139 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2403 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_2403  malate dehydrogenase  100 
 
 		 334 aa  675    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.433126  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2281  malate dehydrogenase  60.42 
 
 		 328 aa  372  1e-102  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2867  malate dehydrogenase  57.75 
 
 		 328 aa  370  1e-101  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2206  malate dehydrogenase  58.61 
 
 		 328 aa  371  1e-101  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2791  malate dehydrogenase  60.12 
 
 		 350 aa  369  1e-101  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.179491 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2429  malate dehydrogenase  59.82 
 
 		 328 aa  369  1e-101  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1751  malate dehydrogenase  56.23 
 
 		 327 aa  365  1e-100  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0795  malate dehydrogenase  56.23 
 
 		 327 aa  365  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.233421  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2154  malate dehydrogenase  55.62 
 
 		 328 aa  366  1e-100  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0658  malate dehydrogenase  56.23 
 
 		 327 aa  366  1e-100  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3309  malate dehydrogenase  55.93 
 
 		 328 aa  365  1e-100  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.49865 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1619  malate dehydrogenase  56.23 
 
 		 327 aa  365  1e-100  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1827  malate dehydrogenase  56.23 
 
 		 327 aa  365  1e-100  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.723795  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2474  malate dehydrogenase  56.23 
 
 		 327 aa  365  1e-100  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.487589  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2336  malate dehydrogenase  56.23 
 
 		 327 aa  365  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0497  malate dehydrogenase  56.23 
 
 		 327 aa  365  1e-100  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0941878  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3825  malate dehydrogenase  55.93 
 
 		 328 aa  365  1e-100  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.377725 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4435  malate dehydrogenase  55.93 
 
 		 328 aa  364  1e-99  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3932  malate dehydrogenase  55.93 
 
 		 328 aa  364  1e-99  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.566421  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2552  malate dehydrogenase  55.62 
 
 		 329 aa  363  1e-99  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.112187  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3596  malate dehydrogenase  55.93 
 
 		 328 aa  364  1e-99  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.924471  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6858  malate dehydrogenase  55.32 
 
 		 327 aa  364  1e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.416763 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2489  malate dehydrogenase  55.32 
 
 		 327 aa  363  2e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.210751 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2172  malate dehydrogenase  57.7 
 
 		 328 aa  363  2e-99  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.251629 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4651  malate dehydrogenase  55.62 
 
 		 328 aa  363  2e-99  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.26336  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2327  malate dehydrogenase  55.32 
 
 		 327 aa  360  2e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2898  malate dehydrogenase  54.71 
 
 		 327 aa  360  2e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02545  malate dehydrogenase  57.14 
 
 		 328 aa  360  2e-98  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2708  malate dehydrogenase  58.01 
 
 		 328 aa  359  3e-98  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.105677 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1829  malate dehydrogenase  55.29 
 
 		 328 aa  357  9.999999999999999e-98  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.26589  normal  0.652638 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0790  malate dehydrogenase  57.14 
 
 		 328 aa  357  9.999999999999999e-98  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.108388  normal  0.0782545 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0756  malate dehydrogenase  55.42 
 
 		 329 aa  357  1.9999999999999998e-97  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4358  malate dehydrogenase  54.71 
 
 		 327 aa  356  1.9999999999999998e-97  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2153  malate dehydrogenase  55.29 
 
 		 328 aa  357  1.9999999999999998e-97  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.266134  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3030  malate dehydrogenase  55.59 
 
 		 328 aa  354  1e-96  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.392331  normal  0.928873 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1432  malate dehydrogenase  56.04 
 
 		 328 aa  353  2e-96  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4356  malate dehydrogenase  55.89 
 
 		 328 aa  352  2.9999999999999997e-96  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.253468 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1065  malate dehydrogenase  54.98 
 
 		 329 aa  352  5e-96  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.686479  normal  0.0244585 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3598  malate dehydrogenase  54.98 
 
 		 328 aa  351  1e-95  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.202034 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1998  malate dehydrogenase  54.68 
 
 		 329 aa  350  2e-95  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.304993  normal  0.280791 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0485  malate dehydrogenase  54.1 
 
 		 328 aa  349  3e-95  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1803  malate dehydrogenase  55.59 
 
 		 328 aa  348  8e-95  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0126909  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0460  malate dehydrogenase  53.47 
 
 		 329 aa  348  1e-94  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0503945  normal  0.124945 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0550  malate dehydrogenase  53.5 
 
 		 328 aa  344  1e-93  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1673  malate dehydrogenase  53.19 
 
 		 327 aa  341  1e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00354849 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3063  malate dehydrogenase  52.58 
 
 		 327 aa  327  1.0000000000000001e-88  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4642  malate dehydrogenase  53.19 
 
 		 328 aa  325  6e-88  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0864  malate dehydrogenase  49.39 
 
 		 327 aa  323  4e-87  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0830  malate dehydrogenase  54.1 
 
 		 326 aa  320  1.9999999999999998e-86  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.592408  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1713  malate dehydrogenase  50.46 
 
 		 329 aa  319  3.9999999999999996e-86  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0487  malate dehydrogenase  50.76 
 
 		 326 aa  316  3e-85  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.419246  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2161  malate dehydrogenase  52.19 
 
 		 334 aa  314  1.9999999999999998e-84  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.555081  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4209  malate dehydrogenase  52.58 
 
 		 329 aa  313  2.9999999999999996e-84  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.432377  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0092  malate dehydrogenase  51.67 
 
 		 330 aa  307  1.0000000000000001e-82  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.021843  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28070  malate dehydrogenase (NAD)  51.67 
 
 		 329 aa  308  1.0000000000000001e-82  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0979887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1659  malate dehydrogenase  49.24 
 
 		 327 aa  307  2.0000000000000002e-82  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000634341  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07840  malate dehydrogenase  49.54 
 
 		 342 aa  306  3e-82  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.172278  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1259  malate dehydrogenase  51.52 
 
 		 325 aa  305  5.0000000000000004e-82  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1617  malate dehydrogenase  49.24 
 
 		 329 aa  305  9.000000000000001e-82  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.814638  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7973  malate dehydrogenase  51.06 
 
 		 329 aa  305  1.0000000000000001e-81  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5280  malate dehydrogenase  49.85 
 
 		 331 aa  303  4.0000000000000003e-81  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0978  malate dehydrogenase  48.93 
 
 		 329 aa  300  2e-80  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0774  malate dehydrogenase  49.54 
 
 		 329 aa  299  4e-80  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11265  malate dehydrogenase  48.63 
 
 		 329 aa  297  2e-79  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000004944  decreased coverage  0.000678049 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6492  malate dehydrogenase  49.85 
 
 		 329 aa  297  2e-79  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.156958  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19950  malate dehydrogenase  50.15 
 
 		 329 aa  295  6e-79  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.000211978  hitchhiker  0.000178051 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2256  malate dehydrogenase  50.76 
 
 		 328 aa  295  6e-79  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000133254  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2522  malate dehydrogenase  52.52 
 
 		 330 aa  295  9e-79  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0230761  normal  0.400743 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3441  malate dehydrogenase  49.85 
 
 		 329 aa  293  2e-78  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2659  malate dehydrogenase  50 
 
 		 325 aa  293  3e-78  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3578  malate dehydrogenase  48.63 
 
 		 328 aa  292  5e-78  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1873  malate dehydrogenase  49.09 
 
 		 327 aa  289  4e-77  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0651277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0258  malate dehydrogenase  48.92 
 
 		 327 aa  290  4e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0127351 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2669  malate dehydrogenase  48.92 
 
 		 327 aa  290  4e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.493712  normal  0.376161 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1763  malate dehydrogenase  50 
 
 		 329 aa  289  6e-77  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2044  malate dehydrogenase  49.39 
 
 		 329 aa  287  2e-76  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.375766 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1436  malate dehydrogenase  50 
 
 		 329 aa  287  2e-76  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.756645 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4268  malate dehydrogenase  47.26 
 
 		 325 aa  279  4e-74  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0186905  normal  0.0169566 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3006  malate dehydrogenase  52.52 
 
 		 328 aa  274  2.0000000000000002e-72  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0610  malate dehydrogenase  44.82 
 
 		 325 aa  268  1e-70  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.18375  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0743  malate dehydrogenase  47.24 
 
 		 328 aa  266  2.9999999999999995e-70  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  decreased coverage  0.00985263  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3067  malate dehydrogenase  49.08 
 
 		 332 aa  265  7e-70  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.583103  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1133  malate dehydrogenase  45.59 
 
 		 329 aa  261  2e-68  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.275779  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0688  malate dehydrogenase  46.32 
 
 		 327 aa  259  5.0000000000000005e-68  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3339  malate dehydrogenase  48 
 
 		 331 aa  258  1e-67  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0149092 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1290  malate dehydrogenase  46.27 
 
 		 325 aa  255  6e-67  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2783  malate dehydrogenase  49.85 
 
 		 329 aa  255  7e-67  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.53694  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1880  malate dehydrogenase  44.95 
 
 		 329 aa  254  2.0000000000000002e-66  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00950  malate dehydrogenase  47.37 
 
 		 361 aa  252  7e-66  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0813  malate dehydrogenase  43.6 
 
 		 327 aa  246  4.9999999999999997e-64  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1384  malate dehydrogenase  42.94 
 
 		 328 aa  243  1.9999999999999999e-63  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1325  malate dehydrogenase  42.64 
 
 		 328 aa  241  1e-62  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0597449  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_87414  predicted protein  41.28 
 
 		 335 aa  236  3e-61  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0511  malate dehydrogenase  46.36 
 
 		 329 aa  235  7e-61  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.601642  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2301  malate dehydrogenase  42.25 
 
 		 330 aa  229  4e-59  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2274  malate dehydrogenase  41.95 
 
 		 330 aa  229  5e-59  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_42336  predicted protein  40.54 
 
 		 430 aa  222  7e-57  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.22262  normal  0.238463 
 
 
-
 
NC_002620  TC0655  malate dehydrogenase  39.76 
 
 		 326 aa  213  3.9999999999999995e-54  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1182  malate dehydrogenase  25.9 
 
 		 320 aa  63.5  0.000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.333007  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1949  malate dehydrogenase  25.19 
 
 		 334 aa  58.5  0.0000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>