More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS04685 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS04685  putative NIFS-like protein  100 
 
 		 389 aa  791    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4350  aminotransferase  43.43 
 
 		 387 aa  306  3e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.486483  normal  0.208903 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1517  aminotransferase, class V  43.43 
 
 		 387 aa  306  5.0000000000000004e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.318525 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3676  aminotransferase class V  42.82 
 
 		 386 aa  301  9e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0159839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1652  aminotransferase, class V  41.58 
 
 		 392 aa  286  4e-76  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.143138  hitchhiker  0.00767612 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0173  aminotransferase class V  38.42 
 
 		 382 aa  283  4.0000000000000003e-75  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2025  aminotransferase, class V  39.47 
 
 		 383 aa  283  4.0000000000000003e-75  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND05560  cysteine desulfhydrase, putative  42.64 
 
 		 502 aa  282  5.000000000000001e-75  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0302  cysteine desulfurase NifS  40.58 
 
 		 392 aa  283  5.000000000000001e-75  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0467605  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0616  aminotransferase class V  45.66 
 
 		 408 aa  282  9e-75  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.327538  normal  0.0437001 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0673  cysteine desulfurase IscS  41.62 
 
 		 407 aa  281  1e-74  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.752721  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0822  cysteine desulfurase IscS  41.62 
 
 		 421 aa  281  1e-74  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.02372  normal  0.880264 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0872  aminotransferase, class V  42.98 
 
 		 382 aa  280  3e-74  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_45194  predicted protein  42.09 
 
 		 395 aa  278  9e-74  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0622302  normal  0.609433 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2412  cysteine desulfurase IscS  42.33 
 
 		 403 aa  277  2e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4665  cysteine desulfurase IscS  41.49 
 
 		 436 aa  277  2e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3698  cysteine desulfurase IscS  41.49 
 
 		 436 aa  277  2e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.789582  normal  0.356633 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14730  cysteine desulfurase  41.05 
 
 		 404 aa  277  3e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.179473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1299  cysteine desulfurase  41.32 
 
 		 404 aa  275  7e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0382772  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3062  cysteine desulfurase IscS  40.74 
 
 		 403 aa  275  9e-73  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.635367  unclonable  0.000000859331 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3823  cysteine desulfurase IscS  41.8 
 
 		 403 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.474065 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02508  cysteine desulfurase, alanine biosynthesis, putative (Eurofung)  40.35 
 
 		 507 aa  273  3e-72  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4336  cysteine desulfurase  40.79 
 
 		 404 aa  272  7e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.180367  hitchhiker  0.00000000219205 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0772  cysteine desulfurase  40.31 
 
 		 384 aa  271  1e-71  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1360  cysteine desulfurase IscS  42.49 
 
 		 408 aa  271  1e-71  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1144  cysteine desulfurase  39.42 
 
 		 407 aa  271  1e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.282524  normal  0.237339 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0842  cysteine desulfurase  40.79 
 
 		 404 aa  270  2e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0648359  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1458  cysteine desulfurase  39.02 
 
 		 407 aa  271  2e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0872  cysteine desulfurase  40.79 
 
 		 404 aa  270  2e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.368262 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5951  cysteine desulfurase  38.99 
 
 		 407 aa  271  2e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.350283  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2126  cysteine desulfurase  38.99 
 
 		 407 aa  271  2e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2143  cysteine desulfurase  38.99 
 
 		 407 aa  271  2e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.950908 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2217  cysteine desulfurase  39.53 
 
 		 407 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1708  cysteine desulfurase  39.53 
 
 		 407 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2290  cysteine desulfurase IscS  40.05 
 
 		 405 aa  270  2.9999999999999997e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00326388  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3103  cysteine desulfurase  39.53 
 
 		 407 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.412431  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1489  cysteine desulfurase  39.53 
 
 		 407 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.71249  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2655  cysteine desulfurase  39.53 
 
 		 407 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2264  cysteine desulfurase  41.67 
 
 		 404 aa  270  4e-71  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3511  cysteine desulfurase  40.79 
 
 		 404 aa  270  4e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.309898  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2178  cysteine desulfurase IscS  40.21 
 
 		 405 aa  270  4e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000963732  normal  0.389244 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0885  cysteine desulfurase  40.79 
 
 		 404 aa  270  4e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.306655  hitchhiker  0.00050858 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2036  cysteine desulfurase  39.15 
 
 		 407 aa  270  5e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.639443  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2733  cysteine desulfurase  39.28 
 
 		 407 aa  269  5e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1875  cysteine desulfurase  39.52 
 
 		 407 aa  269  5e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.795233  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2163  cysteine desulfurase  39.15 
 
 		 407 aa  270  5e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.675105  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3581  cysteine desulfurase NifS  39.05 
 
 		 400 aa  269  5.9999999999999995e-71  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.345313  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1132  cysteine desulfurase  41.14 
 
 		 404 aa  269  7e-71  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1563  cysteine desulfurase IscS  39.95 
 
 		 403 aa  269  7e-71  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.353864 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2599  cysteine desulfurase  39.28 
 
 		 407 aa  268  8.999999999999999e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.129174  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1656  cysteine desulfurase IscS  41.73 
 
 		 408 aa  268  8.999999999999999e-71  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0819836  unclonable  0.0000556983 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3031  cysteine desulfurase  39.78 
 
 		 404 aa  268  1e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.563846  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0207  cysteine desulfurase NifS  41.1 
 
 		 388 aa  268  1e-70  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000531678  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1444  cysteine desulfurase IscS  42.08 
 
 		 417 aa  268  1e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0139838 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2907  cysteine desulfurase NifS  39.74 
 
 		 398 aa  268  1e-70  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000201074  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0229  Cysteine desulfurase  41.32 
 
 		 405 aa  268  1e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004360  cysteine desulfurase  39.9 
 
 		 404 aa  268  2e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.591204  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1477  putative cysteine desulfurase  41.19 
 
 		 408 aa  268  2e-70  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.339117  hitchhiker  0.000732384 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5432  cysteine desulfurase  38.89 
 
 		 407 aa  267  2e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.116144  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02422  cysteine desulfurase  39.78 
 
 		 404 aa  267  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.657115  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1138  cysteine desulfurase IscS  39.78 
 
 		 404 aa  267  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02386  hypothetical protein  39.78 
 
 		 404 aa  267  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.730969  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1147  cysteine desulfurase  39.78 
 
 		 404 aa  267  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0105086  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2905  cysteine desulfurase  39.78 
 
 		 404 aa  267  2.9999999999999995e-70  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0404853  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01055  cysteine desulfurase  40.68 
 
 		 404 aa  266  2.9999999999999995e-70  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2681  cysteine desulfurase  39.78 
 
 		 404 aa  267  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.174524  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2683  cysteine desulfurase  39.78 
 
 		 404 aa  267  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.980146  normal  0.976252 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2815  cysteine desulfurase  39.78 
 
 		 404 aa  267  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00976282  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3762  cysteine desulfurase  39.78 
 
 		 404 aa  267  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00149492  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2142  cysteine desulfurase IscS  40.52 
 
 		 406 aa  266  4e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.456248  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2579  cysteine desulfurase  38.2 
 
 		 407 aa  266  5e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.120053  hitchhiker  0.000683499 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0437  cysteine desulfurase NifS  40.05 
 
 		 386 aa  266  5e-70  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.361233 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1164  cysteine desulfurase  39.53 
 
 		 384 aa  266  5e-70  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1019  pyridoxal-phosphate-dependent aminotransferase (NIFS protein)  38.03 
 
 		 405 aa  266  5.999999999999999e-70  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.103423  normal  0.217288 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1058  cysteine desulfurase  40.05 
 
 		 405 aa  266  5.999999999999999e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0834623  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1553  cysteine desulfurase  38.73 
 
 		 407 aa  266  5.999999999999999e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0484493  normal  0.0430953 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1629  cysteine desulfurase IscS  41.32 
 
 		 408 aa  266  5.999999999999999e-70  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000331255  hitchhiker  0.0000285871 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1638  cysteine desulfurase IscS  40.26 
 
 		 406 aa  265  8e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0592  cysteine desulfurase  42.86 
 
 		 404 aa  265  8e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1104  cysteine desulfurase  39.51 
 
 		 404 aa  265  8.999999999999999e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.013649  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1551  aminotransferase class V  37.93 
 
 		 383 aa  265  1e-69  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1237  cysteine desulfurase  40.6 
 
 		 404 aa  264  2e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.781022  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4244  aminotransferase class V  39.78 
 
 		 381 aa  264  2e-69  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00204023  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1714  cysteine desulfurase NifS  40.55 
 
 		 394 aa  264  2e-69  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000384465  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2205  cysteine desulfurase IscS  38.89 
 
 		 403 aa  264  2e-69  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00230458  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3109  aminotransferase class V  41.13 
 
 		 381 aa  264  2e-69  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00030249  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2144  cysteine desulfurase IscS  40 
 
 		 406 aa  264  2e-69  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00124025 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0423  cysteine desulfurase NifS  42.25 
 
 		 403 aa  263  3e-69  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0763464  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2783  cysteine desulfurase  39.24 
 
 		 404 aa  263  3e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0158517  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1493  cysteine desulfurase IscS  39.42 
 
 		 419 aa  263  4e-69  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40400  cysteine desulfurase  41.14 
 
 		 404 aa  263  4e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2213  aminotransferase, class V  42.21 
 
 		 398 aa  263  4e-69  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.506383 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2443  cysteine desulfurase IscS  39.22 
 
 		 406 aa  263  4e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0637  cysteine desulfurase  42.18 
 
 		 404 aa  263  4.999999999999999e-69  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.273964 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1244  cysteine desulfurase  39.78 
 
 		 404 aa  263  4.999999999999999e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.560354  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0627  cysteine desulfurase  42.33 
 
 		 404 aa  263  4.999999999999999e-69  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2177  cysteine desulfurase IscS  39.48 
 
 		 430 aa  263  4.999999999999999e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00159504  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2751  cysteine desulfurase  38.96 
 
 		 404 aa  262  6e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.173578  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2698  cysteine desulfurase  38.96 
 
 		 404 aa  262  8e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.016381  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3999  cysteine desulfurase IscS  40.52 
 
 		 406 aa  262  8e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.102036  normal  0.0133564 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>