aspartate alpha-decarboxylase  70.4 
 
 		 128 aa  189  1e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.664806  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2657  aspartate 1-decarboxylase  74.79 
 
 		 131 aa  189  1e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2313  aspartate alpha-decarboxylase  69.6 
 
 		 128 aa  189  1e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0360595  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2974  aspartate alpha-decarboxylase  69.6 
 
 		 128 aa  189  1e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0911957  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1048  aspartate alpha-decarboxylase  69.6 
 
 		 128 aa  189  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1625  aspartate alpha-decarboxylase  69.6 
 
 		 128 aa  189  1e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00269652  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5774  aspartate alpha-decarboxylase  69.6 
 
 		 128 aa  187  2.9999999999999997e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.941692  normal  0.354214 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2198  aspartate alpha-decarboxylase  69.84 
 
 		 128 aa  187  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.855952  normal  0.631092 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1578  aspartate alpha-decarboxylase  77.42 
 
 		 126 aa  187  5.999999999999999e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.301231  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0594  aspartate alpha-decarboxylase  67.46 
 
 		 126 aa  181  3e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.336856 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3187  aspartate alpha-decarboxylase  66.14 
 
 		 127 aa  176  1e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.627354  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2055  aspartate alpha-decarboxylase  62.7 
 
 		 126 aa  167  6e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.552019  normal  0.161743 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1520  aspartate alpha-decarboxylase  59.52 
 
 		 126 aa  161  3e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.107744  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0199  aspartate alpha-decarboxylase  60.32 
 
 		 126 aa  156  1e-37  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.649486  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2316  aspartate alpha-decarboxylase  58.73 
 
 		 126 aa  155  2e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.647992  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0877  Aspartate 1-decarboxylase  61.11 
 
 		 126 aa  155  2e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.470922  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0175  aspartate alpha-decarboxylase  59.52 
 
 		 142 aa  154  4e-37  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00688  aspartate alpha-decarboxylase  58.73 
 
 		 137 aa  151  2e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.207162  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0673  aspartate alpha-decarboxylase  56.35 
 
 		 126 aa  151  2.9999999999999998e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00130  aspartate 1-decarboxylase precursor  53.17 
 
 		 126 aa  150  8e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.289233  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3471  aspartate 1-decarboxylase  53.17 
 
 		 126 aa  150  8e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0124  aspartate alpha-decarboxylase  53.17 
 
 		 126 aa  150  8e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0139  aspartate alpha-decarboxylase  53.17 
 
 		 126 aa  150  8e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0135  aspartate alpha-decarboxylase  53.17 
 
 		 126 aa  150  8e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0133  aspartate alpha-decarboxylase  53.17 
 
 		 126 aa  150  8e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00129  hypothetical protein  53.17 
 
 		 126 aa  150  8e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.205185  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3528  aspartate alpha-decarboxylase  53.17 
 
 		 126 aa  150  8e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0141  aspartate alpha-decarboxylase  53.17 
 
 		 126 aa  150  8e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0887  aspartate alpha-decarboxylase  57.14 
 
 		 126 aa  149  1e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000407278  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2688  aspartate 1-decarboxylase  58.68 
 
 		 127 aa  149  1e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.40119  normal  0.0325759 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0566  aspartate alpha-decarboxylase  55.56 
 
 		 126 aa  149  1e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000545672 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3089  aspartate 1-decarboxylase  58.68 
 
 		 127 aa  149  1e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1522  aspartate alpha-decarboxylase  57.26 
 
 		 129 aa  149  2e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2108  aspartate alpha-decarboxylase  56.35 
 
 		 126 aa  148  3e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0321908  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0679  aspartate alpha-decarboxylase  52.38 
 
 		 126 aa  147  4e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.588741  normal  0.624276 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3120  aspartate alpha-decarboxylase  53.17 
 
 		 126 aa  147  5e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0214  aspartate alpha-decarboxylase  51.59 
 
 		 126 aa  146  9e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.112461  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0212  aspartate alpha-decarboxylase  51.59 
 
 		 126 aa  146  9e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0200  aspartate alpha-decarboxylase  51.59 
 
 		 126 aa  146  9e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.35681  normal  0.607126 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0197  aspartate alpha-decarboxylase  51.59 
 
 		 126 aa  146  9e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0196  aspartate alpha-decarboxylase  51.59 
 
 		 126 aa  145  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1062  aspartate 1-decarboxylase  55.56 
 
 		 126 aa  145  1.0000000000000001e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1158  aspartate alpha-decarboxylase  53.17 
 
 		 126 aa  146  1.0000000000000001e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0625401  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0578  aspartate 1-decarboxylase  55.56 
 
 		 126 aa  146  1.0000000000000001e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1862  aspartate alpha-decarboxylase  57.89 
 
 		 137 aa  145  2.0000000000000003e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0137344  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0377  aspartate 1-decarboxylase  57.89 
 
 		 131 aa  144  3e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.181374  normal  0.0242417 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2825  aspartate alpha-decarboxylase  53.17 
 
 		 126 aa  144  3e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.359924  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0169  aspartate alpha-decarboxylase  54.76 
 
 		 126 aa  144  6e-34  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00266138 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0182  aspartate alpha-decarboxylase  54.76 
 
 		 126 aa  144  6e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00439449  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0652  aspartate alpha-decarboxylase  57.39 
 
 		 120 aa  143  6e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.573242  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2560  aspartate alpha-decarboxylase  54.78 
 
 		 120 aa  143  7.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.566857 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2970  aspartate alpha-decarboxylase  54.78 
 
 		 120 aa  143  7.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1263  aspartate 1-decarboxylase  54.84 
 
 		 126 aa  143  8.000000000000001e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.833661 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1026  aspartate alpha-decarboxylase  53.17 
 
 		 126 aa  143  9e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0260432  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2731  aspartate alpha-decarboxylase  52.94 
 
 		 120 aa  142  2e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9159  Aspartate 1-decarboxylase  55.2 
 
 		 142 aa  142  2e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.835034  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3464  aspartate 1-decarboxylase  62.28 
 
 		 117 aa  141  3e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4761  aspartate alpha-decarboxylase  56.03 
 
 		 135 aa  141  3e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4847  aspartate alpha-decarboxylase  56.03 
 
 		 135 aa  141  3e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.102672  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5147  aspartate alpha-decarboxylase  56.03 
 
 		 135 aa  141  3e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3993  aspartate alpha-decarboxylase  50.79 
 
 		 126 aa  140  5e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13633  aspartate alpha-decarboxylase  53.49 
 
 		 139 aa  140  5e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.73195e-57  hitchhiker  0.00713008 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1425  aspartate alpha-decarboxylase  56.14 
 
 		 134 aa  140  8e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.84513  normal  0.243105 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3474  aspartate alpha-decarboxylase  50.79 
 
 		 126 aa  139  9.999999999999999e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3425  aspartate 1-decarboxylase  57.02 
 
 		 138 aa  139  9.999999999999999e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3345  aspartate alpha-decarboxylase  50.79 
 
 		 126 aa  139  9.999999999999999e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000505092  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1013  aspartate alpha-decarboxylase  50.79 
 
 		 126 aa  138  1.9999999999999998e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.23956  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0461  L-aspartate 1-decarboxylase  54.47 
 
 		 135 aa  139  1.9999999999999998e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.646862  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4555  aspartate 1-decarboxylase  58.77 
 
 		 116 aa  138  3e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.687644  normal  0.429521 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4167  aspartate 1-decarboxylase  56.14 
 
 		 131 aa  138  3e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3010  aspartate alpha-decarboxylase  52.8 
 
 		 134 aa  138  3e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4194  aspartate 1-decarboxylase  56.14 
 
 		 131 aa  138  3e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.15572  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5363  aspartate alpha-decarboxylase  54.87 
 
 		 135 aa  138  3e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.306466  normal  0.0412659 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0568  aspartate 1-decarboxylase  54.87 
 
 		 135 aa  138  3e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.327581  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4051  L-aspartate 1-decarboxylase  55.26 
 
 		 131 aa  137  3.9999999999999997e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62600  aspartate alpha-decarboxylase  51.59 
 
 		 126 aa  137  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2041  aspartate 1-decarboxylase  58.73 
 
 		 126 aa  137  3.9999999999999997e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3834  aspartate alpha-decarboxylase  56.36 
 
 		 115 aa  137  4.999999999999999e-32  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1240  aspartate alpha-decarboxylase  52 
 
 		 134 aa  137  4.999999999999999e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.05325e-17 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5448  aspartate alpha-decarboxylase  51.59 
 
 		 126 aa  137  7e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0326  aspartate 1-decarboxylase  53.51 
 
 		 156 aa  136  1e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.437116  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>