271 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2696 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_2696  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated protein  100 
 
 		 161 aa  333  7.999999999999999e-91  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3773  ybaK/ebsC protein  82.28 
 
 		 163 aa  281  4.0000000000000003e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1077  ybaK/ebsC protein  82.21 
 
 		 163 aa  280  7.000000000000001e-75  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.3293  normal  0.584525 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1593  hypothetical protein  79.25 
 
 		 163 aa  268  2.9999999999999997e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.114153  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2244  ybaK/ebsC protein  78.48 
 
 		 166 aa  263  5.999999999999999e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.639833  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4790  ybaK/ebsC protein  79.11 
 
 		 164 aa  263  7e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.170167  normal  0.9261 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2754  ybaK/ebsC protein  77.85 
 
 		 166 aa  263  1e-69  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.591195  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1850  ybaK/ebsC protein  75.62 
 
 		 167 aa  258  2e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2557  ybaK/ebsC protein  71.88 
 
 		 163 aa  244  3e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2581  ybaK/ebsC protein  71.25 
 
 		 163 aa  243  6.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.635431  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5889  hypothetical protein  70.62 
 
 		 163 aa  242  1.9999999999999999e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.158473 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0739  ybaK/ebsC protein  71.25 
 
 		 163 aa  241  3.9999999999999997e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.451336  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2476  ybaK/ebsC protein  70.62 
 
 		 163 aa  239  1e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0283203 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2605  ybaK/ebsC protein  70.62 
 
 		 163 aa  239  1e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0371  ebsC protein, putative  69.38 
 
 		 163 aa  236  1e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.946039  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1069  ybaK/ebsC protein  69.38 
 
 		 163 aa  236  1e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0752  hypothetical protein  68.12 
 
 		 163 aa  236  1e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0671  putative ebsC protein  69.38 
 
 		 163 aa  236  1e-61  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2506  putative ebsC protein  69.38 
 
 		 163 aa  236  1e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0913  YbaK/prolyl-tRNA synthetase domain-containing protein  69.38 
 
 		 163 aa  236  1e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0917  YbaK/prolyl-tRNA synthetase domain-containing protein  69.38 
 
 		 163 aa  236  1e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0912844  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0120  putative ebsC protein  69.38 
 
 		 163 aa  236  1e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0728  ybaK/ebsC protein  68.75 
 
 		 163 aa  235  2e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3210  ybaK/ebsC protein  67.5 
 
 		 163 aa  233  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.489164  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2585  ybaK/ebsC protein  68.12 
 
 		 166 aa  231  3e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0115756 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0525  ybaK/ebsC protein  65.62 
 
 		 175 aa  230  6e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.661143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0576  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  67.5 
 
 		 163 aa  227  6e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.128455  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2761  hypothetical protein  67.1 
 
 		 187 aa  221  3e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2545  hypothetical protein  63.46 
 
 		 163 aa  214  2.9999999999999998e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0518  hypothetical protein  63.12 
 
 		 163 aa  214  2.9999999999999998e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0591601  normal  0.512075 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2822  ybaK/ebsC protein  60.62 
 
 		 163 aa  208  3e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.556121 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2416  ybaK/ebsC protein  60.62 
 
 		 163 aa  206  1e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3147  ybaK/ebsC protein  63.16 
 
 		 160 aa  199  9.999999999999999e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.317224  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3049  hypothetical protein  62.5 
 
 		 160 aa  197  6e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3248  ybaK/ebsC protein  65.03 
 
 		 160 aa  196  7.999999999999999e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0893105  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3088  YbaK/EbsC protein  61.88 
 
 		 160 aa  194  4.0000000000000005e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0535  hypothetical protein  59.49 
 
 		 163 aa  192  1e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1741  ybaK/ebsC protein  61.18 
 
 		 160 aa  191  4e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.542392 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0912  ybaK/ebsC protein  58.13 
 
 		 160 aa  191  4e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0961985  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1195  ybaK/ebsC protein  60 
 
 		 162 aa  191  5e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.350092  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1401  ybaK/ebsC protein  58.75 
 
 		 160 aa  185  2e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000538282 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2948  ybaK/ebsC protein  56 
 
 		 162 aa  183  8e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0366915  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0396  hypothetical protein  58.82 
 
 		 161 aa  183  8e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2809  ybaK/ebsC protein  60.26 
 
 		 160 aa  182  2.0000000000000003e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.109504  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2645  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  57.52 
 
 		 160 aa  181  4.0000000000000006e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00567301  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1072  hypothetical protein  54.09 
 
 		 161 aa  177  5.999999999999999e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.47969e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2007  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  41.83 
 
 		 163 aa  126  1.0000000000000001e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.173109  normal  0.652045 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0153  ybaK/ebsC protein  43.88 
 
 		 157 aa  108  2.0000000000000002e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.548766  normal  0.0477422 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4290  ybaK/ebsC protein  43.24 
 
 		 157 aa  106  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.780598 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4554  ybaK/ebsC protein  43.17 
 
 		 157 aa  102  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2425  ybaK/ebsC protein  43.17 
 
 		 157 aa  100  9e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3507  ybaK/ebsC protein  42.14 
 
 		 157 aa  98.6  3e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2421  ybaK/ebsC protein  39.33 
 
 		 157 aa  97.8  6e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.332084 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1120  hypothetical protein  39.57 
 
 		 157 aa  96.7  1e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4093  hypothetical protein  37.41 
 
 		 157 aa  93.2  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.889047 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1012  ybaK/ebsC protein  38.51 
 
 		 157 aa  93.2  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4777  ybaK/ebsC protein  38.1 
 
 		 158 aa  92.4  2e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.339025  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0228  hypothetical protein  36.24 
 
 		 169 aa  92.8  2e-18  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.822642  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1328  hypothetical protein  36.18 
 
 		 158 aa  91.3  5e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0917031  normal  0.183333 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0136  hypothetical protein  36.69 
 
 		 157 aa  91.3  5e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0470  YbaK/ebsC protein  34.84 
 
 		 166 aa  91.3  5e-18  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04560  YbaK/ebsC protein  40.44 
 
 		 157 aa  90.5  8e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.647549  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3668  hypothetical protein  38.51 
 
 		 157 aa  89.7  2e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0625  ybaK/ebsC protein  36.99 
 
 		 157 aa  89  2e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0361405 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4530  hypothetical protein  35.57 
 
 		 156 aa  87.8  6e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.666338  normal  0.145065 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0012  ybaK/ebsC protein  35.71 
 
 		 157 aa  86.3  2e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0187594 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3039  hypothetical protein  33.12 
 
 		 156 aa  86.3  2e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.499163  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3462  ybaK/ebsC protein  37.84 
 
 		 157 aa  84  8e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00996809 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0525  hypothetical protein  33.33 
 
 		 159 aa  83.2  0.000000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2876  ybaK/ebsC protein  39.13 
 
 		 166 aa  83.6  0.000000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.10674 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1263  hypothetical protein  34.69 
 
 		 159 aa  83.2  0.000000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0125501 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3167  hypothetical protein  34.69 
 
 		 159 aa  83.2  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.583041  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3029  hypothetical protein  34.69 
 
 		 159 aa  83.6  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.480981  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14010  hypothetical protein  34.72 
 
 		 155 aa  83.2  0.000000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4335  ybaK/ebsC protein  34.72 
 
 		 156 aa  82.4  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.319378  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0021  YbaK/EbsC protein  30.61 
 
 		 155 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000866016 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00432  hypothetical protein  32.7 
 
 		 159 aa  82  0.000000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.362307  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3129  ybaK/ebsC protein  32.7 
 
 		 159 aa  82  0.000000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.393401  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1077  ybaK/ebsC protein  34.72 
 
 		 156 aa  82  0.000000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.593377  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0520  hypothetical protein  32.7 
 
 		 159 aa  82  0.000000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00437  hypothetical protein  32.7 
 
 		 159 aa  82  0.000000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.34185  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1118  ybaK/ebsC protein  34.72 
 
 		 156 aa  82  0.000000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.081988  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3539  ybaK/ebsC protein  33.09 
 
 		 158 aa  82  0.000000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.115352  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0113  ybaK/ebsC protein  31.54 
 
 		 155 aa  82  0.000000000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0558  hypothetical protein  32.7 
 
 		 159 aa  82  0.000000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3135  hypothetical protein  32.7 
 
 		 159 aa  82  0.000000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.215151  unclonable  0.0000000116633 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3903  hypothetical protein  32.64 
 
 		 156 aa  81.6  0.000000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.531772  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0558  hypothetical protein  29.94 
 
 		 159 aa  81.6  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.743946  normal  0.562407 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0602  hypothetical protein  29.94 
 
 		 159 aa  81.6  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000350431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0543  hypothetical protein  29.94 
 
 		 159 aa  81.6  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.243871  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0541  hypothetical protein  29.94 
 
 		 159 aa  81.6  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10900  ybaK/ebsC protein  35.26 
 
 		 170 aa  81.6  0.000000000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.882195 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0548  hypothetical protein  29.94 
 
 		 159 aa  81.6  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0135035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1106  ybaK/ebsC protein  34.03 
 
 		 156 aa  81.3  0.000000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2973  ybaK/ebsC protein  32.43 
 
 		 158 aa  80.9  0.000000000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0016  ybaK/ebsC protein  31.79 
 
 		 154 aa  80.9  0.000000000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0587946  normal  0.636311 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1093  hypothetical protein  33.33 
 
 		 159 aa  80.5  0.000000000000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0416  hypothetical protein  32.08 
 
 		 159 aa  80.5  0.000000000000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3413  ybaK/ebsC protein  32.37 
 
 		 158 aa  80.5  0.00000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0703981  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1148  hypothetical protein  33.96 
 
 		 159 aa  80.1  0.00000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0654966  hitchhiker  0.000000339512 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>