44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0686 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0686  putative lipopolysaccharide O-SIDE chain biosynthesis transmembrane protein  100 
 
 		 422 aa  814    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.599007  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2268  polysaccharide biosynthesis protein  30.02 
 
 		 420 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.199754 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3779  polysaccharide biosynthesis protein  29.05 
 
 		 438 aa  124  3e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3702  polysaccharide exporter, PST family  29.23 
 
 		 420 aa  124  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0919  polysaccharide biosynthesis protein  30.22 
 
 		 420 aa  121  3e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0771  membrane protein  27.91 
 
 		 418 aa  120  6e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0782  polysaccharide biosynthesis protein  28.16 
 
 		 418 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1488  hypothetical protein  28.08 
 
 		 444 aa  113  6e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0185846  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0413  membrane protein  28.68 
 
 		 418 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0892  polysaccharide biosynthesis protein  28.68 
 
 		 418 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.114426  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0862  polysaccharide biosynthesis protein  28.54 
 
 		 418 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3989  hypothetical protein  28.43 
 
 		 418 aa  107  5e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.107923 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3084  hypothetical protein  28.25 
 
 		 419 aa  100  4e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2192  hypothetical protein  28.69 
 
 		 444 aa  100  5e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.422688  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2065  hypothetical protein  28.69 
 
 		 444 aa  100  5e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.269552  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3121  hypothetical protein  28.69 
 
 		 444 aa  100  5e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.541873  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2549  hypothetical protein  28.69 
 
 		 444 aa  100  5e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0715  hypothetical protein  28.69 
 
 		 444 aa  100  5e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2720  polysaccharide biosynthesis protein  28.5 
 
 		 416 aa  100  6e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0371691  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3144  hypothetical protein  28.69 
 
 		 444 aa  100  6e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2498  polysaccharide biosynthesis protein  27.73 
 
 		 418 aa  95.9  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0741  putative lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.58 
 
 		 419 aa  94  4e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1384  polysaccharide biosynthesis protein  25.94 
 
 		 440 aa  83.6  0.000000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0293662 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3446  polysaccharide biosynthesis protein  24.03 
 
 		 444 aa  80.1  0.00000000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.823308  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1959  polysaccharide biosynthesis protein  22.3 
 
 		 451 aa  78.6  0.0000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1424  polysaccharide biosynthesis protein  24.46 
 
 		 444 aa  75.9  0.000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0665  polysaccharide biosynthesis protein  21.16 
 
 		 426 aa  63.5  0.000000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3509  polysaccharide biosynthesis protein  24.64 
 
 		 444 aa  63.5  0.000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00438e-16 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1044  polysaccharide biosynthesis protein  22.54 
 
 		 440 aa  63.5  0.000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.041441  hitchhiker  0.00655602 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2285  polysaccharide biosynthesis protein  23.57 
 
 		 449 aa  60.5  0.00000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.398242  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0532  polysaccharide biosynthesis protein  20.6 
 
 		 449 aa  52.8  0.00001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3189  polysaccharide biosynthesis protein  19.43 
 
 		 446 aa  48.5  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.27784  hitchhiker  0.00540344 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2025  polysaccharide biosynthesis protein  25.57 
 
 		 424 aa  47.8  0.0003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.997214  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2602  polysaccharide biosynthesis protein  22.16 
 
 		 448 aa  47  0.0006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2892  polysaccharide biosynthesis protein  22.05 
 
 		 429 aa  47  0.0007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3147  polysaccharide biosynthesis protein  21.99 
 
 		 475 aa  46.6  0.0007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.875944  normal  0.24442 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6729  polysaccharide biosynthesis protein  27.46 
 
 		 415 aa  46.2  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05310  hypothetical protein  30.25 
 
 		 433 aa  46.2  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.198261  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2745  polysaccharide biosynthesis protein  29.2 
 
 		 412 aa  45.4  0.002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4040  polysaccharide biosynthesis protein  21.29 
 
 		 444 aa  45.4  0.002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.519664  normal  0.589796 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1581  polysaccharide biosynthesis protein  28.35 
 
 		 406 aa  44.7  0.004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.769427  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2983  polysaccharide biosynthesis protein  26.63 
 
 		 427 aa  44.3  0.004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0744  polysaccharide biosynthesis protein  19.8 
 
 		 436 aa  43.1  0.01  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.923042  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1675  polysaccharide biosynthesis protein  26.04 
 
 		 430 aa  43.1  0.01  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0104334  normal  0.413628 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>